TCONS_00002679 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00002679
Unique Name	TCONS_00002679
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2819

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000021:310558..321823-

transcript sequence

>TCONS_00002679 ID=TCONS_00002679|Name=TCONS_00002679|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2819bp
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GTTGCAACAGAAAAACTGAATCTTTTTTGTGTAGACGGTAGTGATATCTG
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TATGTTCCTATGGGTTTATATGAGGATGGATTGATGCTCTCAGAGGCAGC
CTATCCACAACTTTTGAATGATAGTGTCAACAAAAGCaaagaaatttgtg
aaaaatttaaacaacgTTC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000021:310558..321823-

Legend: exon

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>TCONS_00002679 ID=TCONS_00002679|Name=TCONS_00002679|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11266bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000021:310558..321823- (Clytia hemisphaerica)
GTGAACGGAAAATAACAAATAAAATTTAACAATAGATAATAAAAAACATG
GTTGCAACAGAAAAACTGAATCTTTTTTGTGTAGACGGTAGTGATATCTG
TGCGAAAGCATTTGAATGTAAGTAAAAACAATTTCTTTATCAATTTTTGT
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TGATTATGTTGTGCATCATTCACATCTACCAACAATCATTATACCGCATA
AGGAATGAAGATTGCATTTTATATTTATTTACAAATTTATTACCAATACA
CTTATTAATATTATTTTAATGTACATTAGAATGAATTTTTAGGAATCCAG
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TTAACGAATACATCTTCGATTTAATTAGGTTCACTGACACTCATTTTTTT
CTTTCTTTTAGTGAAAACAAAGAAAATAAATTAGAAATTAAAGAAAGCAA
TACAAAATAAACAATAATAATAATACAATATGGCAACAACAACCGAAGAT
GGATCAGTCACTTTTGAATCACAAACATTGAATTTGGTTTGCATCGATTC
TAGTAAACACNGTTTTTCTAATCATGCAATGTCTTGTTTTATACAGTGAA
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ATAAAAAGCTGTTATCTTTCTATCTAAAAACTAATTTAATCGGATTAACT
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CGAAATTAACTCTACCACAAAACTTTTTAAATTGCATTTTCGGCTGAGAA
ACCAGTCCAAAGTCACCATTTGTGGCAAAAAATGCGCTATTTTCCAGCTG
TTTTCAGGCTTATTCGCGAAATTAAATCCAACCGAAATTTTTCAAAAATT
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CATGATATGTACCACTGGAGATTCTTCTGATAATTTGGCATTAGTGTCAG
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CGCGCGGTCAGGCGCGTGCCAATTTAATATCTAATTATCCGCCTAAACTC
GATCCAATCCTTTTTTTACACCTTTTTCTATTGTCTATGAAAAAGGACGG
TTATATATTATTACGGTTATATATTAAACGGTTTTAGTGGGATAAAGCGG
AAAAAGAAATGCCCGTGCGGCAATTGGCGGCTACGATCGAAAAGGTGTAT
TGTTATTATTGTAACTGCAATTTTTTTCAATACAGCAAATAATAAATCAT
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GAACGACTCAGTTGGTCATACTATTTGTAGTATTGCACATGAAAAAGATG
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CTTCTTGGAAGCACAAGTGATTATGTTGTGCATCATTCACATCTACCAAC
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TCAAAGTCGCCTTATTTAGTATTTTCTGGTCATAATTTGGCTATTTGTAT
CATTTGTTCTGGTCCTGTTAACGAATACATCTTCGATTTAATTAGGTTCA
CTGACACTCATTTTTTTCTTTCTTTTAGTGAAAACAAAGAAAATAAATTA
GAAATTAAAGAAAGCAATACAAAATAAACAATAATAATAATACAATATGG
CAACAACAACCGAAGATGGATCAGTCACTTTTGAATCACAAACATTGAAT
TTGGTTTGCATCGATTCTAGTAAACACAGCAAACGTGCTCTTGAATGTAA
GCTACTTGTTTGATCCTTTTTTCGACCTACCTTGGAGATCCTTTAATTTA
ACCCATGTTCGTTCATTCGTTCGTTTAATCCTTTTTTGGACCTACCTGGA
GGTCCTTTAAATTAACCGATGTTCGTCCGTTACCAGCTTTCCTCGGGATT
GGCTCATTAGTTTCTTCTGATTTTTTGCACAGTGATGCAAAATGGTGATT
CCCAAAAAATGACGGAGGCCGATTTTCGAAAAAAAACAAATTTAGTGAAA
ATTAGGGCCAAAAAGGGCCTAAAAATGGGATTTTTTGGACTTTGTGTGAA
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TGCTGATTTTTTGTACAGTAATGCAAATGGTAATTTTTATAAACTGATGA
AACCCGATTTTCAAAAAATAAGTTTTTTGGGCAAATTTGGATCGAAATGA
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AGTGGCTCAAGCAGTTTTTTCAAAAGTTTTTTTGGCTGTAAAAATCGGAT
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CTCGAGATTGGCTCGACATTTTTTTGTATTTTTTGCATTGGGACATAAAA
TGGTAATATTTCATTTCTGATGGAGCCCGATTTTCAAAAAAATAATCTTT
TAGGGCGAACTTGGGCTAAAAAGTGCCTAACATGGGTTTTTTGGATTTTG
GGGAAAATCACCTTTTATCGTCAATAGGGAAATCACGCTAAAATATTTAT
TCACCCCAGCATCTACGACTATAAGTCATACAACTTTAACTATACTTGAC
AGGTCGATATTAATTTGAGCTGTGATACTCACGTTAATCTATTCAAGCTG
CTCATCACTACACTTTCTTACTCTCTTGCTATTTGTCCTATTTTTATCTG
ATTCTCATCATCAGGTAGGTCCATTCAGCATGTTGCTTGTTCACATTAAA
TTGACACGGATGTGTAGCAAGATTGATCAGAGAGATTCTTTTGTTTATCA
ACACGAAATCGAACACAATACAACAATAGGCAGACACTGTCCTGATATGA
AAAATGTGTCTGATATGAAACGGGGACACTTTAAAGGACTACTTAGACTA
CACAATATATTGGTGATCAATATTCGACAATATAGTTTTCGGACTATAAT
GCACGGGGTAAATAATAGGTGCTCTATTATAAAAAGGAATTTTCTTTCTG
TAAACAATCCCCCTATATTGTTGAAATATTGCAAATCGTGCTGACAATAT
ATTGCGAACATCTTTTCAATATATTGCCGACATTCAGCATATATTCTCAA
TATATTGCCCGACAATATATTGTGTAGTGTATGCAGCCCTTAAACAAAAA
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TTCCCTTCAGCTTGAAAGTATTGAAAAATGATTTCTATAATTTGATGCAA
AGTCTTAATTCCTTGAAGATCGAATTAGAGAGAGGCAATTATAGGTACAT
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GGAGTGCAGACGTTTATGACATATTCATGATTTTTTGATAAAACAAAGAC
GATAATTACAGTGTCGTAAAAACCGCTCTCATCCATAAATTTTGAAGGGT
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TTCATATGAAGCATTCTCCATATTGTTCCAGTAACGTAGCCAAGGGGGCG
CAAAATTTGTGACACGGTAATTATCTTTTATATTATGAATAGATAATTAA
AGAGTAAAAATCTGCTCTCCTATACAAATTTTGCCCCTCTTGTCTACGCT
ACTGTGTGCAATATATTGACGAACAATATTCGACAGTAACGTTTAAGCAA
CAGGTGCTCTATTGTAAAAAAGAATTTTCTATCTGTAAACGACCGCCCCT
AATATTGTTGGAATATTGTAAATCAAGCTAGTAATATATCCCAGACATCT
TTTTCAATATATTGTGAGCACTTTACAACACACCCCTGTCTCACAGCCCC
GGTGGAACTTTTTTCCACAGGGGATAAAAGTTTCTAATGATATCCCAATA
GGGGTGAAAATTTTATTGTTCCAAGGTTAAAAAACGGGATGGTTTTGGAG
TGCAAGTTTTAAACATTGAAATCCGAATGGGGATGAAATCAAAGTGAATT
TCCGAGTGGGGGATGAAATTCCAGGGTATTTTTCCCGCTGGGAAAACTGA
CAGGGGTGTCTTATTTTACTCAGTAAGTGAACCAGCACTGAGCATTTGTT
TATTTTTCAGCAGGTGGAATGGCTCCTATAAACATGTACCAAGAAACATT
GCAGGCGGGTATCGAGGACAGTAAAAAGATTGTCGAAGAATACAAAACAT
ACTGTTTATCTAAAGGGGTATTTATATAATTAAAGTTTGATTTTTAATTG
ATACAGATACCAAATTTTATGTTTTGTGTTATAACCAAAAGATAAGATCA
GTGAAAATTAGTTAAAACCGTTATAACTAGCAAGTATGGAATTCGAGAGA
TTTTCCAAATTTGAAAATTAATCTACTCGCATCGCTATCATAGATTCTGA
GACTCGAAAATTTCTTATTCATTCTGGTTCGTAGTATTCTGAAATTTGCG
ATTTTTCTTTTTAGGTATCACCAAAATATTTCGTGCAGTCTTTAAATGAT
TCAATTGGACATACAATTTGTGATATTGCAAAACAAAACAAAGCCAAGAT
GATGGTGCTCGGTCAAAGAGGCCTGGGTGCTATTCGTAGAACATTTTTAG
GAAGTGTGAGTGACTACGTCATACATCATGCACATATTCCTGTTTTGATC
GTACCTCCAAAATAGTTGTTAAAATTTTTATGAATCACAACCCCAGCCGA
ATATTCTTTGAAAAGCTTGTTGTGTAGAGGTGTTTTTTGGAGATATTGTC
AGCAGCTCGTCACTTCTTGTCATTCATTCACCCTTAGTCAGTAGATATAT
TATTTCAAACATATACGACAACCATTAAGTAATTTTGATTTATATATAAT
TTTTTTTATTATTATTAAAATATTTTTGTAGTAATAACTTGTACTGTAAT
TTTTATGTAAATGAAATAGAAAATTTTTCTCTTCGTCTTGGAATTATTGC
CTGTCACCTTCCAAAAAGTATTCAAATGTCATTCTATGTTTTTTTTTAAG
TTTAAAACAAAAAGAGAAAATAATAAATATATAATACAAAGATGGCTCAG
AACATTGAAAAAGTCACATTGAACCTGATCTGTGTAGATGCTTGTGATCA
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GAGTCAAATTCCTTCGTTTGAAGTGGAAAATGAAAATTGGAATTTTTGGA
GTGACATTGTTGAGATAACGTCTTTTTTACAATCATGCCCGGGGGGGGGG
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TTGGATTTCCAAAGTCCAGCTAAGGGTCGGAAAAATCAGAAAATCAAATT
TCAGCCCCACTAAGGGTCGGAAAAATAGGAAAATTTCAACTTTTTACCCC
CTGAAAGATCGAAATTTGGTCAAATTTGTCCCGCTAAGGGTCGTAAAATT
CCCGAAATTTTCCTTTGTTTTTTCCTTTTTAGTCCCGGTAGGGGTAGCAA
AGTTCGAAAGTCAGCTCGCAATTTCAATTTGGGAGGGATTGGCAGACTTC
CAAGAGGCTATATTCTGAGCCTTATTGCTTTTGGATCCTCAGATCCAAAG
CTTCCAGGTGTTAAGTCTAGCGTTAAAGCTCAGAGTTAAAACTCTACCCT
TCGAACCTACTTTAGAGCACTTACAAATCGATTGTGGTTTCAAAGCTTCC
CGGTGAATTTCCCTTTTTTCTCAAATATTATGACCTTGATTGTAGCATTA
ACATTGATTAGTATCATTTTAAAAGTGAATTTACCACTCAATAGCATTCT
CTCCACTTGGCAAAAGTGTCTTAACAGAAACACTTAAATTGTTAATGGGC
ACGATACTCACAGGTACCTCTTGTATGTGAAATTATTATATCTCTTTACT
GATTCAGGGTATTTGTCAACACTTCACCGTGAGGGAGATGACGTCGGTTT
AGTTCATATTCATTGTTTACCAGAGCTGCCTTCATTTGGTTTATATGGTA
TAACTTTGTCTATATATGAGATTTACTTTAAAGGTTTCCGTTTCATATCA
GACACATATTTCATATCAGGACAGTGTCTTGCTATTGTTATATTATGCTG
ATATAAGCAAAAAAAGTTTTTATTTTCCTTTTTCTGACCAATCTTGCTCC
GCATCCGTGTCAATCCAATGTAAAAAAGCTAGTGAATTAAAATTGTTGAG
TAAGCAACGATATCATTCTTATTTAAAAATAAAACCTTTAAGTTACTGCA
GATCCATTATTAATTGATATAATTTGTCACAGTAATACATTTTAGTGAAT
TAAATATCCATTTTTTCCCATAATGAAAGCTAAACCTTCCTCCTTGCAAT
CCGGAGGCTAGCTTTTAGTTGACATCGTGCATATAGTCTTGGATGAGAAT
TCAAACGAATAGGAGTTTAAATCACTAAAAGTGATTACTCTAAAACCCAA
GGATATTTTTGTTCGATTTAATGAAAATTTTAACGAAAACTAATTTACTG
AGCAAAGTCAGCATAGTTTAGTCTGATTTTCATTCTTTTCCTCTACTAGA
AATGTTCGATTACAAACCGTATAATGCAGAATCCTCCTTTATAGCTGGTG
GTTTAATCGCTACCGATTTGTATCAAGAGCAAATTAAAGAAAGTATTCAA
GCTAGCAAGAAGGTTGTTGAACAATACAAAAAGTTCCTCGCGGAGAAAGA
GGTGAGATGAACTTGTAGAACTTCTAGGTGGCAAATTAATTAAAATTCAA
ATACACTCGTTTATATTATAAATCCACGTAATCCATATTAAATATGNNNN
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CAGTAGTGCCCATACATAAATCTTTCGAGCTTGCTATATTATCCTTTTGG
CTTTAGGTGTTTCTATATGGAGTATGCAGTGCTGACGAGTCCTAATAAAG
ACGAAATGCATATGCTGCTCTGCCACCCAAATCTCCTGAGTGAATATAGT
TGGACAGAAATTCTTATTTCTTCACATATATATGTTTTAGTCATATTTAC
ATTCAGTACTTTTGTTTAGATCACAGCAAAGATCTATTGTCGCAGTATGA
TAGATTCAGTTGGTCACACAATATGTGAGATTGCCAAAGAAAGTAATGCT
ACAACCATCATTATGGGTCAACGTGGTTTAGGTGCCATTCGAAGAACGTT
CTTGGGAAGTACCAGTGACTATGTGTTACATCATGCACATATCCCTGTGG
CAGTTATTCCTCCCAACCAATGAACATCCATGGGAAAGCTCGGCAGGAAA
AGGTTTCGATGGATTTTATTAATCATAGATTAATAGACTGCTTTTAAAGG
ACTTTATCATCTTTGTAGTATTAAACATTTATTCCTTCTTTATGATCTAT
ATTTAATATGTAAACCGTAAACAAAATTTTATACTGTAAATACAATTTAT
CACAATAATGCATATAAAAATATCATTCAAAACAAGTTGACAGCGTTTTC
AATACCTTAGCCTATAATTTTCTATGAATGTTTTTTGATGTCACTATACT
AAATCGGTGAATTTTTTTTTGTTTCTCAGGAAAAAGAATAAAAAGAGAAA
TACAATTAGAAATAAATAATCAACTAATTTGAACGAAAACATGTAATGGC
ATCAAAAGGCAATTTAAACCTGTTATGTGTCGATGGTAGCTCGCACAGTG
ATAGGGCTTTTGAATGTGAGTATCCTAATTCTAATTATTATCTTAAACAT
TATTGAAATTAATTTTAGAAGGAACTTATTTTGATTTTGACGAGGAAGCT
TTTTTCAGTAAATTCAATATTTTGACACTTTGCAATAGCCGATTTAAGTC
TAAACAGAGCTTTACGCCGAAAAAAAACATTTGGACGGCTTATTCTCAAT
AGTTGCTTATCTGTTCTTTGCTCTTATTGTAATTCAATTCTCTTTATTTT
CACAGGGTACTCTTCACATTACCATCGTGAAGGAGATCGTATAGGAATAT
GCACCATACACGAGATTCCATATGTTCCTATGGGTTTATATGGTAGGTTT
GGTGTTTGGCTTGGAAAAGATCTAAACTTCCTAATTTTATATCTTTCTTA
TTCTCCTTTTATGGTGACTACAAAGAATGAATGTTGAAAATAGACGATGT
TATCGCCCGTTACAGTGATAGTAAAGGCGGGAAAATATGGCGTTATGGCG
GTATACGGAAAAAATCGGCAGGAGAGTTTCGAAGAAACGACTGGCAACTC
TACCGACTGTTAACTCTTTTCGGCAAAAAAACCCGTTTGCGAATTTTCTT
CGGCTTTGGCCTTTTATTTTTAGATAGTGATTCGTCTTAGACTATAAAAT
AGTCTAGTTAAAGCTCCACTTTCGCACGATTACTTTCATCTTACAGAATA
GCCTGAGTATTCAGGCTGTAGTAAACCTTTTTAAATTATTGATATTTCGG
TTAACCGCCTGGTCTTCCTAAAAGAAGAAAGTTAGCGCATGTCGTGTGTT
ATTGTTGTGAAGCTAAAAACTTTCTGACCCTGGGTTTACAATCATCAAGG
TAGATCAAGCTGTGAATAGCAGAAGCATCGCAATAAGAAATAATTTTCAG
GCTACTTACTCTGCTGATATCGATGAGATAATGGTATTTTATTAATCACT
TTTTCACATTTCATTTTAGAGGATGGATTGATGCTCTCAGAGGCAGCCTA
TCCACAACTTTTGAATGATAGTGTCAACAAAAGCAAAGAAATTTGTGAAA
AATTTAAACAACGTTC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_001448	XLOC_001448	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000021	supercontig	sc0000021:310558..321823 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.2229e-07	7.02503e-09	0	1.66487e-06	0.00200914	0.000598329	0	0	0	0	0	0	1.33547e-05	0	0	1.28775e-07	0	0.000530777	0	0	0	0	7.3468e-07	2.0001e-06	0.298817	5.15622e-10	0	0	0.315545	1.74595e-05

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00002679 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00002679 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00002679 (transcript) - C. hemisphaerica