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Sequence
The following sequences are available for this feature:
protein sequence of transcript:BL87839_cuf0 >transcript:BL87839_cuf0-protein ID=transcript:BL87839_cuf0-protein|Name=transcript:BL87839_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=1144bp
MGGFDYVILIMITFCFQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMI
MFCFQCCSSDCPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRP
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RGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILI
MIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSD
RPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTED
ETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVI
LIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCS
SDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPT
EDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDY
VILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQC
CSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVR
PTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGF
DYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCS
QCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYT
VRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMG
GFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMF
CSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPW
YTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRG
MGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMI
MFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRP
PWYTVRPTEDETRGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDET
RGMGGFDYVILIMIMFCSQCCSSDRPPWYTVRPTEDETRGMGGF Run BLAST on NCBI mRNA from alignment at Sc0000094:349209..352698+ Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >transcript:BL87839_cuf0 ID=transcript:BL87839_cuf0|Name=transcript:BL87839_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=3490bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000094:349209..352698+ (Branchiostoma lanceolatum)
CAGTAGTGACCGTCCCCCGTAGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGA
CTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAACTTTC
TGTTTCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCC
TACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAA
TAATGATAATGTTCTGTTTCCAGTGCTGCAGTAGTGACTGTCCCCCGTGG
TACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGA
TTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTG
ACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGA
ATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCA
GTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAG
ATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATA
ATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGT
CAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGA
TATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCC
CCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGG
GTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCA
GTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACT
AGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTG
TTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTA
CAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATA
ATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTA
CACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATT
ATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGAC
CGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAAT
GGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGT
GCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGAT
GAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAAT
GTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCA
GGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATA
TTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCC
GTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGT
TTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGT
AGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAG
AGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTT
CCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACA
GAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAAT
GATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACA
CTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTAT
GTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCG
TCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGG
GAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGC
TGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGA
GACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGT
TCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGG
CCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATT
AATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGT
GGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTT
GATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAG
TGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAG
GAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCC
CAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGA
AGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGA
TAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACT
GTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGT
GATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTC
CCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGA
GGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTG
CAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGA
CTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTC
TGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCC
TACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAA
TAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGG
TACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGA
TTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTG
ACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGA
ATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCA
GTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAG
ATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATA
ATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGT
CAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTT Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000094:349209..352698+ >transcript:BL87839_cuf0 ID=transcript:BL87839_cuf0|Name=transcript:BL87839_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=3432bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000094:349209..352698+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAACTTTCTGTTTCCA
GTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAG
ATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATA
ATGTTCTGTTTCCAGTGCTGCAGTAGTGACTGTCCCCCGTGGTACACTGT
CAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGA
TATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCC
CCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGG
GTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCA
GTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACT
AGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTG
TTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTA
CAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATA
ATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTA
CACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATT
ATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGAC
CGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAAT
GGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGT
GCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGAT
GAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAAT
GTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCA
GGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATA
TTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCC
GTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGT
TTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGT
AGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAG
AGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTT
CCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACA
GAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAAT
GATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACA
CTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTAT
GTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCG
TCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGG
GAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGC
TGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGA
GACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGT
TCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGG
CCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATT
AATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGT
GGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTT
GATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAG
TGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAG
GAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCC
CAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGA
AGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGA
TAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACT
GTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGT
GATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTC
CCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGA
GGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTG
CAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGA
CTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTC
TGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCC
TACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAA
TAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGG
TACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGA
TTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTG
ACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGA
ATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCA
GTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAG
ATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATA
ATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGT
CAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGA
TATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCC
CCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGG
GTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTGTTCCCAGTGCTGCA
GTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTACAGAAGATGAGACT
AGAGGAATGGGAGGGTTTGATTATGTGATATTAATAATGATAATGTTCTG
TTCCCAGTGCTGCAGTAGTGACCGTCCCCCGTGGTACACTGTCAGGCCTA
CAGAAGATGAGACTAGAGGAATGGGAGGGTTT
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| Sc0000094 | genome | Sc0000094:349209..352698 + |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Transcript id | BL87839_cuf0 |
| Biotype | protein_coding |
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