transcript:BL76610_cuf1 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL76610_cuf1
Unique Nametranscript:BL76610_cuf1
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL76610_cuf1

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Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at Sc0000030:2336897..2357991+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>transcript:BL76610_cuf1 ID=transcript:BL76610_cuf1|Name=transcript:BL76610_cuf1|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=21095bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000030:2336897..2357991+ (Branchiostoma lanceolatum)
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CCCAAAAAAGTGTCAAAAGTGAGTACCATTATAATCTTCTCATTGTTCAC AATGGTTCAATCAAGTCCTGTTTAGTGGTGTGCCAATTGTGGACTCCAAA GTACATTTGATGTATGAATGTATCAGGTAAACTAGCCTGAAATCCAGCCA CAGTAGCTTCATGCTGCGCCCCAACTAGTGCTGCGTACCTAAACCCCGGA CCTGAACTGGACTTGTATAAACGTCCAAAAGTCACACAAAAACTAAACGT CGGGATCCAAGTGCAAAAAACTATGTCTCGCTTTTATTCTCCTTTTTGTT CTTAACCATTAAAATCCTTCCATAATTCGTAAAATTTGTGCTCTAAAATA GACGAAAACATTGCTGTTTTGTGTTTATTACTGAGCTTTTGAGCTTACTA CTATACTGACTGCATATAATTTTGCATATATTTTTCAAACTCCATGTGTA TGTGTGTATGCCAACATGCAATTTTACATGTAACTGAAAAAGAAAGTATT TCCAGCACACATACATGTATGCCATGGGTTCAGGTTCCGACTTGTAAGTC CGGACCTGAAGCTGAACCTCCCGACTTGAATCCAGACCTGAACCTGAGAT TAGGTACACAGCACTAGCCCCACCTGATCTGTGATGCCAATTATTGACAG AAAGCTGATACAGTAGGGTTTCATGTTACAGGTTAACTGGCCATATGATC ACTAAAGGTGCAGTCACAATTGACCTAGGCCTTTGCATGATTTTAAGGTG ACAGTCGTAGAATTTTCAAGCTTAAGCTATGACATAACCAACCATTAAGA AGCATCTATTAGTAAGTGCTCAGTATGTTCCGTAAGAATAATTTTTTACG ACACATACACGACTCTCCCACGAATTCCTTCAGTTTGTGATCGTAGGAGA ATTGTACAACAGAATTGTGCCCAGGCCCTAAGGGGTAAGAGTTAAAAACT GTGAAATCTTCTTTCCTGAGATCTTTCTCAATACAAATGTCTCTGGTATA GGGTTTTGAGGGTATCAAATTAAAGTAGGTAATCGTACAGCATTTTTAAT TCATACATAAAAGACAACCTTAGCTAGGTTATATATTCACTTAAGTTCAG GTTTTAATTGTTTTATCCTTGATTTGCATACTCCTGAAGTGTACTCAGAT TAATGTTTTATTCTATGTTGTTGTGCCAGTTTGGTCAAAGAATTTTGCTG TATTGTAAACAAGCTGTTACAGTAGTACCAGTAGTATTTACCGATTGTGA CATATTAGATTGCCGTAAATTCTCATTTCAGATATGCTGATTTCATATTC CTAGAAATTATGCCAAAATCCCAGGAAATGCCATATAAGGATATAGTAAT GTGTGAAATTCATTGGACAATGTTGATGACTGTGATAAAGTGGAATATTG TCTTCACCTCTCAAAAGTTGCATTTTGCTTCAAAGGCTGCAAGTTGATTT TGTGTCATGATTTGGAAAAATATTGTGAAATATCAATCGGTGTATGGATG GTGTTTTTTCCTTCCAAAATGTGAAATGATCAAATATCTCTTTGTTTCCA TGGTCTGAAAAATGTTATTTACTTTAGCTATGTTCAGTCTATTACAACTT GTTTTACTCCTTAGTTTAGTTTTCTACACAGATTGCTATAGATATTGCAA AGTCTATCTACATGTACTTACAAGTTACATGTGCAGTATTTGTGTTTTTA GATAAAAAGTTTGTTCCATCCTATTAAACTGTATCCTTGTAACAGGTCAT AATGTTATATATTTTGTATATTCTTAAAGATTTCATACGTTTGAAATATT GCCATCTCAGAGAAATGTTTGTGCCATATATACAATGTAAGAACATGTGA GTCGACATAACATTATTTCATGTTTGATGTACATGTATGTGATTGACTGT AATGTCAACAGGGATTTTAAAAACTCTTTGAACACTATGTTATGTAGCAA AAGCTTGGAACAAAATTGTAACAATTGCATAACAATGTGTATTTGGTATT TTGAAGTAAGAATTGTAGAAGTTAGCTTATTGAGTACATTAAGTCACTAA ATAATCATGAGATATAAATATATTCAATTGTGCATTGCCACTAGGAATTA GCTTTGAAATTGTTAGGAAGGATTTTATGCTTAGCTTTTTCTAATTTTTA TATGATTAAAGTGCCATCATTAAGCAAGTTCTGTGATTACGACCATTTTT GTGTCCCAGAAATATGGGAGTCGCCAATAGCGTAGAAATCAGCTCATTAT TTTGAAAAATGTAGACCTGAAAAAACTGATTTATGCATCTGTTTCTGTGC CCCAGATGAAGAATGAGCGTGCCCAAATGCGCAGCTACTTTTCTCCCAGC GCTGTTTGACCTTGGTGGTTTATCACACAAAATGGAGTCCGGTGAGAAAA AGACTAGAGTGCCGCGACCTCAATATCAGTAAAGGTCACCGTTGTCCGGC CACATTTGAAATGGCCTTTTTGATGGACTACGGTTGCTAGACAGCGAACG ACACTTTTGATGCACACTATATGCAGAGCTAGATGGATACTCGACTAAAG ATATTATTTACAGCAGCTGAAATGGATTCAGGCAAACTTTTCTCCTTACA GATTTTTGGCGGTAAAACTAACCCATTCATTTTAGATTTGCTGCCACATT TATACTAGAGGTCGTGACAAATTTCTAGGGGCACTCTATACTTCATGCTA CTTTTACCCAGTCGTAAGAAACACCATCAATTTCAATGTCAATTGGGGCC TATGAGGCTATGAATCGATACACGTTGCAACCTTGCAAGGACAACTGCAC CCTATACAATGAAGAAAAATTACCCTGGGCGTTCGAGAGAGTGCTTTTAG TTTGCCTACAGACGGTTACATGCATTTTCTAGGATGTATGAGATGAGAGA GTGCAATTGTTGTTGGATGTTGCCGTGACGGAAAATTACTAGCCTCAAAT AAATCAAATGTATCAAAGCCTAGGTTAGGGCCCAGCTTACAATTTTGTAT GGAATGCTTGTTACATGAATATTTTGCAAGTCATATGAACTTTTG

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000030:2336897..2357991+

>transcript:BL76610_cuf1 ID=transcript:BL76610_cuf1|Name=transcript:BL76610_cuf1|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=678bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000030:2336897..2357991+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGCCAGGCAATCACAGTCAAACGCTGAGGCTGACTAACCAATCACCCAT
CACCGACTTAAACCAGATCCATTCTAACTACCGGACCGTGACGCTGACGG
GAACAATCACGCGCGGCAAGAAAAGGGGTCAAATGGTCGACATTCAACTT
GACCTAACAGATAAAGAAATTGCAGAGCTGAGCACGATAAGTGAAGAAAA
AGAAGAGGAAGAAAACGCCCCAAAAGACGACTGTATCTGGGGTGTCAACA
AAGGCATCCATATTTTCATATGGAGTGTGCTTTGCTTTCCTGTAGTGTTT
GTTATCGCGTTTTTCGTTGCGTTCTATTATGGGACAATCACGTGGTACAA
CATATTCCTTCACTACAACGAAGAGAGGACTTTTCTCCATAAGGTCAGCA
TTTGTCCCTTGCTGATTTTGTTCTACCCCATTTTAATCGTAGTCGTGTCT
CTCAGTCTCGGGGGATATTCTGCGTTTGTCCAGTTGTCATGGTACTGCGA
TAGTTGGCGCGAGGACGTTGGCGACTTCGAGAAGGGTTTCTTTGGATGGA
TGTGCAGCAAGTTGCGATTGGACAGTTGTTCGCCATATGATGTTGTGGAA
CTGACGACGCCAGAAGGCGAAACCTTAGCGCAACAAGACCCAGCAAGCCC
ACCTCCACACTCTGAATCTACGGTGTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL76610gene:BL76610Branchiostoma lanceolatumgene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL76610_cuf1transcript:BL76610_cuf1-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
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BL76610_cuf1-E1BL76610_cuf1-E1-1564476830-177211Branchiostoma lanceolatumexon
BL76610_cuf1-E2BL76610_cuf1-E2-1564476830-177213Branchiostoma lanceolatumexon
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BL76610_cuf1-E4BL76610_cuf1-E4-1564476830-177219Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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Properties
Property NameValue
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Biotypeprotein_coding