TCONS_00013279 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00013279
Unique Name	TCONS_00013279
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	260

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000164:149176..155324+

transcript sequence

>TCONS_00013279 ID=TCONS_00013279|Name=TCONS_00013279|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=260bp
CCTCTTATAGTGTTGACACGTGACTTTTCGACGCGTGCGCAGTTCAATCG
AACGTGTTTACTCTCTTTACTGGTGCTCAAATTCACCCAATCATTGTGCT
CAAAAACTTACGTCACATCTTCTTCCAGGTCTTTGATCCTCATTTCTTGC
AAGTGCCATTTGGAAGAACCATCAGAATTTTTAACTGTTGAACCTTTCCG
TTCAGTGAGTGTGACCATGATTGTCTTCAAAGCAGCCAATGGTTTGCTTG
CGATTTTTAC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000164:149176..155324+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00013279 ID=TCONS_00013279|Name=TCONS_00013279|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6149bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000164:149176..155324+ (Clytia hemisphaerica)
CCTCTTATAGTGTTGACACGTGACTTTTCGACGCGTGCGCAGTTCAATCG
AACGTGTTTACTCTCTTTACTGGTGCTCAAATTCACCCAATCATTGTGCT
CAAAAATATACCTAAAAAGTGAGAATGTCGAAGGAAAAATATCAAcagga
aaataatcaaattaagaATGCAGCAAAACACTTACAGGTTATTGATATGa
atatgtttatgtttatgtttatgtttatgtttatgtttcttttctttaaa
gttgatgcaaagtagtacaatgtgtacttagctcgaggctaatcaatatc
aactattaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNATCATTACCTCTtagtattttagtttttatcggTGCTT
CAGCGTTTAGAAGATTTACTAcacttttcattttatgttcAAAGTTGCGA
TTCGACTCAAGTACTTGTgttaaatgatttttgaaaagatcttcGTTAAG
ATTTTTGTAGCATCTATATTTAATGGCTTTAGGTGgaccaaagaaatata
agtaGAGAGTGGTTTTTAAGACTCTTATTGTGATGTTGTGAAAGTCCGAT
AGGCTATTAGATACAGAGGAAGAGCCCTTAAAACTTCTTTGGTAATTTGT
TAGCATCAGATCAATTCATTTTGGATTTTCTGCGTTTTTGAAGCACGTAG
GTTCATTTATCAAGCTAGAAAGCTCCCTGCTAGCAAGAAACTCAGGCATT
TTATGTTTGTCGATTTCACAATTGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGTCACTCGGCGTGTCCTCTtccat
tttggttattttgagGTTGATGATGTGATTGAGTTGGTTTTGGTGAgctt
attttagtaaaaaatactGAGATTTCATCTATATGTATATACCATCTATA
TATACCttttatccccctaaactcgatccagtcctttttttacacctttt
tctattgtctataggtgcgaaaaaataaaaatgctatgTGATCGACCTTC
CATATTTTACactagcaagtttatgtatttgcactttaaAGGAAGGCAGA
GTGACTTAATTTATTTGGAAAAATCCGCaattctgacccgcaaaataaGG
ACGgtaagtgctgatttaccgtcttCCTCAGTCAGTNACCCGCAAAATAA
GGACGgtaagtgctgatttaccgtcgtcctcagtcagtcaggatgtagac
aataAGAAAAGCTCGCCGTCTCCgtcacagaaaaacacacattcATAAGC
TCGCTACTATCACAGGAAGAACAGAAAGACATTGCACTACCAAAGCTTGA
TAGAATCGACTTGAATGACGTCACACAACTAATGTCGCTATCACACTTAC
GTCACATCTTCTTCCAGGTCTTTGATCCTCATTTCTTGCAAGTGCCATTT
GGAAGAACCATCAGAATTTTTAACTGTTGAACCTTTCCGTTCAGTGAGTG
TGACCATGATTGTCTTCAAAGCAGCCAATGGTTTGCTTGCGATTTTTAC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_007418	XLOC_007418	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00013279-exon-sc0000164-1491911889:149176..149280	TCONS_00013279-exon-sc0000164-1491911889:149176..149280	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00013279-exon-sc0000164-1510915933:149176..149280	TCONS_00013279-exon-sc0000164-1510915933:149176..149280	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00013279-exon-sc0000164-1575043694:149176..149280	TCONS_00013279-exon-sc0000164-1575043694:149176..149280	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00013279-exon-sc0000164-1491911889:155170..155324	TCONS_00013279-exon-sc0000164-1491911889:155170..155324	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00013279-exon-sc0000164-1510915933:155170..155324	TCONS_00013279-exon-sc0000164-1510915933:155170..155324	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00013279-exon-sc0000164-1575043694:155170..155324	TCONS_00013279-exon-sc0000164-1575043694:155170..155324	Clytia hemisphaerica	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000164	supercontig	sc0000164:149176..155324 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	1.27983	0	0.0949287	11.5456	7.66442	7.09689	4.89285	6.47083	2.2272	19.7077	14.2033	4.36253	2.37561	3.56281	2.3368	1.8609	2.97372	4.18354	7.01972	0.0848998	4.68135	0	0	0	4.38488	2.68526	0	2.23114	2.4987

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00013279 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00013279 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00013279 (transcript) - C. hemisphaerica