TCONS_00015175 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00015175
Unique NameTCONS_00015175
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4043

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00015175 ID=TCONS_00015175|Name=TCONS_00015175|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4043bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00015175-protein

>TCONS_00015175-protein ID=TCONS_00015175-protein|Name=TCONS_00015175-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1025bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000205:84845..102158+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00015175 ID=TCONS_00015175|Name=TCONS_00015175|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17314bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000205:84845..102158+ (Clytia hemisphaerica)
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GTGTATTGACAGGGCTGCTTCCAAAGAAATTAATCTTAGAGAATTCCCTG
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
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Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR003437GcvP
IPR015421PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1
IPR015422PyrdxlP-dep_Trfase_sub2
IPR020581GDC_P
IPR015424PyrdxlP-dep_Trfase
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0055114oxidation-reduction process
GO:0006544glycine metabolic process
GO:0006546glycine catabolic process
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0004375glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity
GO:0003824catalytic activity
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006546 glycine catabolic process
biological_process GO:0006544 glycine metabolic process
biological_process GO:0055114 oxidation-reduction process
molecular_function GO:0003824 catalytic activity
molecular_function GO:0004375 glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity
Blast
BLAST of TCONS_00015175 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: GCSP (Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial OS=Homo sapiens GN=GLDC PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 1248.42 bits (3229), Expect = 0.000e+0
Identity = 619/966 (64.08%), Postives = 747/966 (77.33%), Query Frame = 3
Query:  384 IKEILPPQDAFAKRHIGPRKQYRNEMLRILNYEDIETFVEATLPSSIILKNDLDLDPPKTEEECLRRLREFGKLNKVWRSYIGLGYYNTIVPPTILRNLLENPGWTTQYTPYQAEISQGRLESLLNYQTMVSDLTALPFANSSLLDEGTAAAEALGLSFRVNKKKKFFIDKNCHPQTIALVETRASTIANASMEIIVGDYK---EFDFSNKDVSGVLFQYPDTNGHIEDFTELVEKAHEGGXXXXXXXXXXXXXMLKPPGEFGCDVALGNSQRFGVPLGYGGPHAAFFSVTDNLKRFIPGRVVGVSKDVHGNPCYRLALQTREQHIRRDKATSNICTAQALLANMSGMYAVYHGPEGIANISKRVHNAALILAEGLKVGGYTLASESFFDTVKVVGIKDKQWCIDRAASKEINLREFPDGSLGISMDETIQEKDLDDLFWVFSCGETAAHIASEMSSPPQQSILSSDLKRKTSFLDHPVFNSYQSETKIVRYMKMLENKDLSLVHAMIALGSCTMKLNATSEMMAITWPKFTNIHPFVPKDQAEGYYQLFKELEDDLSEITGFDATSLQPNSGAQGEFAGLMTIKAYLKSIGQEHRNICIIPKSAHGTNPASAAMAGFKIIPVNTDKVGGIDYNDLASKVEKHRDNLAAIMITYPSTSGVFEPGIRDMCRLIHENGGQVYLDGANMNAQVGLCRPGDYGADVCHLNLHKTFCIXXXXXXXXXXXICVKKHLQPFLPTHPIVPPVGTDAEGAQPFGTIAAAPYGSAAVLSISWAYIKMMGPKGLTKATQIAILNANYMLHRLEGHFELRFRGPNGNCAHEFIVDCKEFKKSANIEVLDIAKRLQDYGFHAPTMAWPISTALMIEPTESETKAECDRLVDAMISIRQEIRDIEEGRMDKLNNPLKNSPHTQAVLMEENWDKPYSREVAAFPAPW-SLRSKFWPTIGRVDDVHGDSHLICSCPPMESYE 3269
            ++ +LP  D FA+RHIGP  + + EML+ L    I+  +E T+P++I LK  L ++ P  E E L  L      N++WRSYIG+GYYN  VP TILRNLLEN GW TQYTPYQ E+SQGRLESLLNYQTMV D+T L  AN+SLLDEGTAAAEAL L +R NK++KF +D  CHPQTIA+V+TRA          ++ + K   E DFS KDVSGVLFQYPDT G +EDFTELVE+AH+ G+LACCATDLLA  +L+PPGEFG D+ALG+SQRFGVPLGYGGPHAAFF+V ++L R +PGR+VGV++D  G   YRLALQTREQHIRRDKATSNICTAQALLANM+ M+A+YHG  G+ +I++RVHNA LIL+EGLK  G+ L  + FFDT+K+      +  + RAA ++IN R F DG+LGIS+DET+ EKDLDDL W+F C E++A + +E      + I  S  KR + FL H VFNSY SET IVRYMK LENKD+SLVH+MI LGSCTMKLN++SE+  ITW +F NIHPFVP DQA+GY QLF+ELE DL E+TG+D    QPNSGAQGE+AGL TI+AYL   G+ HR +C+IPKSAHGTNPASA MAG KI PV  DK G ID   L + V+KH++NLAAIMITYPST+GVFE  I D+C LIH++GGQVYLDGANMNAQVG+CRPGD+G+DV HLNLHKTFCIPHGGGGPGMGPI VKKHL PFLP HP++       E A P GT++AAP+GS+++L ISWAYIKMMG KGL +AT+ AILNANYM  RLE H+ + FRG  G   HEFI+D + FKKSANIE +D+AKRLQDYGFHAPTM+WP++  LM+EPTESE KAE DR  DAMISIRQEI DIEEGR+D   NPLK SPH+   +   +WD+PYSREVAAFP P+    +KFWPTI R+DD++GD HL+C+CPPME YE
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The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00015175 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
GCSP0.000e+064.08Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochond... [more]
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