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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00007703 ID=TCONS_00007703|Name=TCONS_00007703|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=780bp CAaacacttatttttgctataaaTACCCCCTGTTTCATGTAAAATGTCAC ATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTG GCCACTTTGGCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAA AAGACAATGTACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTG GACACTGCTCGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGG GCTCCATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAA AAGTTGTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCAC CAGGAACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATG TCCAGAGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCA AATCGGACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCA ACAGCCGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGCGGTGAAG TCCGATTTGCCATGGCCATGAATGAGCTTTAGCATCTTTTCCACCGACAA CTCTGGACATTGCAACTTGCGGGCGTCCACAACTGCTTAAGGGCGGGTTA GTAACAGGTGGATTTGTAACGCCAGGACAGAATCCACATGATTTCTTACA ATTGGTTTTGACATACCAGTTAGTGTAGCAAACACCTGCCCAAATTGGAC ATTTCACGTTTAGGTCAACGCAGTCACCtt Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00007703-protein >TCONS_00007703-protein ID=TCONS_00007703-protein|Name=TCONS_00007703-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=175bp
MSHSKLRMKTLIVLAALIVATLACSDKSSICSRYNKRQCTHPYLKANCAK YCGHCSTGCVDKNTSCPRWAPSYCKTNAYVKANCKKSCNMCGPSTPAPPT SAPGTYPPQGSCGRPQVAMSRVVGGQNAKAHSWPWQIGLHRNGGFMCGGS IINSRWVVTAAHKSTVAVKSDLPWP Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000079:155793..169152+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00007703 ID=TCONS_00007703|Name=TCONS_00007703|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13360bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000079:155793..169152+ (Clytia hemisphaerica) CAaacacttatttttgctataaaTACCCCCTGTTTCATGTAAAATGTCAC
ATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTG
GCCACTTTGGGTAAGTGAATATTTTTGAGTCACCCATGCTAATAAGGTCA
ACAATTCTAAGACTATATTCTAAATTTCTTTGGGCCTTGTTTTAAGTTAT
ATTCTGAGATCCTAAGACGAACCTAAGACTTTAAGTTTGAATGCTGAAAA
CCAAAGTCAACCCAGTTTGGCACACAACGCTGTTTAAACGTTCAACTAAC
GTTTTTAACGTCCATAAcgttaataataataacatatgttttaagtggca
tgctccgaaaaattctacagcttttaggcagctaatgaattgtttccacg
aagggccactAAAACGTTAAATTAACTTTTAAAAAACGTTGGGTGCCACT
GCGAAAAATCTACCTTCCAACCCCTACCCTATTCTTTTTATAGCCTGTTC
AGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAAAAGACAATGTACCCATC
CCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTGGACACTGCTCGACAGGT
ATATTGTGATTTATATGATCTTCTCTCCCAAATAGACATTCCCCCcacta
attgttaagagaaaaaaatgaaaaagcagGTTTTTTTTTTGAGGTACCGG
AAGTACTTTGTGTTAAGTTAGGAAACTGGTTAACTTACCCCAATCCATCT
CTCAACTAACGAAAATGGCAATGACAATAGAATCTTGTTCCAGGAAGTGA
ATCTTACACAAAATGACGGTACCACGAGTACAATTTGATGAAACCACTCA
TCTCTAATTACCCTAATTACCTGGCTAGATCGGGTTTCTCACATGAAGGG
AAGAGTGTCTAGTTTTAGAGCTATTGTTTTTGAAGTGAAAAATAAGTTCT
GAAGcaataaaaatacaaattcataTAAGCTATCAACGTTTCCTTTGTAA
TCACATTCAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGGGCTCC
ATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAAAAGTT
GTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCACCAGGA
ACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATGTCCAG
AGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCAAATCG
GACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCAACAGC
CGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATTGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TTAACATAACATTCAtagaaaagtaataaaattgagACACGTTCGATATA
CAATTCTTATTGTCCGTCACCAAAGACTTGATTTCAAAGAAAGTTTAACT
GTGATACTTACTGTATCTCCATCCAAGATTTTTGGATGGTCGCTATGATT
TCTTTTTAGTTTTGCCAATCTTGTGAATGATGTGACCGTGGGAATCTCgt
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TTGAGCTGTAAAGCTGCTCACTACATTtttttactctcttgctatttgtc
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AATGGGAAGGGAAATTACGATATCCCAGGAAAGGCAATCTCGCAATGTAT
GGGCAGGCGAAATCGTCGGCCTTTTCAATACACGTCAGATCTGAATCTGA
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TGATATATAATATACTATTNtcaatttttctaaaaaaaaagcaATTCTGA
TTCCAGGCAGACCTTCAAGATTGAATACTTAATCCATTGCTCTTCGGGAA
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GTTTATCTGGGTGGTAAATTTTAGTCTCTTTCCGCCGAACAAACCTGTTG
TAAAGGGtataaaatctttcaattttttttctgacttcTTTCCAGGGGGA
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CATATCATTCGATCTGTAATCTTTCCGATCTTCGAATTATGTTTTGCGCA
AGTTTCTTTACTTTGAACAGTTAGACCAAGTTGTTGAAGGATGGTGTGTG
AACCTCCTTGGTGACCGATCTTTCCCCATCCTTAAATTTATTGAAATGAt
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TCATCATACCATTCAAAACTCTGTTTAATTGAATATTATTTGACTACTTG
GCTTAGCTTACCGGTGATGTAACATTTGCTACCAACTTTTGGAGCATCTC
CTTGGCTTGGTAAACAGACTGGTTGAACATTTCGTCCGAATTTAATTGGT
TGTTCCAATTGTAATAAAGCAATGTCGTTATCAAACTTAGATTCCCTTGA
ATTTTCATAACTATAGTGGACAACAGCTTTTGATACTTTTATGATCTGCT
CGCCTTCATTTATTCTTCGGTCATGATCTCCTAAAAGATTCAAAAAGTTA
GGGTTTGTTAACATAACCTTTAGCTTTATGATATAAACATTTTCTTCTAC
TCCTGTAACATCTTGTTTTGGACGTGTGTGCCTGATCTTCCCTAATTGTT
GACGGAAGTTGACAGAAAGTAGACAGTCCTCTTGCGATGCCGATTTTGAA
ATCAATGCGCGGGTATCTGAAGGCTATTTTTCAAGCAATGTTttaaaact
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GGGAGAGATTAGCtatttaaattaaatttctttacttttgaaaactagTT
GAGCCTTTTTTATtgttaaagtatttttttgctttttgattGAATGGAAT
TTGATTTACCTAATTTGACAGTAAAGTTTGTGGTCAGCAAAGACATTCCA
TTAACACAATGAGCAGCAGTAACAACCCATCGGCTGTTGATGATTGAACC
TCCACACATAAATCCACCGTTGCGGTGAAGTCCGATTTGCCATGGCCATG
AATGAGCTTTAGCATCTTTTCCACCGACAACTCTGGACATTGCAACTTGC
GGGCGTCCACAACTGCTTAAGGGCGGGTTAGTAACAGGTGGATTTGTAAC
GCCAGGACAGAATCCACATGATTTCTTACAATTGGTTTTGACATACCAGT
TAGTGTAGCAAACACCTGCCCAAATTGGACATTTCACGTTTAGGTCAACG
CAGTCACCtt Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000079:155793..169152+ >TCONS_00007703 ID=TCONS_00007703|Name=TCONS_00007703|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=2112bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000079:155793..169152+ (Clytia hemisphaerica) ATGTCACATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTT GATCGTGGCCACTTTGGCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGAT ACAACAAAAGACAATGTACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAA TATTGTGGACACTGCTCGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCC ACGATGGGCTCCATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACT GCAAGAAAAGTTGTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACA AGTGCACCAGGAACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGT TGCAATGTCCAGAGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGC CATGGCAAATCGGACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCA ATCATCAACAGCCGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGC GGTGAAGTCCGATTTGCCATGGCCATGAATGTCACATTCAAAACTCAGGA TGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTGGCCACTTTGGCCTGT TCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAAAAGACAATGTACCCA TCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTGGACACTGCTCGACAG GATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGGGCTCCATCATATTGC AAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAAAAGTTGTAACATGTG TGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCACCAGGAACCTACCCAC CCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATGTCCAGAGTTGTCGGA GGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCAAATCGGACTTCACCG CAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCAACAGCCGATGGGTTG TTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGCGGTGAAGTCCGATTTGCCATGG CCATGAATGTCACATTCAAAACTCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGC AGCCTTGATCGTGGCCACTTTGGCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTT CTCGATACAACAAAAGACAATGTACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGT GCTAAATATTGTGGACACTGCTCGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAG TTGTCCACGATGGGCTCCATCATATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAG CAAACTGCAAGAAAAGTTGTAACATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCA CCAACAAGTGCACCAGGAACCTACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCC ACAAGTTGCAATGTCCAGAGTTGTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATT CATGGCCATGGCAAATCGGACTTCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGA GGTTCAATCATCAACAGCCGATGGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCAC CGTTGCGGTGAAGTCCGATTTGCCATGGCCATGAATGTCACATTCAAAAC TCAGGATGAAGACTTTGATCGTTTTAGCAGCCTTGATCGTGGCCACTTTG GCCTGTTCAGACAAATCTTCTATCTGTTCTCGATACAACAAAAGACAATG TACCCATCCCTATTTGAAAGCAAATTGTGCTAAATATTGTGGACACTGCT CGACAGGATGTGTTGACAAGAACACAAGTTGTCCACGATGGGCTCCATCA TATTGCAAAACCAATGCATACGTGAAAGCAAACTGCAAGAAAAGTTGTAA CATGTGTGGCCCAAGTACCCCTGCTCCACCAACAAGTGCACCAGGAACCT ACCCACCCCAAGGATCATGTGGACGTCCACAAGTTGCAATGTCCAGAGTT GTCGGAGGACAAAACGCAAAAGCTCATTCATGGCCATGGCAAATCGGACT TCACCGCAACGGTGGATTTATGTGTGGAGGTTCAATCATCAACAGCCGAT GGGTTGTTACTGCTGCTCATAAATCCACCGTTGCGGTGAAGTCCGATTTG CCATGGCCATGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:155793..155902 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:155793..155902 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:155793..155902 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:155793..155902 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:155793..155902 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:155793..155902 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156286..156390 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156286..156390 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156286..156390 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156286..156390 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156286..156390 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156286..156390 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156803..157114 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:156803..157114 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156803..157114 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:156803..157114 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156803..157114 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1575043694:156803..157114 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:168900..169152 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1491911889:168900..169152 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:168900..169152 | TCONS_00007703-exon-sc0000079-1510915933:168900..169152 | Clytia hemisphaerica | exon |
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Position
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Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000079 | supercontig | sc0000079:155793..169152 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: Molecular Function
Term | Definition |
GO:0004252 | serine-type endopeptidase activity |
Vocabulary: Biological Process
Term | Definition |
GO:0006508 | proteolysis |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category |
Term Accession |
Term Name |
biological_process |
GO:0006508 |
proteolysis |
molecular_function |
GO:0004252 |
serine-type endopeptidase activity |
Blast
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