TCONS_00009077 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00009077
Unique NameTCONS_00009077
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1040

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00009077 ID=TCONS_00009077|Name=TCONS_00009077|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1040bp
GTTGTAGAGTGTGatcttttcattaaaatcgagaCGCCATTTTTGTTGCT
GTAAACATTCGATGCACCTGAACATGAATATCTCTAAGTAAGAAGCACGC
CGCGGCTGTTTTTACCTTACTCAATAAAGATAAAAATGTTCCGTGGATCA
TGTAATTGAAAATTTACTCTAAAAATAGATCACTTTGTGGAGCAATCAAT
CTGTCATGCGCGCCAAACTAGTCGTAATGGCGATCCGATATAACATAACT
TCTTCCATGCGTGAACGGTGAATGTGTGCATGGCTCAAAACACTTCACTT
CCAGTTCACCGCCTTCCTCTTCCTGCCATTCTCCCACCTTTTGGCCTTAC
GACCCCAATTCCTGCTTCATGACCATGGAACTTGGCTGCTGAAAAGTAAA
GATGGTTTCTAGCAACTCAAAATTAGCAATATCGTGATCTTCCAGAGAAG
AACAAcatttcctatctataaaagttgTTGATGTTGATGGAATGGAACAA
CGTCAAACATAGTTAAATATGCAAAGTTTGCAGACGAGAAATGACGATAG
TTTATATGGAGATGAACCTTTACTTTGATACTAGATGGATTCTAGTAACT
CAAAATTAGCAATATCGTGATCTTCCAGAGAAGAACAacattcctatcta
taaaagtaggttttcatatctttaacagttttgattcattttgaacagtc
tctttttctccattttaagttagaaagccaccccttttacaaatctgtat
gagaaaggcaactgcatacactttatCTGAAAGTACCAACACAAATTCTA
AAGCAAGTATCATTCTTTAACGAAAAaactataaacttttaaaacgacag
atatggtatgttgttgatgaaagggtgctaattttggtagattgtttcat
atttcccatgttcaaagtacgaaccgtggaaacttactctttcttactca
aataagaaacTGATCTTATTAAAccttaaacaatcttccaaaagcaatat
gttTCATATTCAAAAAGCAACTCAGCGGACGTCGTGTTAT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000090:541..11102+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00009077 ID=TCONS_00009077|Name=TCONS_00009077|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10562bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000090:541..11102+ (Clytia hemisphaerica)
GTTGTAGAGTGTGatcttttcattaaaatcgagaCGCCATTTTTGTTGCT
GTAAACATTCGATGCACCTGAACATGAATATCTCTAAGTAAGAAGCACGC
CGCGGCTGTTTTTACCTTACTCAATAAAGATAAAAATGTTCCGTGGATCA
TGTAATTGAAAATTTACTCTAAAAATAGATCACTTTGTGGAGCAATCAAT
CTGTCATGCGCGCCAAACTAGTCGTAATGGCGATCCGATATAACATAACT
TCTTCCATGCGTGAACGGTGAATGTGTGCATGGCTCAAAACACTTCACTT
CCAGTTCACCGCCTTCCTCTTCCTGCCATTCTCCCACCTTTTGGCCTTAC
GACCCCAATTCCTGCTTCATGACCATGGAACTTGGCTGCTGAAAAGTAAA
GGTAATTAATTCGTCTTTTGTGCTTTTACTGTGAGTGGTCATAAATGATA
AATCCGACAGCCTTGCCGCTGCCTAAGCTAAATCCGATGGagtctttcaa
agtcaaaaTAGCCAGACTACTTTCAAAGAtgcaaacaaaaataaaaacga
atCTTTCGCTGTGATACAATGAAGataaggaccctgccgacgcaacGGAC
TGTCCAGTgcatttgtccggtggcaaaagtatcctttcgccaCACCGGAC
GCAATTCCGGTGTCAGTCcagtgttgcatacagggaattctggacaccgg
acatttatgaaacaaaaaattaagaaacatcggacgcaccggactggtca
tgtcttGTGTTTTCATTGTCCGGTGGAGAAAAATATCCTTCCCCGACACC
GGACATcggacttccttaagtccggtgtagagattgtccggtggtaaaaa
aattctcattttacaccagaCATTTGCGTGTTCGATGtttgttaagtccg
gtgcgtcggcagggtccttgaagataccaaagtgtcaactaaactgagag
atttgatacactgaaccaaataacaataattcctttttttttacacaaaa
cataattttttgttacaaaattgttaatgttttaaaactagcaacagatt
cagaataatcAGTTTGTCAAACTAGTGTCCTGCCGAAATgggtatcaaag
attaatgctgtaAAAGCGCTATCGTGGTGCTTTCCGTAAATCTGAGAACC
ATTTTTAAGTTAGAAAGCCAccccttttacaaatctgtatgagaaaggca
actgcatacactttatCTGAAAGTACCAACAAAAATTCTAAAGCAAGCAT
CATTCTTTAacgaaaaaactaaactttTAAAACGACagatatggtatgtt
gttgatgaaagggtgctaattttggtagattgtttcatatttcccatgtt
caaagtatgAACCGTGGAAACTtactctttcttactcaaataagaaaatg
atctgttataaacctagattgtttcatatttcccatATTCAAAGTATGAA
CCGTGGAAACTTACTCTTTCTtgctcaaataagaaaatgatctgttataa
acctagattgtttcatatttcccatATTCAAAGTATGAACCGTGGAAACT
TACTCTTTCttattcaaataagaaaatgatctgttataaaccttaaacaa
tcttccaaaagcaatatgttTCATATTCAAAAAGCAACGCAGCGAACGTC
GTGTGATTGAGGCCCTGGAGTTTACGACATATCATAATTCAATTATATTG
GCATTTAACATTCTAATGAAAAGTTTCcaatatttgagttaaaatttttg
aagtccaATGCTTCTTTTTCCTATCTTTGTAAAANNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGATCTTCCAGAGAAGAACAAcattt
cctatctataaaagtaggttttcatatctttaacagttttgtttcatttt
gaacagtctctttttctccatttttaatttagaaagccaccccttttaca
aatctgtatgagaaaggcaactgcgTACACTTTATCTGAAAGTACCAACA
AAAATTCTAAAGCAAGCATCATTCTTTAACGAAAAaactataaactttta
aaacgaCAGATATGGTATTTTTTTGATGAAAGGGTGCCaattttggtaga
ttgtttCGTATTTCCCATGCTCAaagtacgaaccgtggaaacttactctt
tcttattcaaataagaaaatgatctgttataaaccttaaacaatcttcca
aaagcaatatgNCCCGACTTAAAATGAtattaaaaagtgaactttCCAGT
AAACATCTAATCAACGCCATCAACATGTGGGCAGTACCGGCACTGTCATA
CGGATTTCCAATACTAGATTGGTCCATAACCGAACTTGAAATCATCGACC
GAGAGACACGCAAGATGCTGCAATCGTTCCACGCAATGCACAGCCAAAGC
GACATAACGAGATTATACATCCCAAGAAAGGAGGGTGGTAGAGGTCTGAT
AAACTTAACTGAACACTTCAAAAACTCGATCATCAACTTCAGTACCTATT
TGCTATCAACCAATGAAGCCCTCCTCAACTTGGTTTCTGATTGGCAGACC
TCTAGAAACGCAAAATCGATACATGAAAGGGCGCAAATCTATTGCCAGGA
GCTCGAGTTTGAAATTGAACAAATGTCTACCCTCAACAAGCAACAAcgga
aaaacaaaattaaaaataaacgaACTGATATGAAAGTTGAAtttctaaaa
tcgaaaaatctccACGGGCAGTACGCTAAGCTTCTTGACGAACCACACAT
AGACAAACAAGCCTCGATGCATTGGCTAACTGCAGCTTCACTTAAATGTG
CGACCGAATCAGCCATATGTGCAATACAAGAACAAGCGATAACGACAAAT
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TATGTGTgcaaagtctagaaaaaaatatttatatttataaaattatttat
aCACTTCATCTGAAAgtaccaaaaaaaattctaaagcaagcatcattctt
taacgaaaaaactataaacttttaataggacagatatggtatgttgttga
tgaaaaggtgctaattttggtagattgtttcatatttcccatgttcaaag
tacgaaccgtggaaacttactctttcttactcaaataagaaaatgatctg
ttataaacCTTAAACAATCTCGCAAGAGCAATATGTTTCATATTCAAAAA
GCAACTCAGCGAACGTCGTGTTATTGAGGCCCTAGAGTTTACGACATACC
ATAATTCAATTATATTGGCAATTAACATTCTAATGAAAAGTTTGCAATAT
TTGAGTTAAAGTTTTTGAAGTGCGATGCTTCTTTTTCCTATCTTTGTAAA
AAAGTTCACTTGAAAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGA
TTTAATATTTTCTATGCTTATCGAGAATCATTCTGCTTTCTggcctttgt
ttttattttcatttaaggttgTTAATGTTGATGGAATAGAACAATGTCAA
ACATAGTTAAATATGCAAAGTTTGCAGACGAGAAATGACGCTAGTTTCTG
TGGAGATGAACCTTTACTTTGATACTAGATGGTTTCTAGCAACTCAAAAT
TAGCAATATCGTGATCTTCCAGAGAAGAACAAcatttcctatctataaaa
gtaggttttcatatctttaacagttttgtttcattttgaacagtctcttt
ttctccatttttaagtTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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tacTCTGATATTATCAACCTTGTGTGTGAAAGGATAGATGAACTGAAAAA
CAgtggaatttttttattcaaaaaaagattaaatattttctaTGCTTATC
GAGAATCATTCTGCTTTCTggcctttgtttttattttcatttaaggttgT
TGATGTTGATGGAATGGAACAACGTCAAACATAGTTAAATATGCAAAGTT
TGCAGACGAGAAATGACGATAGTTTATATGGAGATGAACCTTTACTTTGA
TACTAGATGGATTCTAGTAACTCAAAATTAGCAATATCGTGATCTTCCAG
AGAAGAACAacattcctatctataaaagtaggttttcatatctttaacag
ttttgattcattttgaacagtctctttttctccattttaagttagaaagc
caccccttttacaaatctgtatgagaaaggcaactgcatacactttatCT
GAAAGTACCAACACAAATTCTAAAGCAAGTATCATTCTTTAACGAAAAaa
ctataaacttttaaaacgacagatatggtatgttgttgatgaaagggtgc
taattttggtagattgtttcatatttcccatgttcaaagtacgaaccgtg
gaaacttactctttcttactcaaataagaaacTGATCTTATTAAAcctta
aacaatcttccaaaagcaatatgttTCATATTCAAAAAGCAACTCAGCGG
ACGTCGTGTTAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_005089XLOC_005089Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1491911889:541..941TCONS_00009077-exon-sc0000090-1491911889:541..941Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1510915933:541..941TCONS_00009077-exon-sc0000090-1510915933:541..941Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1575043694:541..941TCONS_00009077-exon-sc0000090-1575043694:541..941Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1491911889:9019..9090TCONS_00009077-exon-sc0000090-1491911889:9019..9090Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1510915933:9019..9090TCONS_00009077-exon-sc0000090-1510915933:9019..9090Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1575043694:9019..9090TCONS_00009077-exon-sc0000090-1575043694:9019..9090Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1491911889:10536..11102TCONS_00009077-exon-sc0000090-1491911889:10536..11102Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1510915933:10536..11102TCONS_00009077-exon-sc0000090-1510915933:10536..11102Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00009077-exon-sc0000090-1575043694:10536..11102TCONS_00009077-exon-sc0000090-1575043694:10536..11102Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000090supercontigsc0000090:541..11102 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.56299	2.16155	1.56813	1.19881	1.03023	0.61529	0.255025	0.626207	0.538755	0.145253	0.489733	0.782045	0.468864	0.840051	0.204293	0.173648	0.427839	0.256609	0.162603	0.284943	0.473115	0.290175	0.548496	0.386669	0.320862	5.85972	0.190705	0.374855	0	0.194146
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00009077 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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