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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00054275 ID=TCONS_00054275|Name=TCONS_00054275|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7722bp
aagtTAGCGAAACATCCTCTAGCGGTTTGTCCTCAACTTTAAGGAACACA
AAATTGTCTTTGGGTTTTGATGGGATATTACTCCTGGTCACTTGTCCCAT
ATCGGCGTACGGATCACGGGAGTTTTTCCCGGCGTATTTATGTAACGAAT
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ctttcttttgcattttcttcttttactcCATCCTCCTTGTGCTCTTCCTT
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CTGTTTTGGAGAATCTTCTTTGGACCCTTCTTCTTTAGAAAATTCTTTCG
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TGGTCATTGCCTTTCGATTGCCCGTCTTTTGGACCCTCTTGTTGCCCTTT
CTCTTCATTCGCACTTTCGCTTTTTGTGTTTTCCTCTTTAGGGTTTTCCT
GCTTCGAAGCATCTTCGCTGGGGCTTTCCTGCTTCGAAGTGTCTTCTTTA
GGGTTTTCCTGCTTCGAAGCGTCTTCTTTGGGGTTTTCCTGCTTCGAAGC
ATCTTCGCTGGGGCTTTCCTGCTTCGAGGCGTCTTCTTTGGGGCTTTCCT
GTTTCGAAGTGTCTTCTTTAGGGCTTTCCTGCTTCGAAGCATCTTCTTTA
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CTGGGTGTTTCCTTGAGATTCAGGTGTCTTATCATCCAACTTGGACCCAC
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GCGCATTCAATTTCCTGACGTTTGGAATCTTCACTCGGTGTTCCTATCAT
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TTTTGGTGACGCTCTTCTTCTCAACTGCTGATCCGATGAAAAGATAAGGA
TCCTTTAAGAGCTTTTGCCTTGCTTTCTCAatgtttgtttgatttgaagC
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GATCCTTGATCGTATTTTTATTGCCAACAACCTTAGTTTCGTTTGAGGCA
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GGTCCTTAATGACGTTGCCTGCTGATTTCGTTTGGTTTGCTGCAACCCCG
CTGCGTTTTCGATCATCAGCTAAGACAGATCCGACTAAAGTATCAGGTTT
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ATATCAGCGTACGGGTCaattttgactgcttttacatTCGTGGACTTTTT
GCTACCCTTTGATGGGTGTTTATCCAtactatttctttttttaccgATGT
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TCTTTTGATTCCGGTGATTTTAGTTTCATCAACAGAGGGAAGATTCCTTG
GAAAATACTCGGTTCAACTTGATCTCTACCAGCATTGGAAACTTCAGCCG
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TCACCACGGATCTTTTAGTAGTTTTCGTTCTCTTGTTCGTATGTGGTTTG
GTAGGCTTAGCTCGTTTGCTACCCAAATCAGAGTAAGGATCACCATAGTG
GGTCAGTGGTTTAGATTCCTTTACTTTTGATGGATTCACAAAGTTGCAAT
CATCATCTCTCTTGGAAGCTTCATTTCCAATCATTTCATAAGGCTCACTG
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CGACAGTTGATGTGACGCTTTCTCCGACATCTAAATAAGGATCACGTCCC
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ATTATTCTTGGAGCTTTCTTGTTTAGCTCGTTTGGTAGGGTTCGGTGAGG
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CTCTTCCGATTGGGTAGAATTTGACTTTGGAGCAGAATTTGTCTGTTCTT
CGCTAGCCTCGGGAAGTTTATGTCGTAGATTAGCATAAGGGTCGGAAGAA
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TGAAACACCATTCATTTCATTCTTGATTTGTGCGTTCGATTTATTGAGAG
CACGAAGCAATTCTTCAGTCTTGGCAAGTGCTTGGTCAACTTCTCCTTCT
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AACTTTCTCGTTTCCCTCCTTCAATTTGTCACTCAATTCTTTTACTCTCT
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ATCTCCTTCTTCATGATTCGCTTTTTTCAAAACACTATCAGCCAATGAAA
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CGATTTATCAACAACATTCGACTTGCTGTCACTGTCACCCTTCTCACCCC
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TCAGATTTCGTAGACGCTATCTGATGTGTGTCAAACGATTCTTTAAGTTG
CTTTTGCGCTTCAAGTGCAAGTGATGACTCTGGTTGAGTGTTGCCCTCAA
TGTTCGAATTCTCTGCATTCTTACCTAGCAAGTGAACTTGTTTCTGATTA
GTTGCTCCCTCTTTTAGTTCTTCTTTACTCTCCTTAGAAGTTTCTTCGGA
AAGTTCAAACTCCTTAGCTTTCATCATTTCTTTACCACTAATCTTCGATT
GCACATCGTGATCACCCTCTTCGCCATCAGATTTGGCAAACTCCTtcgat
ttttctttcttctttttcgaaTCATCTTTATCTTCGTCATCTTTTGGCGG
CTTCTGATCACCTGGTATTATTTTTGGAGGTAGAACTTTACCAATCGACT
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GTTGGCAATTTCGCTTTCTCTGCAATCTTCTTGAAATCAGTAACCTGGAC
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AGCCTTTCAATGGTTCACTTGGTGCACTACCTATGTCCGAAAAAGGATCT
CTTTTATGTCCGGTAGTTTTCTTCGGTCTACCAATTACCTTTTGTCGCTT
TTGCTTCTTTGAGTGTTTGGGCATGCGGCTCCGTTTACTCTTCTTGTTTT
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tccctctttgCGCCTTTCTTTTGATTAACTTTGGTTGGTAGCCTGTGTCT
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TATTGatctttttcaaaggttttaGAGACTTGGTTTGAGCTTTATCAAGT
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GCATCCCAGAGGTGTTTCCTACATCCGCATAAGGGTCTCTTTTGTAGCCT
CCTTTAGTTGAAGGCCTCTTATTTGTATGTGTGCGTTTTGTAGGGACATC
AGGAGCGCTTCCCAGATCAGCATAGGGATCTCTCTTAGTACTCGTGCTAG
GCCCAGGTTTTTTATGGGTTTCTTCACGCTTGACTGGCGTGCTAGGTGCA
CTTCCTACATCTGCGTACGGATCTCGTTTATAAGAACCTTTCTTGGAATA
CGTTTGACTTCGAGCCACGGCAGCTCCCATATCTCCATAAGGGTCGCGCC
CATTATCGAAAGTTTGAAGAGTTGGTTTCTTTGGCTGTGTGCTTGACTCC
ACAGCACTATCAATATTCGGCATGTTAGCTAGAAATCTGAAAGGTTTCAT
TTCGAACAAACGTTTCCTGGTTTCAGGGTTTATCTTCGCCAACGCTTCTT
TGAATTTAGGTAACGAATCTAACATCATGGTGTGAGGGCTGCTTGGAGCT
TCACGCGGTGCCACATTATTGGCTGCGGTGATCTGTTCCAAAGCTGACGC
TGTCGAATCGACTGTGGACATTGAAGGGGTATGGGTATGAGAGATTAATG
ACATTCCACCTGTGCCTCCGTGCGAGGCATCATCGAAAAGACCCCTCTTA
GTACCTGTTTTGTTAGAGACAGCCCTGATCGATCTTTTCAATCCAGCAGA
TCCCATCGTTGCATAAGGATCTTTGGCCAGTTTCTCATACGATTCCTTTT
TGGTCATATATTTGTAGGTATCTTCCTCCTTATTTGGTAGGATAGCTCCT
ACTTCGACCTCATCAGTTGCCCGACGCCTTCTTCGGCGGGCTGGTAAACC
ACCTACATCAGCATATGGGTCGTTAACAACCATCTTGGTTTTGGTAGCTT
CCTCTTTTTGCTCCTGATGGTGTttctgatgatgatgatgtcTTTTCTGG
CCGATGTCTGAATAAGGATCTTTCAATCGATTCAATTGCAACATTgcttc
ttttgtttctttcttcaaTTTATCCAAAGTGTTTTCGTATTCAAGGATCT
TTGGTTTCAAACTTGATTCAGTCATCTCTGGTGATTGTTGTTGAGCTTCA
GCTGTTGATGTGGATGTCATTGCTCTTGTTGCTGCGGACCCTTGGTTACC
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TTTTTCCACGTTGTTCGATTCTAGATGGTGTTAAATGAATTTCTTTACCA
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AAGCTTGTTTTGGTCTTCCTTAGTCATTGGTTCGTCCTTAAAGATACGAT
CTGCGATAGTCACTGCAATAGCAGGGTTGTTGGTTATCGCAACAGCTCTG
GAGTTTGATCGTTTACCATCTGGAGGCTTCAAATCAAtcgtgattggttc
tttcagcTTGGCTAACGGTCCTTTGGGatttaaagtaattttgagTGGAA
CCCTGGGTAATTTACCGAACAGCTCCACAATAGTACTTGGTTGTTGTGTT
TGACCGACTTCGATTGATTCTC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_242:1538819..1547626+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00054275 ID=TCONS_00054275|Name=TCONS_00054275|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8808bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_242:1538819..1547626+ (Clytia hemisphaerica)
aagtTAGCGAAACATCCTCTAGCGGTTTGTCCTCAACTTTAAGGAACACA
AAATTGTCTTTGGGTTTTGATGGGATATTACTCCTGGTCACTTGTCCCAT
ATCGGCGTACGGATCACGGGAGTTTTTCCCGGCGTATTTATGTAACGAAT
GCTTCTTGTCCCCTCGGTCAGGTGCTGAGGAGCCGGTCGATGCGTACGCA
CTTTCGAGTTTTGAGAACCCCCCACTTGGTTTTGCATGCTCCGTTTTCTT
TTTCTGTTCCTGTGGTTTGTCCGGTTTATAATGTGTCCCGGTACTGTCCG
AAGTTAAACGACCCATCAAATAATCGGTCATATCTTCATTATTGACGTTA
CTGTTAGGATCACCATtttctgtttgttgtttgttctCTTCGCTAGCTTT
GTCACCAGACTCTTTTTCTCCTTCTTTTCCTGCTTTTGATTCGTCAACAG
GATTAGGTTTTGACACGTCTTCAACAGGGCTTGGATTGCTGTTCAATGAG
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CGATTCTGAATTCTCAGCTTTTGACGGATCTTTATCAGCTGTAGTATCag
agttttgtttttgaagtgaTTCCCCTGTATCTCCTCCTTCTTGTTGATTC
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TCTCCCCTTCTTTAGCGGAATCACTTGAAGGATTCCCTGAAGGGCCATTC
CCTTGCTGCTGTGCATCTTGGGATCCAGTATTTCCATTGGAGCTATCACT
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TCTTTGCTTGTTCCTCTTTAGCAagcatttcttttgttttatctacttca
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TGCATTCTCTTTCGTAGCGTCTTCACTTTGTTTAGCTCCTTGGTCTGTGG
ACCCCTCTTTTGGACCTTGGTCAGTGGATCCCTCCTTTGGTCCCTGGTCT
GTTGACTCCTCTTTTGGACCCTGGTCTGAAGAACCTTCTTGTTTCGCACC
TTGATCGCTTGATCCACTCTCTTGTTTCATAGCCTCACCATTAGAAcctt
cattttgtttttgtccTTCTTCACTAGAGTTTTGCTTGGGAGCATCAGAA
TTATCCTGTGTTGGCCCTTGTTCGGCAGTTGCTTGATCTTTTGATTCATC
CTGTTTTGGAGAATCTTCTTTGGACCCTTCTTCTTTAGAAAATTCTTTCG
AAGATTCTTGTTTCGAGTCGTTCTCATTATGCGCTTCCTGTGCAGCTTTT
TGGTCATTGCCTTTCGATTGCCCGTCTTTTGGACCCTCTTGTTGCCCTTT
CTCTTCATTCGCACTTTCGCTTTTTGTGTTTTCCTCTTTAGGGTTTTCCT
GCTTCGAAGCATCTTCGCTGGGGCTTTCCTGCTTCGAAGTGTCTTCTTTA
GGGTTTTCCTGCTTCGAAGCGTCTTCTTTGGGGTTTTCCTGCTTCGAAGC
ATCTTCGCTGGGGCTTTCCTGCTTCGAGGCGTCTTCTTTGGGGCTTTCCT
GTTTCGAAGTGTCTTCTTTAGGGCTTTCCTGCTTCGAAGCATCTTCTTTA
TTCTCCTCCTTTGATCCTCCCTCTTTGGAAGAGTTCTCCTTATTCTCCTC
CTGGGTGTTTCCTTGAGATTCAGGTGTCTTATCATCCAACTTGGACCCAC
CATCGCTCTGTCCTTGCATCGCATTCTTCAAATTATCATCTTCATATTCA
GCGCATTCAATTTCCTGACGTTTGGAATCTTCACTCGGTGTTCCTATCAT
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GACTGCTTTTCCTTTCTCGTGAAACTTCTTCTTTTCTTTAGCTTTCAGTT
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ATTATGGAGCGATTCCAACTCTTTAGCCGTTGTCTCCGAGGCCCTAGCTT
CACCAGCAGCAAGTTTCTCAACCGATTCTGATCCTTTAGCTGTCTTTTCA
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TTTTGGTGACGCTCTTCTTCTCAACTGCTGATCCGATGAAAAGATAAGGA
TCCTTTAAGAGCTTTTGCCTTGCTTTCTCAATGTNGGCCTTCTCAAGGTT
TTCAATGGTGTTTAACTCCTCTGCAACGCTTGGTGTAGCTTTGACTGCTT
TTCCTTTCTCGTGAAACTTCTTCTTTTCTTTAGCTTTCAGTTTTGCTTCT
TTTCCTTCCGATTTTGCTTTTGCCACGTATGGATCACTGGTGTCATAAGG
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GCGATTCCAACTCTTTAGCCGTTGTCTCCGAGGCCCTAGCTTCACCAGCA
GCAAGTTTCTCAACCGATTCTGATCCTTTAGCTGTCTTTTCGTGTCGAGC
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ACGCTCTTCTTCTCAACTGCTGATCCGATGAAAAGATAAGGATCCTTTAA
GAGCTTTTGCCTTGCTTTCTCAatgtttgtttgatttgaagCGACATCAC
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GTTTTTGGTCATTTACGGCTGAACCAATAAAAACATAGGGATCCTTGatg
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tattcttattttcagcgGCTTTCGTTTGGTTTGACGCGACGTCGCTACGT
TTTTGGTCATTTACGGCTGAACCAATAAAAACATAGGGATCCTTGatgat
attcttattttcagcgGCTTTCGTTTGGTTTGACGCGACGTCGCTACGTT
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TTCTTATTGTCAACAACTTTAGTTTCATTTGAAATTACTTCGCTCCGTTT
TTGGTCGTCAACAGCCGAACCAATCAAAACATAAGGATCCTTGATGATAT
TCTTATTGTCAACAACTTTAGTTTCATTTGAAATTACTTCGCTCCGTTTT
TGGTCGTCAACAGCCGAACCAATCAAAACATAAGGATCATTgatgatgtt
cttattttcagcggCCTTCGTTTGGTTTGACTGTTGAGTTTCACTGCGTC
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CTTCCAAATCGTCAGGTTGTGTCAACTTATGTTGTGGGCTAATTCCTTTG
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TTACCGTTGATTTGATTACTGACTGTTTCTTTCGAATCTTTTGATTCCGG
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GTGGTGGTGATTCTTCTTGCTAATTGTGTGTCTTTTAACAGACTTCCTCT
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TTAGTAGTTTTCGTTCTCTTGTTCGTATGTGGTTTGGTAGGCTTAGCTCG
TTTGCTACCCAAATCAGAGTAAGGATCACCATAGTGGGTCAGTGGTTTAG
ATTCCTTTACTTTTGATGGATTCACAAAGTTGCAATCATCATCTCTCTTG
GAAGCTTCATTTCCAATCATTTCATAAGGCTCACTGCAACTTAAAAACCG
TTTCGTGATTTCTGCTGATCGCCTGCTACGTTTATTGATCTTGGCTTTCA
GTGGAGTTTTAGTCGGGTCTTGGCTTCGTTTGGTCGCGACAGTTGATGTG
ACGCTTTCTCCGACATCTAAATAAGGATCACGTCCCTGGTTTACACTTTT
TTGGGGTGCTTTAAATTCATGCGTTTTAGAAGCATCATTATTCTTGGAGC
TTTCTTGTTTAGCTCGTTTGGTAGGGTTCGGTGAGGAGGCCCCTATCTCC
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TTGCTGCCCAAATACTGGTAGTGAGCCTTTGGAGGTCTCTTCCGATTGGG
TAGAATTTGACTTTGGAGCAGAATTTGTCTGTTCTTCGCTAGCCTCGGGA
AGTTTATGTCGTAGATTAGCATAAGGGTCGGAAGAAGGGTCTTGTGAGAG
AGTTTGAGTTGAGTCGCCTTTTGAAAGTGTTTGACTTGAAACACCATTCA
TTTCATTCTTGATTTGTGCGTTCGATTTATTGAGAGCACGAAGCAATTCT
TCAGTCTTGGCAAGTGCTTGGTCAACTTCTCCTTCTTCGTCTTGTCCTTT
CAAATTTGCTTGATTATCCTCTTTCTTCTTCTTGAGAACTTTCTCGTTTC
CCTCCTTCAATTTGTCACTCAATTCTTTTACTCTCTCCATAATCTTTGCT
CCTTTCTCTTCTTCACCCTCTCCTTTATCCTCCTCCTTCTCTTTATTTGA
TTCACTCGTTTCATCCTCGTTCGTCTTCTTCAGTGAATCTCCTTCTTCAT
GATTCGCTTTTTTCAAAACACTATCAGCCAATGAAACATCTTTTTCCAAA
CGTGGATCCATGTGTAAAGTTGCGTTGCTACCAGACACTGGACCCGCCAT
GTTTTGAGTTACATTTGATACAGTTTTGTCAGTCACCGATTTATCAACAA
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GTGCAAGTGATGACTCTGGTTGAGTGTTGCCCTCAATGTTCGAATTCTCT
GCATTCTTACCTAGCAAGTGAACTTGTTTCTGATTAGTTGCTCCCTCTTT
TAGTTCTTCTTTACTCTCCTTAGAAGTTTCTTCGGAAAGTTCAAACTCCT
TAGCTTTCATCATTTCTTTACCACTAATCTTCGATTGCACATCGTGATCA
CCCTCTTCGCCATCAGATTTGGCAAACTCCTtcgatttttctttcttctt
tttcgaaTCATCTTTATCTTCGTCATCTTTTGGCGGCTTCTGATCACCTG
GTATTATTTTTGGAGGTAGAACTTTACCAATCGACTTATAAGGATCTTTT
GCGTACGATTTCACACCTTGTATGTTTTCCATAGACGTTGGCAATTTCGC
TTTCTCTGCAATCTTCTTGAAATCAGTAACCTGGACTTGTTCTTTCTTTT
CTGCGTCATCTCTCGAATAAACACTTGTTTCCTGGTTTCCATCAGCACCT
GGACTGGTTTCTTCCAGCTTACGCTTACTTCCTTTGACAGGCCGTGCGTT
GATGCTTTTCAAGACAATGCTCTTTGAGACAgctttaaatttcgatttaa
gACCAGCTTTCGATACAATTCCACTCTTCAAAGAAGCTTTAATACCTGTT
GGTGCTATTCTGGTCTTTGTTATCGAAGCTCTACTTTTCACAGTCGTAAT
TTTGTTCTTTCTACGGCTCAGCTTTGCCATTCTGCTTCGTTTCTCATTCT
TGACGTTTTTCTTGTGATTCTTTTTAGAGAATGTGGAGCCTTTCAATGGT
TCACTTGGTGCACTACCTATGTCCGAAAAAGGATCTCTTTTATGTCCGGT
AGTTTTCTTCGGTCTACCAATTACCTTTTGTCGCTTTTGCTTCTTTGAGT
GTTTGGGCATGCGGCTCCGTTTACTCTTCTTGTTTTTACGAGACACCTTT
CCTCTTTTCGAGACTTGCTTACGtgatgtttttctttccctctttgCGCC
TTTCTTTTGATTAACTTTGGTTGGTAGCCTGTGTCTCTTGTTCCCGATAT
CAGCGAAAGGGTCTTTCTTAATAGTGGCATGAATTTTATTGatctttttc
aaaggttttaGAGACTTGGTTTGAGCTTTATCAAGTTTACTTGGTGATTT
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TTTTGTAACCTTTGCTTGTCTGTGTTCGCTTGGATGGCATCCCAGAGGTG
TTTCCTACATCCGCATAAGGGTCTCTTTTGTAGCCTCCTTTAGTTGAAGG
CCTCTTATTTGTATGTGTGCGTTTTGTAGGGACATCAGGAGCGCTTCCCA
GATCAGCATAGGGATCTCTCTTAGTACTCGTGCTAGGCCCAGGTTTTTTA
TGGGTTTCTTCACGCTTGACTGGCGTGCTAGGTGCACTTCCTACATCTGC
GTACGGATCTCGTTTATAAGAACCTTTCTTGGAATACGTTTGACTTCGAG
CCACGGCAGCTCCCATATCTCCATAAGGGTCGCGCCCATTATCGAAAGTT
TGAAGAGTTGGTTTCTTTGGCTGTGTGCTTGACTCCACAGCACTATCAAT
ATTCGGCATGTTAGCTAGAAATCTGAAAGGTTTCATTTCGAACAAACGTT
TCCTGGTTTCAGGGTTTATCTTCGCCAACGCTTCTTTGAATTTAGGTAAC
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ATTATTGGCTGCGGTGATCTGTTCCAAAGCTGACGCTGTCGAATCGACTG
TGGACATTGAAGGGGTATGGGTATGAGAGATTAATGACATTCCACCTGTG
CCTCCGTGCGAGGCATCATCGAAAAGACCCCTCTTAGTACCTGTTTTGTT
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TAGGTATCTTCCTCCTTATTTGGTAGGATAGCTCCTACTTCGACCTCATC
AGTTGCCCGACGCCTTCTTCGGCGGGCTGGTAAACCACCTACATCAGCAT
ATGGGTCGTTAACAACCATCTTGGTTTTGGTAGCTTCCTCTTTTTGCTCC
TGATGGTGTttctgatgatgatgatgtcTTTTCTGGCCGATGTCTGAATA
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GATTCAGTCATCTCTGGTGATTGTTGTTGAGCTTCAGCTGTTGATGTGGA
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CAAGGTGCGCCGGCGGAGATCTGCATACGCTGCTTGAAGCTTGTTTTGGT
CTTCCTTAGTCATTGGTTCGTCCTTAAAGATACGATCTGCGATAGTCACT
GCAATAGCAGGGTTGTTGGTTATCGCAACAGCTCTGGAGTTTGATCGTTT
ACCATCTGGAGGCTTCAAATCAAtcgtgattggttctttcagcTTGGCTA
ACGGTCCTTTGGGatttaaagtaattttgagTGGAACCCTGGGTAATTTA
CCGAACAGCTCCACAATAGTACTTGGTTGTTGTGTTTGACCGACTTCGAT
TGATTCTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00054275-exon-scaffold_242-1491911889:1538819..1540962 | TCONS_00054275-exon-scaffold_242-1491911889:1538819..1540962 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00054275-exon-scaffold_242-1575043694:1542798..1547626 | TCONS_00054275-exon-scaffold_242-1575043694:1542798..1547626 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_242 | supercontig | scaffold_242:1538819..1547626 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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