TCONS_00006574 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00006574
Unique Name	TCONS_00006574
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3202

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000069:259458..280716+

transcript sequence

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CA

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Legend: exon

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>TCONS_00006574 ID=TCONS_00006574|Name=TCONS_00006574|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21259bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000069:259458..280716+ (Clytia hemisphaerica)
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CTCTCTACATAGGCATTGAGTTCAGCCAGTTTGCCGGCCACTCCACCTCA
GAATAACCAACAATCACATCTGATGTCATGGAATTCCGTTGTCAGTGGCA
ACCAATATGGCAAATCACCAACATCACGCGACATGATGGAACCATGTACA
GTTAACACCAAAGACACCAAAGATAATACGTCACAGAAACCACAAAAACC
GTCTCCCATATTTGGTAACCAACAAAAGAATGCTGTCAAGAAGCCAACAG
CTCATGTCA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_003723	XLOC_003723	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000069	supercontig	sc0000069:259458..280716 +

Expression

No biomaterial libraries express this feature.

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00006574 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CNOT4 (CCR4-NOT transcription complex subunit 4 OS=Homo sapiens GN=CNOT4 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 330.872 bits (847), Expect = 3.936e-100
Identity = 160/228 (70.18%), Postives = 199/228 (87.28%), Query Frame = 3

Query:    3 CPLCMETFEIDDINFFPCTCGYQVCRFCWHRIRTDENGLCPACRKAYSEDPAMYRPLSQDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXTTDSRQHLANIRVIQKHLVFVVGLSNKMADPEVLKRQEYFGKYGKILKIVINPNTNYAGPQGPSASAYVTYSKEEEALRTILSINNMQPPLK-IRSSLGTTKYCTHYLRNTVCPKMDCMYLHDLGDMNASFTKEDMQAGKHQLFEKDLL 683
            CPLCME  EIDDINFFPCTCGYQ+CRFCWHRIRTDENGLCPACRK Y EDPA+Y+PLSQ+ELQ+IK E+KQK+ ++KQK +++R+HLA++RV+QK+LVFVVGLS ++ADPEVLKR EYFGK+GKI K+VIN +T+YAG QGPSASAYVTY + E+ALR I  +NN+    + +++SLGTTKYC+++L+N  CPK DCMYLH+LGD  ASFTKE+MQAGKHQ +E+ LL
Sbjct:   14 CPLCMEPLEIDDINFFPCTCGYQICRFCWHRIRTDENGLCPACRKPYPEDPAVYKPLSQEELQRIKNEKKQKQNERKQKISENRKHLASVRVVQKNLVFVVGLSQRLADPEVLKRPEYFGKFGKIHKVVINNSTSYAGSQGPSASAYVTYIRSEDALRAIQCVNNVVVDGRTLKASLGTTKYCSYFLKNMQCPKPDCMYLHELGDEAASFTKEEMQAGKHQEYEQKLL 241

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00006574 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00006574 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
CNOT4	3.936e-100	70.18	CCR4-NOT transcription complex subunit 4 OS=Homo s...	[more]

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TCONS_00006574 (transcript) - C. hemisphaerica