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transcript sequence >TCONS_00072966 ID=TCONS_00072966|Name=TCONS_00072966|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1906bp AAAGAAACAGATAACAATGTATAACAGCATTAAGAAATCATGGTTCATCC CACCAGAATACAAACATAAAGATATCCCACCTTTGTTATTGGGTAATTTT TCTGTATCAAGCACTTCAAGCTACTCCAACGAGCATGCGCAAGGGTTCTT CCACACTGGCAAATATTATTTGATCCTACAAGAAGACAAGGAAGAAAATA TTGTTCACGTGATCAAATTCGATATAGAAGAATTCCAATGGGTACACAGT CGAATAATTATCAGCTTACCAAAAACTGAACTCGAATGTCACcgagaaaa tgttttcaattcaACCAGTGGTGTATTGGTTCATATCATACAAACATACC CAACAAACGAACGTCATGAAACTGTAATGGATCTTTATACTTACAACATT GTTGATCTTTTTGACGAGCTTAATGGTAAAGATGTAAAAATTCCTGAATC AACTGAACCAGAATCACCACCAGAAACACCAACATTTTATAATCCTGAGG ATTTTTCAGAACCCCAAAATTCACCAGATCTATCTTTTATGGCTAGTATC TTTGAAGATTCGTACGATCAAGATTCGAACGATGAATCTAGTAGACCTAC ATCGTTTTTTGAATTGCCCTCAGAAtcacaaaatcaaaatctaaacATGG AACATGGTTCATCAGAGTCACTTAAAGCTGATTTAAATAGAGATTTGCAT CATCTAGATTCAAAGATTGACGACGAAGCATCCACTCCAGATCTGTCTTT GGCATATGATCAATTATTCAACTCTATAACTTGTAAATATGCAAAATTTC TTGGCCACGAGAATGCCACTTTACTTATAAGCAGTTATTTTACTCCGTAT TATGAGAGTAACCAGGATGAGAGATACAACTATCTGGATTTTATCAAGAT ACAAAAAGATCAACTTTGTCACGAGAAAAGATTGGTCTTAGATTTCGATA CGGTTGGTGGATCAGTAATTGCGAGAAGGGAATATACtaaagacaaaata tttttctttaaaaggtcttATATTGAAGACAGTGAATATATAATGAACTT AAAGATCCTCGAATGTGATTATTCTGGTAATTTTTTATATTCGTATAATC TGGAATACATTGAATCGTGGATGTTTAATGTTGTTGATCTTAAATATTCA AATTACATATTTCTTTATAATGGTTATGGCGAATTGGAGGACCTTGAATT ACGAGTTTTAAAACTGGAGAATGGGGTTGTTTTGTCaataaatgaaacaa aaaacttCATTCCCTGTGTGAAAGTACCAGTAGAATATAGAGGAAGGGAC TTCAGAGTGCGTGCCCCTATCAAGAAGTTCGATCGCCTTGTTATGCCACT TTACTGTGCCACAAAGGATGTATTTCACCCTGAATTTTACATGGCAATTG ATTTATCTACTATAGAAGTTGTTCACCAAATTATTTCTCCTGAAAATTCA CATCCTTGCTATTCTGTAAATTGGAACAATGAAGAAATTGGGATGACTTT TCGTAAAGATAATCTTCAAAATGCTACGAGACTTGGACCGTTATGTTTTA AAATGGCTTGCAATAATATTGAAAGGAAAGAAGAAAtgaaatctttgaaa tattTGGCAAGATTTGCTGTTTTAACATCGTTCAATTATCATCAATTAAT GGAAGCGAATTTGCCATCGACATTGTTTGActatttgggaattgaaaagt gaaaattgTAAGATTACAGGAAGgataatttattcaaaaatttgacaaat tgaaagttttgacaTCGTTCAATTATTACTAATTGATGGAAGCGAATTTG CCATCGACATTGTTTGACTATTTGGGATAAGATTACAGGAAGGataattt attaaaatattaacaaattgaaagttttgacaTCGTTCAATTATCACTAA TTGATG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_86:1389072..1405665+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00072966 ID=TCONS_00072966|Name=TCONS_00072966|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16594bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_86:1389072..1405665+ (Clytia hemisphaerica) AAAGAAACAGATAACAATGTATAACAGCATTAAGAAATCATGGTTCATCC
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AACCTGAGGATCTTGAAATACGAGTTATCAAATTGGAAAGAGGTAAAGCT
GAGGTTGTTAAAGAAGTTAGAAATATTATATTTCCGAAAGAGGACGGAGT
GATGTACAAATCAGTCGCATTAAATGATCCAATCAAAAGATTCAATCATA
CTGTATTACCAGCTTTATTAAGGGACGATGTCCACGGGGTATATATGACT
CTGGATTTAACAAACATGAAAATTACACGTAAGTCCCAAAGACAAATTAT
GACTGAAGATGACGATATTCAAGATTTTTCCTTGAATTGGAACAACGAAG
AAATTGCAATGATTTCTTTAAACGATGAGGAATATCTACTACCGGGAGGT
GAGTATGCATTCGTAtttcaaatacacgttttttttttataagaacaaac
tatataagaacataaggcttcgagcccaaaaatttaagaacattctaaga
acatactaaggctttggagacttaaaaacatgcaatttcttaagaaatta
catcaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Ntaagaaattacatcaaaatgctcaaaaaatgctgaaaataagaacattt
taagaacatttttaggcttcaaatccaaaaaactaagagcatccgaaggc
ttcgaaattttttgacgttcttataaaaaaaaaacgtgtagtacaCAATA
ACACTGTTGAAGGGAAAGGCAGTGTCAAATCTTTGAAACAACTGGCAAGA
TTTGCTGTTTTGACATCGTTCAATTATCATCAATTAATGGAAGCGAATTT
GCCATCGACATTGTTTGActatttgggaattgaaaagtgaaaattgTAAG
ATTACAGGAAGgataatttattcaaaaatttgacaaattgaaagttttga
caTCGTTCAATTATTACTAATTGATGGAAGCGAATTTGCCATCGACATTG
TTTGACTATTTGGGATAAGATTACAGGAAGGataatttattaaaatatta
acaaattgaaagttttgacaTCGTTCAATTATCACTAATTGATG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1491911889:1389072..1390344 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1491911889:1389072..1390344 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1510915933:1389072..1390344 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1510915933:1389072..1390344 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1575043694:1389072..1390344 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1575043694:1389072..1390344 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1491911889:1397412..1397764 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1491911889:1397412..1397764 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1510915933:1397412..1397764 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1510915933:1397412..1397764 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1575043694:1397412..1397764 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1575043694:1397412..1397764 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1491911889:1405386..1405665 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1491911889:1405386..1405665 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1510915933:1405386..1405665 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1510915933:1405386..1405665 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1575043694:1405386..1405665 | TCONS_00072966-exon-scaffold_86-1575043694:1405386..1405665 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_86 | supercontig | scaffold_86:1389072..1405665 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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