TCONS_00000120 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00000120
Unique NameTCONS_00000120
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3412

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00000120 ID=TCONS_00000120|Name=TCONS_00000120|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3412bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00000120-protein

>TCONS_00000120-protein ID=TCONS_00000120-protein|Name=TCONS_00000120-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=506bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000001:2340620..2360221+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00000120 ID=TCONS_00000120|Name=TCONS_00000120|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19602bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:2340620..2360221+ (Clytia hemisphaerica)
ATATATCAGAATAATCGTAAAACGATCTAAAGGACTTGGTTCGAGTTTGT TGCAGGTAGTCTCATATTTTTCAAGTACAACTTCAAAACACCGTTCTTAA GGTCCCCTAACGTCAATATAGCGCTGAAACAACGTTGTTCGCTAGCTGAA TGTCTGGACATCTCTAGATTGGGGTGGGATGTATGCAGTCGTCAAaacct ttttcatcttcatgtGTAGGTAtcaacataaaatttaaaaattgtcaaaa attgaatttgctgATAACACTGGGTCATGATTTAAAATATGAAGTAAAGT TTTTTTAGAGCTTGAGCTTACTTTTgagtttcattttcgttttaaaAGAT CATTGGCCATTGATAATGTTTGGGCAACTCTACTACTTAACTCATCTTTA ATTTGAGCTCGGCGGATATCTTTTaatcaaaattgtttgaatCACAGAAA CTAATCATACTCATTTATATGGGATTTTTATGCAAATTGTGTATTTACAA AGTACGatgttaaaatgttttttttaggaTTAATTTAAAGTGATTTAGAC GGCTTTTTTTCGGAGAGCTTTATTGTTGTTAACGCTAGCCAGGATTCATG AAGATTCGTTCTAAGACAGATTTAAGCCTCCCACGCGAATTCAAATTCTT ATCAACGGTTAGAGAAGAAATGATGGATTAAAATAAgcctaaaatcaaaa caaaatattctTCTTCCATTCTACTATGTCGTTTTTTAAAATAATCTAGA TACGATTTTGTTTGAGCTCATTGGATCCGTATGGTGTATTTTTATAAATC AAATTGCAATAATGGGCCATCTTACTATCAAAAATATTCAGGAAATGAAT AAGATAATAGCAGCAGATAAAGTATGAATATTTACCTACAATAAAAATGA AGAGAAGCGGaaggaagattttttttcaaacgtGCGAAATTTTAGCAAGG 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000001:2340620..2360221+

>TCONS_00000120 ID=TCONS_00000120|Name=TCONS_00000120|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=24336bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:2340620..2360221+ (Clytia hemisphaerica)
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This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00000120-exon-sc0000001-1491911889:2349764..2349796TCONS_00000120-exon-sc0000001-1491911889:2349764..2349796Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00000120-exon-sc0000001-1491911889:2358163..2360221TCONS_00000120-exon-sc0000001-1491911889:2358163..2360221Clytia hemisphaericaexon
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00000120-proteinTCONS_00000120-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000001supercontigsc0000001:2340620..2360221 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values.
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.93213e-06 0 0 0 5.31589e-08 0 0.0030116 0.539267 1.08482e-05 0.00103231 0.000932946 0.000386964 9.03858e-05 7.57679e-05 5.51587e-05 0.0572207 6.31849e-09 0.000830555 0.00275098 1.75581 0.0794159 1.06905 0.943721 0.00248691 0 2.01652e-09 1.64592 2.84463 0.570441 0.431121
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR004299MBOAT_fam
Blast
BLAST of TCONS_00000120 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MBOA2 (Lysophospholipid acyltransferase 2 OS=Homo sapiens GN=MBOAT2 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 239.58 bits (610), Expect = 4.987e-68
Identity = 138/435 (31.72%), Postives = 220/435 (50.57%), Query Frame = 2
Query:   92 EDLEKKTGLTADQIVPLITLFFAFWVGHIFRIWLSPQRISSQKRHFISMALGIIMLSIVFGEQAFHLLYSCLISYTLMRFVDTSVVHVWVMGSAMLYLSLIHFKRMMLQD-DNYVVDISGPLMLATIKITYVGCGIHD---KYHPRTTSDDARIILKKFPSPLEYLGYIFNFSSVFTGPPPEYQDYMDFIDGKQYDKYKDELKGKQ--------PSPMLVSIQKFILGYMAIGMYGFVSSIFKPDFYKTPELYESSFW-FKVMFAEIMVYHHKFKYYGAFGLGESICNASGLGFSGVDEDRNPTWDKLKTLRPLQIEYATNIRGYVDCWNLTVNVWLKKCVYSRLKVIPFLGTWVFSALWHGFYSGYYTFFIPLGFALFLTRKVRRTIRPYFLSSPSLKLFYDVITWFVTRLLLNFYAVGFATLNYAITFKFWNS 1357
            + L     L  DQ+  ++   FA      FR +L   + SS  RH ++  LG+ +    FG  A H L    ISY +M  +    +H +    A+ YL++    R+ + D   Y  D SGP+M+ T KIT + C IHD   +     TS    + +++ PS LEYL Y  NF  +  GP   Y+DY+ FI+G+ Y   +    GK+        PSP    +QK ++  +++  +  + +    ++        ++ W  K+++  I +   + KYY A+ L ++I NA+G GF G DE+    WD +  LR  QIE +T+ + ++D WN+   +WLK+  Y R    P + T++ SA+WHG Y GYY  F+         R +R   R YF+    LKLFYDVITW VT++ +++  V F  L+   +  F++S
Sbjct:   13 QPLSNAVQLPIDQVNFVVCQLFALLAAIWFRTYLHSSKTSSFIRHVVATLLGLYLALFCFGWYALHFLVQSGISYCIMIIIGVENMHNYCFVFALGYLTVCQVTRVYIFDYGQYSADFSGPMMIITQKITSLACEIHDGMFRKDEELTSSQRDLAVRRMPSLLEYLSYNCNFMGILAGPLCSYKDYITFIEGRSYHITQSGENGKEETQYERTEPSPNTAVVQKLLVCGLSLLFHLTICTTLPVEYNIDEHFQATASWPTKIIYLYISLLAARPKYYFAWTLADAINNAAGFGFRGYDENGAARWDLISNLRIQQIEMSTSFKMFLDNWNIQTALWLKRVCYERTSFSPTIQTFILSAIWHGVYPGYYLTFLTGVLMTLAARAMRNNFRHYFIEPSQLKLFYDVITWIVTQVAISYTVVPFVLLSIKPSLTFYSS 447          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00000120 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
MBOA24.987e-6831.72Lysophospholipid acyltransferase 2 OS=Homo sapiens... [more]
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Spatial Expression
in the tripal_feature_cv_term.tpl.php