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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00006041 ID=TCONS_00006041|Name=TCONS_00006041|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3552bp
TCCTCTGGTTAATGTATcccaaaaataaatattttctcttaGTCAAGATC
AATTAGGATCAAATAATTACAGTTAGAATGTTCTGTGCAGACTATGTCAC
TGCATTTGTTTATCATATGATTATGACAGGTGGTGCTGTCTGGCTATGTC
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aatGATAGTATTTTCTCTATTGCTGTTCAAAGTCTTGGTCTCAGCCAAAC
ACCAAGGCATGAGAGAATTGGTAATCAAACAGTGGACAAAAAACTGAACA
TGTTCTATCCAGTTTTGACAGGCAGTTTAGCAGGCCTGGCTGCATCTGTG
ACTTTATATCCTTTGGACTTTGTACGTTCTGGAGTTGTTGAACCAGGGTT
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TATTGCAAGATCGTACAAATAGCCCAAATCTCTTCTGCAAGTCTATTTCT
TGTTATTTCCTTGTTCATTATACTCATTATCTGGGTCTTCAAATTATATC
ATTCTTTCCTTCAAAGACTAATCCTTTACATTTCTTTATGCTCTGCAGTT
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ATTTTGTTTTGTGCAAGCTTTATcgatgcattatttttcttggGCTACTC
TTTCCTGGGTTATATGCACTACCATTAACATGGTTTTCATCTTACGCCAA
TTGAATACTGAGAAATCTGAAAGATGGTACCACCTATTTGTTTGGTTGAA
TTCCGCATTTTGGACCATTATACCAGCAGTTATcggtgattttggaaaaa
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TTATTCTGGTTCTAGTGGCTGTTATCCTTGGTCCATCCATAGGCACCTGC
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CAGGAAGTTCAAATCTGCTCTCCATACAAAGATTTTCGGTAAAAAATACA
AAGTGACCAGAGGTTTTGACCTGCCAAGCTATTATGAAGATGCTGCAAGG
TCCCCCAACGTCATGAGAAAAGGACCTCTTGTGtttcaaaataaactttt
tgatcaATCAGGTAATCGCGAATACATGGTCAAAGTTTGAGtaatacaaa
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TTGAATTGAATgcacttttaaaaatttgtacTAGTTTGTATGTCAGTTTT
ATTCTTAATTAGTCTCAATTCAAAGATAATATTTTTAATAGCTTCTTCAA
CAAAGCACTGATCCATATTCTGGTATATAATtcaaagttttcaccaaaat
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tgaaaccaatcaaaaaagaaaataaatagccgtgaaatgtttcatttttg
ttttattgcATCGCAAGGATTACTTAAGTTTGTTTCCTTTTATAAATATT
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CATCAAGATGCAAGACCATAGTCATACTACAATACCTGTTTAGTAGCATA
TCATTCATATGTTTACTATGTTTACTAGTCATGATAATTATGTTCAAACT
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TCATTATTCTGGAGCGTTATCCCATTTTTCGGTCATTTTTATGGACAAGC
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TTTTACATGATTTGCTGTTCTTCCTCATATGAGCAGGAATACACCTACAC
TGAGGGTGGTTCTTTCTTTGAGCAGCAACAAAGCCGCAGCAGacaccaat
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CTACCAATGTTGATTTACCGGATAGATGATGCAGTTCACCCAGATGATGT
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AACTAGGATTGTCCATAACTATGAGGTTGTAGATGGTGAAAGTTAGATAT
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gcCAACCTCTGAGCCGGGACTTCCAGACCATGTAtaatattcaattgaca
ttggttCCATCTAATTGTCAAGTTGCTGATGACCAATGTTTTTAAATAGT
TATCCTATTGTGGTAATGTTGTAGTGATTGTGCTTGTTGAAATTTTCAAC
CTTATACTGACAAACTACAAAGTAGCATAAAGCTAAATTTTTTAAGTTGA
TTGGGATTAATGCAGTATCATTTAATTGCTGGAAAggaattttttatatt
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CC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000062:43638..48981- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00006041 ID=TCONS_00006041|Name=TCONS_00006041|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5344bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000062:43638..48981- (Clytia hemisphaerica)
TCCTCTGGTTAATGTATCCCAAAAATAAATATTTTCTCTTAGTCAAGATC
AATTAGGATCAAATAATTACAGTTAGAATGTTCTGTGCAGACTATGTCAC
TGCATTTGTTTATCATATGATTATGACAGGTGGTGCTGTCTGGCTATGTC
AGCAAAAAACCAAAGATGATATACCTGACAACAACAATAAACTTAAATTT
AATGATAGTATTTTCTCTATTGCTGTTCAAAGTCTTGGTCTCAGCCAAAC
ACCAAGGCATGAGAGAATTGGTAATCAAACAGTGGACAAAAAACTGAACA
TGTTCTATCCAGTTTTGACAGGCAGTTTAGCAGGCCTGGCTGCATCTGTG
ACTTTATATCCTTTGGACTTTGTACGTTCTGGAGTTGTTGAACCAGGGTT
GAAACGTGTTTTATCAGCAGGGTCAACTGTGCCATATGCAGCAACATTAT
TTGGAGTATATTTTGGTTGTCGTGATCCAAAATCTACCTCATCGCAGTTC
AAATGGGCCATGGCAGCTTCTACAGGTGCTGTGCTTGCAGAAATGCCTTT
AGATTATGCAAAGCATAATATGATAGGGAGTACAAGAGTTATACTTGGTA
TAGGACTACTATATGTACCATTTGCTGGTTTTATGCTAGTCATGTACGAC
AAAGCATTACTCAAAATATTACATCCCTTTACAAAGGACAATGCTTGAAA
TTTTAGGACGCCTTTTTATTACTTTTTGAAATTTGACAGTGTGTAATATC
ATGAATACAGTAAATTTTAAAAATGTTTGTGTATAATATTGTCGTATTTT
AGAAAAGACATTTNGCATACTCTTCGATATTGACAGATTAAAGTTTTTTC
CTTCATTTTCATTCTTTTGAGCATAACTTTTTATCATCTAATTTAACCGA
ATTGAATAAATGACCCATCAAAATTTAAGTTTTAAATTTAAGTTTGTGGC
ACACCCAGTTTCTCTCATGCCTAAAGTTAGCACAAAGATGAAACTTTGCA
TAGTCCTCTGGTTAATGTATCCCAAAAATAAATATTTTCTCTTAGTCAAG
ATCAATTAGGATCAAATAATTACAGTTAGAATGTTCTGTGCAGACTATGT
CACTGCATTTGTTTATCATATGATTATGACAGGTGGTGCTGTCTGGCTAT
GTCAGCAAAAAACCAAAGATGATATACCTGACAACAACAATAAACTTAAA
TTTAATGATAGTATTTTCTCTATTGCTGTTCAAAGTCTTGGTCTCAGCCA
AACACCAAGGCATGAGAGAATTGGTAATCAAACAGTGGACAAAAAACTGA
ACATGTTCTATCCAGTTTTGACAGGCAGTTTAGCAGGCCTGGCTGCATCT
GTGACTTTATATCCTTTGGACTTTGTACGTTCTGGAGTTGTTGAACCAGG
GTTGAAACGTGTTTTATCAGCAGGGTCAACTGTGCCATATGCAGCAACAT
TATTTGGAGTATATTTTGGTTGTCGTGATCCAAAATCTACCTCATCGCAG
TTCAAATGGGCCATGGCAGCTTCTACAGGTGCTGTGCTTGCAGAAATGCC
TTTAGATTATGCAAAGCATAATATGATAGGGAGTACAAGAGTTATACTTG
GTATAGGACTACTATATGTACCATTTGCTGGTTTTATGCTAGTCATGTAC
GACAAAGCATTACTCAAAATATTACATCCCTTTACAAAGGACAATGCTTG
AAATTTTAGGACGCCTTTTTATTACTTTTTGAAATTTGACAGTGTGTAAT
ATCATGAATACAGTAAATTTTAAAAATGTTTGTGTATAATATTGTCGTAT
TTTAGAAAAGACATTTATTCAAAACCAATTTAGCCATCCATATTCGCAAA
AAATTATTGAAAATTAGCCTACCCTCCCTAGGGTAGAAATGCATCATATT
ACCCTTCATTTTCAGTCATTTGTTTGTTCAACTACAGTCGTCTAATGCAA
TCTAAAAATTAAGTAATTTAAGCGATTTCATATGATGCTAGTGGACTATC
ATTAATGGTTTAAAAAGATGTTTGTAAATATGCCTAAGAAAGAGGCTGAT
GAATACTTATATATAGGTAACAGACACTTGGCAGTGCAATACAAGGAATG
ATTTTGCGATAAGTTTCGAGATTCTCTTGCATAATACTATTTACCAACAT
ACCTTTTTATAGTAAAAGGACATTAGAAAAAGTGCTATCACGTCAATTAG
CATTTTACATTCAAATTATACAGGATACATTGTACCCTTTTAACCAATGA
AATTGCTGATATTTTTTGGCCACTAAGAGTTATAAAAAGTTACAGGATTG
TTTTTTTTATTATTTAGGCCCAAGAGTATGATGGAAATGAAACTCTCAAC
AAAGATATCAGTGGTTGTTTCTTATGGCCAGAACATGAAACATATTGCAA
GATCGTACAAATAGCCCAAATCTCTTCTGCAAGTCTATTTCTTGTTATTT
CCTTGTTCATTATACTCATTATCTGGGTCTTCAAATTATATCATTCTTTC
CTTCAAAGACTAATCCTTTACATTTCTTTATGCTCTGCAGTTCTTTGCAT
CACATTTCTTTTAGGTAATATCAACACTAATCATAATAATGCATTTTGTT
TTGTGCAAGCTTTATCGATGCATTATTTTTCTTGGGCTACTCTTTCCTGG
GTTATATGCACTACCATTAACATGGTTTTCATCTTACGCCAATTGAATAC
TGAGAAATCTGAAAGATGGTACCACCTATTTGTTTGGTTGAATTCCGCAT
TTTGGACCATTATACCAGCAGTTATCGGTGATTTTGGAAAAACTGAAATA
TGGTGTTGGATTACTATCCAGCATCCAATACTCAAATTCACTGTGTGGTA
TATTCCATTATTATTGGTCTGCATGCTGATGATTGTTGTTTATTGCTACA
TATTCTTCCATAACAAGAAAGTCAGTCGGTCAGCATCAACCGTTTATAGT
ATTGATAAATCTGAAGAGAAGCGCTTAAACAAACAAGAAGTTAAACCCCT
TATTGGATTTCCATTTATTTATATATTATTCACCATACCAATTTTCATTA
TGAGAATTCGTGAGACTTTCTATCCTGATGATTCACAAAGATTTATTCTG
GTTCTAGTGGCTGTTATCCTTGGTCCATCCATAGGCACCTGCAATGCTTT
AGCCTATGCCCTTTTCCATGGAACATTCAGAGCCTTAACATTCAGGAAGT
TCAAATCTGCTCTCCATACAAAGATTTTCGGTAAAAAATACAAAGTGACC
AGAGGTTTTGACCTGCCAAGCTATTATGAAGATGCTGCAAGGTCCCCCAA
CGTCATGAGAAAAGGACCTCTTGTGTTTCAAAATAAACTTTTTGATCAAT
CAGGTAATCGCGAATACATGGTCAAAGTTTGAGTAATACAAAATTTCAAT
TTGAATGGATATTAAGTAGAGCTTTTATACTTAGTTAAACGTTTGAATTG
AATGCACTTTTAAAAATTTGTACTAGTTTGTATGTCAGTTTTATTCTTAA
TTAGTCTCAATTCAAAGATAATATTTTTAATAGCTTCTTCAACAAAGCAC
TGATCCATATTCTGGTATATAATTCAAAGTTTTCACCAAAATGCTGTTAG
TAAAATGTATGTATGTAATGTAAAATTTTGATCATTTATATGTAATCTTT
AAAAGAGTTCTGGATAAATAGAATGTGTACTTTATTTTTATATCGCAGGT
AATTTTGTGTGAATCTAAGAGCAATTATTTTTATAATTATTTTGAAACCA
ATCAAAAAAGAAAATAAATAGCCGTGAAATGTTTCATTTTTGTTTTATTG
CATCGCAAGGATTACTTAAGTTTGTTTCCTTTTATAAATATTGAATCTGC
ATTGATTAAAATGATCTAAATTATACAATTTTGTTTTTAAGGGCTTATAT
ATAGTTAAAAAAAATAAAGATAGCAGCATAATTTAAAGATTCTACAACGA
TGTTGAAAAATTCAACATACTGTTTCTTCTGGCCTGATAACCCATCAAGA
TGCAAGACCATAGTCATACTACAATACCTGTTTAGTAGCATATCATTCAT
ATGTTTACTATGTTTACTAGTCATGATAATTATGTTCAAACTCTACAAAC
TGTTCGTGCAACGTTTAATTTTATATCTTTGTTGTTGCAGTCTGGTGAAT
ACTGCATTATACTTTGTTCATGTGGATAAAATTAGCCCTGGCAGTTGTAT
ATTCCAAGGATTTCTGAATCAATTTATGTCATGGACTGAATTATTATGGG
TTTGCGTTGTCACTGGTAATATCTTTTTAGTCATGCATGGATACCAGTTA
CAAAAATACGAAAAGAAAGTTCACCTTTTTGTGTGGTTGACTTCATTATT
CTGGAGCGTTATCCCATTTTTCGGTCATTTTTATGGACAAGCCGGAAGCT
GGTGTTGGATCAAGCGGGAACACACATCAGTACGGTTTGGTGTCTGGTAT
GTCCCTTTAATGCTGGTGATCTTTGTAATGTTGGCTATGTGTTTTTACAT
GATTTGCTGTTCTTCCTCATATGAGCAGGAATACACCTACACTGAGGGTG
GTTCTTTCTTTGAGCAGCAACAAAGCCGCAGCAGACACCAATCAGAAGTA
AGGCCCTTGATTGCGTATCCAATCATCTATTTTCTATTGAATCTACCAAT
GTTGATTTACCGGATAGATGATGCAGTTCACCCAGATGATGTTCCTGATT
ACACTTTAATGGTTTTGAGTGTCATTGCATCTCCACTCCTTGGTGCCTTC
AATGCTTTTGCTTTCTGTATTATTGAGGATACGTTGAAAGATTCATGTTC
AATAGCGGCACTCAGGAATATTCTTTGTTGCACTGGTGAAACAACTAGGA
TTGTCCATAACTATGAGGTTGTAGATGGTGAAAGTTAGATATCAATGACT
ATGCAAGTATTCTTGACTGTTCCATCATAGTCACTAGAATTATACATCAA
TCTGCACATACAAATTAATCATGTGACCAAAATAAAAAATCGGCCAACCT
CTGAGCCGGGACTTCCAGACCATGTATAATATTCAATTGACATTGGTTCC
ATCTAATTGTCAAGTTGCTGATGACCAATGTTTTTAAATAGTTATCCTAT
TGTGGTAATGTTGTAGTGATTGTGCTTGTTGAAATTTTCAACCTTATACT
GACAAACTACAAAGTAGCATAAAGCTAAATTTTTTAAGTTGATTGGGATT
AATGCAGTATCATTTAATTGCTGGAAAGGAATTTTTTATATTATTTACAT
CAATTTTTTAGTTACTTTTTAGTATTCATTTTTAAAGTATTTTTATCCCT
TTTTATAAATATTTTATAACAATATTTTATATGTTTTTGTGCCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00006041-exon-sc0000062-1575043694:48457..48981 | TCONS_00006041-exon-sc0000062-1575043694:48457..48981 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006041-exon-sc0000062-1575043694:43638..46664 | TCONS_00006041-exon-sc0000062-1575043694:43638..46664 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006041-exon-sc0000062-1510915933:48457..48981 | TCONS_00006041-exon-sc0000062-1510915933:48457..48981 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006041-exon-sc0000062-1510915933:43638..46664 | TCONS_00006041-exon-sc0000062-1510915933:43638..46664 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006041-exon-sc0000062-1491911889:48457..48981 | TCONS_00006041-exon-sc0000062-1491911889:48457..48981 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00006041-exon-sc0000062-1491911889:43638..46664 | TCONS_00006041-exon-sc0000062-1491911889:43638..46664 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000062 | supercontig | sc0000062:43638..48981 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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