transcript:BL76549_cuf0 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL76549_cuf0
Unique Nametranscript:BL76549_cuf0
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Full-screen view
Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL76549_cuf0

>transcript:BL76549_cuf0-protein ID=transcript:BL76549_cuf0-protein|Name=transcript:BL76549_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=119bp
MFKDNKIQQAPQVLPPNNPTEGMAQNGGIELSRQNGDHHVEEARPEEQRT
SHCHRRNKILYSIAGVVIIGVLIAVPLSICLPVGGCPPPSGTAVPIVQTA
SDGTTTHVLIDLPPTPIMV
Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at Sc0000025:2844722..2853470-

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>transcript:BL76549_cuf0 ID=transcript:BL76549_cuf0|Name=transcript:BL76549_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=8749bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000025:2844722..2853470- (Branchiostoma lanceolatum)
CGTCATTACTAACGTAACCTCTGTACTTTTTCTCGTGTGTCACAGTGTTC
CGCTTTTGACGTCTATTTCTGGTGTTGTATGACAAAAAAGTTTCCACTTC
ACATCGCAGCTAAGGGATTCATATGAGTACTGCGTAACGATTCTGGAAGT
AGCTTTTCTCATTTCGAGCTGTGAACTCAACCTACTGTATCAACATAACA
TTCGGTAAGTTCAGTATGTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNGTGTATATTTACTTTTGGCGCTAAACAAATATGCAACGACT
TTGTACTGTGTTTACTGTGAATATAAGTTTATTGGGATCGACTTGATTAA
TACGGTAAATTTCCTAAGAAGAATGGCGAGCTGGCACTATGATAAATTAC
AGACCTTTATCAGATGGCAATTTGTAGTTTTGACTATCCAAAAGAATAAC
CTATTTGTAAGGGATATTGTATTTCGACTTAATCAATATTTCTTAATGAT
GTGTGGAACATGGCCCGTGGCTATTACAAAGGGCTAGCCCTGAAATAAAC
AAATAGAATGTGTGGAAAATACCATAGTATGACGACAACACTTTACAACG
ACTGCAAAGTCATATCAGCCCTTTATAGGGGAAAAAACAAAACGTCAGAG
TCATGGCATGGAAATACCCGGGCCCTTACGTCATCGCGAGTGACGTCATT
ACTAACGTAACCTCTGTACTTTTTCTCGTGTGTCACAGTGTTCCGCTTTT
GACGTCTATTTCTGGTGTTGTATGACAAAAAAGTTTCCACTTCACATCGC
AGCTAAGGGATTCATATGAGTACTGCGTAACGATTCTGGAAGTAGCTTTT
CTCATTTCGAGCTGTGAACTCAACCTACTGTATCAACATAACACTCGGTA
AGTTCAGTATGTTTCTATATGGTAGGCAGGTTGTTACCTGTTCACAATAC
TTTGATCCGCAGACTGTACCGTCTGATGGAGGTGTGGTGAAGTTTAATTT
CATAATATCGGTAAATTCTTCATACTACAGTATCGTTTGGTTACGAGGTA
CGACCCTTGTACTTTGTATATTTTTTCACTACTAGCTTGTACTTGTTTAC
AAGCTACCGTGAAATGCAGTTTCCGTAACGCATACAGTATTGTATCATAA
TGTTTTAAGCCATGGTAGCCAAGTGTTGGTGCGCATGGTTCGCTCTGAGT
TGAACTTCAACACGACAAAAAGAATACGTGTAGTTTTTAAATTAACAAAT
ACAATAATGCACTGTATGTTTAAGTGGTCTACACAGCCACTAGAGACGTC
AAAAACCGTTATAACACGGCGAGTTTACTGGGTGTAGTTGCCTTTCCCTA
GTGCATAATACTAAAACGTCAAAACTACACGAGGATATTTGTCAACAAGT
TCCCTTCAGAAAATACGTGTGAATCTGCATGGTAGGCTGTACATAGGTGT
TTTTTTGCCTTGAAAAATCCCAAATACCACGTTCGGTTACACAGCGCTGT
GTACAGCAAGATGAACCCGGAAGTAGCATAACCTGAATACGCAAACATTT
GAACACCGTTACACAGGGACTAAAATTTGCTTACAGCCAGAAAAAAAACG
TTACGCGTCAAATATGTTGCACTTGCTAGATTACATATACACAATAGCTT
ATGGATGATAATGTAATGATGATATAAGAATCATTTTGAAGTTTGTTGAA
TTTGGTGCTACGTGGACCAGGCTACGTAGTGATGCATGGAAAGTACCTAT
ACACGGGGATTCCCCTAAGTCTATGTAACATGCTTCAACAGACGTTTGAA
AAACAGATTCTACCGGTACCGATCCTTTATTTTGACTTAATCTGATATTC
AGCTATTATCTATCAAACTTGCACTATTTGCACGTTGATATTCTTGTCAA
ATTTTTAGGACAACAAAATACCGCCTGACCTCTGTCGTTAATCATTTACC
TTGTGTACGTTACTCGCAGTTGTTTTTATTACAATGTATTCTAAGTTGTT
TACGCAAGGAGGTCTATATAACCTCCTTGGTTTACGGTACTCGTAGAGAT
ATGTTTTCATTTTAGTATCCTTCCATTCACAGGCGCTGACAGAACTATCC
ACAGATATCCCACAAGTACGAAGGCAAGTTATGGTGAGTTATCCTTCGCC
ATAGGCCTATGACTATATGTTTGACGAAGTTATTGATATAATATTGCGAA
AAACTATATTCTGCGGACTGTACGTGTCTATTGAAAGCATGATTGAGCTT
TCTCTATCTCCTCTATGTCTATTAGTATGTTTGAGGATCTTTATTCAGAT
TTTGAAAGGATTTGGGGTTCAAGTCAATCGTTCTGATACACAAAACTGAT
TTGTGTGTTTATAAGTGTTGGGGTTTGGTGGATAATACCTACCATGGCTG
TTATATGAAACAACTTGACATTGTAATGATTCCTGCCACTGCTCATTTTG
CCCGTATAAGACTGTTTCGATTGTTCCAATGCCCATCCTCTACAGTTTAA
AGACAACAAGATACAGCAAGCACCGCAGGTTTTGCCTCCCAATAACCCAA
CGGAAGGAATGGCACAAAATGGTGGCATTGAACTCAGTCGTCAAAATGGT
GATCATCACGTTGAAGAAGCACGGCCAGAAGAACAACGGACATCACACTG
CCATCGCCGAAACAAGATTCTCTACAGTATTGCCGGTGTAGTCATTATTG
GTGTCTTGATCGCTGTCCCACTCTCAATTTGTCTACCAGGTATTAATAAC
TTCATATTTCTGTTTGTTTCTTATTGTAGTTGTATTTGTTTTTGCAACGG
AATGAAATGCGTAATACTGTTATCCCATGTTGATTTGATTATATGGATGA
CACCCGCGCGCGCTTCATTTTTTGTCCGTTTAAAAAAATGTTTTCTGTCA
TACTGTAAATCGTATAAAGCAGTTGCAAAATATGTATATAGAATATATGC
TGTAAGTTGCAAAGACATATTTAGGAAAACGGATACTAATGCCAAGTCAA
TTTCAAAGTCCAAGAAGAACATGAGAAAGAAAAAATAAGAAATACGTATT
ATTCTGCATACCACTCTCTGTGTTTTTAGTTTTGTTCAACCTTCCTGACC
ACATTGATTTCATAATGGAGGTGACTTTTTTACTTCTGTTTTATTCGCAC
GCTCGCATCAGTTTTGGGGTTTCCAAAAGATTTCATCCATATGATTAAAT
CATCATGGCCCTACTAGGTCTGAAGCTGGACGAGAAGCTGTCGGCAAAAT
GATAACATTTGTGTTTGTGATTTTCCATCCGTCTTGAAGTCGGAGGATGT
CCACCACCAAGCGGGACAGCAGTGCCTATCGTACAGACAGCATCAGATGG
TACAACGACTCATGTCCTGATCGACCTACCACCTACACCAATCATGGTT

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000025:2844722..2853470-

>transcript:BL76549_cuf0 ID=transcript:BL76549_cuf0|Name=transcript:BL76549_cuf0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1071bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000025:2844722..2853470- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTTTAAAGACAACAAGATACAGCAAGCACCGCAGGTTTTGCCTCCCAA
TAACCCAACGGAAGGAATGGCACAAAATGGTGGCATTGAACTCAGTCGTC
AAAATGGTGATCATCACGTTGAAGAAGCACGGCCAGAAGAACAACGGACA
TCACACTGCCATCGCCGAAACAAGATTCTCTACAGTATTGCCGGTGTAGT
CATTATTGGTGTCTTGATCGCTGTCCCACTCTCAATTTGTCTACCAGTCG
GAGGATGTCCACCACCAAGCGGGACAGCAGTGCCTATCGTACAGACAGCA
TCAGATGGTACAACGACTCATGTCCTGATCGACCTACCACCTACACCAAT
CATGGTTATGTTTAAAGACAACAAGATACAGCAAGCACCGCAGGTTTTGC
CTCCCAATAACCCAACGGAAGGAATGGCACAAAATGGTGGCATTGAACTC
AGTCGTCAAAATGGTGATCATCACGTTGAAGAAGCACGGCCAGAAGAACA
ACGGACATCACACTGCCATCGCCGAAACAAGATTCTCTACAGTATTGCCG
GTGTAGTCATTATTGGTGTCTTGATCGCTGTCCCACTCTCAATTTGTCTA
CCAGTCGGAGGATGTCCACCACCAAGCGGGACAGCAGTGCCTATCGTACA
GACAGCATCAGATGGTACAACGACTCATGTCCTGATCGACCTACCACCTA
CACCAATCATGGTTATGTTTAAAGACAACAAGATACAGCAAGCACCGCAG
GTTTTGCCTCCCAATAACCCAACGGAAGGAATGGCACAAAATGGTGGCAT
TGAACTCAGTCGTCAAAATGGTGATCATCACGTTGAAGAAGCACGGCCAG
AAGAACAACGGACATCACACTGCCATCGCCGAAACAAGATTCTCTACAGT
ATTGCCGGTGTAGTCATTATTGGTGTCTTGATCGCTGTCCCACTCTCAAT
TTGTCTACCAGTCGGAGGATGTCCACCACCAAGCGGGACAGCAGTGCCTA
TCGTACAGACAGCATCAGATGGTACAACGACTCATGTCCTGATCGACCTA
CCACCTACACCAATCATGGTT
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL76549gene:BL76549Branchiostoma lanceolatumgene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL76549_cuf0transcript:BL76549_cuf0-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BL76549_cuf0-E1BL76549_cuf0-E1-1564476830-162991Branchiostoma lanceolatumexon
BL76549_cuf0-E2BL76549_cuf0-E2-1564476830-162989Branchiostoma lanceolatumexon
BL76549_cuf0-E3BL76549_cuf0-E3-1564476830-162986Branchiostoma lanceolatumexon
BL76549_cuf0-E4BL76549_cuf0-E4-1564476830-162984Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000025genomeSc0000025:2844722..2853470 -
Properties
Property NameValue
Transcript idBL76549_cuf0
Biotypeprotein_coding