TCONS_00018782 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00018782
Unique NameTCONS_00018782
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4358

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00018782 ID=TCONS_00018782|Name=TCONS_00018782|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4358bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00018782-protein

>TCONS_00018782-protein ID=TCONS_00018782-protein|Name=TCONS_00018782-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1232bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000306:215775..226568+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00018782 ID=TCONS_00018782|Name=TCONS_00018782|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10794bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000306:215775..226568+ (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000306:215775..226568+

>TCONS_00018782 ID=TCONS_00018782|Name=TCONS_00018782|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=18495bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000306:215775..226568+ (Clytia hemisphaerica)
ATGGCTTtgattctttgtttgtttttattgtcaTCTATCACAGATGTCGC
CCTGGCGAAAATCCACATTATCCCTGCTACAAACGAAAacgaccaatcag
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TTTTATGCAGTATCAAAATCCTCATGTTTGGTTACAAAAACATATCTCTT
TTCACCATCGTTTCATTGCATTGTGTGGAGGTTCATGGTGATCAAGTCCT
TTACATTTCTGGTGAAATCGAATGCTACCAAATGTGGCAATGGTTCGTCG
TTGTCCTCCTCGTCATCTGGATCGTACCATTTCCAACAGCTTTGGTACTA
TCCTATCGATTATATGATGCTGGGTTTGTGAACCGATTCTGGTTCATTGT
TTGCCTCTTATTCCCACCACTTGCATTTGTATTAACGTATTTTTATCGCA
AAACTAAAAGTCGATTATTGGAGGAACGCCAGGGTTTGCATTTAGCATTG
TATGACGTTTTTGAGGCACCTTACAGAGTTATTGAGACACACAGTACTGG
TGATGATAGCAAACAACGGACGTTATATTGGTGGACTGCTNCAGAGTTAT
TGAGACTCACAGTACTGGTGATGATAGCAAACAACGGACGTTGTATTGGT
GGACTGCGTGGCGGCTTTACGAACGATTATTCATTGCTATGTTAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_010517XLOC_010517Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00018782-exon-sc0000306-1491911889:215775..215977TCONS_00018782-exon-sc0000306-1491911889:215775..215977Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00018782-exon-sc0000306-1575043694:215775..215977TCONS_00018782-exon-sc0000306-1575043694:215775..215977Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00018782-exon-sc0000306-1491911889:220448..222643TCONS_00018782-exon-sc0000306-1491911889:220448..222643Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00018782-exon-sc0000306-1575043694:224891..226568TCONS_00018782-exon-sc0000306-1575043694:224891..226568Clytia hemisphaericaexon
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00018782-proteinTCONS_00018782-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000306supercontigsc0000306:215775..226568 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.73168e-10 0 0 0 0.255088 0.0979202 0.143531 0 0.00011464 0.114812 0.0850271 0.132986 1.82098 1.72714 0.186438 0.736425 0.158348 0.507039 0 0 0.00598286 0.00786051 0 0 0.307721 0.563649 0 0.0130709 0.0273363 0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00018782 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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