TCONS_00007703 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00007703
Unique Name	TCONS_00007703
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	780

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000079:155793..169152+
coding sequence from alignment at sc0000079:155793..169152+

transcript sequence

>TCONS_00007703 ID=TCONS_00007703|Name=TCONS_00007703|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=780bp
CAaacacttatttttgctataaaTACCCCCTGTTTCATGTAAAATGTCAC
ATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTG
GCCACTTTGGCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAA
AAGACAATGTACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTG
GACACTGCTCGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGG
GCTCCATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAA
AAGTTGTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCAC
CAGGAACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATG
TCCAGAGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCA
AATCGGACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCA
ACAGCCGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGCGGTGAAG
TCCGATTTGCCATGGCCATGAATGAGCTTTAGCATCTTTTCCACCGACAA
CTCTGGACATTGCAACTTGCGGGCGTCCACAACTGCTTAAGGGCGGGTTA
GTAACAGGTGGATTTGTAACGCCAGGACAGAATCCACATGATTTCTTACA
ATTGGTTTTGACATACCAGTTAGTGTAGCAAACACCTGCCCAAATTGGAC
ATTTCACGTTTAGGTCAACGCAGTCACCtt

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00007703-protein

>TCONS_00007703-protein ID=TCONS_00007703-protein|Name=TCONS_00007703-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=175bp
MSHSKLRMKTLIVLAALIVATLACSDKSSICSRYNKRQCTHPYLKANCAK
YCGHCSTGCVDKNTSCPRWAPSYCKTNAYVKANCKKSCNMCGPSTPAPPT
SAPGTYPPQGSCGRPQVAMSRVVGGQNAKAHSWPWQIGLHRNGGFMCGGS
IINSRWVVTAAHKSTVAVKSDLPWP

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000079:155793..169152+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00007703 ID=TCONS_00007703|Name=TCONS_00007703|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13360bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000079:155793..169152+ (Clytia hemisphaerica)
CAaacacttatttttgctataaaTACCCCCTGTTTCATGTAAAATGTCAC
ATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTG
GCCACTTTGGGTAAGTGAATATTTTTGAGTCACCCATGCTAATAAGGTCA
ACAATTCTAAGACTATATTCTAAATTTCTTTGGGCCTTGTTTTAAGTTAT
ATTCTGAGATCCTAAGACGAACCTAAGACTTTAAGTTTGAATGCTGAAAA
CCAAAGTCAACCCAGTTTGGCACACAACGCTGTTTAAACGTTCAACTAAC
GTTTTTAACGTCCATAAcgttaataataataacatatgttttaagtggca
tgctccgaaaaattctacagcttttaggcagctaatgaattgtttccacg
aagggccactAAAACGTTAAATTAACTTTTAAAAAACGTTGGGTGCCACT
GCGAAAAATCTACCTTCCAACCCCTACCCTATTCTTTTTATAGCCTGTTC
AGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAAAAGACAATGTACCCATC
CCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTGGACACTGCTCGACAGGT
ATATTGTGATTTATATGATCTTCTCTCCCAAATAGACATTCCCCCcacta
attgttaagagaaaaaaatgaaaaagcagGTTTTTTTTTTGAGGTACCGG
AAGTACTTTGTGTTAAGTTAGGAAACTGGTTAACTTACCCCAATCCATCT
CTCAACTAACGAAAATGGCAATGACAATAGAATCTTGTTCCAGGAAGTGA
ATCTTACACAAAATGACGGTACCACGAGTACAATTTGATGAAACCACTCA
TCTCTAATTACCCTAATTACCTGGCTAGATCGGGTTTCTCACATGAAGGG
AAGAGTGTCTAGTTTTAGAGCTATTGTTTTTGAAGTGAAAAATAAGTTCT
GAAGcaataaaaatacaaattcataTAAGCTATCAACGTTTCCTTTGTAA
TCACATTCAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGGGCTCC
ATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAAAAGTT
GTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCACCAGGA
ACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATGTCCAG
AGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCAAATCG
GACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCAACAGC
CGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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cgaGTTtcctctgaacattcttactatcagtgTTAAAGATTTCTATTCTT
Taatatacaaaaattaaataaaacttcgtccacgaatcaagtttatgttc
aatttcgttatccgttaaattttgttttgaaaagttattttctcaagcca
gaaaatgaaaagtcctttataagcacacacgatttcagactcaatttgta
gacatagagtcgctggagaattttggaggaaagtatcaagtcATAtagtt
caccttaaagaaaacattgattgaaAGATCATTTGATGAAGTATTGCCAA
GCTTACAgaccttttttagtccaaatattttcttacactgatgtcagaaa
caatgaatctcgtctcaactaatttttaaagcttcaatgagctaataaga
tttcacctatggataaaagggcttattaaaaatacacgatgtatgagatt
atgagcatgcatacctcgtaatttttttaatcggcgagcatggttacgat
agcatacatctcctgtttctttatacctccatggttcgGCATTCATCCTA
CCGAGAGTATCACACAATGCACCGGTAGAGAATTGAAAATCTATAAATTG
CTTGGTAATCACCGTTAATCACTTCGAagttagagaaaaaaattcttttt
gaaggTAACTCCTTCACtttgggtgctttttcactacgctagatagataa
gtggttttcatcaacggtccttttcataaatttctaagagttgtaaaaaa
tatacaatgaagattcgtgcttagcatcagattttgatcgcttcatatca
gTATTCCAGATTTAaggtcgaaaattggtcattaaaccttttgttctcca
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ttgatgatttttaataaagttTTCTTCAGATTCAAAGGGTTGCAAACGCT
TTGACAGCTAacttgggagtcagtaatgctttcctataaattttctttgt
ttcagctaatcgattttcgccaggAGGCTCAGTAAAAAACCACCCTAAAC
TTAACATAACATTCAtagaaaagtaataaaattgagACACGTTCGATATA
CAATTCTTATTGTCCGTCACCAAAGACTTGATTTCAAAGAAAGTTTAACT
GTGATACTTACTGTATCTCCATCCAAGATTTTTGGATGGTCGCTATGATT
TCTTTTTAGTTTTGCCAATCTTGTGAATGATGTGACCGTGGGAATCTCgt
gataaaaaaaaacgtgtgtaATGACATTAGAAAGAATTAGAGTGAATTGC
AAGCAGATCCTGGCTAAAACTTCTTGCACTTTGGGGAAAATCACATTTTA
TTGTCAATAGGGAAATTaagctaaaatatttattcgcCATAGTATCTACG
ACTACAAGTATATGTATGACTTCAACTATACTTCACAGGTCGATACTAAT
TTGAGCTGTAAAGCTGCTCACTACATTtttttactctcttgctatttgtc
ctattttatCTGAgtctcatcatcaggtaggtccagtCAGTATATTGCTG
AATGGGAAGGGAAATTACGATATCCCAGGAAAGGCAATCTCGCAATGTAT
GGGCAGGCGAAATCGTCGGCCTTTTCAATACACGTCAGATCTGAATCTGA
CGGTATTCCAAAAAACATAAGACGTATTATAGAGTAATATGGTTGTAACA
TGATATATAATATACTATTNtcaatttttctaaaaaaaaagcaATTCTGA
TTCCAGGCAGACCTTCAAGATTGAATACTTAATCCATTGCTCTTCGGGAA
CTAGTCTCATCGAGTTAATAGTTGAGGAATACTTTGTCGGGAAAACAGTC
GTTTATCTGGGTGGTAAATTTTAGTCTCTTTCCGCCGAACAAACCTGTTG
TAAAGGGtataaaatctttcaattttttttctgacttcTTTCCAGGGGGA
gcacaaattcaaatttttacagaCGAGAGTAATTGAAAATTAATGAACGG
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gctattttaatgaaaatgtagTCAAATAAAGATGAACTATTATGAGAATG
AATTTGATATATTCTGTTAATTTGAGAAACTTTCGAATGTCGGAAATGTT
TGTAATCAGCACTTCAAAGCAAAAATCAAGTGATTTGATTCAATCagctt
ttatttttgaaagaaacttaTTTGTTTAAACAAAActgtgaaaaattatt
gaatagTTTTCTCAATCCAGTCTCTGAATTGACCAACTCTTGCAAAGACA
CTAATTGCATCTTTTGTGTCACATTTTGGTGATCCCCAGCTGACAGCTCC
ATGTAGTGTCCATGAACCATTACTGTTTTGACAAACGAATGGACCACCTG
AATCACCATGACAACCTGACTGATTCTTGGTTGTATCGAAGTTTGCAGCA
CATATCATTCGATCTGTAATCTTTCCGATCTTCGAATTATGTTTTGCGCA
AGTTTCTTTACTTTGAACAGTTAGACCAAGTTGTTGAAGGATGGTGTGTG
AACCTCCTTGGTGACCGATCTTTCCCCATCCTTAAATTTATTGAAATGAt
gacttataaaaaaaagttaaagccTCGGTATATATATACGTGATCATTAA
ATTTAGGGCCGAGAGAATGATAATGCAAACCTAAAATTATGTATTTGAAA
GCCTTATAAAACTTTAATATATAATATTCGATGGAGGATACTATTAGATT
CTAGAAATTTCGtataatattttaatatatatataatataatataccCTT
AAAATCCACTTAGAGGTACCTTTTCAAATatcacaaatttacaaaattag
gATATTTTGCCTCCATCCCGATAATAATCAGAGATCCCAGCATTTTTGCT
TGggcaaatttagaaaatcacaTAACGACATTACTAACTAACGATCCTTG
TCATCATACCATTCAAAACTCTGTTTAATTGAATATTATTTGACTACTTG
GCTTAGCTTACCGGTGATGTAACATTTGCTACCAACTTTTGGAGCATCTC
CTTGGCTTGGTAAACAGACTGGTTGAACATTTCGTCCGAATTTAATTGGT
TGTTCCAATTGTAATAAAGCAATGTCGTTATCAAACTTAGATTCCCTTGA
ATTTTCATAACTATAGTGGACAACAGCTTTTGATACTTTTATGATCTGCT
CGCCTTCATTTATTCTTCGGTCATGATCTCCTAAAAGATTCAAAAAGTTA
GGGTTTGTTAACATAACCTTTAGCTTTATGATATAAACATTTTCTTCTAC
TCCTGTAACATCTTGTTTTGGACGTGTGTGCCTGATCTTCCCTAATTGTT
GACGGAAGTTGACAGAAAGTAGACAGTCCTCTTGCGATGCCGATTTTGAA
ATCAATGCGCGGGTATCTGAAGGCTATTTTTCAAGCAATGTTttaaaact
atcaattttctgtCGATTTTCTACCGTTTTATACATCAAACGGATACAAA
GGGAGAGATTAGCtatttaaattaaatttctttacttttgaaaactagTT
GAGCCTTTTTTATtgttaaagtatttttttgctttttgattGAATGGAAT
TTGATTTACCTAATTTGACAGTAAAGTTTGTGGTCAGCAAAGACATTCCA
TTAACACAATGAGCAGCAGTAACAACCCATCGGCTGTTGATGATTGAACC
TCCACACATAAATCCACCGTTGCGGTGAAGTCCGATTTGCCATGGCCATG
AATGAGCTTTAGCATCTTTTCCACCGACAACTCTGGACATTGCAACTTGC
GGGCGTCCACAACTGCTTAAGGGCGGGTTAGTAACAGGTGGATTTGTAAC
GCCAGGACAGAATCCACATGATTTCTTACAATTGGTTTTGACATACCAGT
TAGTGTAGCAAACACCTGCCCAAATTGGACATTTCACGTTTAGGTCAACG
CAGTCACCtt

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000079:155793..169152+

>TCONS_00007703 ID=TCONS_00007703|Name=TCONS_00007703|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=2112bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000079:155793..169152+ (Clytia hemisphaerica)
ATGTCACATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTT
GATCGTGGCCACTTTGGCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGAT
ACAACAAAAGACAATGTACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAA
TATTGTGGACACTGCTCGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCC
ACGATGGGCTCCATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACT
GCAAGAAAAGTTGTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACA
AGTGCACCAGGAACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGT
TGCAATGTCCAGAGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGC
CATGGCAAATCGGACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCA
ATCATCAACAGCCGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGC
GGTGAAGTCCGATTTGCCATGGCCATGAATGTCACATTCAAAACTCAGGA
TGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTGGCCACTTTGGCCTGT
TCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAAAAGACAATGTACCCA
TCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTGGACACTGCTCGACAG
GATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGGGCTCCATCATATTGC
AAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAAAAGTTGTAACATGTG
TGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCACCAGGAACCTACCCAC
CCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATGTCCAGAGTTGTCGGA
GGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCAAATCGGACTTCACCG
CAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCAACAGCCGATGGGTTG
TTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGCGGTGAAGTCCGATTTGCCATGG
CCATGAATGTCACATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGC
AGCCTTGATCGTGGCCACTTTGGCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTT
CTCGATACAACAAAAGACAATGTACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGT
GCTAAATATTGTGGACACTGCTCGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAG
TTGTCCACGATGGGCTCCATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAG
CAAACTGCAAGAAAAGTTGTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCA
CCAACAAGTGCACCAGGAACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCC
ACAAGTTGCAATGTCCAGAGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATT
CATGGCCATGGCAAATCGGACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGA
GGTTCAATCATCAACAGCCGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCAC
CGTTGCGGTGAAGTCCGATTTGCCATGGCCATGAATGTCACATTCAAAAC
TCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTGGCCACTTTG
GCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAAAAGACAATG
TACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTGGACACTGCT
CGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGGGCTCCATCA
TATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAAAAGTTGTAA
CATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCACCAGGAACCT
ACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATGTCCAGAGTT
GTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCAAATCGGACT
TCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCAACAGCCGAT
GGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGCGGTGAAGTCCGATTTG
CCATGGCCATGA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_004366	XLOC_004366	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:155793..155902	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:155793..155902	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:155793..155902	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:155793..155902	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:155793..155902	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:155793..155902	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156286..156390	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156286..156390	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156286..156390	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156286..156390	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156286..156390	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156286..156390	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156803..157114	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156803..157114	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156803..157114	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156803..157114	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156803..157114	TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156803..157114	Clytia hemisphaerica	exon
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00007703-protein	TCONS_00007703-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000079	supercontig	sc0000079:155793..169152 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0621326	0.121178	0	0	0	0	0.253754	0.032578	0.321525	0.687735	0.173118	1.40292	399.832	413.286	289.964	842.474	286.375	355.323	2142.05	1943.92	1380.97	1582.93	1098.35	1485.56	882.251	886.71	0.0851962	0	0.622417	0.320936

Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR003582	ShKT_dom
IPR001254	Trypsin_dom
IPR009003	Peptidase_S1_PA

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0004252	serine-type endopeptidase activity

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0006508	proteolysis

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006508	proteolysis
molecular_function	GO:0004252	serine-type endopeptidase activity

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00007703 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00007703 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00007703 (transcript) - C. hemisphaerica