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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00013905 ID=TCONS_00013905|Name=TCONS_00013905|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3147bp GCTGCAGGCAACAGGTTAGTCAGGCAGTGGAGTCAGGGAATTAAAataaa aaaacacaaaaaagaaaCACAAAAAATACAGAAACAATATTTACAATATT CGTCCGATACAATGCCAAGATGCCCACAAGGATTTTTAAATTTGCTATTT TAATCGTAGTACTATGGTTTATAGTGTTATGTTACCTTGGTCCGACCATG TTCCAGCTCATGGAAGACTCACGGAAAGCTTCAAATGAACTCAACCGTAT AAATAATGCAATAGAACAGTTAAAAACTTCGAATGCTAAAATAAGAAGGC AGTTAGAACCCTCGCAGCAGGGGGCTGAGCCCGAATCAACTGCAAAAACT TTGAGTAAAATAGATCGGTTAaatgccaaaattaaaaaagaacttTCAAG TAAACTAGAAAATGCTGAAGCAAGTATAACACAACTACAATCAGAACTTA ATAAAGCTAAAGAACTGAACAATAAACCAAAAAGGGGAAGTAATTCAGCT AATTACGAAATTCTTAGACGTCGTATAGGAAACCAAATTAAAgaaatgtg gtttttagtatcAGCTTCGTATTCCAAATTAATGAAAACACTACCAGAGA CAGCTAAACCAGGTTTTCGTAGCATGCTAGAGAGTTTCGGTGAAATTGAA CGAATCACTGAACACGATTTCCAGGAGCTGATATCAATGGACGGACAACA GTACCAACGAGACGAAACAGAACGTAAATTAAGTACACTAATACAAAAAC GTTTACATAAATTACAGAACCCTAAAGACTGTTCAGCAGCTAAGAAATTG GTTTGTTCGCTCACTAAAGGCTGTGGGTATGGGTGCCAAATGCATCATGT GTTATACTGTTTTATGGCTGCTTACGCCACCAAGCGGACCCTGGTTATCG ATTCTAACGGATGGAGGTACTCCTCCAAAGGTTGGAAGGCCTACTTCCAA CCGGTTAGCGATACCTGCACTCATTACGGAGACGCTGCTGAATGGTCAAA GAATCACGAAAAGGAACAAGTTGTTAATTTCCCGATCGTTGATTCTTTAT TCCCAAGGCCTAAACAGATGCCTCAGAATGTCCCTAAGGAGTTTTACGAA AGGATACGGCAGTTTCACGGACACCCGTTTGTGTGGTGGATTGGCCAGTt ttgtaaatatattttcaagtATTCGAAACCGATTCAAGAATTGATTgata agaagaaagaagaaatggGATTCCGTGGACCTATTGTTGGTGTTCAAGTA CGGCGTACTGACAAGATCAATACGGAAGCGGCTTTTCACGGTATTAAGGA GTACATGTATTGGGTGGAGCTGTATTACGAGAGATTGAAACTCCGTCAAT CGGTGGAAAAGAAACGTGTTTATCTAGCTACCGATGATCCGACTGTCCTA CCTGAAGCTAAACAATTGTACCCAGAGTACGAATTTCTCAGTGATAACGA TATTTCAAAGAGTGCTGGTTTATCGCAACGATACACTGATCTATCATTAC GTGGTGTTGTTACGGACATCCAACTGTTATCAGAAACTGATTTCTTAGTT TGCACTTTCTCCTCACAGGTCTGTAGGTTAGCGTACGAAATCATGAATTA TAAGCACACTGACGCATCTCAACGCTTCCGTTCGCTGGATGATATTTATT ACTTCGGTGGTCAAGAAGAACACAGAGTGCGCGCTTTATGGTCGAACGAA GCTAAAAGTCCGAGACAACTTAGTTTTGATATGGGTGATATCCTGGGCAT TGCAGgAAATCATTGGGATGGCCAAGCCAAAGCATTACATCATCGCTCTG GTAAAGAGGGATTATATCCAGCTTTCAAAGTTGAAGATGTTCATGATGTT GCTGATTATCCCGATTATTCCGATCTAGATGCAGAGACATAACCCGATTT TACCCCGCAAAAATCAAGGTATGACAGTCAGACAGTCAGAGACAGTCTTC GGTGGATGTATTAAAGAATAGACGGTTACAACAATATGTGAGATAACTTG GGTTATCCCTTTTTTGGTGCAAATTGAGTAGCCCGATATTACTGTGATAA TCTTGCTAAATGTTCGGTGCATCATCAAAAGAAGACACATTGCTACACAA CGAATGCTTGCTTCAATCGTTTTGATCTTGACGAGGAAAATCATTCCGGT ATTGAATTACCGTGATTAAAATTAATCTTTTGAGAGGTCTCTCTAGACTG TTTAACTGGCTTTCATTCTATGGTGTATTGCTGGATTTTGATGAGACGGA CTATCCACCAATACTTCAGATTGTATGGAGATATTGTTTGCGATGTATTA TTTATCAATTAACCATTCACTTTTTAGTACATTTGCCATGTAGTCTCCTC TAGTAGTACTGAGTACTGAATATTTTTGATCAGATTCGTTTATTATGTTG CcattttgactttgactttCAGACCCGAGTGAAGTGTATACTCATTCTGA ATAGGTCATTTTAAGACACTGGACACTTgaggtcataactcctgaccact ttgAGAGTCAATCAAGAAGATTCGGCTTGCTTTTTTGTAGCTGAATTAGC AAAATAAcgttgcaagtgacgtaaaatcagtcaatacgtcactttcaacc aatcagctgttgggtccgtggaagacattgcaatggtgcatatcatgaat actaaaatttgaaatgccTAATTGGGCGTTCTTATTGCTTAAGTttagct cattagtttttttatttttcgatttttttgtaGATATTAGAGAATAAAAT GTTAGGTTTTAAATTAGCAGTATttgtttgacaaaaaaaaatattctcca aTTTGTATGAATCGAAATTTTAGAAGTATTAAAATTGTTTTAGGACCAAA TATCTTTTTTATCAGCACATATATCATAGATTTATCATATATAtcataat ataaaaatgttATGTTATAAATATTGTagacttttataaaaaaaattatt agacGTTACTAGTTCATATACAAATTTTTCCGTCAAAGTTAAGTAAGTTT ATTTGACTACAActgaacttttcaaaaatgaaacattttttgattACAAT TACCtgttaaattattttgatgGATGCTAAGTGTTTCGAGAAGCAAacag tcaaaaagattttataatGACATCGATTGGTAAAATTACACGTGGAT Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00013905-protein >TCONS_00013905-protein ID=TCONS_00013905-protein|Name=TCONS_00013905-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=590bp
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CTGCTAATCCTTCACAGTGATTCTTTTATTAAAAACAGCCTTTAATTATA
TTAGAATAATGTTTCATAGGAAACCCTGTTGCTTTTAAGATAAGAAATCA
TTTCAGACTACTTCAACGTATGTATCTTGACTACTGCCTGAGGAACAAGG
GTTTCCTGTCTCCGGTCCTTGTGGCTGTTTGTTATTTATTTTACTTGTGC
TTCATTGATTCATTCGTTTTCACCTATAACTCTTTTAAACGCCGATCTAA
AGTCAGATCGTAGTCTAGCAAGCTAGACGACTAATTTATACATAGTAGAA
ATAAAGCAAAAAGTAATGAAGGGAACAATTTTAGTTTATACAAACTAAAT
CCCGTATTATTATTATTAGTATTGGTATTATTAGTATTACATGCATTATA
AACGACCCCAGTCCAGTCAGATCGTAATAAATGAGTTGTAGTGGTTGCAG
TCAGGCGAAGTGTCGAGTGGCTTAACTAAATAAACTCAGAAATTTTAATT
TCTAAACTTCTGATTTTTTTATGTTTAATTTTCTAGGACCACTATAGTTT
GGAGTTTGGCCAGCTCGAAGAAGATTATTTTGGATTTGAGTGCTTCGGGT
TGGCTTAGAATTATATAAATCAGAAGATGGCAGCAGTTTTAAAAATATGA
CGAAATGTCGCCATAAATGCATTGCTCTTCTTCTATACTCAGTGGAAGAT
TTTGTTTACAAAACTCAAGAAAGATCAGTATTGTTTGTTTGCAACTTGGT
TTCGAAAAAAATGTTCGAAAATGTTTAGAAATGTGTTTTCGTTGTTAAAA
TATCTGTTGGAAATGCTTCAGTGCGACTTGTTTTGGTTGAATTTTCATTT
TGATAATTTTTACTACTCGTGAAAGGAATTTATCGAATGGCAGATATTTA
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TGTTAGACATACATTAATTACAGGTAGGAAACAATTTTAATTGGTTTGAC
CTGCTCAGAAGATTTAAATTTTACTTTATTTACTTTAATTTATTCTCTCT
CTTTTCAGATAAAAAAACACAAAAAAGAAACACAAAAAATACAGAAACAA
TATTTACAATATTCGTCCGATACAATGCCAAGATGCCCACAAGGATTTTT
AAATTTGCTATTTTAATCGTAGTACTATGGTTTATAGTGTTATGTTACCT
TGGTCCGACCATGTTCCAGCTCATGGAAGACTCACGGAAAGCTTCAAATG
AACTCAACCGTATAAATAATGCAATAGAACAGTTAAAAACTTCGAATGCT
AAAATAAGAAGGCAGTTAGAACCCTCGCAGCAGGGGGCTGAGCCCGAATC
AACTGCAAAAACTTTGAGTAAAATAGATCGGTTAAATGCCAAAATTAAAA
AAGAACTTTCAAGTAAACTAGAAAATGCTGAAGCAAGTATAACACAACTA
CAATCAGAACTTAATAAAGCTAAAGAACTGAACAATAAACCAAAAAGGGG
AAGTAATTCAGCTAATTACGAAATTCTTAGACGTCGTATAGGAAACCAAA
TTAAAGAAATGTGGTTTTTAGTATCAGCTTCGTATTCCAAATTAATGAAA
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CGGTGAAATTGAACGAATCACTGAACACGATTTCCAGGAGCTGATATCAA
TGGACGGACAACAGTACCAACGAGACGAAACAGAACGTAAATTAAGTACA
CTAATACAAAAACGTTTACATAAATTACAGAACCCTAAAGACTGTTCAGC
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GGCCTACTTCCAACCGGTTAGCGATACCTGCACTCATTACGGAGACGCTG
CTGAATGGTCAAAGAATCACGAAAAGGAACAAGTTGTTAATTTCCCGATC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
| sc0000174 | supercontig | sc0000174:645395..662753 - |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: Molecular Function
| Term | Definition |
| GO:0005515 | protein binding |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
| molecular_function |
GO:0005515 |
protein binding |
Blast
BLAST of TCONS_00013905 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FUT8 (Alpha-(1,6)-fucosyltransferase OS=Homo sapiens GN=FUT8 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 508.064 bits (1307), Expect = 2.643e-167 Identity = 260/590 (44.07%), Postives = 365/590 (61.86%), Query Frame = 3
Query: 126 TRIFKFAILIVVLWFIVLCYLGPTMFQLMEDSRKASNELNRINNAIEQLKTSNAKIRRQLEPSQQGAEPESTAKTLSKIDRLNAKIKKELSSKLENAEASITQLQSELNKAKE-LNNKPKRGSN--SANYEILRRRIGNQIKEMWFLVSASYSKLMKTLPETAKPGFRSMLESFGEIERITEHDFQELISMDGQQYQRDETERKLSTLIQKRLHKLQNPKDCSAAKKLVCSLTKGCGYGCQMHHVLYCFMAAYATKRTLVIDSNGWRYSSKGWKAYFQPVSDTCTHYG--DAAEWSKNHEKE--QVVNFPIVDSLFPRPKQMPQNVPKEFYERIRQFHGHPFVWWIGQFCKYIFKYSKPIQELIDKKKEEMGFRGPIVGVQVRRTDKINTEAAFHGIKEYMYWVELYYERLKLRQSVEKKRVYLATDDPTVLPEAKQLYPEYEFLSDNDISKSAGLSQRYTDLSLRGVVTDIQLLSETDFLVCTFSSQVCRLAYEIMNYKHTDASQRFRSLDDIYYFGGQEEHRVRALWSNEAKSPRQLSFDMGDILGIAGNHWDGQAKALHHRSGKEGLYPAFKVEDVHDVADYPDYSD 1874
T +++ +LI+ W +L Y+G + + + +S EL++I +E+LK N +RR E + PE I R+ L+ +L KAKE + N K+ N ++EILRRRI N KE+WF + + KL + L G ER D L DG R++ + L+ L+Q+R+ LQNPKDCS AKKLVC++ KGCGYGCQ+HHV+YCFM AY T+RTL+++S WRY++ GW+ F+PVS+TCT WS + + QVV PIVDSL PRP +P VP++ +R+ + HG P VWW+ QF KY+ + +++ I++ +++GF+ P++GV VRRTDK+ TEAAFH I+EYM VE +++ L R V+KKRVYLATDDP++L EAK YP YEF+SDN IS SAGL RYT+ SLRGV+ DI LS+ DFLVCTFSSQVCR+AYEIM H DAS F SLDDIYYFGGQ H A+++++ ++ ++ + GDI+G+AGNHWDG +K ++ + G+ GLYP++KV + + YP Y +
Sbjct: 5 TGSWRWIMLILFAWGTLLFYIGGHLVRDNDHPDHSSRELSKILAKLERLKQQNEDLRRMAESLRI---PEGPIDQGPAIGRVRV-------------------LEEQLVKAKEQIENYKKQTRNGLGKDHEILRRRIENGAKELWFFLQSELKKLKNLEGNELQRHADEFLLDLGHHERSIMTDLYYLSQTDGAGDWREKEAKDLTELVQRRITYLQNPKDCSKAKKLVCNINKGCGYGCQLHHVVYCFMIAYGTQRTLILESQNWRYATGGWETVFRPVSETCTDRSGISTGHWSGEVKDKNVQVVELPIVDSLHPRPPYLPLAVPEDLADRLVRVHGDPAVWWVSQFVKYLIRPQPWLEKEIEEATKKLGFKHPVIGVHVRRTDKVGTEAAFHPIEEYMVHVEEHFQLLARRMQVDKKRVYLATDDPSLLKEAKTKYPNYEFISDNSISWSAGLHNRYTENSLRGVILDIHFLSQADFLVCTFSSQVCRVAYEIMQTLHPDASANFHSLDDIYYFGGQNAHNQIAIYAHQPRTADEIPMEPGDIIGVAGNHWDGYSKGVNRKLGRTGLYPSYKVREKIETVKYPTYPE 572
The following BLAST results are available for this feature:
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