TCONS_00015220 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00015220
Unique NameTCONS_00015220
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3380

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00015220 ID=TCONS_00015220|Name=TCONS_00015220|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3380bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000205:139400..185551-

Legend: exon
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>TCONS_00015220 ID=TCONS_00015220|Name=TCONS_00015220|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=46152bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000205:139400..185551- (Clytia hemisphaerica)
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TCONS_00015220-exon-sc0000205-1510915933:139400..141037TCONS_00015220-exon-sc0000205-1510915933:139400..141037Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:185400..185551TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:185400..185551Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:163807..163935TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:163807..163935Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:151588..151625TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:151588..151625Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:141382..142804TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:141382..142804Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:139400..141037TCONS_00015220-exon-sc0000205-1491911889:139400..141037Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000205supercontigsc0000205:139400..185551 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.06925e-05 1.90817 6.60788e-07 0.00125723 15.8225 4.68657 0.762323 4.35235 1.69175 0.000522321 3.7911e-09 1.19607 1.88333 0.968939 1.91721 3.29454 4.86409 2.42024 0.0233508 2.57971 4.50342 5.53933e-07 1.91592 1.3981 1.03335 0.662801 41.5306 39.8922 23.2959 26.5386
Blast
BLAST of TCONS_00015220 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: EHF (ETS homologous factor OS=Homo sapiens GN=EHF PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 92.8189 bits (229), Expect = 4.497e-20
Identity = 44/97 (45.36%), Postives = 62/97 (63.92%), Query Frame = 2
Query: 1718 AKEKKRSKNNNCLHLWQFLRTVLEEEKDKPNRCIEWTNRERGEFRLIKTAVIADLWGQSKNRKCMTYEKMARAMRYYYKMKILEKVPHKRLHFRFGE 2008
            AK   +  N    HLW+F+R +L      P   I+W +R  G FR +K+  +A LWG+ KN   MTYEK++RAMRYYYK +ILE+V  +RL ++FG+
Sbjct:  195 AKCHTKKHNPRGTHLWEFIRDILLNPDKNPG-LIKWEDRSEGVFRFLKSEAVAQLWGKKKNNSSMTYEKLSRAMRYYYKREILERVDGRRLVYKFGK 290          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00015220 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
EHF4.497e-2045.36ETS homologous factor OS=Homo sapiens GN=EHF PE=2 ... [more]
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