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Sequence
The following sequences are available for this feature:
protein sequence of transcript:BL77390_cuf0 >transcript:BL77390_cuf0-protein ID=transcript:BL77390_cuf0-protein|Name=transcript:BL77390_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=105bp
MAHTILLVQPTGRPESRTYSDYETVTECMEGVCKIFEEHLKRVNPTSPSI
TYDISQLFDFIDQLADLSCLVFQKSTNTYAPHDKDWIKEKIYILLRKQAE
QARMD Run BLAST on NCBI mRNA from alignment at Sc0000413:59868..74248- Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >transcript:BL77390_cuf0 ID=transcript:BL77390_cuf0|Name=transcript:BL77390_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=14381bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000413:59868..74248- (Branchiostoma lanceolatum)
TGTAAACTCAAATCTCACCTCAGACAACGATATGGCAAGTGGTATGGAGC
CTGCCACGTAACAACCTACTAACATCGCAAGGGACAGCAGCGTGATTCCC
CAAACATCTCCGATCCACATATCCATGGCCATACTACAGGACTCGCTAGA
TCTTATTAAAAGCGTTAATAAATCCCTAGAGCTCTCTAAGTCAAAATAAT
CGGTCTAATCATGACACTTCTTCCCTGTGTCGAATCTTGACGCCTCTACG
ACAGCCAGGTTTCCCAGACTGCATCATTCTAGGACAAAGGTGAAAGGTTA
GTAAATAAACAAAAATATTTTTGATAGATGGTCAAAATTTCTTAACTATA
TCATAGATAAATAATATAATTCATTAACATAATGTTTTCCTTGTCATCTC
GCTGTCAGAAATCCGGTAAAGGGCGAATACTGCCCATATCAAATCAAAGT
TCGTAACCTTTGCCCCCTGAGGACGCCATAGTATGTGATTTTCATCGACA
GTTTGGAGATATCTATGGTCCTTTCTCCAGGTTTTCCGTAAATTGAGGAG
ACATTTTGCTGTCTGCTTCGATAGGAATGGTAAGGGAGATCCTTTTGGGA
TACAGTAGTAGATGATTGTGTTTTTAAAGACTGTGTGTAGAATGCACGAG
CCCCGCCACATGCACCAAACTGCACCTCCCTTCTTTACTTGTTGTCCGCG
GGTGGGCGGTATACGCGGTTTGGGTGGGCGGGTGATTATTTGCCACAAAT
CGTTGGCTCTGTCTGTGTGCGTCTTTTTTTCTTCGTTCTTGTTCGAGCAA
CACTAACGTTTTAGTAAAACTCACAAGCTTTCAAATGTCTATAATGTACG
AAAGCCCAATGGTACAATCGGTGTGTGAGTAGCGAACAGGCAGCGCGAGC
GTCGCGACACTGGCAGGCAGCGCGAGCGTCGCGACAACAGGCAGCGCGAG
CGTCGCAAAACTGGCAGGCGGCGGCGCGAGCGTCGCGACAACAGAGCAGC
GCGAGCGTCGCGACAACAGGCAGCGCGACGACGAGCCGTGGGACAGAGTT
CACACGATTGATTATGTAGTTCGGAAAACAGTTTTATAAATCAACTATAA
ACATAATCACATAATTGTCTTTGACATTAAACTTAACATACTTTATATTG
AACTTTAGATACCTAATGCTCCAATAAGAAGAGAATCGACAGCTATATAT
GACATTATAGATAGGTTTAGCTTGGATGCCAGCCCCCAAACTCTGAAAGC
TCTGAACCATCTGTTATGTAGTGATAACAAGGCTAAGAGAGGCACAGCCG
CACACACGGAGATGGACTTCAGACTGACTCCGGGCCGCATGGCCGGAGGT
TTATTAATCAGGGACAGTGCCCTAACTCGTCCCAGATGTCAATTGTGTCA
TCCCCCCATATTTGGTGAATACTACACATCTACTCAACAGTGACACTGTG
GATATTTTGGAGTTTGGGATAGTAGTAGACGGTTTATTGATAAAAAAAGA
GAAAACAGCATTGCAGTATAGAGACTGAATTGCGCCGCAGCTTACATTCG
CGTACATGCATACAGTAAAGTCGACACGATCAGAATACTATGTACACCAA
ACGTTAACAGTTCATACGTCCAAATAATCGTTGACTGATACAATTAAAAG
CTAGATTTCAGTTCGACATTACTACTACTAAAAGCAAGGTTAATGTCCAG
CCGGAATAACAGATCAGAGTTTTTGTCCGCCAAGAAGTTGCGCCAGTGCA
TGTTTGGCACTCGTGGTGTATCGTTTAGTACCTCTGGCTTGAGAGTACTG
GAGTGAGTTCCTCAGCAGCCTGCCGTGCTGTTCTCCCCGAGTCGGAGGTA
GCCAGGAACAGAAACGCGGCGAGTGACTCACTTTGTTAGCAAAGTTCAGG
CAGAGTTAGTTTCTGCGGTCAGCCAGAGTTTGTAGGATAGAACAAGGAAC
AACAACAACAAGAGCATTTTTGGATTTCAATTTGCCGGCGCGGCTTGCAG
CCAAGTGGACTGTCTTTGGTCACAGCGGCGGTTAAAAAAGTCCACCTGGC
TGCAAGCCGGCAAATTTAAATCCAAAAATGCTCTTGTTGTTGTTGTTCTT
TGTTCTATCCCATTGACATAACCTCTGACCTGTACGCGGGACCGTCCACT
GTACTGCAAAACCGGGTGTGAATGGATAGAACGGTAGCCAAGCCTAAGTT
GTTATCCTGGACGCCAGACCCCCAAACTCCAAAATATCCACAGTGTCACT
GTTGAGTAGATAGTTTAGAGCTTTCAGAGTTTGGCAGCTGGCATCCAAGC
TAATCTATAATGTCATATATAGCTGTCGATTCTCTTCTGAACTGAACTAG
GAACTCATAGGAAGAGTTCTAATTGGTATCTAAAGTTCAATATTTTATAA
AGTATGTCAAGTTTAATGTAAAAGACAATTATGTGATTATGTCCTGAAAT
AGAGAGAGGCCGGTATAGAAAATTACCTATATACGAAAGACTTTGTAAGT
GTTGTAATACAAATGCTGTGGAAGACGAAATACACTTTATTTCAAACTGT
TCATTTCATGATAATGCACGAAATGAGTTGTCTACTCAGACCACTAAAAT
CTATCCGAATTTCCCCAAGCTTACAGACAAAGAAAAGACTATTCTTCTTT
TAACTACCAAAAACCCACAAATTATAGAAAAGGTGGGACATTACGTCTTC
CATTGCTTACAAAAGAGAAGTCAAACCCTTCACTAGATATAGACACTTAC
ATTTGTAAAATTTAGATAAGCAGCTTTTATACTTATTTTGTACACTGTTT
TTTTTATGTATGTTATTTGCATTTAGCCTTCGGGCATGAATTTGCAATAA
ACTTATTATTTAGTTATTATGTTTATAGTTGATTTATCAAACTGTTTTCC
GAACTGCATAATCTAAAGTTACGTTTTCCGAACTGCATAGTCAATCGTGT
GAACTCTGTCTCACGGCTCGTCGTCGCGCTGCTCTGTTGTTGCGACGCTC
GCGCTGCCTGTTGTCGCGACGCTCGCGCTGCTCTGTTGTCGCGACGCTCG
CGCTGCCTGTGGTCGCGACGCTCGCGCTGCCTGTTGTCGCGACGCTCGCG
CTGCTTTGTTGTCGCGACGCTCGCGCTGCCTGTTGTCGCGACGCTCGCGC
TGCCTGTTGTCGCGACGCTCGCGCTGCCTGTTGTCGCGACGCTCGCGCTG
CCTGCCAGTGTCGCGACGCTCGCGCTGTCTGTTCGCTACTCACACACCGA
TTGTACCATTGGGCTTTCGTAATAATTGGCATCTGTGAAATACTTCGTGC
CCAAGAATGTGATTGAATATTTATTTAACGTTATATTTTAACACCTTCAG
CCATGTGTGCAATAACATAAATTATCACATAGGTAGATGGCGTCGACCAA
TCAGAAGCCACCATTGCCCACAATAAGTGGTCTGTTATCACGCCATAACA
CACCACTTATTGACGTCATGTCAGAACACAACCGTTCCATTTTGCAGAGG
GGGTATCTTTTTGATGAATCCTTTTCTTAACCTTGTTTAAAAAATCTTTA
TAACCGTTGCATTTTGTAGAGGGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ATAACGCCTGGTCATGTGCTATAACCACCTCATAAAACCGGTTTTATTCG
GTGGTTATAGCACATGGCCAGGCGTTATGACACCATATACACCTCGGGGC
GGGTCATTAACCCTTAATTATGAATAATATTCATTCATTATAATACCATT
GGAAGGTAGAGACATTATGGTGTCTGCTGTGTGTACGCAAGTGTTAGATA
TAAGAAATACAACTTTTTGAATACAATTAAAATGAATTTGCATACTCACA
TTGCCTCAATTCAAGCCCAAATACCACCAGGAGTTTCAATCTCATTGAAA
CCTCCTTGCAAATACATTAAGTTACTTATATAATCCAATGAGGCATTTTT
GAAGTGACCATATCATAACAATAATTTATATTTTCTGCTATCTTGACACC
TGACTGATATATGTTGATTAACCAGTACTAGTAGTTACATCGCTTTTGAG
TCAGTTCTTCGGATCCTTTTTTGTTTATCACNGGTATCTTTTTGATGAAT
CCTTTTCTTAACCTTGTTTAAAAAATCTTTATAACCGTTGCATTTTGTAG
AGGGGGTACCTATTCGATGAATCTTTTTCTTAACCTTGTTTAAAAAAATC
TTTATTGTCTTAGAATTCCTAAAAATTTCCTTAGAATACATGAAAAAGGG
AAAACAAATTTAAAATTCCCAAAAATGTTCCGCGTGTTCCATTTGCTGTT
GGCCAAAGAAACCACGTTCTATCTAAGGTTCCGCGCGTTCCATTTCCTGC
TGGCCAAAGAACCTGTGTTCTATTCAGGTTACCTGAGGTCATGTTGCAGG
GAGATTCTTCAATGATAACATTTTCTGACTGACCTGAAACCGACCCTCCT
ATCCTGTGTGGTTGAAATAAATAAATCAGGCAACAGTTGTACATATTCTT
CATCATCTTCTGTTAAAAAAGGACAAATGTGAATTCTGAAATGCATTCTT
AATAGTATAAGGGATCTATGCGTCAAACAGAAATTGTCTACTCTTATATG
CGTCAGTTTGGATAAGCTATATGATAATAACGTTAATGACCCGCCTCTTC
CTCGGTGTATATGGTGTCATAACGCCTGGTCATGTGCTATAACCACCTCA
TAAAACCACCTCGTTCGCTTCGCTCACTCGGTGGTTTTATTCGGTGGTTA
TAGCACATGGCCAGGCGTTATGACACCATATACACCTCGGGGCGGGTCAT
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CAGGCCCACACTATCTTGTTGGTCCAGCCAACTGGCAGGCCAGAGTCCAG
AACATACTCAGACTATGAAACAGTGACAGAATGTATGGAGGGTAAGTACA
GTACTGTATGATTACCAGACAAACATATGTCATTACATGACGTGATAAAT
ATGTTTAACAGTTACGTCTTCCTGTCATTGCCTTTCTGAAGATGCCATGT
ATTAAGTAATTTCAATTGATATTACATTATATATGACCAGTGTTTTGTTG
CTGTGCTGTTTACATTTTTGTACATAGATCCATCATAACCTTGCTATCTT
TGATACCTTACCTGTGCCAGGTGTGTGTAAGATATTTGAGGAACACCTGA
AGAGGGTAAACCCCACCAGCCCCTCCATCACCTATGACATCAGTCAACTG
TTTGACTTCATCGACCAGCTAGCAGACCTCAGCTGTCTTGTGTGAGTACT
GATAGCAAACTTTTGAATAGAACAGAAGGGCTCAAAATACCCACCTGCAA
TGTTACAATTATGGGGGGGGGGAGTTTGTTCTTTATAAGCTGCATTAGAG
TCTCCTTTAGAGACTCCACACTGTTTGTAGCAGGTCTCATTTGCAGTATA
AACCTTTAGTTTGGGGTGTTGTCTTTCCTCACGTAAAGGTAAAGCAGTCA
TTCTGAACTGATGAGGTGAAGCATGATGCTTTTTCAAATGGCTTTGTCAC
AGTGATATCTTTTGTCTCTCTTTCTGATTATTTGTCATGCATGTAGGCCT
AAAATCTGGTTGAAACCTCATGTTTTCATCCTTGATTTTTTTTTCCTTTA
CTGAGGCATGCTTCTTTATCTTTTGTAGCATGAAGTCAGAGACATTATAT
TAAACATGTTTTGAGTCTGTTTCCTGTTGTAGGAATTACCTGTTGTCTGT
GGTTCTTTTATGAAAAGGCCGAGTGATGTTGATGATATTTTTCTTGGCCT
AAAGTGTTCTGTCTAAATTCAAATTTCAACTTCTTACATATTCTTACATT
GCCTGATAGGTTTCAAAAATCAACAAACACCTATGCACCTCACGACAAAG
ACTGGATCAAAGAAAAGATCTACATCTTACTGAGAAAACAGGCAGAACAG
GCAAGGATGGACTGACACTGAAGTCATCTTCCCAGGACATTTTATCTTTC
ATACAAGTTGGATTTCTGAAGGATACAGTGATATTAATCACCAGACTTGG
GAAGGCGTGAACAAAACAATATTACCAAGACGACACTTAGTTTTGTTACT
CAGGTTATTTTACAGTTACTTTATGTCTTCAGCCCATAGAATTGTGCGCT
ATATCTCCCCAATGTTTTAAAATATTTTGGAGTTATAGCAGCGTGAGCTT
TAAATGACCTAAAGAGTCTGCAGTATGCCGATCAGGAGGCATCCTTTATA
GTTTTTTATTCAGGTTGTGACCTGATAAGCAATATTACAATTATACAAGG
GAGACCCGAGACAGTTGTATTGATGTACTATATTATTGGGTGTAGAGGTA
GTCTATACCGTGGGGATAAAGTAATGAATGCTCCAACATAAAGTAGTCAA
CTAGTGTACCAACTTATTATTCCAACTACTATATCAATGGCAATTTTGAA
GTACTTTTGAAGTACTGAAATCATTAAACTGTGGAGACATCTAGACATGG
TTACAAATTCTGTTGGTGTTTGCCTTAACATTGATCATAAAATCAGTTTA
GACCAGAGGCCTTTTTACTTCTAGTTTATTGTTACTCTAGTTTGTACTAG
AGGATGTTTATATCACATTTTATGGTTGTAGAAGATAGAAAGTCAACTGA
GAAAGAGAGAACTTCATTGAACATGAGGTGTCTCTACATTTGTATGTCCT
GTTATTTTAAAACTGGAATTATAGGAGTAGTGATAGATGATTGAACAACA
CAAGGTAACTGACACCAAGAAACGTTGCCATTTTGTTGGTATTGAGGAAT
TCAACATGTGATATATACAGGCTTATGGGGTTTTGTGTAAGATAAGGTAC
ATTGTAGAGAAACTGTTAGTGATAAATTTGCTCTCTACTTGATGATAAAT
ACACGTCAGTCAGTTTCATTGTCAACCATGTAATCAGTGAGTAGGACTAA
GACATGTAAGCCTTTATATGTATACATGGTTCAGTAGGTCTGTGGAACGA
ACGATTTTGGTATTGATGATTGGTTGTCTAAATTATGCAAAAAATTGCTA
ACATATCTGTGTTACACTGATTCTTTGTGCCTGGTTTCAGCTATAAACAG
GTCCATTTGTTGCGGAGAAGGTTTTGGAGTATTGCTGATACTTAACTTGT
ATTTGTTAATGTAGCCTTTGCTAGCAGTTCAGTTTACAAAGCATAGTAAC
TTTATATTCACCCAATGTTATTCAAAGGCACATGTTTGTGCAGTTAGCAG
GTTTGTATTTTTTAAATATTGTTCATTAAAATGTATGAAGTAGATGATAA
AAGAAATGTGTATGACGCCACTCAATCAAAG Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000413:59868..74248- >transcript:BL77390_cuf0 ID=transcript:BL77390_cuf0|Name=transcript:BL77390_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1272bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000413:59868..74248- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGGCCCACACTATCTTGTTGGTCCAGCCAACTGGCAGGCCAGAGTCCAG
AACATACTCAGACTATGAAACAGTGACAGAATGTATGGAGGGTGTGTGTA
AGATATTTGAGGAACACCTGAAGAGGGTAAACCCCACCAGCCCCTCCATC
ACCTATGACATCAGTCAACTGTTTGACTTCATCGACCAGCTAGCAGACCT
CAGCTGTCTTGTGTTTCAAAAATCAACAAACACCTATGCACCTCACGACA
AAGACTGGATCAAAGAAAAGATCTACATCTTACTGAGAAAACAGGCAGAA
CAGGCAAGGATGGACTGAATGGCCCACACTATCTTGTTGGTCCAGCCAAC
TGGCAGGCCAGAGTCCAGAACATACTCAGACTATGAAACAGTGACAGAAT
GTATGGAGGGTGTGTGTAAGATATTTGAGGAACACCTGAAGAGGGTAAAC
CCCACCAGCCCCTCCATCACCTATGACATCAGTCAACTGTTTGACTTCAT
CGACCAGCTAGCAGACCTCAGCTGTCTTGTGTTTCAAAAATCAACAAACA
CCTATGCACCTCACGACAAAGACTGGATCAAAGAAAAGATCTACATCTTA
CTGAGAAAACAGGCAGAACAGGCAAGGATGGACTGAATGGCCCACACTAT
CTTGTTGGTCCAGCCAACTGGCAGGCCAGAGTCCAGAACATACTCAGACT
ATGAAACAGTGACAGAATGTATGGAGGGTGTGTGTAAGATATTTGAGGAA
CACCTGAAGAGGGTAAACCCCACCAGCCCCTCCATCACCTATGACATCAG
TCAACTGTTTGACTTCATCGACCAGCTAGCAGACCTCAGCTGTCTTGTGT
TTCAAAAATCAACAAACACCTATGCACCTCACGACAAAGACTGGATCAAA
GAAAAGATCTACATCTTACTGAGAAAACAGGCAGAACAGGCAAGGATGGA
CTGAATGGCCCACACTATCTTGTTGGTCCAGCCAACTGGCAGGCCAGAGT
CCAGAACATACTCAGACTATGAAACAGTGACAGAATGTATGGAGGGTGTG
TGTAAGATATTTGAGGAACACCTGAAGAGGGTAAACCCCACCAGCCCCTC
CATCACCTATGACATCAGTCAACTGTTTGACTTCATCGACCAGCTAGCAG
ACCTCAGCTGTCTTGTGTTTCAAAAATCAACAAACACCTATGCACCTCAC
GACAAAGACTGGATCAAAGAAAAGATCTACATCTTACTGAGAAAACAGGC
AGAACAGGCAAGGATGGACTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| Sc0000413 | genome | Sc0000413:59868..74248 - |
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Transcript id | BL77390_cuf0 |
| Biotype | protein_coding |
|
