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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00015842 ID=TCONS_00015842|Name=TCONS_00015842|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2149bp
ttatAGGGAAAAAAGTAATcaaattgaaaaggaaaaaactaTGAACCAAT
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attttagcatttaggtATTAGTTTATTTCGAgggaaacttattttttctg
tACTGTATTACGTTTACTATACCAATTTTTTTCTAAGCACGCATATGTAC
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ttcctttttctttctttgtaaactttttttagcagtttattttgtaaaaa
gtcaAAAGTATGATATAAAAGATAAAACGATACATCTACTAAATCTTAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000217:156061..165012- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00015842 ID=TCONS_00015842|Name=TCONS_00015842|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8952bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000217:156061..165012- (Clytia hemisphaerica)
TTATAGGGAAAAAAGTAATCAAATTGAAAAGGAAAAAACTATGAACCAAT
ATTTATTAACATAACACAAAAAAGGACAACACAATAGAGTCAGTTGAAGA
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TTTCTGGAATATTGGACGAGTTTAGGAAATAAAAAGTCATAAGGAGATAT
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ATTTTGAAAAATATTTCGTTTTTGGTGACATCCGTGTCAACTGGTGGTGA
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TTTATTGACTCATTTAAAAAGGACCAATCAAAAGATCAGCCTTTCTTTTT
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GGCCAAGATTTAGACTCGATGTTTTTCTATAAAAACGTGTATCTCTCCTT
AGTTTTTATTTCCAACAAGTGCTTTTCACAGAACCATAGGAAAGACATTT
TAGGTGTTTGACCTGGTTTGACTGCTTAAAAAAGCAGCATTTCTTTGTCA
CTAAAGCCGAGGACAATTTGGGAACGAACTGCGAAGATTTTGCATACTCT
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TTATAGCCTCATAGACCATAAATATTAGTTGTTGACTCACTCGACTGTTT
TTCTGAACTTTTAAGTGTTATTATCTTTTAAAGACTTATAACATTTATTT
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AGACGTTTGTGCCAATTGGGTAGGTATCGTCAAAAAGCTACCCTTTTTGC
TATGGGTAAGGGATATTTACACCCTATTTTTCACAGGTTTGCCTTTTGAG
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AAAAAAACGAACGCTTCTCTTCTGTTCTCTTCGAGAGATTAGAATTAAAA
ATCCCCTTATCTTATCGAAAAATTCCGTAATCCTATGTCTTAATATTTTT
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TTTTAAACCAAAATAAAACGGATCCTCTTTCTGGAGAAAAAAATGTGAGG
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AGTTCCTGGGTAACAAATGCGTCTATAGTTCAAAATGTTGAATAGACGAA
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AAACCAGCCTTGCTTTTCTTCTCTTCCATTGCATTTATTTATAAGAAAAA
CTATTAGTATGATTATTTCTTAAAAAAACTTATATAAACTCACTCTGGAC
CTTTGAGGTGTACCTACTTAATCCCAGCCCAATAAGGTATATAAGGTGTT
TGAAAGGCCAATAAGTTGTTTGAATGAACAATCTATTGTAATTATTTTTT
GTGCAGTATGTGCCACCTAGGCTCCGAAAGTTTTTGAGTAAAAAAAATTC
ATTCCCCCCCCCCCCCTTTTATGAAGAATTGCCTTTAAAATGTTCAGGAA
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TTTCATGAAGTTACTCATTTAAACTTCTTGCTGTTGTTTTGATAAAGCAA
AATTTGTTTTACCAACGAGCCGCCCCGGCAACAACAGCAATATACAGTAC
AGTGGAAATACAGTTGAAAATGTTTCAATTTGATTTTAGTAGTGAAAAAA
TGTTCTTATAAAAAAGCCACCCGTCAAGATGGTTTTAATTCTTTCTGAAA
ATGTATTATTTAGGCCCATTTCGAAATCTCCTCTATTCATTCTCTGTGTA
TTCATTTGATTGTTTTGTGGCTCTGAAAAACCCTCTGGGGAGATTTAACA
AACATCCAACAGCTCTGTTCGTTAGTGGGGTATTGTACATTACGTACGAA
AGCTACTCGACGTACAGTGAAAAAGAAAAATAATCAAAATAAAAACAGTT
TAACTATTTGTGTCAGTTTGGGAAATATGGGTCTGTTTTGAGGAAAAAGA
AGAAGAAAAAGAAAGAGAGAGAATTTTGAAGGAAAGGTTCCTACGTGCCA
AAAATACCAATTTAAAAACAAAGCGAAATTTCGAAATAACTTGGAGAAAT
ACGTTCCAACAAAAGCGGAAAATTACTGGGAAACTTGCTTAAATCGATTG
TAGTTGAGAAATCAGACATCGTTTTCTGGTATTATTTCTTTCACTGTCAA
GTGAAACTTTCGCATCTTCAAAAACATATTTTAATTTGAGAGAGAAGCGA
AACAACAAGATGGTAGCTTTGACAGAGAAAGAGAAAGAAGCTTTGGGAAA
ACATATTCGGGATGCTGAAAACTCTGATTCTGGGGTAATTTATTTTTCTT
ATGAATTTTCTCACATTTTACCAAAAATATGTCCGTCATTCAGATGTGAG
TCGCTTTAAAAAAGAAACTCATTTCAGTCATTACTTTAGAGTTCAGTAAA
TATTTTCGATTTAATTGTGGGTTTTAGTGTGCTTAAAAGGGCTCTGTTTC
AGTAGCGTGGTGGGTCGACCAAAATTCAGGCAAACTGGGGAGACAATTTT
AGAAGATTTGAATTTGGCGCCCCCTCTGAAAAATGAATATCTTTGTAAAA
ATTAGGCGAGTGAAGTGAGCGCGAAATTTTCGGGGTACTTTCTCTTTTTT
TTTTGGCTGAAAAATGCCATATCTAAGTTGTAAAAGAGCAAAGGGGCGCC
GAAATTAGTAATAAGAGGCGTCTTTTTGCGTCCTTTGTATTTCGGTGCCC
CCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGGCTGCTGGGGGACGGGCACT
GCCACCACGCTACTGCTCTGCTTAGAAAAGAATTTTCACCTCTGGATTTT
TGTGATTTTAATTTTGGTAAAGTTTGAAAAAGTAGCCGTTTTTTTTTCTT
CTTAATCATGGGGCTCATTTGAGCTGAGGCTGGGCACGCGCTTAAATTTC
TATTGTTTTATAACAATAGATCTTTGTTTTTCTATAACAGTAGATCTATA
GCTTTCAAGCCAAATCTCAGCCTGGCTATGCTTACAAGCGTGGTTATGCT
TAATAAAAAACGTGTATTCGTCTTTTCAGCCACTAGCAAAGCTTGTTCTC
TTTTTTTATAAAATTTTGCTTTCGGAATATTTGCTTGTGTGACCTTCCTG
GAAAGTTGTACAATACTCAACTTGGGCTCAAAAAAAATCTCTGAAAAGAA
TGCTCAAGCAATTGACAAGAAAGAGTTTTAAAGATTGAAATTTAACTATT
TCTTGTTTCTCAAACTTTCCGATGAGGGACCCTTTAAAGGGGGGGGGTGA
GATTGAAGTTTCACTTTTGTTAAAATCTCTTACAACCATGAGAATGGAGA
ATTTTTTGAAGCAAGTTCTCTCTCAACTTTTCTCTAGTTTAAATTATTGT
TCTCGCTCGAGCCAACATTTAAAGTTGTATTTACATTTCAAGCACTTGAA
AAATAATGAAGGTTGTTAGGTCACTATTTACATTGCTAACCAAGGAGTTG
AGAAAATGTTTATCTGTTAGGAGCTAAGCTATTCAACGGTCTATTCTTTT
TTCGTCGAGAGGAAATTTGAAAAAATAGCTTATTGGTGTATTAAAGCTGG
CGATTTTNGGCTGCTGGGGGACGGGCACTGCCACCACGCTACTGCTCTGC
TTAGAAAAGAATTTTCACCTCTGGATTTTTGTGATTTTAATTTTGGTAAA
GTTTGAAAAAGTAGCCGTTTTTTTTTCTTCTTAATCATGGGGCTCATTTG
AGCTGAGGCTGGGCACGCGCTTAAATTTCTATTGTTTTATAACAATAGAT
CTTTGTTTTTCTATAACAGTAGATCTATAGCTTTCAAGCCAAATCTCAGC
CTGGTTATGCTTACAAGCGTGGTTATGCTTAATAAAAAACGTGTATTCGT
CTTTTCAGCCACTAGCAAAGCTTGTTCTCTTTTTTTATAAAATTTTGCTT
TCGGAATATTTGCTTGTGTGACCTTCCTGGAAAGTTGTACAATACTCAAC
TTGGGCTCAAAAAAAATCTCTGAAAAGAATGCTCAAGCAATTGACAAGAA
AGAGTTTTAAAGATTGAAATTTAACTATTTCTTGTTTCTCAAACTTTCCG
ATGAGGGACCCTTTAAAGGGGGGGGGTGAGATTGAAGTTTCACTTTTGTT
AAAATCTCTTACAACCATGAGAATGGAGAATTTTTTGAAGCAAGTTCTCT
CTCAACTTTTCTCTAGTTTAAATTATTGTTCTCGCTCGAGCCAACATTTA
AAGTTGTATTTACATTTCAAGCACTTGAAAAATAATGAAGGTTGTTAGGT
CACTATTTACATTGCTAACCAAGGAGTTGAGAAAATCTTTATCTGTTAGG
AGCTAAGCTATTCAACGGTCTAATATTTTTTCGTCGAGAGGAAATTTGAA
AAAATAGCTTATTGGTGTATTAAAGCTGGCGATTTCATTTTCCATAAAAG
TCTTCATCCTTGAAAACCTTGAACTCGATTTGAATTCGCTTTTTAGACGT
CGATCATCACTGTTAAGATGGCTGTGAGTTTTTTTTATTAATTTAAAGGA
TACTCAGATTGTTGGAGATAAGACATAAAGATTCCTTTTATTGTCAAAAC
CTCGCAAAACCTCGCAATATTTTTGCCTAACTATTTTCCGAAGTCGCAAT
ATATGAGTTGCAAGTTTTTGTAAAACACTTCTACGTAAAGACTTTTAAAT
TTCAAATTGTGATATCTCGACTTTGGAAAATTATTTAGACAAAAATACAT
GGAGGTTTTACTCATCAGGACCACAGAAGGTTCTACAATACAAGCCAAAA
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TTCTTAGCATTCTAGCTCATTTTCTGAAAAATTTGCCTTGACGCATAATT
TTATACCATATTTATGCCTATTGGGTCATGGGGTACCGTTTGCCATGCTT
AGATAATAAAACCTTTTACTCTACGAGAAAGTGAAAAAAGTTGAGCAATT
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TCTTGAATAAAGAGGGTTTTAAGGAATCGAAAGTACTTCAATATTCGATC
TCTGGTGCGCAATAGGGATGAATCAAGTACCCTTATCGGCCCTTTTTACG
CCGGCCCTTTTTGGCGTTATTTTTGGGCTTGTGGCGTAATAAGGGCCGGT
GTTAAAAGGGCCGGCGTAAAAAGGGCCAAATTTTTGCAATTTTTACCTAA
AAGCAGCGTTAATTTTTGACAATTTTTTCTCAATTTAAAGGATTTTAGGC
ATGATTAAAGGATGAAAACTATCCATTTTTATATTCATATCCAAGACTTC
ACGAAAATCAATGATTTTCAATGGAATTTTCAACAGTTTGATACTGAAAG
ATGACATTTTAATGTAAATTTTGGCTAATACTTACTGTTTTGAAGCCTGA
ATAGCGATTTTTACAAGTTTTGGCGTTATTTATGGCCCTAATGGCGTAAG
CCCAAAATTAGGCTGTGGCGGAATAAGGGCCGGCGTAAAAGAGGCCTGAT
AAGGTAACTCTTTCTAGAGCCGTCGCAACCTTTTTAAAGTTTTGGTAGAT
TTTCTTCTTGCAGGATTTCTTCCTGGTGGCTTCACTTTAATTGTTTTTTG
TTATTGGGAAGATTCGTGATTCGTTTTTTTTTTACTCACCGTTTGAATCA
AATTGAAATTTAGCTTAGGGTGGTCTGCACTGACACTTTGATGGTGCGGG
GAGCGGAAGATGAGGAATTTCAAAAACCTATATTGTTTTATGATTTAAAA
AACCTATCTATATCCCCGATTTTTTGTTAAAAAACTGAATTTTTTTAGCT
AGAAATATACTTTGAAAACGGCTCTGGCCGAAACATGTTGGAAATTTCTA
GCATCTAATGGTATTTTTGTCTCGATCCTCCGTCCGATATATATATCCCC
GTTCCTGGTGTAATGTAGCCTACCTTCTAGGACCCCTTCTTAATACAACC
ATGAGTTGTCAGATCTTATTCTTATCTCTTCTCGTTTTTTTCATCAGGAG
GAGATGTCAGAAGACGCAGAACTCCAATCCAAAACCTTGGCAATGAGGAT
CCAGGGGAAAATTGCCAGCAAGATGTCAACCAAGGGGCTAGCTAAGCAGG
TGGTAGATGGCCCCACGTCAGACCTTATCGATGATTGTTACAAAATCGCC
AAAATTTATCTTGGGAATAAAAAAGACGCCGAAAAAGTGATGAAAAATAT
GATCAAGATTGTTGTGAAAGTTGCCATTTTATCTCGGAATAGTGTATTTT
CAGATGATGAGCTTATCCTGGTACGANCAAGATTGTTGTGAAAGTTGCCA
TTTTATCTCGGAATAGTGTATTTTCAGATGACGAGCTTATCCTGGTACGT
GATTTTCAGAAGAAATTTAAAACCATTGCAAAAACAATCATCAGTTTTTA
TGAAGTTGATTTCACATTCGATGCTGAGTATATGATCAAAATTATGGGTG
AGTCAAAAGAACTGTTAAAGAAATCTGTTAAGAATCACCTAACGGAGAAA
TCTTTGAATCGCATAGACAGTGTTTATACCGTGTATTCGAATGAAGCTCT
CCTCAGTGACGCGTTTACACCCGATTCAAAATACAGATCACATCTGGGAA
ATATCGTCAAAGGCCTGAATACGCTGATAGAACAGGGTGAGCTATGATTG
GTCGATACGGATCATGTGATTTTTACGTTTTTTCAAAAATCTTCTAATTT
TTTTCCGTTGTTTTTTTTGTGACTAAAGTATTATCTAATTAGGCTTCCTT
TTTAAAATAATGAAATTCCTTATTTTCTAATAGAAATTTTACGACAAAAT
GATGAACAATTTTTTTAAGACTATATGATAATAGTTACCTACTTATACAC
TGCTTGCCCCTTTCCTAGGAGATTTTATTGATGATTTTTAGGAATTTTTA
GAGATAGAAAACAAATTTCTTTTATTTTATTTGTGTATTATACTTTTGTT
ATATGGACATTTTTTGTAGCATAGAAGGTCGTTTCGTTTTTCTCCTCTTT
TAGTGCCAAACGTAATTTTTGCGTTGTGTTCAGGTGAGAAGCTTCTTAAT
TGGTTATCTCTAAATTTTGGGCTAGTTTTTCCTTTTTCGTAATACCTAGA
TTTTTACAATGAACTTTTAGAGATAAATTTCAATCAATCAATTGCCATAA
ATTTTTTTAACGGAAATCCTTTCTCGAAAGTTTTTTAATACAGGCAATGG
GTAATGAAAAAATATAATTATCACATAGTTCAAGCCACAGCCCCTTCCAC
ATGTCTCAGTTAGCTGTTGAGTCTGTAAACAAGCCCTCTCCCCCCGCCAC
TCTTCAGTGAACGTCCACGGACTAACTTAACCTTCTGCCCCCTGTTTGTT
TTCCCGCTCCTCCACTTATTTAACAACGTACTTACGCCCAACGTACGCCC
CAAGCACCCGTCCCTTTAACTATCTATCCTGCTAACCCTCGTGCATTAGG
TGTATTTTAGCATTTAGGTATTAGTTTATTTCGAGGGAAACTTATTTTTT
CTGTACTGTATTACGTTTACTATACCAATTTTTTTCTAAGCACGCATATG
TACTTTGTAATATTCATTACACTTTTTAATTTTTTGTCGTTTCTGTAATT
TTTTTCCTTTTTCTTTCTTTGTAAACTTTTTTTAGCAGTTTATTTTGTAA
AAAGTCAAAAGTATGATATAAAAGATAAAACGATACATCTACTAAATCTT
AC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1575043694:164669..165012 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1575043694:164669..165012 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1575043694:164372..164471 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1575043694:164372..164471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1575043694:156061..157765 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1575043694:156061..157765 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1510915933:164669..165012 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1510915933:164669..165012 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1510915933:164372..164471 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1510915933:164372..164471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1510915933:156061..157765 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1510915933:156061..157765 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1491911889:164669..165012 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1491911889:164669..165012 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1491911889:164372..164471 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1491911889:164372..164471 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00015842-exon-sc0000217-1491911889:156061..157765 | TCONS_00015842-exon-sc0000217-1491911889:156061..157765 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000217 | supercontig | sc0000217:156061..165012 - |
Blast
BLAST of TCONS_00015842 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TP8L2 (Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like protein 2 OS=Homo sapiens GN=TNFAIP8L2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 99.7525 bits (247), Expect = 2.352e-23 Identity = 49/122 (40.16%), Postives = 76/122 (62.30%), Query Frame = 3
Query: 726 KIVVKVAILSRNSVFSDDELILVRDFQKKFKTIAKTIISFYEVDFTFDAEYMIKIMGESKELLKKSVKNHLTEKSLNRIDSVYTVYSNEALLSDAFTPDSKYRSHLGNIVKGLNTLIEQGEL 1091
K+ +KVA+L RN F EL L F++K + A T +SF EVDFTF+A + ++ E +++L + V++HLT KS RI V+ +S+ LL+ + PD + HLG I GL L+++G+L
Sbjct: 65 KVAIKVAVLHRNGSFGPSELALATRFRQKLRQGAMTALSFGEVDFTFEAAVLAGLLTECRDVLLELVEHHLTPKSHGRIRHVFDHFSDPGLLTALYGPD--FTQHLGKICDGLRKLLDEGKL 184
The following BLAST results are available for this feature:
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