TCONS_00010249 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00010249
Unique Name	TCONS_00010249
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2695

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000104:45726..66945+
coding sequence from alignment at sc0000104:45726..66945+

transcript sequence

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tcagtgaTAAAACAAAACAGGGAATAAAAACAATACTTTTTCAACCATCC
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GATGAACTAAATTACGATGGAGGTGCTGGTGATGTCAACATCGATGATGG
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CACTTACtcaacaaaaattattaaaaaaagtcatAGATCTTATCGTAAAA
CTTAGTTTACAGTCTTCTTACacaaaaaaaggttttaaaaatctt

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00010249-protein

>TCONS_00010249-protein ID=TCONS_00010249-protein|Name=TCONS_00010249-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=749bp
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VINTETEDTEAEGEMVNEILQHQDEESVDSEMMAIHHKLSKNDGAGDGKS
DDLKTLSEKESKKINFSKQISTIKDVSTDNENENSERTTIMVLDEGDEIE
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000104:45726..66945+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

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>TCONS_00010249 ID=TCONS_00010249|Name=TCONS_00010249|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21220bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104:45726..66945+ (Clytia hemisphaerica)
tcagtgaTAAAACAAAACAGGGAATAAAAACAATACTTTTTCAACCATCC
ATATCATGAACGTCGAAGATGATGGCTCGGAAGAAGGTGAACTCAAAGAT
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GTAACTCATCGTGATACTGAATGAATATTCCTGGTTTTTTTGTGAAGTAC
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AATCATACTCGTAGCCATTATTTGATTTAGTAGGCACTGTGgttttaaaa
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GTCTGGTAACTCTTTTATCAATTCCGTTCTTATCTTCAAGGCATTTAAAG
GTTACAGGCATGGTAGCTGAGCTGGAGCTCGTTCCAAACGCGGTCAAGAG
CGCTTTGAATGTTCCTTTGATAAAGGTGAACGGATTCCGTCTTGTCCATA
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ATGACAGTAGCCATGTAATAAGCCAGCCCTCGAAAGATGCCGGAGATATC
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CTGGTCAATTCAATTAGGAGATGAGCTTGCGTTCCCATAGCACCGAGAAG
GAGTCCGATAGCAATTGAAAAGACGACAATTCCAAGGATATTGGAACCAG
GTTTATAAGTAGTTTCACCAGCAATTAGGAAGGTCTTCAATGTTGCATTA
TTTGAGGAGGTGTTGGTTGTATTGGTGGTACTGATGGCGATTTCGTCAGC
TCCGGTGACTGCTTGTGCAATACATGCTTGAACGATGTTCTCAGGGAACA
CATTGCGAAAGAGATCCAAGATTGTGTCGATTGCACGTGCTTTTGGTCGA
TGGTCTGCATTATGTTGGAAGACTTTATCGCCAGCATAACTACCAGGTTT
GATGGTGACGACCAATAGGATACCGAGCGCCATAGCAAAACCAGTTGTTG
ACAAATAATACACAAGAGCTCTTCTCGTTAATCGCCACGAGGATTTTTTA
TCAAGGTCAGCGAATGCAATGATCAAGCTGGTAATGATTAAGGGTAGAAT
CAACATTTTGAACATGCGCATAAGAATTTCACCGGGGAAACCCagaaaaa
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ATCAAGAGACCAACCAAGAAGCCAAAGGCAACTGCCAGGAAAATGAACAC
CAATAATTTGTTGTCTTTCCAGAAGGATTTGATCCACGTCTTGATTGTAC
CAGCATGTGGATCGTTTTCTGGTTGAAAGCATGTTCCGTACGACGGGCCT
CCCAACAAATGACTGTTAGCCGTAGTATTTTCGTCTGGTCCTCTTGCAGC
AGACATACTCAGTAATGGTTACGAGTCTTTACCTAATAGACATAATAAGA
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TCCATACagagggggtggacgaaccttttcaagtcgaaacaaatttcttg
gaaatgtgtagataccccctggaaaattgcaaaatttgttaaaacacctt
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GTGGCAAgattccccccccccctagaatcAATGTTGATGGGTGGAAAGGC
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TAAAAGGATGTAACTATTATACATTATATGTTTTGCAGAAGCAAAAATGA
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AGGaatagaatcatgaaaaaattaCATTCTACCGAAGGCATTAGCAATTG
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000104:45726..66945+

>TCONS_00010249 ID=TCONS_00010249|Name=TCONS_00010249|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=24750bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000104:45726..66945+ (Clytia hemisphaerica)
ATGAACGTCGAAGATGATGGCTCGGAAGAAGGTGAACTCAAAGATGATGA
ACTAAATTACGATGGAGGTGCTGGTGATGTCAACATCGATGATGGAGATA
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AGTGAATGCGAAAATTGAACTTCAACCAAGTATtggttttgaaacttttt
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AGCCCGTTTAATCCAACACAACTTTGTGAAGAGAAACGATGTCCCATGTT
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TGAAGACGACTTATTGCATCCGGGCACGGAAGATGAAACCCGGTCACCCG
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


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The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


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Expression

Values :

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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR019535	ICE2_C

Vocabulary: **Cellular Component**
Term	Definition
GO:0008023	transcription elongation factor complex

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
cellular_component	GO:0008023	transcription elongation factor complex

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00010249 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00010249 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00010249 (transcript) - C. hemisphaerica