TCONS_00055484 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00055484
Unique NameTCONS_00055484
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1008

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_253:265373..297835-

Legend: exon
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>TCONS_00055484 ID=TCONS_00055484|Name=TCONS_00055484|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32463bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_253:265373..297835- (Clytia hemisphaerica)
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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0 0 0 0.198312 0.0874968 0.162804 0.392629 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.179067 0.454359 0.619764 0.315035 0.512129 1.33823 0.156304 0.860637 0.057915 0.105959 0.183151 0
Blast
BLAST of TCONS_00055484 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HPCL1 (Hippocalcin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=HPCAL1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 90.1225 bits (222), Expect = 3.453e-21
Identity = 42/70 (60.00%), Postives = 54/70 (77.14%), Query Frame = -2
Query:  264 ISHSEMLEVVSAIYKMVGDTVELPEDESTPEKRVNKIFSSVDTDHDGYLTLEEFLEVASKDKTIRSLLRC 473
            IS SEMLE+V AIYKMV   +++PEDESTPEKR +KIF  +DT++DG L+LEEF+  A  D +I  LL+C
Sbjct:  116 ISRSEMLEIVQAIYKMVSSVMKMPEDESTPEKRTDKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDPSIVRLLQC 185          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00055484 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
HPCL13.453e-2160.00Hippocalcin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=HPCA... [more]
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