TCONS_00055958 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00055958
Unique Name	TCONS_00055958
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3487

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_266:607219..631843+

transcript sequence

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CGTGATGAACTCGACATCCTAAAAGCTGAGATCGAGCAAAATGCGAAATA
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ACATGGTTGAAAAAGACAAACAAATGTTGGATGATCGAGTCAAAGTTCTA
AACAAACAGCTGACTGAGCGAGAAGGACATATCGATGAAATTGAAGTCAA
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transcript from alignment at scaffold_266:607219..631843+

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>TCONS_00055958 ID=TCONS_00055958|Name=TCONS_00055958|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24625bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_266:607219..631843+ (Clytia hemisphaerica)
CACAAAATgaaacttgaagaaaatttgCCTTAATTTAATATCTACCCTAA
AGATGAACATTTTTCTAATATTGTTGCTCTTCACACGAATCATCAATTGG
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ATAAATTaggtcacgaacatcacttgcctcgtgttgaaattattgccatg
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GAGCTAACGAAAGTCGTCGCTTACTTTTTCGTTGTATATCATTACAACGT
CTTTACTATATCAATATGGACTGTATTTGTATAAAAATTGGTGTTCCCCC
AATCCCTTTCAAGTCGAGTAAAGTCAAAATAGAAACTTACTTTCGACCTC
ATTATCACTGAAATTGTATCAGATAATTCACCATGACAAGAAAGCCGTAT
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AATTCTAATCCGTAACAAAATCTTCctaaatttcatttaaattcaGCGAC
GAAGAATACTTCTCTTTCTCTTTCATGTCAAATGAAACATTTCCCGATAT
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TTGGTTGCGCAGTTCAGGTACGGTGATAGTTCAACATATTTCAGCCACCA
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TTTCTCCTATTTTTGTTTGATAGTCTTTATAACTTCGCAAGCATATAATA
AGATATATACCAGCATGATTTCATTTGTAATTTCTTGACTCCTCACTTTC
TTCTCCCTAATGCGGCCTCTCTATGAATATGAAAGCAGAGCATTATCTTG
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CTTTTATCTTCTCATTAGTGCGATCGAAAGGAAGAGTTCATCGAACACAT
CACCGAAATGGATGTACAAATTCAACGAGGACTCGTCGCTTCTATCCAAG
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GAAGTATGATAAGTTTGATTAATGGGGGTATTCAAGGCGACGATAACGAA
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GTCAGCACCACTGATGAATaaagaattttcaataattttcttgCAGATCA
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ATGCCGCAGCAGTAAGTATAATTCCTTTTCTACGGGtttggctcttccag
aaaatgtccgtacatgttTTACATGTCCGTAAATATTGTCAAGGGGGTTA
GATCCGCTGTCCGTATGGTTATAAGTCATAATGTCCGGGggataaatttc
caaaaaatgttatatcctatCTGTGTATTCAAACAATATATAAAGGCAAA
ACGAAGTTCCTATTCAATTGATTAAATTGACCTTAATTATAAGTTATTTA
ATAAACAACCCTTCTTTCAAACACcactcgaataaacgccccttctaaaa
actaagaaatttagtaaacgccccccccccccccccgttgaaTCTAAGTA
ATACGGTACTTTCAACAGGAATCTTGTGACATTGGCGGAGAGCTTGTACT
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AGAAAATTGTGAGATATGCTGAAGTTTTAACATTATTATTAAAGACTGAa
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GTTCGAGTTCTTCTCACAATTGACTTCATATTAAATTTCAGGAATCACCG
AGGTTTCGTCCACGCAATCCACTTATTCCCAAAACTAGCTTTAGATCCAC
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AACTGAAGGAAGACTTGGATAATTGTAAACGACAATTGGATAATGTTCGA
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TTCTATCCCATCGATATCTTAACTCTTTGTGAATCTTGAGGGTGGGGCAA
GTAGCCTTGAGCCCCCACCTCCCTCTTCCGCAGacaaaaataaagatatt
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ACCAATCACGGTCGAATATTAAACTCGACATGGCGAAAAATTCACTCAAC
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ATTACCCAATCGGATTGAGttagataaaaaatcttttacttcttTACATC
TTATCGGAATTTAATTCGTAAAAAATCTGCCAGTCTGTCTccttgttttt
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GCAGGATCGAGTTCCAAGATTACTCGATTCACTCGCTTAGAAGAGGAGAA
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GAAAAACAAGAAACGTAAGCTCTTTTTTATTTGAGAttctctttttttga
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ATAAACAATTGGAACAAACATCTTTTTCAGCTTTTGTAGTATATATACTG
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TGACTTTCaaccccgaagggctagactccaGACTCccggatgggaaatga
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CACTTCAACACCTGATAGCAGAGCTCGTCAACTAGAGGAAGAAAACCGTG
CATTGTCagataatatttttgaatacaAGACAATGATATCGAAGTTGACT
AAGGTAAGTGCGATCATAATTGCTGTCATTATAGCAGTAACTGTCACTCT
TGTCTTCATTGTTAAAGTTTGACCATGGATAGGGATTTTACCCGTGGCTT
TTGTTGAATCCGTCTTACGTTCTAAAAAGGACTGGTTTTAGAGTTTGTTT
TTAACACCCGTTTAACGCATATACATTCCAACTAATGAAACTAATGcctt
tttccctcttttttttccttaattttatttaattgaCCAAACGCACATAC
ACTAATTAAATTCTAATAAAGTGAATTCTTTCATCGGAATTAATGACGAT
TTTATTGGAAACTTTTATACCACGATGACTTTTCCTTCAACAACTAAATT
TTTTAAGGACATACCAATATTATACTTATAAAACTACTCAAGCCATTAAC
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GGTTAGTTTatatataagtgtaataaggtaaatttatattttcatgattt
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TATTCTGAAATTACTTACTAACCACCTTTGACTAATTGACTTACGttact
taactttttttgacgAATTAcaagacacacagacagacggACAGGAAGAC
AATATTTACATATTAttctttatataatttttatatttttgttgcaTTAT
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ATAAAAAGCTTATCACTGATAGCTATTTTAATAAAATGCATAtttcagtt
ttttattttttgtaaatattactaatattttgattttttaataaatattt
gaggtatttttaATCATAGTTACTTATTTCTTAATTAGTgtgaattttgt
aaaaaaaaagaaaattttgttgcATTTATTACTAATACTTTGTCTTCCTG
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ACCCGTTTCAATTGTATAACAAAAACCAACCCGTAAAATCTATTCCCTAA
AATTTGAGAATCCCTCGACTGAGGTGGCAGTTTTACAGACCTTTCTTTTA
ACAACACATTAACGTAACTTGACAATTGTACGAACGGAATCTTCACGGTT
GCTCACACTTACAATTAACTCACGCTACTGACCACTGATGTTCTACTAAC
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CTTGCGTATTGGTTCCTCggtgtttcaattgtttttttgtattgTCCAGA
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GTTGAAATTACTTGGTATTTATATATTAGTACTGGCTTGACTATGTGCTT
GCATATAGCATGATGCTCGTTGAGAAGGAACCATGGCTTTTTGCGATTTA
GTGTAAAAATTTGGCGACAGATAAGTCTCTCAGCGTTTATGCAAAATACA
CTACAGTGTGTCTGAGAGGTCATAAACGCTGGTCATTTCTTAGACACACT
GAACACTTTGacgtatttaaaaataataattatttttcatgtTCTTTCTT
TTTACCCCAATATACAGGCTCTCGTCATACATGAAGAAACTATATTGTCA
AAGACTCCAAATATTAAAGTATAAAGCCATGCATGTATTATATCTACCCC
TTTCCCTTTACCTACAACTCCTCCTATCCTACCCTCGAGTTGAACGCATT
TTCAGTCCCCGAGAAAGTAACTTTTCCGTCAGCCCTTTATATGCAAGTTC
TCATACAAATAAATCTAGCCCGATTACCCCCCAGCCTCCCTCTACAGCAT
TAGGAACACACACACACACGATTTTTCACACAACACGTTTGCTTACAACA
CGCTTTCTCACAACACGCTTTCTCACAACACCCTTCACACAAAATCACCA
TTCATCCGATTATTATTTTTATCCAGTCCACCATTCAACCATAAACGCAC
TTTCAGATTTTTTGAACTGATACAGCAACAACTACTCTGAAACACGTAAC
TAAAACACTTCGCAGTAAGTTCCCGTTAAAAAGAGCCATCATCGGCCGAC
AGataaaataattctttacgGGCCTTTTACTTAGTTATCCAGATTCACTT
CTTTTTGACAGTTTAGTTGATTCTACACTCAGCGCTACTCAATGTAGTTA
ATGTCTCTCTTTGAGCGTTTTGAGAACTTTCTTGAAGATAACAAGACTTG
CACAGTTGACTGCATAACAAAATTTCTCTGGCACACGTCACACCCATCAG
CAAATTGGAACTCAACGAATTCTATAATACAAATGCACGGACActcgttg
ttttttttgacaCACAAACGACTCCGCACAGTGAAATATCAAAAAACACT
TAAACTGATCCAACGTACTCACTGCACACATGAGTCACTGCACAAAAACT
GTTGCACTTTAATCAGTCACATTCTAACAACACCATAGTAACTGCTCATT
ATATCGTTAACCCAATAGAGTCTCCTGTCCGAGAAAGACAACAATCGTCA
TCTATCGGTCGTCATTGGTTCACAATCAGACAACATTAAAAATCTCCAAG
GGACGCTCAATAAACGTAAATCGGACCTCGAAAAAACGACAGGAGAGCTT
GAAACATTGACGAAGGAGCTGGCAGAGCGTGGTGTCATCATCGATACCAA
AACACTGCAGGACGCCATGTAAGTTGCACGAGATTTCATATACTTACTAA
CGCTTAGCGGCGTGGTAGGCTTTTTATGGGGTTTGGTGATGAATTCATAA
GGTCAACCTTCTGGTATGTAAGGATGTTCATGCAACGACTTCAGGTATTT
TCGAACCCAGACTTTCCACGCTTTGTATTGCTTGCTCTCAAATATTTAAA
TGCTGTTTGTAATTGAATTCATAAATGGGCCACTCCGAGAAAGCATCTCA
ttattcaaattaatttttctttcagagcGATTGGCTTATCGAACGGTCAC
GCAGAGAATAAATCCTCACTTGTTTCCATGTCTCATCGAGAAGAATATAA
ATCTACGGCTGTAAATGTTTCTCTCGAAAAACAGTAAGTACTATTTGCAA
ATTGATTCGAAAACTAAGGTTTTAAGCTCACAGTGCATAAAAAAGAGTTA
aatctttttctgaaattttttgcaAGCTTGAAATTTCCAAGTCGCATGAC
AGCATATACCTATGGCTATGATAGTACTAGAATATTCCCTTGGAGAGTTA
TTTTTATAAAAGCTcttgaaaactttaaaacctATGGTATAGCTGTGTAG
TGCCCGGTTTTTCGACCTATTCGAAGTGAAagggtaaattttcaaaattt
taagaatattgttttgttttgtgctGATCTTGTATGTTCTTAACCTTTCC
AGATCAAAATATTTAACCTTTTAATATTCTATGTTCTACAGAGTGAAAGA
GACGACAAAAACGAACGCTAAATTGACAACTAAACTTACACAAAAAACGG
AGGAAGCCGACCAATTACAACGAAGGtataaaagaaagattttcaggATC
GTTGAGATTATTTAAGGTAAAGAAGAAAAGCATTACGGATCGTAGATTGC
TTAACAACTAGGTTATCCAGGGTTATCTCCAATCATCTGCATTGAACTGT
TAGGTTTTTCAGCTTATTTAGTCTTCGATCCCTGcctaaatactttttta
taaacTACACATATCCGGGTTCGTTGTCCATCAATCGACTTCAAATATAT
ACAGTACAGTCTCTTCAAATTGAACTCCAATGTCTCGAACAAGTTTGCTC
TTCCCTTCAGTTGACAATATTTATGAACCTTACTCCATCGTTTATAAATC
TTACTACATTGaaatctctttaactcgaacaaatttttgtcCCCCGTACG
GGTTCGAGTTAAAGACTGTACACTGTGCAACCTTATTTTCATTATTGGAT
TCTTGCTTAAAAGAAGTATCAAAAGATGATTTTAgggaatacaccttttt
gaccgtagccgccaattatcGCGCGAGCATTATTTTGACCGTTTTACCAC
CCtcaaaccgtcccagtctttttttcgcgcctaAAGACGGtagaaaaagt
gtaaaaaaaggattggatcgaggttagggtggtaaattaaaaaataaagt
gaCACGCGCCTGGCCGGGCGACTACGGTCAAAATGGTGTATTAATCGTGA
AGAATAATTCTTCCCTTCATACGAATTTAAGAAGTGCCGAATGGACAAGC
CGCCAGCGTCTGAATAGAAACCAGGCTTTCCAGGTTCAAATCCCCGCAAC
GTTTCGTTTAGTTAATAGATATCTGGCAGAGAATCCCATAAAAACAGACT
ACCTATAGTCCTATATTAACTGGGCTATCCATGTTAAATATCGATTCTAT
ATATCGATTCGAATCGTTTCAGAATCAAAGACGTTGAAACGTATGGGCAG
AAAGTGGAAGAACAACTTCAAGATCGTGAAAAAGACATTTCTTCTCTCGA
AAGAAAGTATGTGTGGTTTACTTTATCTCATTCTATATAACAGCCTCtgg
ttttttgaaaagaaatcatCGAGTAGATACCATTTGCCAGCGCTTAAATG
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AATAAAACATTGCAACAAAATGCGCTTTTACAAAGTGATAAAGTAACGGC
TCTTGAAGAAAggtatttttttagatttttcgccTTTATAAGGCAACCcc
tgaaaatgataaaaatagtttttttcttGCATCAGATTTGAGGAACATCG
AAATCATCGTTAAAACAACATCTTTTCAGCAGATATGGCACAGTATCCCT
GTAGGAACACATTAAAAGAAGATTAAGATGATTATCTTGTCATAAACGGA
ACCTGATTGTTTTATCTACGCATGATTTTGTCTTTAGGGTTGAACATCTT
TTGAGTTCGGCGAATGAAGACACGAAGAAAATCAACAAGAGTCTGGAACT
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TTTAATTTGTTGTGACTGATTGAAGGTTCTTATGACCTACTGGTCAAACT
TTAACCAAACATTGGGTCGATCAAGAATCTGCTAATTCATAGGTCGTCAA
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ATCTTTATACCCTTTTAATCACTTTAAGCGTATCAATTATcgccaaaatt
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_035223	XLOC_035223	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
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Expression

Values :

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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00055958 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: DAPLE (Protein Daple OS=Homo sapiens GN=CCDC88C PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 223.787 bits (569), Expect = 4.381e-59
Identity = 164/523 (31.36%), Postives = 295/523 (56.41%), Query Frame = 2

Query:  134 FNKEPLVVWLQSYLDGPITSNAE--------LSNGIALSTVLKLIDPVVFNNIRIQQTLINDTATKAQNLVEILHCIKKFYQVKLQQLIIMKMPDILTVAKEPETELSRKEMTTILLLILGCAVQCDRKEEFIEHITEMDVQIQRGLVASIQEITENQENVIPYRVSELSEMPQQNLVTLAESLYYQLQKVLEQTDEYVETILDLALLQENDEHNDSFEESPRFRPRNPLIPKTSFRSTNI------------------LQANRQRLQSIQADLDDRNAYINELKEDLDNCKRQLDNVRLENKQLVNEAAWAKSYRDELDILKAEIEQNAKYQAENVKLKEKIRDMXXXXXXXXXXXXQSDFLYESKLILEERVAGSSSKITRFTRLEEENSRLYSQVKVLMEEREDDQKRIRDLVDEVAKLSMEKQETLSACSVMNAELDGLRLQKD-GDGLNMPLMMEYSQ--STDFMRLERENKHLINLIENLRTST-----PDSRARQLEEENRALSDNIFEYKTMISK 1600
            F + PLV W++++  GP  S ++        L +GI L+ ++  IDP   N  RI + + ND   + QNL  ++  IK +YQ  LQQLI+M +P++L + ++P +  S +E+  +LLL+LGCAVQC+RKEEFIE I ++D++ Q G+VA IQE+T NQENV   +  EL ++  + L  L+ S+   L+++++Q DE  E I+DL   QE D            + ++P  P  S  + +                   L   + RL+ ++ +L+D+   + + + ++D    +L  V+ EN QL  +A  A++YRDELD L+ +  +  + + E  + KEK+ D+++YK + EE++E +  L E+K +LEE++  + ++  +   LE+EN +L S++  L  +R+ D+KRI +L++E   L + ++++++  + +  EL+ L    D  D      + E ++  S+  ++LE+EN+ L + I+ LR ++        +  +LE+EN  LS  I + +T + +
Sbjct:   12 FLQSPLVTWVKTF--GPFGSGSQDNLTMYMDLVDGIFLNQIMLQIDPRPTNQ-RINKHVNNDVNLRIQNLTILVRNIKTYYQEVLQQLIVMNLPNVLMIGRDPLSGKSMEEIKKVLLLVLGCAVQCERKEEFIERIKQLDIETQAGIVAHIQEVTHNQENVFDLQWLELPDVAPEELEALSRSMVLHLRRLIDQRDECTELIVDLT--QERD----------YLQAQHPPSPIKSSSADSTPSPTSSLSSEDKQHLAVELADTKARLRRVRQELEDKTEQLVDTRHEVDQLVLELQKVKQENIQLAADARSARAYRDELDSLREKANRVERLELELTRCKEKLHDVDFYKARMEELREDNIILIETKAMLEEQLTAARARGDKVHELEKENLQLKSKLHDLELDRDTDKKRIEELLEENMVLEIAQKQSMNESAHLGWELEQLSKNADLSDASRKSFVFELNECASSRILKLEKENQSLQSTIQGLRDASLVLEESGLKCGELEKENHQLSKKIEKLQTQLER 519

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00055958 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00055958 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
DAPLE	4.381e-59	31.36	Protein Daple OS=Homo sapiens GN=CCDC88C PE=1 SV=3	[more]

You are here

TCONS_00055958 (transcript) - C. hemisphaerica