transcript:BL87862_cuf3 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL87862_cuf3
Unique Nametranscript:BL87862_cuf3
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL87862_cuf3

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Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at Sc0000810:8162..28157-

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>transcript:BL87862_cuf3 ID=transcript:BL87862_cuf3|Name=transcript:BL87862_cuf3|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=19996bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000810:8162..28157- (Branchiostoma lanceolatum)
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AGTTCAGTTCCTCACATCTTGACAGACATGCCCAAAACAAAATAGCAATT TGTAATGGAGGTAAAAAGCTGTTGAGCAGCATATCAAGTGCCGAAATAAA TGGTCCATTTTATTGCGTTAACGTCTTTTGACTTATTGTCAATGAAAATC ATTGCGACCTTATATGAGAAGATACATTGGACAATAAAACACTTTGCTTG ACCCTAGTGTGCAAGTCCCTTATTTAGTATTATCCAGAATGCCTNAGTCC CTTATTTAGTATTATCCAGCATGCCTAACAAATCTGCCAAGTAATCCATT CCATTCAGGGGACAGCGCAGTTAGGAAATTGTGTATCAGAGATAAGAGGC TGTTCTTCGTTTGTGAGNGGCTATCCTTCGTTTGTGAGGACATGGCGACA GATGTCTCTGGGTGATAAGCTTACAGGACACCCATTCGTGACATGGGGAC TTCATGGAAGGCTGTAAGATAATGACAGTTCATTTAGAGATCAAAGAAGA TATGCCATGTGTTTTAGATGAGTAAAAATCTATCTTGTTTCTAAAAATAC AGTAGGGGTATGTCACTAGATAGCTTTGAACAAGACTTGCAGCTGGATGT AAAAAATCTAGGTGTGATAGGTCCTTCAGTGTAATATAACCAGCTTCTGT CGCTGTGTGCCAGCAAAGCTGGTGTGTTACACTGAAAGGCACCATACAGT TAAAAGTTTTGGCATGTTTGGTCAAAGTAATATTTTTCAGAACAACAGTT TTATGGCATTCAATTCTACATATTTTCTCAGCACCCTACTTGTAAATTTC TAACTTTGAAAATAATGTGATAAAATCAGTGTTGGCTCTTTTATGATTTA TATGTTAGGGAATATGTGTGTATGGAGCGATAACGTTGAAGTTATTCCAC TGGCATACCAACTCAAGGAGGCCAGGTGACAGGTAGGGTCTGAATCTAGT TTGTGTCTATTTAGGACATACTGTAATTCACTTCATCTTTACGGTAGGAA AATTTCACAGCATAAGGAAATGGACAGTTTCACTGAACTTTAACTTCACG GAATCATAAGTAATCACAACAGGTTTTTCACGGCGATGATAAGTTCATGG TACAGAGGTGACCGTGAATACAGGGAACATAAAGTTGCAGTGAAAGAAAC AAGAATTACAGTATCCTTCCAAAGGATTTTTTCATGCGGTACTTGTCCAG TCCATTTGTGGTTTCACCGGAAAGCTGACCTTTAGAGCAGTTATCTATTC AGCACCACGGACAGGCTGACCTTTCGGTCAGTCATCAAAAGGTTTCTGGC CATCAAACTATTTTATGATCCAGTAAAAAGCTAGGCATTGACCCGTGAAT AATGTGCTTAACACCTGTTAAGGTTGTGTATCGTAAAATAATGTAATTAT CAGGGCAAATGGAAAGTGAAGGCTTAAGATTTGATATTGATGTTAAATGT ATGACTTATACTCAAGAAAGATAGTTGGAATTGGAATTTGCTGTAAAAGA CTGCATCCTGCATTGTCTATAGAGTATATGTTGATTGAGCAACTGATGGT TGTTATTTATAGGTTGATTTAGTTGTCTATTTATTTATTAATTGATTGAT TTTTTTCTGCTTTGGAACCCTTCTTCCTTCATGGCTTATAGAGCAAAGTT GTTGGTTGATTAACTTATTGATGTTTTTTTATTGATTTATTGATTCATTG ATTAATTGAATGCTTAATTTGTTCCTCCCACAGCTGCTGTGGAAGCCTGC CTCTTCCATGGGCTGAAGAAGAGAACCATATCCTTCCTGATTAACATATC AATGGTTGTTTTGACTGATTAATTGGTTGATTAATTGAATGATCAATTGA TTGATCGATTAATTGATATTTGATCTTATTTCCCCACAGCTGCTGTGGAA 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Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000810:8162..28157-

>transcript:BL87862_cuf3 ID=transcript:BL87862_cuf3|Name=transcript:BL87862_cuf3|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1506bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000810:8162..28157- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGATTTGGATTTGGAGTTCAGCAGAATTTGTGGCAACTGTAGATCCCAC
AGGACTTGTTGTTGAGCTTGGATTGCTTTTTGTGTTGCCAAATGAATCTG
ATCTTGACTTCGCAGATGACGGAAATGAGGCTTGGGTATCATTGGGCAGT
GTGAAAAATATGCCTACAGGACCTGTTGTTTGGTCAGCATTTCTTGCTGT
ATTGCCAAATGAATTACGTGTTGCGGATGAAGTCAATAAGGCTTGGACAT
CGACGGGCAGTGTGGAGATTGTGGTGCCTATAGGACCTGTTGTTTGGTCA
GGATTGCTTTCTGTGTTGCTAGATGAAGAAAACGTAGACACTGCAGATGA
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CTGTGTTCAAATGGCCAAATAAAGAAGAAGTTGATACAGCAGATGATGTG
GATGGGACTTGGATATCGGGAAAATTTCTGCCAGCTGCAGAGGCTACTGG
ACTGGACAAATTGCCGAATAAAGATGATGTTGACACTGTTGATGAGGTGG
ATGTATCAACAGGCATTGTTGAAAATATGGTGCTAACAGGACTTGTTGGG
TGAATGATTTGGATTTGGAGTTCAGCAGAATTTGTGGCAACTGTAGATCC
CACAGGACTTGTTGTTGAGCTTGGATTGCTTTTTGTGTTGCCAAATGAAT
CTGATCTTGACTTCGCAGATGACGGAAATGAGGCTTGGGTATCATTGGGC
AGTGTGAAAAATATGCCTACAGGACCTGTTGTTTGGTCAGCATTTCTTGC
TGTATTGCCAAATGAATTACGTGTTGCGGATGAAGTCAATAAGGCTTGGA
CATCGACGGGCAGTGTGGAGATTGTGGTGCCTATAGGACCTGTTGTTTGG
TCAGGATTGCTTTCTGTGTTGCTAGATGAAGAAAACGTAGACACTGCAGA
TGATGTGAATGGTGCTTTGATTTTAACAGAGTTTGTGGCAGCTGCAGAGG
CTACAGGACTTGCTGTTGGGCCTGAATTGACATTTGTGTTGCCAAGTGAA
GAAGATGACGACTCTTCAAATGTGGTCATTTGGGTTTGGATAACAATGGG
CAGTGTGGAAAATGTTGGAGCTGGAGGACTTGCTGTTGAGTCTGAATTGT
TTTCTGTGTTCAAATGGCCAAATAAAGAAGAAGTTGATACAGCAGATGAT
GTGGATGGGACTTGGATATCGGGAAAATTTCTGCCAGCTGCAGAGGCTAC
TGGACTGGACAAATTGCCGAATAAAGATGATGTTGACACTGTTGATGAGG
TGGATGTATCAACAGGCATTGTTGAAAATATGGTGCTAACAGGACTTGTT
GGGTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL87862gene:BL87862Branchiostoma lanceolatumgene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL87862_cuf3transcript:BL87862_cuf3-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BL87862_cuf3-E1BL87862_cuf3-E1-1564476830-499571Branchiostoma lanceolatumexon
BL87862_cuf3-E2BL87862_cuf3-E2-1564476830-499568Branchiostoma lanceolatumexon
BL87862_cuf3-E3BL87862_cuf3-E3-1564476830-499565Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000810genomeSc0000810:8162..28157 -
Properties
Property NameValue
Transcript idBL87862_cuf3
Biotypeprotein_coding