TCONS_00012603 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00012603
Unique NameTCONS_00012603
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2093

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00012603 ID=TCONS_00012603|Name=TCONS_00012603|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2093bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000146:17394..38050+

Legend: exon
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>TCONS_00012603 ID=TCONS_00012603|Name=TCONS_00012603|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=20657bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000146:17394..38050+ (Clytia hemisphaerica)
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TCAGGATGTGATGTGTTTATTTCACCGAACGAGTTGGTGATGAAAGCTTT GCAGAACGTTTACCACGTGGACTGTTTCAAATGTTCTGAATGTGGTGACA AGTTAGAGAAGGGAGATGAATTTATACTGAAAGATAGCAAGTTGTATTGC AGTGCTGATTTTAATGTGGCTGACCCCAAATTTGACAGTAAGTCCCACAG AGTCCCATTATTATAAGTTCTAAACTATATTCGCCTTAAGTGCGTACTCT TTCTTGCCACTGTGTACTCGTTCTTGAATCGATTTAATTACGTTCCCCGC ATAAAAGCAAAAAGCAGTGCACATTTAAAATGGAAGGACTTTAAATATCG TTTCGTTGACGATACACGTGATAAGAAGGTATTTAggtagccaaaatatt aagaataagttaagaacattttatggctTTATAAGCTCTAACTAATACAc cgaatttcttaggaaattgcacaaaaataagaacatgttcagaatatttt taagcttaaaactcataaagttaagaacatcggaaggcttagaaaatgtt tggaaaatggAAAGTAAGTTATCCTAATAGGGTCTACTGAATTCTGAAAA ACTGAAGGGAGTTTTCATTGTGCcttaaatttcgaattttggtatTGACA GTTTTTGCTTCAATATGGCATCATCAGTAACCGCTGACATCTATTTTGAG TTGAGATTGCGACAAAAGGGTTTGATTTGAGCTACCCATAAGATATaagc ttacacgtttttttttttataagaacgtcaaaaattttcgaagccttcgg atgttcttagttttttggatttgaagcctaaaaatgttcttaaaatgttN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNcgaagccttatgttcttatatagtttgttcttataaaaaa aaaacgtgtatcagatTTCATGCAAAAGGCAAGGTCTCTTTTCTCTGTCT GATACCGATCTTTGTAAGTCAACTCGTGTTCATGATCTATTTATTGATAA AACTAAAACTTTGGAAGCAATTTCTGTCAACgaaatagtttatttttctc CTCCGAGAGATTATAGTGATATATTTACTTTGAAACAACTTTTGCATGTT TTAATGATAGAAACGAATATTTTCACTGCGAGGTTgttcaaaatgtacaa aattgaATGTAGTTTTTCTTCTATGACAGCAAAGTTAGCTTTtattcaat tcatgatatgcgccattgcaatgtcttctgacattacctCACGGACCcga tagctgattggttgtacgtgacgtaaaatcagtcacttgcaaccaatcag ctattgggtccatgaaatccattgcaatggtgcatataatGAATACACCT ATCCACCTTCAAATTCGTGTAGGGAGCCTGGGTTCCAGTTTATCAGGAAG ATGACGTCAAATTATCTGAAATCATTGACATTGCGTTAACATAAAAGGAC AAATTTCGACGTCATTTCCTTGTTAATTCATTACCAGACCCCTCAAAGGC CGACCGCACCGTTAAGGTTTGATATGTtaatattatttcaaaatattaca aatttttatttttcagttggTGACGTTTTTGACAGTGACGATTACGATAG TATGTCAACCATCAGTGCAGCAAGTCCCAACGGACAAGATAAACTACGGA ACAGTCAAAGTAATTGTAAACGACCAAGAACCATTCTGACGTCACAACaa cgtgaagattttaaagcAGCTTTTGAGCTTACACCGAAACCGTGTCGTAA AGTGCGCGAACAACTTTCTAATGAAACTGGACTCAGTGTTCGTGTGGTCC AAGTATGGTTTCAAAATCAACGAGCCAAGGtaactattttttttaaatac agttgactctcgctaattcgaactccgAACGGGAAATCTTATtttgttcg aataacagagagattcgaattatagagagtattttaagagggttttcTCC TTGACGTACTTGAAAcaagtttgaattatagaaagattcgaataatagag gttcgaataatCGAGAGTTGACTTCATCTTTATCGCCAGTTGCTTTAAAG CGTGCACCGTTTTTGATATCGTGTGGAATTGTGGAACCCATGTAGCAAAA GAGGATGGAATTTAGTTAAGTTTTAAGGAAACCCTATTATTATAagcata cagttgacgctctctaattcgacgttctactattcgataggctcccttat tcgatgaaatttaaagtccccgtcaacaagagactctcataaacgacgtt tccttattcgataagctcccttattcgatgaaattccaattccccttgaa gatcgaattagagagcgtcaactgtatttgtcCTTATCAGCCGTCGGAAA TGCTCGATGATGCAAAGTATCAGCACGATTCCAGGAAATTATCTTGATTC ACATTaaaagacacccctgtgtcacaggccCCCACTGGAAACTTAGAAAA AATACCCtgcaatttcagccccactgggaaattgacttttatttcatccc cgttcaaaattgactttgatttcatccctattCAAATTTCAATGTTTCCA AATTGCGCTCCAAAAAACCATGCCTATTGGAAtctttaaccttggaacaa tagaatttctatccccattagagtgtgcaaagccttaaaatcttcttaac ttttttgtcCATCAAAAAAGGTGTAGACTCAGGGTCAGGTTAATTTGAAT GTAACTGTAATATTAATTTTCgtcaacttttttattttttagttgaagaa gattcaaaagaaaacagATGGAACAACCGAACCGGCAAccgaaaaaatta agaaaacaaTTCAAGGAAAGGTTACCAAAAAGAAACGCTCTAAATGTAAG TATAATCTGTTTACCTTACAGGATGTTCGATAATTTTGAAATCCACTGTC AACTTTCATAAACggcgttctactattcgatatgctcccttattcgatga aagttggatttgaaaaatcgaattagagaacgtcaaCTATACAAGTAAAG TGTGATTAAATTACTCAACATTCGAAGAGTCAGGTTTGTCAACTTTCTTT GAAGAGTATATTCTAATTATGAACGTATTTTCATTCTACAGCAATATCAT CGGTGAAATCTGAATCATCGGCTGGTTCAAGTGAATACAACATAAACACC AACATTAAAACAGAAACAAGTGAATCCTTCCAATCCATCCTAGATAGTTA CAGCACCATGCATCAAATGTTGACTGACACTTCACCGAAAGATATGGATA CAAACAACAACACTATCACGATCAACACAACAAATTNACAGCACCATGCA TCAGATGTTGACTGACACTTCACCGAAAGATATGGATACAAACAACAACA CTATCACGATCAACACAACAAACTCAAGTCTTCTCAGTTGTGGTAGTAGT GATATCAGCTCCGGCTCATCAATGAACAATAGTCCTAACCTAGCGTACGA GCAAGAACACTCACCCAATGATTACCCTGGTATGCGGCCGCTCGTCAATC CATTCGCGCGTATGCCGAGCGACCTCTTACTACAGACGGCTAGTAACACA TACAACACATCAAACAACGCGGATAGCATGTTTGACAACACCTTCCCTGT CGCTTCTACAACTCATAACTCAACTACAACATCTTCATCTAGTCATTTTC AAATGATGCCACACCTTATGAACTCTTTTGtgtaaatatgaaaaatatcg TTCAAATAATGATCATGTACCGTGGATGGCTTAAGCTTATTTATTTCTCA TTAAACTTTcctatgcaccattgcaatgtcttccacggacccaccagctg attggttgaaagtgacgtattgaatGACTGATGTCATGTCAGAAGATATT GCAATTGTGCATATCATTAATTGCCGCTTTACAACAGGTGGGTACAGGTC AGTCCCAGTCCCAGTCCCAAGGCTGTTGTGTGTTGTCTTCGCTTCGTTGT CTTTGTACGCAGCAAAAAATACTATTGCTGGTGCGGTATGGCctaaaaaa acaacggaaagaTTCTCAAATGCGCCAGAAATGTTTCCTCGGGAATGAGT AAGTTTAGCCATCCTAGCACGGTATGTCTTAGAACGATGTTATGTATTTT TTAGCCCCCAATTATTTTTGACTTGGGTTACTACTATTGAGATTTTGAAT TTCACAAATGTTTTAACACTAGAAACTATTTTTTTGTCTTCTGTTTATTc gaagaaatatattttttattggaCTCATGTGATCCGATGAACTTAATAAT TTTGTGG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_007074XLOC_007074Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00012603-exon-sc0000146-1510915933:17798..17906TCONS_00012603-exon-sc0000146-1510915933:17798..17906Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000146supercontigsc0000146:17394..38050 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0.524426 0 0.0251037 3.53327e-08 0 0.000669983 1.67564 2.01916 3.32016e-05 8.87684e-08 0.449994 0.468572 0 0 0.295274 0.124951 0.0064147 1.5542e-08 1.25017e-08 2.03959 0.0349514 0.00788747 0.0188076 2.56168e-06 0 0.0329398 7.6832e-09 0.0116155 2.14543e-08
Blast
BLAST of TCONS_00012603 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: LMX1A (LIM homeobox transcription factor 1-alpha OS=Homo sapiens GN=LMX1A PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 223.787 bits (569), Expect = 2.169e-65
Identity = 106/221 (47.96%), Postives = 145/221 (65.61%), Query Frame = 3
Query:  195 CVACQSVITERFFLQINEKFWHEECLTCCVCNIGLKDVCFYKDGRIFCRSDYTRIHGCKCSGCDVFISPNELVMKALQNVYHVDCFKCSECGDKLEKGDEFILKDSKLYCSADF-------NVADPKFDIGDVFDSDDYDSMSTISAASPNGQDKLRNSQSNCKRPRTILTSQQREDFKAAFELTPKPCRKVREQLSNETGLSVRVVQVWFQNQRAKLKKI 836
            C  CQ VI +RF L++N+ FWHE+C+ C  C   L+  CFY+D +++C+ DY ++   KC GC   I+PNE VM+A ++VYH+ CF C  C  +L+KGDEF+LK+ +L C  D+       ++  P     D   SDD +S+   +  +  G  +        KRPRTILT+QQR  FKA+FE++ KPCRKVRE L+ ETGLSVRVVQVWFQNQRAK+KK+
Sbjct:   35 CEGCQRVILDRFLLRLNDSFWHEQCVQCASCKEPLETTCFYRDKKLYCKYDYEKLFAVKCGGCFEAIAPNEFVMRAQKSVYHLSCFCCCVCERQLQKGDEFVLKEGQLLCKGDYEKERELLSLVSPA--ASDSGKSDDEESLCKSAHGAGKGTAEEGKDHKRPKRPRTILTTQQRRAFKASFEVSSKPCRKVRETLAAETGLSVRVVQVWFQNQRAKMKKL 253          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00012603 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
LMX1A2.169e-6547.96LIM homeobox transcription factor 1-alpha OS=Homo ... [more]
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