BlTCONS00063099 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlTCONS00063099
Unique NameBlTCONS00063099
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Full-screen view
Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000050:584505..597943-

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>BlTCONS00063099 ID=BlTCONS00063099|Name=BlTCONS00063099|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=13439bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000050:584505..597943- (Branchiostoma lanceolatum)
TACACAGGAGCAGAAGGACAAGTGGCTGAAGATGGCGGAGAACTGTGCCA
TTATCGGGACGTACGCACAGACTGAGATGGGACATGGTGAGGCATTCAAT
GTTTAACTGTTTGTTTGCAAGAGTATGGGGTCTTGGAATGAATAACAGCC
AAAATATTTCCTACATGGAAAACTGCGTTGATAAGAATTGGTTCAAGAAA
GATACAATCGGTTTATACCTTTGGTACTATGTCCGTTCGTTTGAACAGAC
CCTAATGTAGTGCCTGGTGGCACATAGGGCAGCAAGTCCTTGCTGTCTCA
GAAGCAGGGTAATTATTTTTACAGGGAGGGGTTGCTAGCCATTCCCCTTT
AACATGCGCAAGGCACCTCCTCGAACACAGGAGTCCCATTTATGTCCCTT
CTGAACCACGGGTGCATCCCCAACCGAGATGTCCTGCCCAGGATTGAACC
AGCATCTTCCAGTTAGCAACTCCCAGTTGGAACCAGGAGCTCAATTACCT
GTGAGGCTGCTACCAGTTGAGTTATGATAGGGTCTGATGCCTGGTCATAC
TAATACGCTTGTTTCAAAGTGTAGCAGCAGGAGACAGAGGTACATGTACT
TCTAAACTATTCATAACAAAGCTGTTTACCTCTTTCTTGTAAGGAACATT
TCTTAGAGGCCTGGAAACGACAGCGACCTATGACCCTAAGACCCAGGAGT
TCATCCTGAACACTCCGACTCTCACAGCTTCCAAGTGGTGGCCTGGTGGA
TGTAAGATACAAAAATAATTCTGGAGTGTGTTTGTTAGCTAGTTAGGAGA
GGAAATGCTAAGATTATGTATGTTTGTAGCAGCCGCATCATGAAAAGTTT
AAATCTAATACAGTACAATCAGCATGCATCATTGAAATTTTATATGTCTA
CTCATTCTTGAATGGAGAATATATCATTGATAGATACAGCTGTTTTTGAT
CACATATATCCAGGTCAGTTTGCAATGTGATGTGACATAATCTTATGTGA
AAGTCTGATTTATACCATTATGGATTATGCAATTATGCTATTCCATTTAT
CACTGTAGATTATATTTGATATAATAAAGTAGTAATTAGAATTGTGGGAC
AATACACCTAGATTGTTAATTATGTTACATGTATCTGTACATTGCCATAC
ATTGTCACAGTTGCAATTGTTGTGCAAATAAAATCATTCATTCATTCATT
TGTATAATGGGAAATGGTCTGGGTTTTCAGAATTCTATGCAGATCCCAAA
CTTAGCTGTGATGCAAATAGCTGGTTTCTACTGTAACTGAATTTTCTGTT
CAACGAAATTCTTTGTGTCCTTCTCCAGTGGGGAAGACGTCCAACTACTG
TGTCCTGATGGCTCAGCTGTACATCCACGGCAAGTCTTACGGCCCCCATC
CCTTCATGCTGCAGATCCGCAGTCTGCAGGACCACAAGCCTCTGCCTGGT
GAGTTAATGAAGTTGATAGGTTAGCTGGTTAGTCATTGATTTGACTTATT
CAGGCACAGATCAATCTGCAGGACCACTGGCCTCTGCCTGGTGAGTTAAT
GAAGTTGATAGGTTAGCTGGTTAGTTATTGATTTAATTTCCTCAGGTTCT
GATCTGCTGTCTGGAGGACCACTGTGAAGCCTCTGCCTGGTAGGTTAAAG
AAGTTGAAAGGTTAGCTGGTTCGTTATTGATTTAACTTCCTCAGGTTCTG
ATCTGCTGTCTGCAGGACCACAAGCCTCTGCCTGGTGGGTTAATGAAGTT
GATAGGTTAGCTGGCTTGTTATTGATTTTGCCAATGTTTCAGTATACGTT
TTACCCAATTAGTAATCTGTTTTTCTAGGAGTGACTGTTGGTGACATAGG
ACCCAAANTAGGAGTGACTGTTGGTGATATAGGACCCAAATTTGGATATG
ACTCTATTGACAATGGCTTCCTGGCACTCAACAATGTCCGGATCCCTCGG
GAAAACATGCTTATGAAGCACTCAAAGGTTAGTCTTATTCTTGTTTTGCA
AATGGAAAATACGTTCTTCATCTTTGTTTTTTCAGACCCTAGCTTGTAGT
AGTACTGTCCTAACAATAAGTTTGTTTGCTGTTTAAGTAGCAGGGTATAT
TTCTACAGGGAGGGGTTGCTAGCCCTTCCCCTTTAATGTGCTCAAGACAC
CTCACCTGACCCTCATTTTACGTCCCTTCCGAAAGATGGGTGCAGCAAGG
AAACCTTATGTACCCCTACTAGGCATAACAAGGATCTGAACGAACAAACG
AAATTGTCATATATTTCAAATCCATGGCAATTTGTCACATAGTATTTTAC
ATTGACATTTTGCTGTAAATCTTTTAGGTAGCACCAGATGGTACATATGT
GAAGCCACCTAGTTCCAAGTTGGCTTATGGCACAATGGTTTTTGTCCGGG
CCACGATTGTCAATGACTCAGCCAACGCACTGGCCATAGCAACCACCATA
GCGATCCGGTACAGTTGTGTGCGCAGGCAGTCGGAAATGAAGCCTGGGTG
AGTTACACTGCTCTTCGTTCTAAATACAATAAGAGTTACCCCCTTTCGGA
AATTTTGAAAAAATGCCCCTGCAATTCTAGAAAAAGCCGCTAGGGGGCTC
CAACCCTATGTCACTTCTTCCCTTGTACAAAAGCTTATAATCTTCCACCC
AAATATTACATGTCCATAGCTTGTCCAGAAAATGAGATATCAAAACCAAA
AGTCCCATTGTAGTACCATTACAAGTCTCAGGGGGCCCCAAAAATCTTGT
CATTTTGAGGTCTCATCAAGACTTATTGGCATACTGAAAATCAAGGCAAT
CCATCCAGGCCTTCTTGAGTTATTGTTTTCAAAGACAGACTGATGCTTCC
GAAAACATAACCTTGGCGAAGGTATTGAGTGCGACCATATCAATTTAGAA
ATATTTAGTAAATTTATGTGTCATCATCATTTCTGTTTTCGTTAGACAGT
TTGCCTCAGTGACTAAGCAGTGCTTCCTAATGAAGCCNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNTCCATTTTTACATGATTAACCCCACTCTGTTTTGAACAA
CCGCCTGTCCTCAGCAACCATTTTTCCTTGGTGCCTTGAGCAGTTGCTGA
ATCTAAGTTTGATTGTATTTCACATATTTACATTGTTTATTCCCAATCCT
CCCAGCCACCCAGAGCCCCAGGTGTTGGACTATGTGACCCAACAGTACAA
GTTGTTCCCCTACCTGGCTGCTGCCTACGCCTTCTGGCTGACAGGACAAA
CCATGATGTCCGTTTACACCACGTCTTCCAGCCAGATTTCTAAGGGAGAT
ATCAGCGTCCTACCTGAGGTAATGTATAAAGGAATAAGAATTATGTCAAA
GCTAGTCCCATAGCCATTTTGAGGCCATAGGGGCAGTGGATTGTTATCCA
CTGTGTCTAGGGCACGGTGTTGGAAGCTCTAGTTATAACGTCTTTTTACC
TCCCAAACCAAAGTCAGGTACCCATGTTTACACTGGGTGGAAGCAGGAAA
GTTGTGTTAAGTCTCAGCCTTTCCCAATTGCACAGTATCGGTGGCATGCC
TGTGGATTCGACCCTTAACCTCTGGTTACGCCAACACAAAAGCCATGTTT
AAAAATGATCATGATTTAGTCACTGTCTTAAGATGTTAGCAGACATAGCA
CACTGTCACAGACATTGATTGCATAATAACTAGCATCAGATATGTGTGAC
AATTTGGAAATCAGGACAAAGAATTATAAATCCTTTGAGAGCAGAAGATG
AGATATCTATGTTAGAGGAGTAATACGTAATCTATAACGATCGCTCCCAC
AGTCCAATCTTAAGTGGTCAGAATATTGTGGTTATGACAAAATAATTTGC
TCTAACAATTTTGAAATGTTTTAAAGGGGTATAAGGACTGGGTGTGGGTT
AACCAGTCCAAAGACTGTGCTAAGTGTTGATTTTGGATACTGAATTCCAT
CATTATTGCTTTTTGACAGCTGCACGCTCTTTCTGCCGGGCTGAAAGCTC
TGTCGTCATGGGTGGCGAATGTGGGAATGGAGGAGTGCAGGATGGCATGT
GGAGGACATGGGTACTCTCACGCCAGCGGGCTGCCCCGTCTGTACGCCAA
CATGACTCCTAGTGCAACTTACGAGGGAGAAAACACCGTCATGATGCTTC
AAACAGCAAGGTTAGTTGGAAACTTGAACCACACAATGGGCTTCGTTCGC
TCAATCAGACCCTTGTAGTGCCTAGTGACACATGGGGCAGCAAGTTTCCT
TGTTGTTTCAGTAGCAGGGTATATTTTTACAGGGAGGGGTTGCTACCCCT
TCCTCTGGCCAATGGGGCTATCCTCTTAAAGTATGCTGATGCTAGATGTA
ACAGAAGAGTTATATTGTTTTCCCAGTGGAAGTTAGAAGAAAAAATTAGC
AAGGTAGCAAAGGGAGCTTGCAAGATTCAAGTTGCAGGGAACAAATTAAA
GAAAGACGGAATGCAACAGCAATAAGTGCCCATGGCTGCAGAATGTTGAT
GATGATGATTAGAATTAAAATCATTGCATATTCAGCCGACAATTTGGCCC
TATTCAGGAAGACTGTCCCCCTAACTTGTAAATGTCATCCTTTTGTTGCC
CCAGGTACCTGATGAAGAGTTATAACCAGTCCCTGCAGGGTGAGAAGCTG
GCTGGGTCTGTGGCCTACCTGTCCGGTGTACAGCCGGTTCCTGCAGCCGG
TAGGACCAGGAACATGCTGGATCTGGGGGGTCTGTGTGATGCCTACAGGC
ACAGGGCAGCCAGGTAAGGATCGAAAGATAACACACACACACACTCACTA
GCCTCTTGGAAATCATATGTTTGCTGTGTCTTCTGTCAGTGTCTCTTGGA
TGAATCCTATCTCTCTAAGAGCAAAAATGACCACAAATGCTCTGAGGTAG
TTCTAAAAGTGTACGCGTAAGAATCGGTCAAGTGTCAAGAATTAAGTTTT
TGATTTTAAGACATCTTGTTTGTCGTCTCTTTAAAGGCTTGTGCACGAGG
CTGCTGTGCAGCTGAGAAATGAAAAGCAGGCTGGGAAGGACCAACCAGAC
GCTTGGAATGCCGCATCTGTGGATCTCGTCAAGGCTGCTATGGTTAGGGA
ATGACTCTCTATCAAAGCTCATTGTTTCATTATTTCTGATGTTAAACATG
ATACACAGTTATGAACACCGTGCAAGTAGATAAATAGATGAGAAGAACTC
AATAATTAAGATCTTTAACCTTGATGTCACCAGGCCCACAGCCATTACTT
TGTGGTGAAGAACTTTGCGGAGAGGCTGACAGACTCCGCACTGGACAGCT
CCATCTCTGACGTCCTGACCAGGCTGTGTCAGCTGCACGCTCTACATGGA
CTGGTCACCAACAGTGGCGACTTTCTGGAGGTATAATATACTTCGTAATG
TCCACATGCCTCTCCACAAAGCTACACATTTTACACATACCAGAAATATA
GAAGAAAATTGGATGGTAGATCTGTTATGTTACCAGAATGTTTTATCTCC
AGGACCTGTAGTGACCATGCAGCCATGGCAAGGTTTGTTTTTGTGGGAAA
GTTAGACTATTTTGGGGTAACGAACAAGAAACAAGAACACAATCTTACAT
TCATCAAACTACAGGTTGAAATGTCTTTTCAGATGTTAATGTCAACTATT
CTTTCTGTCAGGATGGCTACTTGACTGGCACAGACATCCGCCAAGCCAGA
CGTCACATCAACGCCCTCATGGCCAAGCTCTGTCCTGACGCCGTGGCTCT
TGTCGACGCCTTCGACTTCCCGGACGGGATCCTGAACTCCGTACTGGGGC
GCTACGATGGGAACGTCTACGAACATCTGTTGGAGTGGGCCAAGGCCTCT
CCTCTCAACAAAACAGATGTGAGTCAAAAGAAACATGTTTGAAAAAAAAC
AGGCATGTTGCAATAGATATTGTGGACAGACATCTCTACAAAATCAGATT
TCATTCGGTTATGGCTTATTCCTGTACGTTACATGTGTAGTTTCAGCATA
GATCAATCACAGAGCACAAAACTGTTGACGACAGTTGTGTATAGATATAG
ATGGAGAAAACTGTGATGTCACTGGCTCTAAGGCTATCACTTTGAAAGAT
GTATTTTACACAAGTAAGTGTAAGAAGCGGTATGTTATGATTTTACCATA
AGAATTGTTGTAATACCTGACATACTTTTATCCCTAGGTGCACGAGTCTT
ACCACAAGTATCTGAAGCCGTTCCTTGAAGCTAACAGGGCCAAGCTGTGA
AGAGTCTTATGACTTAAGATTGATAAGAAGGCTCCAAGACAAGACGGCAG
TGAAGATAAAGATCATCCCATACGGCTGCTTTTGCTGTTGCTTCTGCTGC
TAAAATTAACAAATTTTCTATCACTGACTGTAAACATCATGTTGTATTAC
CACGTGAATTTCTCAAACATTTGAAATGAAGTTAACGAACATGACAAACC
TACCAGATCTAGAGGGAAATCTATTTTATGAGGTATCTTATCTTATGAGG
GCATAATGAGATATTTTATTATATGGTTTTATTATGGACACAATGAAAAT
TGTGTATATAATTGTTCTGGTGCAAGGTAGCCTGTGTGACAATCTCGGGC
CGTTTGGGCCCCCTTCCCCAATGTTCCTGTGTTCTAACAGCCTTATATGG
GAGAGCTGGAAAGATTCACATAAGTGCCATAATGCACCGAATTTCCATGA
TATTCTGTATACAGATAGCTTGGACAAAGATGTACACAATGAAATGTAAC
TTATTCAAATTAGGACTTAATTTTCATAATTGAGGAGGAAAATCTATATT
TGCAGTGTTTTCTATAATATGACCTTAGTACATGTGACATATGTAATTCG
TGTCAGGTAGAACATCTACAGATACCAGTAATGTAAATAAGGGCTTAATT
TGCATAATTAGTGCAAAAGTTCCTTTGTGGTAAATGGTGAGAATTACATA
CGTGTAACATGTGTAAGTTAGTTGAAGGTATACACCACTATGTATAGATT
ATGTAAATGTGTCATAAGTTTTTATTTTGTATAATTTATGATGAAATGTA
AACATGGTATGCTGCCCAAAGAAATGACTTTCACACATACAATATGTGTA
ATTTTGTTACAAGACCATCATTTAAAATAGATTATGCTACTTACAGTCTT
ATTTGTATAATCAATGAGACAAGATAAAACAATAAATCTACAAAGGCTCG
AAATTATTCATGGAGGTCTCCGAACTCTTGTTTATACATGTAGTAACACG
CCAACCTTACCGTGCATTTCGTCTGTGGTAAGTAGGACC

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000050:584505..597943-

>BlTCONS00063099 ID=BlTCONS00063099|Name=BlTCONS00063099|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1635bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000050:584505..597943- (Branchiostoma lanceolatum)
ACACAGGAGCAGAAGGACAAGTGGCTGAAGATGGCGGAGAACTGTGCCAT
TATCGGGACGTACGCACAGACTGAGATGGGACATGGAACATTTCTTAGAG
GCCTGGAAACGACAGCGACCTATGACCCTAAGACCCAGGAGTTCATCCTG
AACACTCCGACTCTCACAGCTTCCAAGTGGTGGCCTGGTGGATTGGGGAA
GACGTCCAACTACTGTGTCCTGATGGCTCAGCTGTACATCCACGGCAAGT
CTTACGGCCCCCATCCCTTCATGCTGCAGATCCGCAGTCTGCAGGACCAC
AAGCCTCTGCCTGGAGTGACTGTTGGTGATATAGGACCCAAATTTGGATA
TGACTCTATTGACAATGGCTTCCTGGCACTCAACAATGTCCGGATCCCTC
GGGAAAACATGCTTATGAAGCACTCAAAGGTAGCACCAGATGGTACATAT
GTGAAGCCACCTAGTTCCAAGTTGGCTTATGGCACAATGGTTTTTGTCCG
GGCCACGATTGTCAATGACTCAGCCAACGCACTGGCCATAGCAACCACCA
TAGCGATCCGGTACAGTTGTGTGCGCAGGCAGTCGGAAATGAAGCCTGGC
CACCCAGAGCCCCAGGTGTTGGACTATGTGACCCAACAGTACAAGTTGTT
CCCCTACCTGGCTGCTGCCTACGCCTTCTGGCTGACAGGACAAACCATGA
TGTCCGTTTACACCACGTCTTCCAGCCAGATTTCTAAGGGAGATATCAGC
GTCCTACCTGAGCTGCACGCTCTTTCTGCCGGGCTGAAAGCTCTGTCGTC
ATGGGTGGCGAATGTGGGAATGGAGGAGTGCAGGATGGCATGTGGAGGAC
ATGGGTACTCTCACGCCAGCGGGCTGCCCCGTCTGTACGCCAACATGACT
CCTAGTGCAACTTACGAGGGAGAAAACACCGTCATGATGCTTCAAACAGC
AAGGTACCTGATGAAGAGTTATAACCAGTCCCTGCAGGGTGAGAAGCTGG
CTGGGTCTGTGGCCTACCTGTCCGGTGTACAGCCGGTTCCTGCAGCCGGT
AGGACCAGGAACATGCTGGATCTGGGGGGTCTGTGTGATGCCTACAGGCA
CAGGGCAGCCAGGCTTGTGCACGAGGCTGCTGTGCAGCTGAGAAATGAAA
AGCAGGCTGGGAAGGACCAACCAGACGCTTGGAATGCCGCATCTGTGGAT
CTCGTCAAGGCTGCTATGGCCCACAGCCATTACTTTGTGGTGAAGAACTT
TGCGGAGAGGCTGACAGACTCCGCACTGGACAGCTCCATCTCTGACGTCC
TGACCAGGCTGTGTCAGCTGCACGCTCTACATGGACTGGTCACCAACAGT
GGCGACTTTCTGGAGGATGGCTACTTGACTGGCACAGACATCCGCCAAGC
CAGACGTCACATCAACGCCCTCATGGCCAAGCTCTGTCCTGACGCCGTGG
CTCTTGTCGACGCCTTCGACTTCCCGGACGGGATCCTGAACTCCGTACTG
GGGCGCTACGATGGGAACGTCTACGAACATCTGTTGGAGTGGGCCAAGGC
CTCTCCTCTCAACAAAACAGATGTGCACGAGTCTTACCACAAGTATCTGA
AGCCGTTCCTTGAAGCTAACAGGGCCAAGCTGTGA
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BlTCONS00063099BlTCONS00063099-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:597858..597943BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:597858..597943Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:597193..597300BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:597193..597300Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:596496..596615BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:596496..596615Branchiostoma lanceolatumexon
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BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:595447..595616BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:595447..595616Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:588476..588638BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:588476..588638Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:587634..587824BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:587634..587824Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:587031..587189BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:587031..587189Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:586702..586807BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:586702..586807Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:586414..586560BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:586414..586560Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:585926..586132BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:585926..586132Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:584505..585606BlTCONS00063099-exon-Sc0000050-1564993656:584505..585606Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000050genomeSc0000050:584505..597943 -
Properties
Property NameValue
GeneIDBlCUFF030930