TCONS_00010536 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00010536
Unique NameTCONS_00010536
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1426

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00010536 ID=TCONS_00010536|Name=TCONS_00010536|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1426bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00010536-protein

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000107:556181..582657+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00010536 ID=TCONS_00010536|Name=TCONS_00010536|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=26477bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107:556181..582657+ (Clytia hemisphaerica)
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gttctagtATTTCAAGTCCGTTATGTTTGCACAATGTCTCCGTACTTTGC AATATGATGACCGCTTAACGTTTGACACACACGATACAAGATTTCACTCT GTGTTTTATAGGAGACATGTGCGAATACACAGGGAGACGGGTCAAGAAGG CCCGAGACAATGTATAATTATTCGCGTATCAAATTTTGTATATAGAAAtg tcactgattgaaaaaatagGCATAGCATAGACTGACATGAATTTTGATTG CTAAATAATGATTTTGATCTAGAGGGGAAGCTTAACCTTTCCCTATTGAC GGTATAGAGTAATGTTTGTTTTAAAAGTCCTTGCTATGAGCTTTTTTCGC GACTTTTTTGTAATGTGCACGAGTCTTGATTTGTTTGACACTTCATATCA ATGGCTTATGGGGGGATTGTTTTAAGAGCCCCTTCTTCCCACCGCTACTT GCGTAAAAAAAGCTCTGTgcatttttgatttgtttgttattgttcaAATG GCCCATTTGATCGGTATTTTCCCATCATCATTTTGATGGATGATTATGAT GAGCTCTAGGTACTTAATATTCATGTAATACATCTATTTCGTGTGTTTAT CTATTCTGTGGTTTTCTAGCCTCTGTGTATCTAGACTTGAGGTACTTAAA ATCTCATCATCCAGGCTAATGGGTGGATGGATGGAGTAACTAGAATGTTA CTTAATGATGATTAGCCATTTTACCAATCATTTCGCAAAAAAAAGATAGA TTtgcacttttttttgaaaagcgcGTTTCTGTGCGACTTCTTTGTTTCTC TTGTTTATATTGTTTTGATAGCAAACAAAATTTAGGGGGTACAAAATCGT CAAAGTTTCGTACTGCGAAAGTGTTCTTTGTTTAAATACTACAATAAATT GACGCTAAGTCAGAACATGAATTTTTCTCATCGAGAGAGGGGAGAGGAAG 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ttttttcttgctACCTTTTTCTCAGTGCCACTCTAAATCTTTGAAATCTC CTTCATTAAAACTATTCAGATACCGATAACTTTCCCATCTCATTcacttt tgaaggaaaaattccTGGTATAGAAGCTCAGCAGTTGGTCCTTCTCTAGT CTGTattgcagacctctatagatttGTTTCCTAAAGAAAAAAACTCTAGT CCTTCTCCTAGAAGTTATTCCAATATActtcatttttgaccaaaaaagtt ttttcacctTGACACTTCAGTTGAATAGAAATTTGACTTAAATGGGTTTC ACGCTCTAGGGGATACATCCGAGTATATGTTTATTGTATCAGATTGATTG GTGCatctttcaaaatatcagacTTCCTGcattttttgattgaaactCTT CAATCTTGAAACGTGACCCAAATATGTAAACAATATGATTTTATGCAAAT TAGGGGCAATCCGTAACCGTAGGattgtctttcttttttaagTTAGGCTC AAAGAGtcctcttttcaaaaaaattaaaataggaGTTTTATTACGGCTAC GGTTTAGGTTTTCCGCGCGTACAAGTGTTAATTTTACGGCGGTTCCGTGT TAAAAGCCATTACGTCATGCCAATCACGAATAACGTGTGAATATGCTGCA CAGAAAAATCACTTCCCCCTTTTAATATCACTGTTGGAAATTCATAATAC CTTCAATAAAAATGCTATGTTTTAAACAGAGTAAGACCACGGTGGTTCTT CCTCTTCACGGTATTATGTCAAAACGACCTTAATTTCCGacaatgaaata tttcaaacattcaaattaattccttttcttttttctcttctctATTTTTA GTACGGCAAAAGTTTCACGTGCGGATGTCAGAGAGGACTTTCATGCGCTT TAGTTGAAGTCAACGAAGCTACAAACAGCCAAAAACATCGTTGTGTTAAA GTTCTACCGGACCTGAAAGAGAAACGGAAGTCTAACGGGTCGACGTCTTT GGAAAAGGAAAAAGCAACGTTTACCGCACAGCTTATCCGGGAATTATTGA GCCCGGATTTTTTATCGGACACTTTGGATGAGGACGAAGAGAAGAAAGCT ACatgaatgtttttttaaagttaaagaaaatgtgTTGTCgtttattttta aatgaaagaaTTAAAAGAAAGAACGTGGTACGACATGATTAAAGGACGTA GCACgacagaaaaagtttttttgacagGAAAGGAGATACGCGTAATCAAC CTGCATAATACAATTGTTAGCCTTCTTTTGATTGGATAATAAGTCGATAA TGATGCATTGGTACGgtatttgataaaatattttcctttggcaaaaatat tttatgcGAGATATTATGAAATCACCCGAGAAATCTTTTAGCACTGAAGT ATTTTGCTCTCAAAGTCTGGAATACGAACAAAAATGAACCCTGTCTGACC ATCATTGAAGGGATGAATTATGGTCTTCTGTTGAACCATATACAAATGAA ATATTCAGTGAGAgcggaaatttttgaaaaaattttcaatcattttattt tattaaaattttatttgtttttgtttttatatattgAAGTATTCTTACAC TGCGATCCCTTTCCAGagttttagtacacatggtcaAATTCGGAATAATA TCTTGTTATCTTAAGCTGTAGTAACTTTATGGATTTTTTAGTTGATTCAA ATATCATGGACATTAGAAAGATGTCAAAAAAGATGTCGACAAAAGGCTAA GATTTAATATTTAACCTCTGTTGTAAA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000107:556181..582657+

>TCONS_00010536 ID=TCONS_00010536|Name=TCONS_00010536|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1395bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000107:556181..582657+ (Clytia hemisphaerica)
ATGTGGAGACGTAAAGTTTTGGTTTATTATTTATTGATTGCATATCATTT
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AATTATTGAGCCCGGATTTTTTATCGGACACTTTGGATGAGGACGAAGAG
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GATTGCATATCATTTTCATATATTGgcACGAGTGGCTTTTGGCAATATGC
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GTCAGAGAGGACTTTCATGCGCTTTAGTTGAAGTCAACGAAGCTACAAAC
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GGTTTATTATTTATTGATTGCATATCATTTTCATATATTGgcACGAGTGG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000107supercontigsc0000107:556181..582657 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00010536 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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