TCONS_00005275 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00005275
Unique Name	TCONS_00005275
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2611

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000052:216690..226301+

transcript sequence

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GTGGGGTTagg

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000052:216690..226301+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00005275 ID=TCONS_00005275|Name=TCONS_00005275|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9612bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000052:216690..226301+ (Clytia hemisphaerica)
TGCAGCTGTCAATAGAGGCTTTGTACAACCTAAGAGTGGAAAGTTTGTGT
TAGTGGCAATTGGCAGGCAACAGATTGCAAAACCTATCACGCTAAAGCTG
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TTTATGGTTAGTGTGATATCATTATTTACTATACTTTTTGTATTATTATG
AACAAATATGTATTCCTTTTACGCGTGTTGAAGTCATGAAGACTTCACTG
TATCTTTTTAGTATATATAggcttttccgtctcaaaattctgcataattc
accagGATTTCAAGAATAAATACTAATTTGCTGTGAAAAACCATTTTCTG
TCTCAGACGAAAATCCTTATTTTGAACACTTAACTTTTAATTCTTGTAAA
CAACGTTcttattgttttttctttagGTCCAACAAACTTTTCACCAGTCA
TAAACAGTGCATCCAGGTAACTTTTATTCATGGCTTATTGTAGTTCCCAT
CGCATCAACAATTAATGCTTACTGATGACGTCCATcaataacgtaaataa
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GGGGGATATCGACATAAATCCAGAGAGGTCAGCCTTCTAGAAACCATCTC
CCCGGTGTTCTTGAAACAGATTCCTGGAATACTTAGCTCACTGAGTAATT
TCGACGGTGATTGGCTcataatgaaaaatgatttatttattttaatttct
ttttctcatGACAGGCAGCCAAGCTCCCGATGTCAATCATTATCGTAGGA
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CACCCACTGAACCCATATTTCTTTCTTGTACAACATTGTTCTGAAGGGAG
AAGGAAGTATGGCTTTGACCTGGAGCTGCTTTCGGTTGGATTTAACTCAC
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TTGTCAATCTAAtactctttttctcttttccagCGATGGAAGTTTTGGAC
GGGGATGATGTCCGCTTGACGGATTGTCGCGGAAGAGTTGCTGAACGAGA
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TACCCAAGtgattagcgagtttatgtatttgcactttttggGACGGTGAA
GTGAAAGAAGCAATTTGGAATAGCCTGCAGTTTTGACCTGCAAAATTGaa
gacggtaaaagtgctgatttaccgtcgtcctcagtcagtcaggatcttga
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tcggtattaaaAAGTCTGTTGTTAAAAAACATTTAGTTCTGATATTTTCA
TGTTATACTTTTCGTAGTTCGTGCCGTTCCGCGATTACATGAAGAACAGT
ACGTACGATCCAATGAGCGGCGTACGTCTTGCGAAAGACGTCCTTCACGA
ACTTCCTGATCAACTTGTTGAATCAATGGAAAAACATGGCGTCAAACCAA
ACCCACCGCCACCCGCTTACAGCCCCTGAGTTGAGAACTAAAGAGTTGAC
GTGGTAAACGTATGATATCGTGTATCAGCTGGTCGATGAACCAGTGCTTG
AGATCTCATCTTTCGATCGCCGATGGCAAGACCAGGAGGATTTCCACACG
CGAATATTTACATAACTTGCTCGAAACTTTCTTCGAAACAGCTCAGGATA
AAATGAAGTTGATTCTTGATTTCATATTTTGACAGCTTGATCATGGTGTG
TTCAGTCCTTGGTGACAAAGACATTTTAAGTGATCTCTATTATAAACCAA
ATTAAACAGGACTTTCCACGAAGCGCAGCtttcattgatttttatttact
ttttactgCATTTTTTCCTTAACCTTTTTCGTTTAGATGAAATCTagata
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tttgatataacattattttcagaaatgaaatgtttttgtaTGATAATACC
TGTAgatattttatataaaagatttaTTTGTAACATATTATAGCACTCTG
TACTGTTAAGTTTTTAACATTTATTATATACTTCTTATTTTGTACTGCTT
TAAGATTTTATGTAATATTTGTATgatattattattgttatacCAAATAA
AGTGGGGTTagg

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_003009	XLOC_003009	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000052	supercontig	sc0000052:216690..226301 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.62886e-07	0.685437	0.735344	0.114523	4.26891	3.69487	4.11837	3.98437	3.45296	6.20149	12.2686	2.53494	7.81147	3.87986	1.79701	4.48094	4.17121	5.04095	5.80071	6.57396	6.50851	4.19	0.618797	3.28717	5.10905	5.10216	11.2506	14.3147	4.99246	4.08371

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00005275 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CPNE8 (Copine-8 OS=Homo sapiens GN=CPNE8 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 590.112 bits (1520), Expect = 0.000e+0
Identity = 300/530 (56.60%), Postives = 401/530 (75.66%), Query Frame = 2

Query:  359 PQSKIELKISCRNLVDLDVFSKSDPFCVFYMQGATKGSWREIGRTEVIWDNLNPDFVKSFIVDYFFEEQQVVKFEIYDADSDSRDLSQHDYIGKLVTSVGSIVGENGGRIKHQLQNDKYTRKSPGTIIVTAEEVSSNKDVVTMQFCGKKLDKMDFFGKSDPFLTFERCSEDGSYSVVHKTEVIKNTLNPTWNAFTVKSQTLCNGDPQRTILVKCWDWERNGSHRIIGQFETTQNDLAGYGANRPSSFDLIHPEKKMKKK-YKNSGTIHILSCKVVQKPSFLDYIRGGLELAFVVAIDFTASNGDPRTPQSLHYSSPNKPSDYVQALQALGGVIEDYDTDKLFPAYGFGAKLPPNWNVSHEFALNFNPANPHCHGIDGVIAAYYNSIANVQLYGPTNFSPVINSASSIARQSMRQGITQYFXXXXXXXXXXXXMERTKEAIVEAAKLPMSIIIVGVGNADFDAMEVLDGDDVRLTDCRGRVAERDIVQFVPFRDYMKNSTYDPMSGVRLAKDVLHELPDQLVESMEKHGVK 1945
            P +++E+ +SCRNL+D D FSKSDP CV Y+QG     WRE GRTEVI + LNPDFV+ FI+DYFFEE++ ++F++YD DS S +LS+HD++G++  ++G IVG  G R++  +       K  GTII+TAEE++  +D V MQFC  KLDK DFFGKSDPFL F R +EDGS+++ HKTEV+KNTLNP W AF +  + LCNGD  RTI V+ +DW+R+GSH  IG+F T+  +L+  G ++ + +++++P+KK KKK Y NSGT+ +LS  V  + SFLDYI+GG ++ F VAIDFTASNG+P  P SLHY +P + + Y  AL+A+G +++DYD+DK+FPA GFGAKLPP+  +SHEFALN NP NP+C GI+GV+ AYY S+ +VQLYGPTNF+PVIN  +  A  S++ G +QYF+LLI+TDG+I+DM +TKE+IV A+KLPMSIIIVGVG A+FDAM  LDGDDVR++  RG+ AERDIVQFVPFRDY+  S    +S  RLAKDVL E+P+Q +  M   G+K
Sbjct:   22 PATRVEVSVSCRNLLDRDTFSKSDPICVLYVQGVGNKEWREFGRTEVIDNTLNPDFVRKFILDYFFEERENLRFDLYDVDSKSPNLSKHDFLGQVFCTLGEIVGSQGSRLEKPIVG--IPGKKCGTIILTAEELNCCRDAVLMQFCANKLDKKDFFGKSDPFLVFYRSNEDGSFTICHKTEVVKNTLNPVWQAFKISVRALCNGDYDRTIKVEVYDWDRDGSHDFIGEFTTSYRELS-RGQSQFNVYEVVNPKKKGKKKKYTNSGTVTLLSFLVETEVSFLDYIKGGTQINFTVAIDFTASNGNPAQPTSLHYMNPYQLNAYGMALKAVGEIVQDYDSDKMFPALGFGAKLPPDGRISHEFALNGNPQNPYCDGIEGVMEAYYRSLKSVQLYGPTNFAPVINHVARYA-SSVKDG-SQYFVLLIVTDGVISDMAQTKESIVNASKLPMSIIIVGVGPAEFDAMVELDGDDVRVSS-RGKYAERDIVQFVPFRDYIDRSGNHILSMARLAKDVLAEIPEQFLSYMRARGIK 545

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00005275 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00005275 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
CPNE8	0.000e+0	56.60	Copine-8 OS=Homo sapiens GN=CPNE8 PE=1 SV=2	[more]

You are here

TCONS_00005275 (transcript) - C. hemisphaerica