TCONS_00004778 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00004778
Unique NameTCONS_00004778
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2227

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00004778 ID=TCONS_00004778|Name=TCONS_00004778|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2227bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000048:126098..137079-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00004778 ID=TCONS_00004778|Name=TCONS_00004778|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10982bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000048:126098..137079- (Clytia hemisphaerica)
GATAGAAATTTTTTCAGAGCAGTTAAAGTTAAGGTGGTTATGAAATTCTA ATGTTTGCAAAAATTATTCACTTTCTTGCATTGGACATCAATGTGGCTAT TATCCAGAGTACAGATTTCTGTAAAGTCCGAAAGACTAAGATTTTCCAAG CAAAAAAAAATTGAATATCGCAAAAAATATTGTTACTATTGTGTATGAAA AGCCGCGGAGCTTCTGATTAATTAAGCACTGAAATTCTATTGTAATGTCG CGTGATCACGGTACACTTTTCAACTAAAGGCTATCTAGCCCTTCTAGCTT TATATATCTGTGTTACCCAGAAAATTTAATCCGGAGATTTAATTCTTAAT ATTTTCGAGCCTAAATTTAAAATTACAAACTCAAATAAGCTCGACAAGTA GCCAACAACTGTTGGAGGCTTTGTCGCATATTAGACTAAATTTAATTTTA ATCTATTACATCGATTGCTTATAAACCCGGAAACACTTGATCTGAAAGCT ACTGTACACATACGGACGAAAATTTGGGTTCCCAAATTGGACCATTGTCC ACTTAAAGGAAAAAATATGCATCTTTTGGAACCAAATGGCCGGTAGATTT CTTGCTTGATTTCTTGCCTCAGTATCAACTTTTTACTTTATTCTTTTCAA AAATAACGAAGATATGATCCGACAATTGGTGCTCTGTAGGGGTCTTCAGA TATTTCATCAACATTTTTAATTAAAACCAAATTTTTGACGTTTGAGAGTA GCACGCTGATTAATTTTGTTATTTTTAATAACAAGTTCAGATAAAAATGA ATACAGTATGTAATACAAAAAAAATCAGGTATTTTGTCATCGTATAAAAT ACATTGGTTGCTCAAAAGACGTTATTAAAAAAGGCTTGATAGAATTAAAG CTAGTTTCATCAGTATAATATTAATTACTTTGTGACAACTAAATAGCAAG 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ATGAAATTTCTAGGTATTTTTCTCACCGGGACCGAATTTTGACCGATATT TCGATTGATTTGCAAGGGTCCCACCGAGGGTGTCACTTTAGAGTTGACGT AATGATTATAGCTTAAATTCCTATCCAGTCCCTTAGTTCACTTTTTTGAT AATTCTGCACACCCCTGTGTCACAGACCCGCTGGGGCCCCACTGAAAAAT TTGGCAAAAATTTCGTTACCGGTTGGAAAAATACCCAGGAATCTCAGCCC CATTGGGAAATTGACTTTGCTTCCATCCCCATTCGAAATTCGNCAGGAAT CTCAGCCCCATTGGGAAATTGACTTTGCTTCCATCCCCATTCGAAGTTCG TTGTTTAGAAATTGCACTCCAAAACCATCTCCAGTGGATTTTTTAACCTT CGAACAATATAATTTTTATCCCCATTGAGATTTCAATCGCAAATCTTTAT CCGTGCTGTAGAAAAAAAAGTTTCACCGGGGCTGTGAGACAGGGGTGTTT CTGATAGCGTTCACTAAAGGATTTTATCACGTCCATTAGTAAAATCAAAA AGTGGTGTAAGTTGCTCTGGGTACAAGATTGCCTATAGCTAAATGGAAAC TCTACTTTCATTCAAAGATTGCAAATTCCAAATTCCAAATCATTCCTTGA AGTTTCCTCCCCTAACTTGTTTTTTATCAAATATTTCAATACGCTTTTTG CTTATCTTGATCCTGAGACGCTTCACTACGTTCACAAAACTTACATAAAT TTTCAAATCAAGATAGAGGCCTGGACATAGCATAAAAGAATTCATCACAT GATTTTAATTAAACGTATGATTTTTTAATGGTTTCCATGGTAATACGATA ACTTGATACCTTTTGATTCTGTAACACAAAGCCTGTACAATCATGAGTTT TGATCAAGGTTTCTGATTGAATGCAGTAATTCGTCAAAGACAAAGAGAAA 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TTTTTTGAGTGTTATTTGAAATTAAACATTTCAAAGAAATCATGAAAACA ACAAAGAAATCAAGATCAGGGTAATTATCGAGAATTTATAATTTTTATTG TTTTTCATTAATTACGATTGAAGGCCCTGTAAAGTAAAGTGTTCTTCTAA ATGATGAATTTCAGTTTTCATTTTCAAGAATTTCAGCTTTGATAGGAGGT TGGTACAGTATCAAATTTTTATAAAATTTTAAAATTACAAATCAACAGAG CGCAGTAGAGATTGTTTTTAAAACATTTTAAATTAATGAAAATTGAGACT TCAATAGCGAGACGACACAGTCAAAAAAATTTTCTCCGTTTTTTTTTTAG ATGTGTTGTGTCCGTTCTTGATTACTTGTATGCCATTGCACAATCACATT CATTTTGTCATTCTATGCGAGCCTGATTAACATTTCTCTTTGTTCTTTTC TGTTTTGATTGGCTGAAAGCCGAGTTGACATACTGTAATGCTTTTTTTGT TGATATAGCTATTTGAACTTTTTTAATAAATTGCGGATATGTGATTTTAT AAGCATACTTTAAGTAATAATCTCAATTCAAGAGGTCTCTAATAAATGCT TTACGGTAGATGTACAGGAGTATTTTTAGGTCTTAAACTCAAACGTTTGA GAACATCCACAGGTTTAACATACCTACTTCTCACAGTCACATTGGAAACC CTTCCCATTGGGAAAATTGGCCAATATATCGTCCCCAGTGGAATTATACA CTAATTCTTGTCCGCGCTGAAAATAATCCGATAAGCAAATCCTCACTGCA ACGTATATTGTGCTAATTTTTCAATTCCCACTGAATTTTTGGCTCGAAAA ATATGGAATTATCCTACCCGGCCTATGAACTATGAGAAGGGAGTGTCTTA ACAATTTCAGATGTTCTTATAAAGAACATGTACTCATTAACTAAAGGAGA 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CTGGTGAGAATCCACATAAAATGATACACGAAATGCCACCGCAACCACTT TCACCGACAACCAACAGTGGTGGTGGGCGCCGAAAGAGGGCGTACGCCCC ATTGTTACCAAATGAAGAACCACCACATTTGAAATACACCAAAGTGAAGC GAATCGATGGTAGCAAGTTGACAGCACAAAAAGTCCTCCAAGGTATACCT ACTTTTCAATATTTCTTTCTTTCTCTTTTTAAACTGTTAACGATCGAAGA AACAACAAAATACAACAATTCAAACATTCAACATCGAAGAATTGTTATTT CTATCCTTTCTATCCTTACTTGAAATTAAGGGACAATCTTAATTAGTATA AAGTTTACGTGGGGCTATTATCTGAATATTAAGATATAAAGCAACATTTT CAAATTTAACAGTCTACTTTCAGAGTTATTTTTCAACCAGACTTGATTTG ACCAGAACATTGATACAGGAGAATATATATTTTTATTTGCTTTTTGTTTC AGATTTCACAAAGAGGCGATTCATTGCTTATAATCCACGATACGATTTGG ACTTATTAATTGTTCCTCCGCCCATCCCTGCATCAGACCTCCTCAAGGGC GGTCATCAATTCAAAGGAACTGAACAAAAAATGACCAACATTCGATCTCC AGTAGCCTCACCACAAGAAAACAAAATTCAAAGCGAACGTCGATCAACAA TTTACGGAAAACCATCCAATGAGAGTCACTCCGATAAAGAGGACGAGGAA GTTTTTACGGAACCGAGAAGTCCTCTTGATGACGCAAACAATAATAATCA CCATGACGATAACAACAACAATAACAAAACTGTAAATAATAATTCATGGC CGCACAAGCCACAAATATATTCAGGGAAAGGTGTCTCTGTGTTACCAAGC ATCAAAGAGGAGCCGAGGAGCAATAAATTGGAAGATCAGATTAATAAGTT GAGACATGATCAAGAAGCGAATACGATTCCAGCCGTCTACCGACAACAAG ACAGTCCTTACAGTGATACCAACAATAATAACGAAAACAGTCCCATGGTG GTCAGAGAGAATGCAGCTTCGCCGATTCCTATTGTTAGACGTACCGAACA GTATTGCAGTTAGAAATGCGTTTCCATTTTTTCCATTTCTAAAAACTAAA AATTTTGAATTTGTAGTGAGTTTAGCGCGTCTTTATGTTAAATTTTGTAA TCCTTAGGCTCGAAGTGGAGGTGTATTTACTTTACAGAGCAGAAGATAGA TTAATCTTTGTATCAATGGTGATTTTTTTGTCACGTTGTCTTGTTGCATT TGGAGATTGGATTATAAAGCCAGTTGCTTTTGTTATTGTATATCCTCATT AAAAAACGTAAATTTTTGAAACTTTGTTGATATTTTTCCTCTTCTTTTTG TATAGTTTACTAGATAGATATAATTTTGAAAGTTTTTGGATGATTAGACA ACTTTGAAAATATTGATAAATAAATAATTCAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_002702XLOC_002702Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1575043694:137047..137079TCONS_00004778-exon-sc0000048-1575043694:137047..137079Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1575043694:127388..128601TCONS_00004778-exon-sc0000048-1575043694:127388..128601Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1575043694:126098..127077TCONS_00004778-exon-sc0000048-1575043694:126098..127077Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1510915933:137047..137079TCONS_00004778-exon-sc0000048-1510915933:137047..137079Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1510915933:127388..128601TCONS_00004778-exon-sc0000048-1510915933:127388..128601Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1510915933:126098..127077TCONS_00004778-exon-sc0000048-1510915933:126098..127077Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1491911889:137047..137079TCONS_00004778-exon-sc0000048-1491911889:137047..137079Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1491911889:127388..128601TCONS_00004778-exon-sc0000048-1491911889:127388..128601Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00004778-exon-sc0000048-1491911889:126098..127077TCONS_00004778-exon-sc0000048-1491911889:126098..127077Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000048supercontigsc0000048:126098..137079 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.05579 0.974926 0.84887 2.10833 7.23723 1.75682 3.22046 0.000223498 3.06498 0.190949 1.20977 2.10293 3.38023 0.000957502 1.53853 2.01474 6.4968 9.63021 0.0654281 5.31445 2.0592 5.7095 7.52532 2.31865 0.00288257 0.000348589 11.3161 14.0612 2.33315 5.51502
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00004778 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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