transcript:BL28353_evm0 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL28353_evm0
Unique Nametranscript:BL28353_evm0
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL28353_evm0

>transcript:BL28353_evm0-protein ID=transcript:BL28353_evm0-protein|Name=transcript:BL28353_evm0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=1209bp
MLLGRMCDSDYHHFQNYPAYHYRSHHCFYNIPAHHYRNHHCFHDNPAHHY
RNHHCFHDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXHHCFHDNPAHHYR
IHHCFHDNPAHHYRIHHCFHDNPAHHYRIHHCFHDNPAHHYRIHHCFHDN
PAHHYRIHHCFHDNPAHHYRIHHCFHDNPAHHYRIHHCFHDNPAHHYRNY
YCFHNSPAHHYRIYHCFHDNPAHHYRNYHCFHSSPVHHPNVLWEGLQLYR
LDELLQSQH
Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at Sc0000465:123634..127263-

Legend: CDSpolypeptideexon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>transcript:BL28353_evm0 ID=transcript:BL28353_evm0|Name=transcript:BL28353_evm0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=3630bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000465:123634..127263- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTTGCTGGGAAGAATGTGTGACTCCGACTACCACCATTTCCAAAACTA CCCAGCCTACCACTACAGAAGCCACCACTGTTTCTACAACATACCAGCCC ACCACTACAGAAACCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTAC AGAAACCACCACTGTTTCCACGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGA ATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAATCCACCA CTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAATCCACCACTGTTTCC ACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAATCCACCACTGTTTCCACGACAAC CCAGCCCACCACTACAGAATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCA CCACTACAGAATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACA GAATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAAACTAC TACTGTTTCCACAACAGCCCAGCCCACCACTACAGAATCTACCACTGTTT CCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAAACTACCACTGTTTCCACAGCA GCCCAGTCCACCATCCCAACGTCCTGTGGGAAGGTTTGCAACTTTACAGA CTGGATGAACTCCTACAATCCCAGCACTGA

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000465:123634..127263-

>transcript:BL28353_evm0 ID=transcript:BL28353_evm0|Name=transcript:BL28353_evm0|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=3630bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000465:123634..127263- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTTGCTGGGAAGAATGTGTGACTCCGACTACCACCATTTCCAAAACTA
CCCAGCCTACCACTACAGAAGCCACCACTGTTTCTACAACATACCAGCCC
ACCACTACAGAAACCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTAC
AGAAACCACCACTGTTTCCACGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGA
ATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAATCCACCA
CTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAATCCACCACTGTTTCC
ACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAATCCACCACTGTTTCCACGACAAC
CCAGCCCACCACTACAGAATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCA
CCACTACAGAATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACA
GAATCCACCACTGTTTCCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAAACTAC
TACTGTTTCCACAACAGCCCAGCCCACCACTACAGAATCTACCACTGTTT
CCACGACAACCCAGCCCACCACTACAGAAACTACCACTGTTTCCACAGCA
GCCCAGTCCACCATCCCAACGTCCTGTGGGAAGGTTTGCAACTTTACAGA
CTGGATGAACTCCTACAATCCCAGCACTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL28353gene:BL28353Branchiostoma lanceolatumgene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BL28353_evm0-E1BL28353_evm0-E1-1564476830-469506Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL28353_evm0transcript:BL28353_evm0-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000465genomeSc0000465:123634..127263 -
Properties
Property NameValue
Transcript idBL28353_evm0
Biotypeprotein_coding