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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00018279 ID=TCONS_00018279|Name=TCONS_00018279|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3048bp GATGTTTGTGGAAGGATTGAATTGTTTTTGTGGTGCTGAATTATACCCAA GATCATTGTTGACATTAAAAGATGCTCTTCATTATCTGATGTACCGCCAA GAGAGTCGGAAAATATGTCGTCACTGTCGGTGCAGTAGAGAAGATCACTG CTTACTACCGCCTACCATACAAGAGAAAACGTACAGTATAAGTAAATTTG CTGACCAACATCCAAGCAGTATGGGTAATGATGGAGATAGTGGATGCTCG ACTGAAGAATATGCATGGGTGCCACCTGGCGTCTCTGGAGAACTGGTCAA TGCTTACATGAACAGTTTACATGAAGACAAAATCCCGTTTGTGAATAGTA TTGGTGAAAACTATCGAGCCAAACAATTATTATACCAACTACCTCCTCAT GATAGCGATTCAAAACATTGTCATAATTTatctgaagaagaaaaacgTGA ACTTCGCAGTTTTCACGGTCGACGACGTAAAGATTGTTTGGGTAGAGGAA ACGTCCGCTTATTTCCGAACGTTGCGGAAGGAAGTTCGGGTGTCTGCCAA CAGTGTTCCAAACGTATCGTGCCTGGCGAAGTAGTTGTTCACGCCTGGCG AGCAGGAAAAGAAGCATGCTGGCATCCGGCTTGTTTTCAATGTACCACGT GTCAAGAATTGTTGGTTGATCTGGTGTATTTCTACCAAGAGGGACGCGTC TATTGCGGACGTCATCATGCTGAATTGTTGAAACCAAGATGTTCAGCTTG TGACGAGATCATTTTCTCGGATGAGTGTACAGAAGCAGAGGGTCGTTTCT GGCATTTGGGACATTTCGCATGTTACGAGTGTGACAGTTCACTCGGTGGA CAACGTTACGTCATGCGTGATAACCATCCAATTTGTTGCGTctgttttga gaaaatgttcGCTGAGTTTTGCGATTCGTGTGGAGAGCCGATCGGTATCG ATGTCGGTCAAATGGCACACGGCAGTCAACATTGGCACGCGAATGAGAAA TGCTTCAGCTGTTTCAATTGCGGACAAACGTTACTCGGCCAACCATTTCT ACCGAAAAACGGAGAAATCTTTTGCTCTTCCGGTTGTAGTCGGGGCATCC CACCACCGAATCCGGTTAACCCGAAATATCCTCCTCGATCAGCGTCAAGA AACCGATCTTACAGACCGTCGTCAGAAAGTTCAAACAATAATTCACGCGA CGGGTATGTCAGTTCCAGTACAATGTCACCTGAACCGGTTCGCAAAATCG TCGAAATCAGATCGAAGGCTAGTTATCGAAGTTCTTTGGATAAATACGGT CTAGCAGCAGCAGAGAAAATCGGTGATATAGTACGTAATATGCCGAACGG TGGCGTAATAAAGgaagaaagtgacgaaaaaGACGAGACGAGTTCCACTT GTTCTTCCGTCGCTTCCTCAAGAGCGAAGGAACTTCCATCCTTTCCTCCC AGTAATCGTCACAGTAAGAAACCTATACTTCGTGTTCCCCCGAAACAAAG ACCTAAACCTACGGGACCGGAGATTTGGATCGATATGGTACCCCCTAAAG AAGCGACCACGCATCGTAAACAAGAAGAGGACTGGGAGAAACAATCTGTA CGGAGCATGCGCAGTAACCGAAGCACGACGTCGACTAAAAAATATGGCGA CGCTATGAGTCATTTGAACGGTAATGATACTATAGAAAGACTTGTCCAAG GTGAACGACAAATTAATCGTCGGCACCGACGTCGGAAAGTTGACGATTCA TATTTCTCGGACTACGAAGTTGAGAGACGAAAACGCACGCAAAGACGTAA ACAAACTCCTCTCGTTTATCAAATGGACGACGAAAAACCTAACATCCCTC TTATGACTGTTAAATCGCGTTCAACAGAATCGTTAGACGCGGGAAAAGCG CGTGTAGCGGGTCGCCGTGACGAACGGGACGGTAAAAAGAAACGCACTAA ATCGGAAACGAATTTAACGAACTCTAAAAATTACAAATCGAAAAATGACG CAGTTGCAAACTTAAGACTGAACATTGATGTCAATTCGCCGaagaaacaa tcttacaataaaATGGAGTTGAGTAAGAAAGCAACCAATAAAAAAACAGA ATCTAACGACTCCCGTAAACCAGCCCGTTCTTTCGGTATGTTTTCGGCTG AAGATCAACAAATGACTCGAATTAATTACGTCACACAAGACGATATGGCT ATGGACCATCGAAGAAATAGTAAAAgtcccaaaaaatcaaaaaggaaaAG TAAAAACCAAGGGCAATGTGTTATCTCATAACCATTTCATagttaatatt ttattttttattccaCTGATCTAGCTCTCTCcttacatttgaaaattatg catttttaactttttttggttttatatttttagttttactAAAATCTATT TTACATCATTCCTCTAGTGTATTATGGCAATGATTTGGAGAACTGAGTTT TTCACTCAGTTTAATGTTAAATCTGCACACATAATATGtaataataattt tgaaattggttCGTCTTAGATCCCAAGGTAATTAAAAGATTCAGAAATGT TGAATCCAAAAAGTGGTTCAAGTCTCAAGGCTCTGGGTACGATATTAGAT CATAAATCAAATGATCGTGAAATGTATTTTTTCATTGTGAAATATATTAG AATATGTTAGGTTTAGTGCTCCGTGTGCAGGCTGTGAAAAATTCACCGCC GGGTGTCAATTAAATTATGTATTTTCTTAAGTGTTGTTATATAtacaaaa ggaaaataaaaaatgtaaataatgaAATAACAAAATGTTAATAAAACAAA GTAAAATCTATGTTTGCTAATCTGAGTAAGAATTTCTTACAAGGACGGTC TACCCAGGGAGCTGGAACAGTCTTTTCGGTCTGTAATAGCGAACAACTCT GTCGACCCTGGGTTTTTCTTTTAAGGGAAATTTGAGTGAATTCAAAAACT TCTctattagtagggggaaatttgtaaaatcgctcgacttttttagtcaa agcacttgttatacatttttggtaagctaaggggtaggggaatcaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000295:75106..105120- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00018279 ID=TCONS_00018279|Name=TCONS_00018279|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=30015bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000295:75106..105120- (Clytia hemisphaerica) GATGTTTGTGGAAGGATTGAATTGTTTTTGTGGTGCTGAATTATACCCAA
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TTGCGGTTTAGAATTTATTTATCTTCTTGGCATGTCGTGTGACTAGTTTT
TTTTGGTTTGCTATGTTTTTGGGGTCAACAAGGGTTAGGCCGTCGGGGTA
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CTTTTCGAGTCCACCCTATTAATGACCANTCTGTCATTTCTATAAATAGT
TAGTTTTTGACTTTTCGAGTCCACCCCATTAATAACCAGTACCTATTTTC
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ATTGAATGTTTTGGTGTGTATATAAAGTGCAGTTTCACGGAGGTCAAGAC
CTCTTAGGATCTTACATAACTGTTTGTGTTCCTCCTCGTGGGTAAAGACT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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| TCONS_00018279-exon-sc0000295-1510915933:79260..79446 | TCONS_00018279-exon-sc0000295-1510915933:79260..79446 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00018279-exon-sc0000295-1491911889:105013..105120 | TCONS_00018279-exon-sc0000295-1491911889:105013..105120 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00018279-exon-sc0000295-1491911889:75106..77396 | TCONS_00018279-exon-sc0000295-1491911889:75106..77396 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
| sc0000295 | supercontig | sc0000295:75106..105120 - |
Blast
BLAST of TCONS_00018279 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PRIC3 (Prickle-like protein 3 OS=Homo sapiens GN=PRICKLE3 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 396.741 bits (1018), Expect = 1.103e-124 Identity = 193/330 (58.48%), Postives = 246/330 (74.55%), Query Frame = 2
Query: 107 RKICRHCRCSREDHCLLPPTIQEKTYSISKFADQHPSSMGNDGDSGCSTEEYAWVPPGVSGELVNAYMNSLHEDKIPFVNSIGENYRAKQLLYQLPPHDSDSKHCHNLSEEEKRELRSFHGRRRKDCLGRGNVRLFPNVAEGSSGVCQQCSKRIVPGEVVVHAWRAGKEACWHPACFQCTTCQELLVDLVYFYQEGRVYCGRHHAELLKPRCSACDEIIFSDECTEAEGRFWHLGHFACYECDSSLGGQRYVMRDNHPICCVCFEKMFAEFCDSCGEPIGIDVGQMAHGSQHWHANEKCFSCFNCGQTLLGQPFLPKNGEIFCSSGCSRG 1096
RKIC+HC+C RE+H + + + +D S+ +D DSGC++EEYAWVPPG+ E V + + L EDK+P+VNS GE YR KQLL+QLPPHDS++++C L EEEK+ELR+F +R+++ LGRG VR+FP G+ +C++C K+I G++ V A RAG ACWHP CF CTTCQELLVDL+YFY G+VYCGRHHAE L+PRC ACDEIIFS ECTEAEGR WH+ HF C+EC++SLGGQRYVMR + P CC C+E AE+CD CGE IG+D GQMA+ QHWHA+++CF C CG+ LLG+PFLP+ G IFCS CS G
Sbjct: 43 RKICQHCKCPREEHAVHAVPVDLERIMCRLISDFQRHSISDD-DSGCASEEYAWVPPGLKPEQVYQFFSCLPEDKVPYVNSPGEKYRIKQLLHQLPPHDSEAQYCTALEEEEKKELRAFSQQRKRENLGRGIVRIFPVTITGA--ICEECGKQIGGGDIAVFASRAGLGACWHPQCFVCTTCQELLVDLIYFYHVGKVYCGRHHAECLRPRCQACDEIIFSPECTEAEGRHWHMDHFCCFECEASLGGQRYVMRQSRPHCCACYEARHAEYCDGCGEHIGLDQGQMAYEGQHWHASDRCFCCSRCGRALLGRPFLPRRGLIFCSRACSLG 369
The following BLAST results are available for this feature:
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