TCONS_00004552 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00004552
Unique Name	TCONS_00004552
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5191

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000045:387347..395175-
coding sequence from alignment at sc0000045:387347..395175-

transcript sequence

>TCONS_00004552 ID=TCONS_00004552|Name=TCONS_00004552|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5191bp
gacgtcagtttttcgAAAGTCAATAATAGTTCAAACAGTgttcgaaattt
ttcaaaatccttcaccaaaacatttttcaacaatTCAACATGGGACTACA
TTCATCTGGCGTGAAATAAGCGGTAAAAACCATCAAAccaacatttttca
tttttttcgatCTTGATTCATCATGGCAGATCACATGGTTGACGCGGCCA
CGCGCGCCAAAATGACAACCCGCTGGACGAAAACGGACAAACTAAAGTAT
CGCTCCTTGTTCCTTTTCAATAAGGACAATAAATTCCGCATCCTTCTTTA
CAACATCTCGACCTCCCAAATATTTGATTTCATCATTCTACTAGCTATTA
TTGGAAGCTGCATCCTTTTGACAAAACAGCGACAGCAACAATACAGTTTA
ACCGACAAGttgattttgattgatttgatattgaatctattgtttgcATT
TGAAGCGCTGATGAAAATTGTGTCACATGGATTTGTTCTTCATCGACACG
CCTACTTACGAGATCCATGGAATATCTTTGATTTCATTGTCGTCTTGGCA
GGTGGTTTGTGGGACATAGCGGCAGTGACGACGGACGGCAAGTCATTCAG
TTTGAAAGCTCTCCGTTTGTTTCGTGTATTTCGACCACTTCGATTGATCG
TCAAGTCGAACAATTTGAAAGTAGTGCTTGATACCATCATCAAATCATTC
AATGTTTTATTCCATGTACTGATGTTTATTCTCTTACTTATCTTTCTCTA
TGCTATCACTGGTATGGAGTTATTTGGAGATACCGTCTACACGGCATGTG
TATACAACGGAACGGGTCAACTGTGCGATCCATTCTTACTATGTGATTTT
GGAGATACGACTTTCTGTCCGGAACGTTTCGGATTGAACGCCTCTTGTAT
GGAGTATCCCAGTAAAGGAGTTGAATACTCACACttcgaaaatatctttt
catctATGCTGACTGTACTACAATGCATCACTATGGAAGATTGGGTTCTA
GTTGCTTATGATGTTGCATTCTACAATTCGCATTACGCCACttggattta
ttttatttcactCATTTGGATTGGTGGATATTTTGCTATCGATTTGTTGA
TGGGTGTCCTTGGTAACCAATATCTAAGAACAAAAGAATGTGCCATTATT
GCTATGGAGAAACGCAAAGAACGCGAAAGAGCAgAACGCTTACTGGAAGA
ACCGAAGAAACCTTTGTGtaatttatggaaaatattAAAGCCACGTTTGA
ATCAACTTGGTGAGCGAATCTCGCGCCAAGCAGCAAAACTACAAACGAAA
TTCAAGCCCATCAATGACCACATGGCTTTCTTCTATCTCGTCAATCTTGT
GGTGTTGGCGGACGTCCTTGGAAGTACGTATTACGGACAGAACAGACCGG
ATGCTCTACCAAGCCAGTTACCAACAACATATATGGGTCTCAAATTTAGC
TTATTTATGTTTTacgtttttgaaaacatgatcgAAGGCTTCAGTTTGGG
ATTACACAAGGTTAAAAAGAGCCCATACTTTATGATGAGTGCCGGTATCA
CAATCACAGCTGGAATTGAATTATTTCTTGCAATCACTGGTTGGACTAAT
GAAGTCTTTGTTGGGATCTCCTTTATAAGAGCTGTGACTTTAGTAGAGCT
CTTCAAGCTAACACGCTGGTGGGAACGTTTGAAAATGATTATTAATTCGC
TTTTCGAGACGCTCAAAGGTGTTATCTACCTCTTCGTACTACTCTTCATT
GTGCTCGCAAATTACGCTTTACTTGGCAATCAATTTTNTCTCTTTGTACT
ACTTTTCATCGTGCTCGCAAATTACGCTTTACTCGGTAATCAATTCTTCG
GTGATCCTGAAAAGAACCTACCAACCACATCAGGGACTTTTGATTCCTTT
GGAAGTTCCCTTCTGCTGACTTTTGTTATGTTAACAGGTGATAATTGGAC
AGGTATCATGTTTGACACTGTGGAATTGATGAATGCACCGTGGGAAAAAG
TGTTGACAGTTCTTTACTTCATTTCATTTGTGGTGATCGGAAATTTCATC
CTTATGAATGTTTTCCTTGGTATCATTGTTGATAATCTCACCAATGACTT
TGAAGAGAAACAGATCGAACAAGCCAATAAAGAACGACGTAAAAAGCAGA
AAATGTTAATCAGTCAAGTCTTCAAAGCCAAAACCCAGTTGATGCAGAAA
TGGAAAAGTAGTCATGAAAATAACGGTAGCGAAGAAGAAAATACAGAGAA
TAAAAACGAGGCTAAGAAAGACCCAAATCCAACGAATACAAAAAATAACA
AGTCATCAAGATTGTCTGAAGCTTTGAAATTGGTTCGCAAACCGGTCGAT
CCGAAAGTAAAAGATGTTGCATTTTTCGTAGATAATACATTAAAAAACAC
TTTGGTACATTTCGATGATGGAACAACGAGTTCGTTCAAGTCTGACGGAT
CATTCATGTCCACAAAATCGACCATTCAGGTCACAGCGAAAACCTCCAAG
CTTTCCAATACGCTTGGAGATGGGTATGGGCTGGGCGAAGATCGGGATTA
TCGGAATTCAAGCAGCGATGACGGGGATAGTGAAGAGGAGGACGAAAATC
CTCACACTCAAATCGAAGACATCCATGACATGATTCGAATGAGTTCGCGA
AGACGTGCATATAGCTTACGATTGAACCCTGAAATCAATTGCCCAATACC
TCACCATAAAGCTTTATTCTTATTCAAACACACTAACGAGTTCAGAAGAC
ACATCTTCTGGCTTGTAACCAGCTCCAAATTCACGTACGCTGTTTGTGCA
GCTATTGTGATTAGTTGTGGACTGATGGCTCTCGATGACCCCTTGAATAG
AGACCCAGAATTGACATTGTGGTTGGATAGAATTGATTACGTTTTCTCAG
ctgttttcttaATCGAAGTCATTCTCAAGAGTATAGCATATGGTTTTGTG
ATGGGTCATAAAAATTGTTACCTGCGAAGTTATATGAACATTATCGATTT
CGTTGCCGTGTTTTTCTCGgtgttcaatatttttattatgcTGGTCGGGG
AGTCGGAACACTTACAATTCAAGACTATCCGTATCATTCGTGTTGTACGC
ATGTTGAAGATCTCCACCGATTTGAAACGTGTTATTAACTGTTTGTTGAA
CAGCTTACAACGGATCACGTATTTCCTGGTGCTTTACGTTCTCATCCTCT
TCATCTACGCCGTCATCGGAGTACATCTTTACCATCACGCCTTACATGTT
CCATCGCCCATCAATTTGGTCAACGCCTCCAGTAATACGCCCTACTTGAT
GAAAGACAGCCACGGGTCCATTAGTTCTTCACCTGAGATGTCTTGGGAGG
GTGTCAAACTCTCCTTCAATAATTTTGGTCACGGAATGATGACACTGTTT
GTTGCCAGTACGTTAGATGATTGGTTTTTGGTGCTGACACGGCTGACGAC
GGCTGGACATAGCGAAGTAACCGGCATCGTTTTCCTACTCTCTTTTCTTA
TTCTAATGAGCTTCATCTTGATGAATGTGTTCATCGGTTTTGTGGTGGTT
CTCTTTcacaaagagaaagaaaaagacgAACAATACAATGTCTTAAACAC
GTCTGGTCAAGAATGTTTGGTGACCGCGCTGTCCGCTAATCCAACGCAAT
TGTACGATCAACCGCATGGTagatttaaaataattttctggaGGCTTGCA
TCACATCCATGGTTCCAAAAGCTAAGCATGATTATGATTTTAATGAATAC
AGGCTTCATGATGACCAAACATACACGGCAAGATGAAGTATTCTTTCAAA
TACAGAGGCTAAGTAACATCGTTTTCACTAGCCTGTTCACCATTGAAATT
GCTATCAAATTAACAGCCTTCTCTATGAAAGCCTTGTTAAGAGATCGCTG
GTTGTTGTTCGATGCTATCGTTATTCTTGGGAGCTGGTTTGATATCGTAC
TGGAGGAGCTACAAATACCATTCTTAAAGTTATCCATATTCCGACTTTTC
CGTGTGGCTCGATTAGCACAAGTTTTGGGTAAAGGAGGCAATTTGAGACA
GTTATTTGCGACATTCTTGAAATCAATGAAATGTGTACCATCCATTGCGT
GCTTGATGGGTTTAATCCTGTATTTCTACGCCATTCTGGGAATGAACtta
ttcGGGCGTTTAAAAATCGACGATACAACTGCTATCAATAGCAACGCAAA
TTTCCAGAGTTTTACCGCCGCTATACTCGTGTTAATCCGGGTTACAACTC
TCGACCAATGGCAAGGCATTATGTTAACATGCGCAGACACACATTTGATG
AACTGCGCAAATGGAAGCAATGAGAATTGTGGGACAACCATTAGTTATTT
TTACttcggttcctttgtttttatctgttCCTACATCATGACTAACCTCT
TCTTAGCCTTCATAATGGATAATTTTGTATACTTAACACATGACTGGTCT
GAACTTGATTCCCGACATATTCATCTATTCACCGCTATATGGGGCCAGTA
TGATAAATCAGGGGCCGGATTCATTAAGAAGGAAAAACTTGTATCGCTGT
TGAAGAACTTAAACCCTCCACTTGGGAATGGTAAAATGTGCCCAGACCGT
ACCATCTATGCTCGCATATTAAAGTTACGCGTTCCAGTGGAAAAAGACGG
AACCGTCCGGTTTAACGAGCTTTTGATGACATTGGTATTGGACTTCTTAC
AGCTTAAAGTTGATAACGTCATCTTAAGAGAAGATATTCATAAGTTGTTC
CCGATCATTAACGATGACTTGTTGGATCGTGTTTTACCATTAAGTTATGA
TCCGCGCATCATCaatgaaactgaaaaagaattttACCAAGATTGCGCGT
CATACGTCATTACGGGTTATTGCCGTTTATACAAGAGTAGTTTAACAGCT
GCATTTAAGATCAAGGATAATGCGAACAGCAGTAAAGAGGTGCAAAATAT
TTCCAGAGGAAAGTTCGCGTCATTGGTATCGCGTTCAGCGCGTGATGTTC
CTTCCATCGAGATCACAGAACCACGTGGTTCGAAATCATTGACCAATCTT
GATTTAGAACGTGGAGACCTCGTGCAGAAAATCAAGGTAGCTGAACGGAG
TAGAACTTGGTAAAAGGTCTTTTTATACATTCTTATTATAGCTGTAGTGt
tgttgaaataaatatatttaaattCAATTGAAATTGGCCAT

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00004552-protein

>TCONS_00004552-protein ID=TCONS_00004552-protein|Name=TCONS_00004552-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1646bp
MADHMVDAATRAKMTTRWTKTDKLKYRSLFLFNKDNKFRILLYNISTSQI
FDFIILLAIIGSCILLTKQRQQQYSLTDKLILIDLILNLLFAFEALMKIV
SHGFVLHRHAYLRDPWNIFDFIVVLAGGLWDIAAVTTDGKSFSLKALRLF
RVFRPLRLIVKSNNLKVVLDTIIKSFNVLFHVLMFILLLIFLYAITGMEL
FGDTVYTACVYNGTGQLCDPFLLCDFGDTTFCPERFGLNASCMEYPSKGV
EYSHFENIFSSMLTVLQCITMEDWVLVAYDVAFYNSHYATWIYFISLIWI
GGYFAIDLLMGVLGNQYLRTKECAIIAMEKRKERERAERLLEEPKKPLCN
LWKILKPRLNQLGERISRQAAKLQTKFKPINDHMAFFYLVNLVVLADVLG
STYYGQNRPDALPSQLPTTYMGLKFSLFMFYVFENMIEGFSLGLHKVKKS
PYFMMSAGITITAGIELFLAITGWTNEVFVGISFIRAVTLVELFKLTRWW
ERLKMIINSLFETLKGVIYLFVLLFIVLANYALLGNQFXLFVLLFIVLAN
YALLGNQFFGDPEKNLPTTSGTFDSFGSSLLLTFVMLTGDNWTGIMFDTV
ELMNAPWEKVLTVLYFISFVVIGNFILMNVFLGIIVDNLTNDFEEKQIEQ
ANKERRKKQKMLISQVFKAKTQLMQKWKSSHENNGSEEENTENKNEAKKD
PNPTNTKNNKSSRLSEALKLVRKPVDPKVKDVAFFVDNTLKNTLVHFDDG
TTSSFKSDGSFMSTKSTIQVTAKTSKLSNTLGDGYGLGEDRDYRNSSSDD
GDSEEEDENPHTQIEDIHDMIRMSSRRRAYSLRLNPEINCPIPHHKALFL
FKHTNEFRRHIFWLVTSSKFTYAVCAAIVISCGLMALDDPLNRDPELTLW
LDRIDYVFSAVFLIEVILKSIAYGFVMGHKNCYLRSYMNIIDFVAVFFSV
FNIFIMLVGESEHLQFKTIRIIRVVRMLKISTDLKRVINCLLNSLQRITY
FLVLYVLILFIYAVIGVHLYHHALHVPSPINLVNASSNTPYLMKDSHGSI
SSSPEMSWEGVKLSFNNFGHGMMTLFVASTLDDWFLVLTRLTTAGHSEVT
GIVFLLSFLILMSFILMNVFIGFVVVLFHKEKEKDEQYNVLNTSGQECLV
TALSANPTQLYDQPHGRFKIIFWRLASHPWFQKLSMIMILMNTGFMMTKH
TRQDEVFFQIQRLSNIVFTSLFTIEIAIKLTAFSMKALLRDRWLLFDAIV
ILGSWFDIVLEELQIPFLKLSIFRLFRVARLAQVLGKGGNLRQLFATFLK
SMKCVPSIACLMGLILYFYAILGMNLFGRLKIDDTTAINSNANFQSFTAA
ILVLIRVTTLDQWQGIMLTCADTHLMNCANGSNENCGTTISYFYFGSFVF
ICSYIMTNLFLAFIMDNFVYLTHDWSELDSRHIHLFTAIWGQYDKSGAGF
IKKEKLVSLLKNLNPPLGNGKMCPDRTIYARILKLRVPVEKDGTVRFNEL
LMTLVLDFLQLKVDNVILREDIHKLFPIINDDLLDRVLPLSYDPRIINET
EKEFYQDCASYVITGYCRLYKSSLTAAFKIKDNANSSKEVQNISRGKFAS
LVSRSARDVPSIEITEPRGSKSLTNLDLERGDLVQKIKVAERSRTW

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000045:387347..395175-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00004552 ID=TCONS_00004552|Name=TCONS_00004552|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7829bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000045:387347..395175- (Clytia hemisphaerica)
GACGTCAGTTTTTCGAAAGTCAATAATAGTTCAAACAGTGTTCGAAATTT
TTCAAAATCCTTCACCAAAACATTTTTCAACAATTCAACATGGGACTACA
TTCATCTGGCGTGAAATAAGCGGTAAAAACCATCAAACCAACATTTTTCA
TTTTTTTCGATCTTGATTCATCATGGCAGATCACATGGTTGACGCGGCCA
CGCGCGCCAAAATGACAACCCGCTGGACGAAAACGGACAAACTAAAGTAT
CGCTCCTTGTTCCTTTTCAATAAGGACAATAAATTCCGCATCCTTCTTTA
CAACATCTCGACCTCCCAAATATTTGATTTCATCATTCTACTAGCTATTA
TTGGAAGCTGCATCCTTTTGACAAAACAGCGACAGCAACAATACAGTTTA
ACCGACAAGTTGATTTTGATTGATTTGATATTGAATCTATTGTTTGCATT
TGAAGCGCTGATGAAAATTGTGTCACATGGATTTGTTCTTCATCGACACG
CCTACTTACGAGATCCATGGAATATCTTTGATTTCATTGTCGTCTTGGCA
GGTCAGTGAAAAATGTCGTGTTTTTGTTACTGTCCGTTAAAGATTAGAAT
GTTCCATGGCCGACTCATTAGTTTTGACTAGGCTTTACACCACCTTTTCT
TAACTCTATACGTCCGTGATTGGAATAAGTGTTTTAAAAGGGTTTTTGTA
AGGATATTTTATGGTACTAAATTTGTTCGAGATGAGGAGACATTCCAGTT
ATGGAGACTCTAAATTTATCTAAACATCTCAGACATCTCATGTTTGGAAA
GGTGTTTCCGAAAAGGATCATAATTTCTCGCATTTTTTTTCCAGGTGGTT
TGTGGGACATAGCGGCAGTGACGACGGACGGCAAGTCATTCAGTTTGAAA
GCTCTCCGTTTGTTTCGTGTATTTCGACCACTTCGATTGATCGTCAAGTC
GAACAATTTGAAAGTAGTGCTTGATACCATCATCAAATCATTCAATGTTT
TATTCCATGTACTGATGTTTATTCTCTTACTTATCTTTCTCTATGCTATC
ACTGGTATGGAGTTATTTGGAGGTAGGTTTTTCCACATTCACCAGTTTTC
ACCAATCATACAAGTATTGAATCCAAGCATCAAGAGGTGCCTTATAATCT
TGTTATAAAGCTTCTAGATTTGTTTTCTTATACCCTGACCGTAAACATCA
GTTTTCAGAAATAAATCTTATATGGATTTCATGGTCGAAATAAGACCCTG
ACTACTTTTCCTCTTGATTATTTAGATACCGTCTACACGGCATGTGTATA
CAACGGAACGGGTCAACTGTGCGATCCATTCTTACTATGTGATTTTGGAG
ATACGACTTTCTGTCCGGAACGTTTCGGATTGAACGCCTCTTGTATGGAG
TATCCCAGTAAAGGAGTTGAATACTCACACTTCGAAAATATCTTTTCATC
TATGCTGACTGTACTACAATGCATCACTATGGAAGATTGGGTTCTAGTTG
CTTATGATGTAAGTAGCAAGTCCTTGTTTGGTATCTTTATTTTTTTGTAT
CAATGCTGTGATTAACTGACAAAAGGAGCTGAATGAGAAAAGTAGCCACA
ATATAATCCGCCTTAAAATGACTTAATGAATTATGACTCCAGTGTGTCAA
CCAGTTCTAGCCAAGAACAGTTGCAAAAGTAATACCCAGTCTTGAGTTAT
TCCGTTGAAAGATGCGATTTAAAAATGTGTGAGCACTTTACACTTTTTTT
AATAAGAGCTTTGGATAACTTTGTTCTTGTCTTTTCGTCATTTTCAGTCT
TAATATTTATTTATTTATTGGCTTTAGAGAAGCTCAAAATCAGCATTTCC
TCGGCTATTTCGGAGATTTGAGGCCCGGATTGTTCTGAATTAGTTCTTAG
GTTTGCTTCGTGTTCTTATATAATTGTTCTTAAAACGTATTTACCTTCGA
CCCATCTCTTTAGGTTGCATTCTACAATTCGCATTACGCCACTTGGATTT
ATTTTATTTCACTCATTTGGATTGGTGGATATTTTGCTATCGATTTGTTG
ATGGGTGTCCTTGGTAACCAATATCTAAGAACAAAAGAATGTGCCATTAT
TGCTATGGAGAAACGCAAAGAACGCGAAAGAGCAGGTATTTTCTATGTTT
TTTATTTTGTGAATTTTTGGATTAGAATATGAAATTATTTGATTCCGATA
TCAGCTCAGTGAGAAAAATTTCCTGAAATTTCAAAATTTCTCTTGTCCCT
ATCAGAAAGGATACCATAATTTTGTACTAGTACCTTATAATCCCTTTAAT
GTTGCTTCTTAGAACGCTTACTGGAAGAACCGAAGAAACCTTTGTGTAAT
TTATGGAAAATATTAAAGCCACGTTTGAATCAACTTGGTGAGCGAATCTC
GCGCCAAGCAGCAAAACTACAAACGAAATTCAAGCCCATCAATGACCACA
TGGCTTTCTTCTATCTCGTCAATCTTGTGGTGTTGGCGGACGTCCTTGGA
AGTACGTATTACGGACAGAACAGACCGGATGCTCTACCAAGCCAGTTACC
AACAACATATATGGGTCTCAAATTTAGCTTATTTATGTTTTACGTTTTTG
AAAACATGATCGAAGGCTTCAGTTTGGGATTACACAAGGTTAAAAAGAGC
CCATACTTTATGATGAGTGCCGGTATCACAATCACAGCTGGAATTGAATT
ATTTCTTGCAATCACTGGTTGGACTAATGAAGTCTTTGTTGGGATCTCCT
TTATAAGAGCTGTGACTTTAGTAGAGCTCTTCAAGCTAACACGCTGGTGG
GAACGTTTGAAAATGATTATTAATTCGCTTTTCGAGACGCTCAAAGGTGT
TATCTACCTCTTCGTACTACTCTTCATTGTGCTCGCAAATTACGCTTTAC
TTGGCAATCAATTTTNTCTCTTTGTACTACTTTTCATCGTGCTCGCAAAT
TACGCTTTACTCGGTAATCAATTCTTCGGTGATCCTGAAAAGAACCTACC
AACCACATCAGGGACTTTTGATTCCTTTGGAAGTTCCCTTCTGCTGACTT
TTGTTATGTTAACAGGTGATAATTGGACAGGTATCATGTTTGACACTGTG
GAATTGATGAATGCACCGTGGGAAAAAGTGTTGACAGTTCTTTACTTCAT
TTCATTTGTGGTGATCGGAAATTTCATCCTTATGAATGTTTTCCTTGGTA
TCATTGTTGATAATCTCACCAATGACTTTGAAGAGAAACAGATCGAACAA
GCCAATAAAGAACGACGTAAAAAGCAGAAAATGTTAATCAGTCAAGTCTT
CAAAGCCAAAACCCAGTTGATGCAGAAATGGAAAAGTAGTCATGAAAATA
ACGGTAGCGAAGAAGAAAATACAGAGAATAAAAACGAGGCTAAGAAAGAC
CCAAATCCAACGAATACAAAAAATAACAAGTCATCAAGATTGTCTGAAGC
TTTGAAATTGGTTCGCAAACCGGTCGATCCGAAAGTAAAAGATGTTGCAT
TTTTCGTAGATAATACATTAAAAAACACTTTGGTACATTTCGATGATGGA
ACAACGAGTTCGTTCAAGTCTGACGGATCATTCATGTCCACAAAATCGAC
CATTCAGGTCACAGCGAAAACCTCCAAGCTTTCCAATACGCTTGGAGATG
GGTATGGGCTGGGCGAAGATCGGGATTATCGGAATTCAAGCAGCGATGAC
GGGGATAGTGAAGAGGAGGACGAAAATCCTCACACTCAAATCGAAGACAT
CCATGACATGATTCGAATGAGTTCGCGAAGACGTGCATATAGCTTACGAT
TGAACCCTGAAATCAATTGCCCAATACCTCACCATAAAGCTTTATTCTTA
TTCAAACACACTAACGAGTTCAGAAGACACATCTTCTGGCTTGTAACCAG
CTCCAAATTCACGTACGCTGTTTGTGCAGCTATTGTGATTAGTTGTGGAC
TGATGGCTCTCGATGACCCCTTGAATAGAGACCCAGAATTGACATTGTGG
TTGGATAGAATTGATTACGTTTTCTCAGGTAGGCTTCTATATTTACTTCA
CTAGCCAGCGACAGAACTGGGTCGGCTCGAAATTTATAACGGAGAGTGAA
CGTGTAGGATAAGTTTAAAGGATATCCTACCTTATAAATCATGAATCCCT
TGCACCGTTTTACCATTTTTACCATTTTTAGCGAGGGAATTTGCTTCCGA
AGAACGGTCAGTATTTTTACTGAAAGTATATTTGTTTTGTTCTCGGTTGT
CCCACAAAATTTGCTGCGATATGAACGAAAGATACAGTAAGTAGCCTCAT
CCGTCTTAGCAAGTTTACTACCGATACTTAAACCGTTAAAAAGTAGTTTG
GTGTCTCTTGAAGAGAGGCTGCGGTAACTGGTTGTATATATATATAATAT
TTCATACTCCAAGTTACTGAGAGTATCAAATTATCAGCTTGATGGCAAAT
TTTATCTTCCCTCTTTTTCAGCTGTTTTCTTAATCGAAGTCATTCTCAAG
AGTATAGCATATGGTTTTGTGATGGGTCATAAAAATTGTTACCTGCGAAG
TTATATGAACATTATCGATTTCGTTGCCGTGTTTTTCTCGGTGTTCAATA
TTTTTATTATGCTGGTCGGGGAGTCGGAACACTTACAATTCAAGACTATC
CGTATCATTCGTGTTGTACGCATGTTGAAGATCTCCACCGATTTGAAACG
TGTTATTAACTGTTTGTTGAACAGCTTACAACGGATCACGTATTTCCTGG
TGCTTTACGTTCTCATCCTCTTCATCTACGCCGTCATCGGTAAGCATCTA
TCAATATCATGCAATGTTTAAAAAAATATAGGGCAAACCGGAAAATTCAC
CATGACTTCTTGGAAAAATTCACTGTATCTGTTGATAAATCTTAGCCTTT
CACTGTGAATTGTCGAAAGATTTACAGTGAATTCTCTGATCCACTTTTCA
GGCATCCTGACAACGCCATGTACAACTTTTATTCCACAAAGCTAACGAGT
TTTATTAAATCTTTATTTCATCCATAGGAGTACATCTTTACCATCACGCC
TTACATGTTCCATCGCCCATCAATTTGGTCAACGCCTCCAGTAATACGCC
CTACTTGATGAAAGACAGCCACGGGTCCATTAGTTCTTCACCTGAGATGT
CTTGGGAGGGTGTCAAACTCTCCTTCAATAATTTTGGTCACGGAATGATG
ACACTGTTTGTTGCCAGTACGTTAGATGATTGGTTTTTGGTGCTGACACG
GCTGACGACGGCTGGACATAGCGAAGTAACCGGCATCGTTTTCCTACTCT
CTTTTCTTATTCTAATGAGCTTCATCTTGATGAATGTGTTCATCGGTTTT
GTGGTGGTTCTCTTTCACAAAGAGAAAGAAAAAGACGAACAATACAATGT
CTTAAACACGTCTGGTCAAGAATGTTTGGTGACCGCGCTGTCCGCTAATC
CAACGCAATTGTACGATCAACCGCATGGTAGATTTAAAATAATTTTCTGG
AGGCTTGCATCACATCCATGGTTCCAAAAGCTAAGCATGATTATGATTTT
AATGAATACAGGCTTCATGATGACCAAACATACACGGCAAGATGAAGTAT
TCTTTCAAATACAGAGGCTAAGTAACATCGTTTTCACTAGCCTGTTCACC
ATTGAAATTGCTATCAAATTAACAGCCTTCTCTATGAAAGCCTTGTTAAG
AGATCGCTGGTTGTTGTTCGATGCTATCGTTATTCTTGGGAGCTGGTTTG
ATATCGTACTGGAGGAGCTACAAATACCATTCTTAAAGTTATCCATATTC
CGACTTTTCCGTGTGGCTCGATTAGCACAAGTTTTGGGTAAAGGAGGCAA
TTTGAGACAGTTATTTGCGACATTCTTGAAATCAATGAAATGTGTACCAT
CCATTGCGTGCTTGATGGGTTTAATCCTGTATTTCTACGCCATTCTGGGA
ATGAACGTGAGTATTCCTTTGCCGTAATTCCTATTGACACGAATTTCCCA
GTGCGATTTTAANTTTTCACTAGCCTGTTCACCATTGAAATTGCTATCAA
ATTAACAGCCTTCTCTATGAAAGCCTTGTTAAGAGATCGCTGGTTGTTGT
TCGATGCTATCGTTATTCTTGGGAGCTGGTTTGATATCGTACTGGAGGAG
CTACAAATACCATTCTTAAAGTTATCCATATTCCGACTTTTCCGTGTGGC
TCGATTAGCACAAGTTTTGGGTAAAGGAGGCAATTTGAGACAGTTATTTG
CGACATTCTTGAAATCAATGAAATGTGTACCATCCATTGCGTGCTTGATG
GGTTTAATCCTGTATTTCTACGCCATTCTGGGAATGAACGTGAGTATTCC
TTTGCCGTAATTCCTATTGAGACGAATTTCCCAGTGCGATTTTAATTTAT
ATAATCCACAAAGACTTGAACGTTATAGTCCGTTCACCATTTACTCTGTA
CTAGAGAGTATCTTAAACTTTAGCGTAGTGTATTGTCTCTACGGAAATGA
ATTTTGAAATTTCCATAGATATCACAGGTATTATTAAAGACAATCCACTA
TCATACCCAGCTGGCACACAACGTTGTTTCAACGTTCATCTAACGTTCAC
AACGTCCATATAACGTTAGATGAACGTTAAAAAAATGTTGTGTGCCAGCT
GGGTAAGGTCACAAAACTTACAGTGTTTCTGATAGTTGAAAAGGTTTGCG
TCTGGTAGTTGTCAACGATTATTCAAAATGATCAGACTTTTACAGAAAAT
TATGTGAGAATTAAAATTTGCCTTTCTTTTTTCAGTTATTCGGGCGTTTA
AAAATCGACGATACAACTGCTATCAATAGCAACGCAAATTTCCAGAGTTT
TACCGCCGCTATACTCGTGTTAATCCGGGTTACAACTCTCGACCAATGGC
AAGGCATTATGTTAACATGCGCAGACACACATTTGATGAACTGCGCAAAT
GGAAGCAATGAGAATTGTGGGACAACCATTAGTTATTTTTACTTCGGTTC
CTTTGTTTTTATCTGTTCCTACATCATGACTAACCTCTTCTTAGCCTTCA
TAATGGATAATTTTGTATACTTAACACATGACTGGTCTGAACTTGATTCC
CGACATATTCATCTATTCACCGCTATATGGGGCCAGTATGATAAATCAGG
GGCCGGATTCATTAAGAAGGAAAAACTTGTATCGCTGTTGAAGAACTTAA
ACCCTCCACTTGGGAATGGTAAAATGTGCCCAGACCGTACCATCTATGCT
CGCATATTAAAGTTACGCGTTCCAGTGGAAAAAGACGGAACCGTCCGGTT
TAACGAGCTTTTGATGACATTGGTATTGGACTTCTTACAGCTTAAAGTTG
ATAACGTCATCTTAAGAGAAGATATTCATAAGTTGTTCCCGATCATTAAC
GATGACTTGTTGGATCGTGTTTTACCATTAAGTTATGATCCGCGCATCAT
CAATGAAACTGAAAAAGAATTTTACCAAGATTGCGCGTCATACGTCATTA
CGGGTTATTGCCGTTTATACAAGAGTAGTTTAACAGCTGCATTTAAGATC
AAGGATAATGCGAACAGCAGTAAAGAGGTGCAAAATATTTCCAGAGGAAA
GTTCGCGTCATTGGTATCGCGTTCAGCGCGTGATGTTCCTTCCATCGAGA
TCACAGAACCACGTGGTTCGAAATCATTGACCAATCTTGATTTAGAACGT
GGAGACCTCGTGCAGAAAATCAAGGTAGCTGAACGGAGTAGAACTTGGTA
AAAGGTCTTTTTATACATTCTTATTATAGCTGTAGTGTTGTTGAAATAAA
TATATTTAAATTCAATTGAAATTGGCCAT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000045:387347..395175-

>TCONS_00004552 ID=TCONS_00004552|Name=TCONS_00004552|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=39528bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000045:387347..395175- (Clytia hemisphaerica)
TTATTCGGGCGTTTAAAAATCGACGATACAACTGCTATCAATAGCAACGC
AAATTTCCAGAGTTTTACCGCCGCTATACTCGTGTTAATCCGGGTTACAA
CTCTCGACCAATGGCAAGGCATTATGTTAACATGCGCAGACACACATTTG
ATGAACTGCGCAAATGGAAGCAATGAGAATTGTGGGACAACCATTAGTTA
TTTTTACTTCGGTTCCTTTGTTTTTATCTGTTCCTACATCATGACTAACC
TCTTCTTAGCCTTCATAATGGATAATTTTGTATACTTAACACATGACTGG
TCTGAACTTGATTCCCGACATATTCATCTATTCACCGCTATATGGGGCCA
GTATGATAAATCAGGGGCCGGATTCATTAAGAAGGAAAAACTTGTATCGC
TGTTGAAGAACTTAAACCCTCCACTTGGGAATGGTAAAATGTGCCCAGAC
CGTACCATCTATGCTCGCATATTAAAGTTACGCGTTCCAGTGGAAAAAGA
CGGAACCGTCCGGTTTAACGAGCTTTTGATGACATTGGTATTGGACTTCT
TACAGCTTAAAGTTGATAACGTCATCTTAAGAGAAGATATTCATAAGTTG
TTCCCGATCATTAACGATGACTTGTTGGATCGTGTTTTACCATTAAGTTA
TGATCCGCGCATCATCAATGAAACTGAAAAAGAATTTTACCAAGATTGCG
CGTCATACGTCATTACGGGTTATTGCCGTTTATACAAGAGTAGTTTAACA
GCTGCATTTAAGATCAAGGATAATGCGAACAGCAGTAAAGAGGTGCAAAA
TATTTCCAGAGGAAAGTTCGCGTCATTGGTATCGCGTTCAGCGCGTGATG
TTCCTTCCATCGAGATCACAGAACCACGTGGTTCGAAATCATTGACCAAT
CTTGATTTAGAACGTGGAGACCTCGTGCAGAAAATCAAGGTAGCTGAACG
GAGTAGAACTTGGTAAGAGTACATCTTTACCATCACGCCTTACATGTTCC
ATCGCCCATCAATTTGGTCAACGCCTCCAGTAATACGCCCTACTTGATGA
AAGACAGCCACGGGTCCATTAGTTCTTCACCTGAGATGTCTTGGGAGGGT
GTCAAACTCTCCTTCAATAATTTTGGTCACGGAATGATGACACTGTTTGT
TGCCAGTACGTTAGATGATTGGTTTTTGGTGCTGACACGGCTGACGACGG
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GTGGTTCGAAATCATTGACCAATCTTGATTTAGAACGTGGAGACCTCGTG
CAGAAAATCAAGGTAGCTGAACGGAGTAGAACTTGGTAAGAGTACATCTT
TACCATCACGCCTTACATGTTCCATCGCCCATCAATTTGGTCAACGCCTC
CAGTAATACGCCCTACTTGATGAAAGACAGCCACGGGTCCATTAGTTCTT
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CACGGAATGATGACACTGTTTGTTGCCAGTACGTTAGATGATTGGTTTTT
GGTGCTGACACGGCTGACGACGGCTGGACATAGCGAAGTAACCGGCATCG
TTTTCCTACTCTCTTTTCTTATTCTAATGAGCTTCATCTTGATGAATGTG
TTCATCGGTTTTGTGGTGGTTCTCTTTCACAAAGAGAAAGAAAAAGACGA
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TGTCCGCTAATCCAACGCAATTGTACGATCAACCGCATGGTAGATTTAAA
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GGAGCTGGTTTGATATCGTACTGGAGGAGCTACAAATACCATTCTTAAAG
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ATAGCATATGGTTTTGTGATGGGTCATAAAAATTGTTACCTGCGAAGTTA
TATGAACATTATCGATTTCGTTGCCGTGTTTTTCTCGGTGTTCAATATTT
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GTGGTGTTGGCGGACGTCCTTGGAAGTACGTATTACGGACAGAACAGACC
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GGATTACACAAGGTTAAAAAGAGCCCATACTTTATGATGAGTGCCGGTAT
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GCTTTTCGAGACGCTCAAAGGTGTTATCTACCTCTTCGTACTACTCTTCA
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ATGGTAGATTTAAAATAATTTTCTGGAGGCTTGCATCACATCCATGGTTC
CAAAAGCTAAGCATGATTATGATTTTAATGAATACAGGCTTCATGATGAC
CAAACATACACGGCAAGATGAAGTATTCTTTCAAATACAGAGGCTAAGTA
ACATCGTTTTCACTAGCCTGTTCACCATTGAAATTGCTATCAAATTAACA
GCCTTCTCTATGAAAGCCTTGTTAAGAGATCGCTGGTTGTTGTTCGATGC
TATCGTTATTCTTGGGAGCTGGTTTGATATCGTACTGGAGGAGCTACAAA
TACCATTCTTAAAGTTATCCATATTCCGACTTTTCCGTGTGGCTCGATTA
GCACAAGTTTTGGGTAAAGGAGGCAATTTGAGACAGTTATTTGCGACATT
CTTGAAATCAATGAAATGTGTACCATCCATTGCGTGCTTGATGGGTTTAA
TCCTGTATTTCTACGCCATTCTGGGAATGAACCTGTTTTCTTAATCGAAG
TCATTCTCAAGAGTATAGCATATGGTTTTGTGATGGGTCATAAAAATTGT
TACCTGCGAAGTTATATGAACATTATCGATTTCGTTGCCGTGTTTTTCTC
GGTGTTCAATATTTTTATTATGCTGGTCGGGGAGTCGGAACACTTACAAT
TCAAGACTATCCGTATCATTCGTGTTGTACGCATGTTGAAGATCTCCACC
GATTTGAAACGTGTTATTAACTGTTTGTTGAACAGCTTACAACGGATCAC
GTATTTCCTGGTGCTTTACGTTCTCATCCTCTTCATCTACGCCGTCATCG
AACGCTTACTGGAAGAACCGAAGAAACCTTTGTGTAATTTATGGAAAATA
TTAAAGCCACGTTTGAATCAACTTGGTGAGCGAATCTCGCGCCAAGCAGC
AAAACTACAAACGAAATTCAAGCCCATCAATGACCACATGGCTTTCTTCT
ATCTCGTCAATCTTGTGGTGTTGGCGGACGTCCTTGGAAGTACGTATTAC
GGACAGAACAGACCGGATGCTCTACCAAGCCAGTTACCAACAACATATAT
GGGTCTCAAATTTAGCTTATTTATGTTTTACGTTTTTGAAAACATGATCG
AAGGCTTCAGTTTGGGATTACACAAGGTTAAAAAGAGCCCATACTTTATG
ATGAGTGCCGGTATCACAATCACAGCTGGAATTGAATTATTTCTTGCAAT
CACTGGTTGGACTAATGAAGTCTTTGTTGGGATCTCCTTTATAAGAGCTG
TGACTTTAGTAGAGCTCTTCAAGCTAACACGCTGGTGGGAACGTTTGAAA
ATGATTATTAATTCGCTTTTCGAGACGCTCAAAGGTGTTATCTACCTCTT
CGTACTACTCTTCATTGTGCTCGCAAATTACGCTTTACTTGGCAATCAAT
TTTNTCTCTTTGTACTACTTTTCATCGTGCTCGCAAATTACGCTTTACTC
GGTAATCAATTCTTCGGTGATCCTGAAAAGAACCTACCAACCACATCAGG
GACTTTTGATTCCTTTGGAAGTTCCCTTCTGCTGACTTTTGTTATGTTAA
CAGGTGATAATTGGACAGGTATCATGTTTGACACTGTGGAATTGATGAAT
GCACCGTGGGAAAAAGTGTTGACAGTTCTTTACTTCATTTCATTTGTGGT
GATCGGAAATTTCATCCTTATGAATGTTTTCCTTGGTATCATTGTTGATA
ATCTCACCAATGACTTTGAAGAGAAACAGATCGAACAAGCCAATAAAGAA
CGACGTAAAAAGCAGAAAATGTTAATCAGTCAAGTCTTCAAAGCCAAAAC
CCAGTTGATGCAGAAATGGAAAAGTAGTCATGAAAATAACGGTAGCGAAG
AAGAAAATACAGAGAATAAAAACGAGGCTAAGAAAGACCCAAATCCAACG
AATACAAAAAATAACAAGTCATCAAGATTGTCTGAAGCTTTGAAATTGGT
TCGCAAACCGGTCGATCCGAAAGTAAAAGATGTTGCATTTTTCGTAGATA
ATACATTAAAAAACACTTTGGTACATTTCGATGATGGAACAACGAGTTCG
TTCAAGTCTGACGGATCATTCATGTCCACAAAATCGACCATTCAGGTCAC
AGCGAAAACCTCCAAGCTTTCCAATACGCTTGGAGATGGGTATGGGCTGG
GCGAAGATCGGGATTATCGGAATTCAAGCAGCGATGACGGGGATAGTGAA
GAGGAGGACGAAAATCCTCACACTCAAATCGAAGACATCCATGACATGAT
TCGAATGAGTTCGCGAAGACGTGCATATAGCTTACGATTGAACCCTGAAA
TCAATTGCCCAATACCTCACCATAAAGCTTTATTCTTATTCAAACACACT
AACGAGTTCAGAAGACACATCTTCTGGCTTGTAACCAGCTCCAAATTCAC
GTACGCTGTTTGTGCAGCTATTGTGATTAGTTGTGGACTGATGGCTCTCG
ATGACCCCTTGAATAGAGACCCAGAATTGACATTGTGGTTGGATAGAATT
GATTACGTTTTCTCAGGTTGCATTCTACAATTCGCATTACGCCACTTGGA
TTTATTTTATTTCACTCATTTGGATTGGTGGATATTTTGCTATCGATTTG
TTGATGGGTGTCCTTGGTAACCAATATCTAAGAACAAAAGAATGTGCCAT
TATTGCTATGGAGAAACGCAAAGAACGCGAAAGAGCAGATACCGTCTACA
CGGCATGTGTATACAACGGAACGGGTCAACTGTGCGATCCATTCTTACTA
TGTGATTTTGGAGATACGACTTTCTGTCCGGAACGTTTCGGATTGAACGC
CTCTTGTATGGAGTATCCCAGTAAAGGAGTTGAATACTCACACTTCGAAA
ATATCTTTTCATCTATGCTGACTGTACTACAATGCATCACTATGGAAGAT
TGGGTTCTAGTTGCTTATGATGTGGTTTGTGGGACATAGCGGCAGTGACG
ACGGACGGCAAGTCATTCAGTTTGAAAGCTCTCCGTTTGTTTCGTGTATT
TCGACCACTTCGATTGATCGTCAAGTCGAACAATTTGAAAGTAGTGCTTG
ATACCATCATCAAATCATTCAATGTTTTATTCCATGTACTGATGTTTATT
CTCTTACTTATCTTTCTCTATGCTATCACTGGTATGGAGTTATTTGGAGA
TGGCAGATCACATGGTTGACGCGGCCACGCGCGCCAAAATGACAACCCGC
TGGACGAAAACGGACAAACTAAAGTATCGCTCCTTGTTCCTTTTCAATAA
GGACAATAAATTCCGCATCCTTCTTTACAACATCTCGACCTCCCAAATAT
TTGATTTCATCATTCTACTAGCTATTATTGGAAGCTGCATCCTTTTGACA
AAACAGCGACAGCAACAATACAGTTTAACCGACAAGTTGATTTTGATTGA
TTTGATATTGAATCTATTGTTTGCATTTGAAGCGCTGATGAAAATTGTGT
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_002560	XLOC_002560	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00004552-protein	TCONS_00004552-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000045	supercontig	sc0000045:387347..395175 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR002077	VDCCAlpha1
IPR005821	Ion_trans_dom
IPR031649	GPHH_dom
IPR011992	EF-hand-dom_pair

Vocabulary: **Cellular Component**
Term	Definition
GO:0005891	voltage-gated calcium channel complex
GO:0016020	membrane

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0070588	calcium ion transmembrane transport
GO:0055085	transmembrane transport
GO:0006811	ion transport

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0005245	voltage-gated calcium channel activity
GO:0005216	ion channel activity

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0070588	calcium ion transmembrane transport
biological_process	GO:0006811	ion transport
biological_process	GO:0055085	transmembrane transport
cellular_component	GO:0016020	membrane
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molecular_function	GO:0005216	ion channel activity
molecular_function	GO:0005245	voltage-gated calcium channel activity

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00004552 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CAC1C (Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C OS=Homo sapiens GN=CACNA1C PE=1 SV=4)

HSP 1 Score: 374.785 bits (961), Expect = 2.956e-105
Identity = 258/822 (31.39%), Postives = 420/822 (51.09%), Query Frame = 2

Query: 2681 EINCPIPHHKALFLFKHTNEFRRHIFWLVTSSKFTYAVCAAIVISCGLMALDDPLNRDP-------------------ELTLW-LDRIDYVFSAVFLIEVILKSIAYGFVMGHKNCYLRSYMNIIDFVAVFFSVFNIFIMLVGESEHLQFKTIRIIRVVRMLKISTDLKRVINCLLNSLQRITYFLVLYVLILFIYAVIGVHLYHHALHVPSPIN-LVNASSNTPYLM-KDSHGSISSSPEMSWEGVKLSFNNFGHGMMTLFVASTLDDWFLVLTRLTTAGHSEVTGIV---------XXXXXXXXXXXXXXNVFIGFVVVLFHKEKEKDEQYNVLNTSGQECLVTALSANPTQLYDQPHGRFKIIFWRLASHPWFQKLSMIMILMNTGFMMTKHTRQDEVFFQIQRLSNIVFTSLFTIEIAIKLTAFSMKALLRDRWLLFDAIVILGSWFDIVLEELQIPF-------------------------------------------LKLSIFRLFRVARLAQVLGKGGNLRQLFATFLKSMKCVPSIACLMGLILYFYAILGMNLFGRLKIDDTTAINSNANFQSFTAAILVLIRVTTLDQWQGIMLTC-------ADTHLMNCANGSNENCGTTISYFYFGSFVFICSYIMTNLFLAFIMDNFVYLTHDWSELDSRHIHLFTAIWGQYDKSGAGFIKKEKLVSXXXXXXXXXXXXXMCPDRTIYARILKLRVPVEKDGTVRFNELLMTLVLDFLQLKVD------NVILREDIHKLFPIINDDLLDRVLPLSYDPRIINETEKEFYQDCASYVITGYCRLYK 4885
            E   P+P   A F+F   N FR     +V  + FT  +   I++S   +A +DP+                       E+ L  L   DYVF+++F +E+ILK  AYG  + HK  + R+Y NI+D + V  S+ +  I     +     + +R++R +R +  +  LK V+ C+  +++ I   +++  L+ F++A IGV L+   L+  S  +    A     Y+  KD           SWE  K  F+N    MM LF  ST + W  +L R +   H+E  G +         F + ++I+++F +MN+F+GFV+V F ++ E++ +   L+ + ++C+  AL A P + Y  P  + +   W + +  +F+ L  ++IL+NT  +  +H  Q  +F     + N++FT LFT+E+ +KL AF  K    D W +FD ++++GS  D++L E    F                                           + ++ FRLFRV RL ++L +G  +R L  TF+KS + +P +A L+ ++ + YA++GM +FG++ ++DTT IN N NFQ+F  A+L+L R  T + WQ IML C        ++   N   G    CG++ + FYF SF  +C++++ NLF+A IMDNF YLT DWS L   H+  F  IW +YD    G IK   +V+LL+ + PPLG GK+CP R    R++ + +P+  DGTV FN  L  LV   L++K +      N  LR  I K++   +  LLD+V+P + D  +   T  +FY   A+++I  Y R +K
Sbjct:  869 EKAVPMPEASAFFIFSSNNRFRLQCHRIVNDTIFTNLILFFILLSSISLAAEDPVQHTSFRNHILFYFDIVFTTIFTIEIALKILGNADYVFTSIFTLEIILKMTAYGAFL-HKGSFCRNYFNILDLLVVSVSLISFGIQSSAINVVKILRVLRVLRPLRAINRAKGLKHVVQCVFVAIRTIGNIVIVTTLLQFMFACIGVQLFKGKLYTCSDSSKQTEAECKGNYITYKDGEVDHPIIQPRSWENSKFDFDNVLAAMMALFTVSTFEGWPELLYR-SIDSHTEDKGPIYNYRVEISIFFIIYIIIIAFFMMNIFVGFVIVTFQEQGEQEYKNCELDKNQRQCVEYALKARPLRRY-IPKNQHQYKVWYVVNSTYFEYLMFVLILLNTICLAMQHYGQSCLFKIAMNILNMLFTGLFTVEMILKLIAFKPKGYFSDPWNVFDFLIVIGSIIDVILSETNHYFCDAWNTFDALIVVGSIVDIAITEVNPAEHTQCSPSMNAEENSRISITFFRLFRVMRLVKLLSRGEGIRTLLWTFIKSFQALPYVALLIVMLFFIYAVIGMQVFGKIALNDTTEINRNNNFQTFPQAVLLLFRCATGEAWQDIMLACMPGKKCAPESEPSNSTEGETP-CGSSFAVFYFISFYMLCAFLIINLFVAVIMDNFDYLTRDWSILGPHHLDEFKRIWAEYDPEAKGRIKHLDVVTLLRRIQPPLGFGKLCPHRVACKRLVSMNMPLNSDGTVMFNATLFALVRTALRIKTEGNLEQANEELRAIIKKIWKRTSMKLLDQVVPPAGDDEV---TVGKFY---ATFLIQEYFRKFK 1680

HSP 2 Score: 137.887 bits (346), Expect = 2.732e-32
Identity = 110/336 (32.74%), Postives = 169/336 (50.30%), Query Frame = 2

Query:  206 AKMTTRWTKTDKLKYRSLFLFNKDNKFRILLYNISTSQIFDFIILLAIIGSCILLTK----QRQQQYSLTDKXXXXXXXXXXXFAFEALMKIVSHGFVLHRHAYLRDPWNIFDFIVVLAGGLWDI--AAVTTDGKS--------FSLKAXXXXXXXXXXXXIVKSNNLKVVLDTIIKSFNVLFHVLMFILLLIFLYAITGMELFGDTVYTACVYNGTGQLCDPFLLCDFGDTTFCPERFGLNASCM---------EYPSKGVEYSHFENIFSSMLTVLQCITMEDWVLVAYDVAFYNSHYATWIYFISLIWIGGYFAIDLLMGVLGNQYLRTKECA 1144
             K   + + T     R+L      N  R    +I   + F+ IILL I  +C+ L            +    L  ++ +  ++F  EA +K++++G + H +AYLR+ WN+ DFI+V+ G    I   A   DG +        F +KALR FRV RPLRL+    +L+VVL++IIK+   L H+ + +L +I +YAI G+ELF   ++  C YN  G    P       D + C    G    C          + P  G+  ++F+N   +MLTV QCITME W  V Y V         WIYF++LI IG +F ++L++GVL  ++ + +E A
Sbjct:   87 GKPKKQGSTTATRPPRALLCLTLKNPIRRACISIVEWKPFEIIILLTIFANCVALAIYIPFPEDDSNATNSNLERVEYLFLIIFTVEAFLKVIAYGLLFHPNAYLRNGWNLLDFIIVVVGLFSAILEQATKADGANALGGKGAGFDVKALRAFRVLRPLRLVSGVPSLQVVLNSIIKAMVPLLHIALLVLFVIIIYAIIGLELFMGKMHKTC-YNQEGIADVPAE----DDPSPCALETGHGRQCQNGTVCKPGWDGPKHGI--TNFDNFAFAMLTVFQCITMEGWTDVLYWVNDAVGRDWPWIYFVTLIIIGSFFVLNLVLGVLSGEFSKEREKA 415

HSP 3 Score: 97.0561 bits (240), Expect = 7.986e-20
Identity = 72/269 (26.77%), Postives = 127/269 (47.21%), Query Frame = 2

Query: 2708 KALFLFKHTNEFRRHIFWLVTSSKFTYAVCAAIVISCGLMALDDPLNRDPE--LTLWLDRIDYVFSAVFLIEVILKSIAYGFVMGHKNCYLRSYMNIIDFVAVFFSVFNIFI----------MLVGESEHLQFKTIRIIRVVRMLKIST---DLKRVINCLLNSLQRITYFLVLYVLILFIYAVIGVHLY----HHALHVPSPINLVNASSN-TPYLMKDSHGSISSSPEM---SWEGVK---LSFNNFGHGMMTLFVASTLDDWFLVL 3436
            +AL      N  RR    +V    F   +   I  +C  +A+  P   D        L+R++Y+F  +F +E  LK IAYG +  H N YLR+  N++DF+ V   +F+  +           L G+      K +R  RV+R L++ +    L+ V+N ++ ++  + +  +L + ++ IYA+IG+ L+    H   +    I  V A  + +P  ++  HG    +  +    W+G K    +F+NF   M+T+F   T++ W  VL
Sbjct:  102 RALLCLTLKNPIRRACISIVEWKPFEIIILLTIFANCVALAIYIPFPEDDSNATNSNLERVEYLFLIIFTVEAFLKVIAYGLLF-HPNAYLRNGWNLLDFIIVVVGLFSAILEQATKADGANALGGKGAGFDVKALRAFRVLRPLRLVSGVPSLQVVLNSIIKAMVPLLHIALLVLFVIIIYAIIGLELFMGKMHKTCYNQEGIADVPAEDDPSPCALETGHGRQCQNGTVCKPGWDGPKHGITNFDNFAFAMLTVFQCITMEGWTDVL 369

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00004552 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00004552 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
CAC1C	2.956e-105	31.39	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit a...	[more]

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TCONS_00004552 (transcript) - C. hemisphaerica