TCONS_00069091 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00069091
Unique Name	TCONS_00069091
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	6235

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_493:327529..357291+

transcript sequence

>TCONS_00069091 ID=TCONS_00069091|Name=TCONS_00069091|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6235bp
aTTGGATATAACAGTGTTAGAGACTCTAGAAGGATTCAGACAGCCGCCAT
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gacatttttttctattgaaaaataaaagaaaaggt

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_493:327529..357291+

Legend: exon

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>TCONS_00069091 ID=TCONS_00069091|Name=TCONS_00069091|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=29763bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_493:327529..357291+ (Clytia hemisphaerica)
aTTGGATATAACAGTGTTAGAGACTCTAGAAGGATTCAGACAGCCGCCAT
GTTTCACATGTTATTAAGGTATAATAATTGTTTTGTGTAATACTATCTTA
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CCTTTGCGCCATATCGTTCTAGTGATTTCTAGGAAGGCCTTGTATACAGA
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ATCCATGGTAGATCTCTGATCGTTTGGAATCTGAACACCATTTCAAAGTA
ATTTGAGATATCTAAGTTTCGGTAATGCTTGTAATATTTCCGTAAATACA
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TTTGCCACCAGAATCCACATTATCTTTTGTTTGGGCTTTGCTTTGTGTAC
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CTGatataaaatttcatttattcCCGAAATTAGATCTCTTTTATGAGCTT
CCGTGTATGAATCCGAGACAAAGTTAGACTCGTTGATCATGAACGCCTTT
TTGATGTTTGCCAAAGCCTCGAGTGTGGATCGACGATTTCTTTTCATAAC
GTTGATGATACGGTAGTTGTCAGGATCAAGGCTTACATCCTCTGCAAAAA
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GcggccattttgaaattttgcccgCCGGCGCTCGTAAATAAAGCTATAAT
CTCGTAATTGGGTTTCGGGTTTCGTTGTGGAAATAAGATATCGATCAGCA
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AATTGAAACTTGTCGTTTGTGTATCTCTTAGTATTCCTTTGGACGTATCT
CAAGTAAGTTTTGAAAGCTGAATATCCCAACACGTTGTCGAATGAAAAGT
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ccagcaaaaaaaaatatatgtgttTTCTGTCACAGAAACTGAGAAACTTT
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GGGGAAAGATACCTCTTCGCAGGACACAACCTCGGGGAAAGATACCACTT
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GGAAAAGATACCACTTCGGCAAAGGATGCTTCTTCCTCAAAAGACTCTTC
TTCGAAACATCAAAAGAAATGGTATACCAAAGTGAAATACACACCACCCA
AGCGAAAACAACTTTGTAACAAATACGGACGTTTTGAACTTTTACCAAAA
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agaaaaaacatgtatagcgTCTACTgttgaattttcaatattttctttct
ccAGTTTACCTTTGTATCGTCGATTATTTTTGAAGATGCATCGCGTTCTT
GTGTTTcacttctttttataagcaaccaggcTGCTATTCGATCAAATTAA
GCAACCCCAGACTTGACCCGAAAATTAGGGTTTCTTATACTTTTTATGTG
TACTCTCCATAATTCGACCCTCTATATTGTTTCGAAAAGTTAAAGAGGAA
ATTGTCCTTGTTTTGGAATCTTAAGAAATGTAATTTCTCTCTGTTTAGGA
TTCAAGAGTCTGAACCCACCATTAACGATCGTCCGAAAAACAGTCGACCA
ATCAGCTAATCCGGACAATTATCTACCGTCCGTCATGACGTGCGTGAACT
ACTTGAAACTGCCGGACTATTCGAATGTCGAGATAATGAGCACTAAATTG
AGGACTGCTTATTCAGAAGGCAAAAATGCTTTCCATTTATCCTAGTATAG
GGATGACGTAATTGATTGTCTTATTGGTGCGCATTAGAATCATCCTTGTG
AATTACTACGTTTTTATTGGAAGACGAAAGATGATTGATCACACATAGAG
ATAGAAGAAAacctttattattattttcagaAACATTTGTAATATAGACC
TTCCTTGCTTTCTTTCGTCAAGATGGCCTTTCATTGagttatatttttgt
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GTCCTTATGATCTGCAGTTACTTTTATTGAGTCAACATTTTCAGAGCAGA
TCTTATCTTCATCGTGTTTTGGTTTTAGAACAAGACTTTTTTGTCAAGAA
ATTTCTTATATACTGTGATCTATATGGCTTATattcattgagtttaaagc
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TCTGATTTCAAACCTGTAAGAAATAATATTGCAAAAGCTTCTACTTGAAA
AGCTGGTTTTCGGCTAAGACTTCCAATCACTTTGATAGGTTGAATCTCGA
GGTTTGTGCAATTGAAAAGTACACTTTTGCAAAGGCATGCaggaaatgaa
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TTTGAGAAGATGAAAattggatttatttttttgtccattttcgtGACGTT
TTTATTTGAAGACAGTATTTCTACGattgacatttttttctattgaaaaa
taaaagaaaaggt

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_043054	XLOC_043054	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_493	supercontig	scaffold_493:327529..357291 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.110066	3.92809	2.53816	2.99434	6.36298	4.67031	6.45622	7.72489	3.71475	8.8559	12.3664	10.7572	8.35318	13.7537	7.93625	8.76057	16.0566	7.67208	6.57478	5.6029	8.09953	10.3775	12.5821	6.9475	10.4873	1.57034	0.284543	4.1298	12.0906	3.72636

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00069091 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TRIPC (E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12 OS=Homo sapiens GN=TRIP12 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 682.174 bits (1759), Expect = 0.000e+0
Identity = 335/617 (54.29%), Postives = 437/617 (70.83%), Query Frame = 1

Query:  145 NQETENAASNDDQSSEAPLAGAVAALSTSENASSSTDNDLASNLEESDMSRLQALLEARGLPAHLFGSLGPRMHLLLHKTFNSGAGAKAQQLLTSMQSEDEGTQLQGVMEMCQMLVMGNEETLGGFPVKQSVPVLVTLLQMEHNFDIMNHACRALTYLMEGLPRSSVVVIEAVPTLLEKLQTIQCMDVAEQSLTALEMLSKRHGKNILQAGGLGSSLLYLDFFSIVAQRSALAITANCCHSVTVDDFQYVKDSIQVLSNRLTQQDKKSLESVCLAFARLVDNVQNEKTLIEELCEHNLLANLKQLLIISPPLISSNTFVTVIRMLATMCSCSSAIAVKLLKLNITETLRYILIGNNDAPTDEIVDLVPRSPQELYELVCLISELLPELPTDGVFSIDAQLRKGTLQNSQLGLWQWKDDKSNWHSYTWVDNRIIEAAYQGGEDEISLSTLGRNYIIDFSNMQQINEDTGTIRSIQRKIGSNAVAXXXXXQRDCVIKETDERSCVFEEDNKVGKGVVQSLIAIVFDVYYSSVGPAVKHKCLTCLLKMIYHSPPDLLKAVLGKIPISSYIAGMLSSSDLRTVCSALQKADILMSKLTETFHVYFRREGVMHRIKTLTESD 1995
            NQE  N+++   ++ EAP  GA  A+  + +  S +D        +S+M RLQALLEARGLP HLFG LGPRM  L H+T  SGA +KAQQLL  +Q+ DE  QLQ V+EMCQ+LVMGNEETLGGFPVK  VP L+TLLQMEHNFDIMNHACRALTY+ME LPRSS VV++A+P  LEKLQ IQC+DVAEQ+LTALEMLS+RH K ILQAGGL   LLYL+FFSI AQR+ALAI ANCC S+T D+F +V DS+ +L+ RLT QDKKS+ES CL FARLVDN Q+E+ L++++   +LL N++QLL+++PP++SS  F+ V+RM + MCS    +AV+L+K NI ETL ++L G ++    E +DLVPRSPQELYEL  LI EL+P LP +G+F++D  L+KG  QN+   +WQW+DD+  WH Y  +D+RIIE                           QINEDTGT R+IQRK    A +++S        K+ D R+ + +ED ++ K  +++L  ++++VY SS GPAV+HKCL  +L++IY +  +LLK VL    +SS+IA MLSS DL+ V  ALQ A+ILM KL + F VYFRREGVMH++K L ES+
Sbjct:  362 NQEAVNSSAA--RTDEAP-QGAAGAVGMTTSGESESD--------DSEMGRLQALLEARGLPPHLFGPLGPRMSQLFHRTIGSGASSKAQQLLQGLQASDESQQLQAVIEMCQLLVMGNEETLGGFPVKSVVPALITLLQMEHNFDIMNHACRALTYMMEALPRSSAVVVDAIPVFLEKLQVIQCIDVAEQALTALEMLSRRHSKAILQAGGLADCLLYLEFFSINAQRNALAIAANCCQSITPDEFHFVADSLPLLTQRLTHQDKKSVESTCLCFARLVDNFQHEENLLQQVASKDLLTNVQQLLVVTPPILSSGMFIMVVRMFSLMCSNCPTLAVQLMKQNIAETLHFLLCGASNGSCQEQIDLVPRSPQELYELTSLICELMPCLPKEGIFAVDTMLKKGNAQNTDGAIWQWRDDRGLWHPYNRIDSRIIE---------------------------QINEDTGTARAIQRKPNPLANSNTSGYSES---KKDDARAQLMKEDPELAKSFIKTLFGVLYEVYSSSAGPAVRHKCLRAILRIIYFADAELLKDVLKNHAVSSHIASMLSSQDLKIVVGALQMAEILMQKLPDIFSVYFRREGVMHQVKHLAESE 937

HSP 2 Score: 662.529 bits (1708), Expect = 0.000e+0
Identity = 312/544 (57.35%), Postives = 406/544 (74.63%), Query Frame = 1

Query: 3589 DAYLTSTLPGDLNLNDPSVDVICLMRVLYYLNCNWRKFFDLHSSQPVISFNEFVNSKLTAKATRQLQDPLVIMTGNLPTWLIELAKVCPFLFPFECRQLLFYSTTFDRDRAIMKLQETVPDLASTDSND-RVAPRLDKKKRTVNRTDLFKQAENILNEFTGTRALLEIQYDGEVGTGLGPTLEFYSLVSKEFQRSDLEIWRNDSVTKTDIGGSDXXXXXXYAFSKDGLFPAAIPKNTKSSHVTKIKSKFRYLGKFMAKACMDSRMVDINLSEAFYKWIVTQDYTSDICDLRHVDQTLYASLSQLYNVALAKRRLENDESRTQESIDSALSILTLDGVPIEDLGLDFVLPG-TNYELKKNGRNTPVTIENLDEYLQLVVEYTLVDGVSVQLEAFKEGFEQFFKLSNLQMFYPHEIDLLLCGSKSEKWDSKELMECCRADHGYNIDSRAVKFLFEILSKYEADEQRLFLQFITGSPKLPVGGFKSLNPPLTIVRKTVDQSANPDNYLPSVMTCVNYLKLPDYSNVEIMSTKLRTAYSEGKNAFHLS 5214
            + YL  T P ++   DPS+DVI L+RVL+ ++  W   +D    + +I  +EF+NSKLTAKA RQLQDPLVIMTGN+PTWL EL K CPF FPF+ RQ+LFY T FDRDRA+ +L +T P++  +DS D RVAPRLD+KKRTVNR +L KQAE+++ +   +RA+LEIQY+ EVGTGLGPTLEFY+LVS+E QR+DL +WR + VT ++  GS    K  Y  +  GLF     +  K +H+ K+K KFR+LGK MAKA MD R+VD+ L   FYKW++ Q+ +    DL  +D  +  S+  L ++   K+RLE D+S+T+ES+  AL  LT++G  +EDLGLDF LPG  N ELKK G++ PVTI NL+EYL+LV+ + L +GVS Q ++F++GFE  F LS+LQ FYP E+D LLCGSK++ WD+K LMECCR DHGY  DSRAVKFLFEILS ++ ++QRLFLQF+TGSP+LPVGGF+SLNPPLTIVRKT + + NPD++LPSVMTCVNYLKLPDYS++EIM  KL  A  EG+ +FHLS
Sbjct: 1451 EVYLIPTPPENITFEDPSLDVILLLRVLHAISRYWYYLYDNAMCKEIIPTSEFINSKLTAKANRQLQDPLVIMTGNIPTWLTELGKTCPFFFPFDTRQMLFYVTAFDRDRAMQRLLDTNPEINQSDSQDSRVAPRLDRKKRTVNREELLKQAESVMQDLGSSRAMLEIQYENEVGTGLGPTLEFYALVSQELQRADLGLWRGEEVTLSNPKGSQEGTK--YIQNLQGLFALPFGRTAKPAHIAKVKMKFRFLGKLMAKAIMDFRLVDLPLGLPFYKWMLRQETSLTSHDLFDIDPVVARSVYHLEDIVRQKKRLEQDKSQTKESLQYALETLTMNGCSVEDLGLDFTLPGFPNIELKKGGKDIPVTIHNLEEYLRLVIFWALNEGVSRQFDSFRDGFESVFPLSHLQYFYPEELDQLLCGSKADTWDAKTLMECCRPDHGYTHDSRAVKFLFEILSSFDNEQQRLFLQFVTGSPRLPVGGFRSLNPPLTIVRKTFESTENPDDFLPSVMTCVNYLKLPDYSSIEIMREKLLIAAREGQQSFHLS 1992

HSP 3 Score: 269.24 bits (687), Expect = 3.268e-72
Identity = 163/379 (43.01%), Postives = 225/379 (59.37%), Query Frame = 1

Query: 2320 ASKASFFASFTPR-WGR------SQSFQNTXXXXXXXXXXXXXGKEIEENREKIRSWIRTTAQELYEKYFTDES-GISHPALDILLKLTSAAKGLTLKGDDDLEALEKIREVLTQDFQEGASAFEMVHSGMVTQLLKYLTENGTKDGSSRASRIKKFLKVFLGLANTDGQSHSFKVNASTKPVLVSLVQKLNLCINQIEQFPVKCQDIPXXXXX----XXXXXXXALRFFNTHQIKCNLQRHPDCSNVKQWCGGAVKIDPLALVQAIEXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGWASQLQVSNNPKHILEFTLNGHVLPYSMTVYQAVRQYAKTSVDSENEMDDESGPFGRASIWSGTHTIYFRPVTQPTES 3420
            + K+SF AS  P+ WGR      S + +   ++      +      I  NREKI+ WI+  A +  E+YF+ E+   S+PAL++L +L +A + L L+ D   E L +IR ++++      S+FE+ HSG V QLL YLT    KD  SR  R+K+FL VF   +   G+    +V       L++LV K+N C++Q+EQFPVK  D P           +RGS AL+FFNTHQ+KC LQRHPDC+NVKQW GG VKIDPLALVQAIE               + +   DD+ SD+EI+E  A+Q   S N +H L+F +  H+LPY+MTVYQAVRQ++  + D     DDES P GRA IW+ THTI+++PV +  ES
Sbjct: 1036 SPKSSFLASLNPKTWGRLSTQSNSNNIEPARTAGGSGLARAASKDTISNNREKIKGWIKEQAHKFVERYFSSENMDGSNPALNVLQRLCAATEQLNLQVDGGAECLVEIRSIVSES---DVSSFEIQHSGFVKQLLLYLTSKSEKDAVSREIRLKRFLHVFFS-SPLPGEEPIGRVEPVGNAPLLALVHKMNNCLSQMEQFPVKVHDFPSGNGTGGSFSLNRGSQALKFFNTHQLKCQLQRHPDCANVKQWKGGPVKIDPLALVQAIE---RYLVVRGYGRVREDDEDSDDDGSDEEIDESLAAQFLNSGNVRHRLQFYIGEHLLPYNMTVYQAVRQFSIQAEDERESTDDESNPLGRAGIWTKTHTIWYKPVREDEES 1407

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00069091 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00069091 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
TRIPC	3.268e-72	54.29	E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12 OS=Homo sapiens...	[more]

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TCONS_00069091 (transcript) - C. hemisphaerica