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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00053219 ID=TCONS_00053219|Name=TCONS_00053219|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=521bp
GTGAGCTTGCCAATCACATGCCCAGTGGAGTTGTTCAGAAATTCTCTACC
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TATACATGTAAAATAAAACAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_227:347419..355593+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00053219 ID=TCONS_00053219|Name=TCONS_00053219|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8175bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_227:347419..355593+ (Clytia hemisphaerica)
GTGAGCTTGCCAATCACATGCCTGCAGAAGTTGCTCAGAAGTTCTCAACA
TTGTTCAATAGTCCAGCAGATATCGATCTCTTTGCAGCTGGTATTGCTGA
AAACCATGTACCAGGATTCCAAACTGGCCCAACATTCAGATGTTTGTTTT
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AATACTTTTATTAAAATAACATGCCCCTTAATTAGTATTCTCACACACAC
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ACTTTtagacatccctgtctcacagccgcGGTAAAAACTTTTCCCACAGC
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CAATGGGGCTGGGGTCttagcgggtctgtgacacaggggtgacCCTAGTT
TAGTATTCTCCACAAACACAACCACTTTCATCTATGTGACCTTGGCGGTC
GACAATGACGTACCGCCAGAGTTTGAATAATAGACAAAGAAAGACCGTTA
GAATCcactactttcagcaaagattttCACAAATAGTCAACAAATAGTCG
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TCAACGTTTCTTTCAAACCCAAATCTACACTTTGTTTTCAGGAGATACAT
ACATCGATTGCgtcaaaacaacacaaaatcCCGCTTCATGCTCTGCATAT
GAAGACGTTGGAAAGAATTATCGAAGGTTTGATGGACTTTGCAACAATCT
CAGATTCCCAACTGTTGGTGCCATCAACACACCTTTCAGAAGAGTACTTT
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tttaacgttcatctaacgttatatggacgttgtgaacattagatggacgt
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TTcgccggtaaatcggtattaccagaaaaaaacgacgggattacggtatt
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aataagaatatgttaagaacatttttaggcttgaaacccgaAAAGTTTAG
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CAGAATATGTAGACAGACGTCAGGTAGACACGCCAAAAGGATTCCCTGGA
ACAAAACCTTCAAACATCCCAGCTGCAAATAAAGTTACAATAACTGCATT
CACACCTCAATTCGTGAATGCAGGAAATGCTGGTCGATTGTCCACATTGT
TTACAACTGCTGGTCAATTTTTGGACCATGACATGACGATATCGAACCAT
GGGAAATGTAACATCAAAGAGTAAGTATAAGATTTTGTAGTTGATTtcat
tattgttttttttacatGTGAACCCTCTTTTTGTGACCCAGTCATAACCA
CTCCAGTGAGAATAATTGCCAAAAATAGCCTAATTCTAAGCCCTGGTGGA
ATAATTAGTACATCCAGCCCACATCCAGTCAACCTTAAGTAACTGAATCT
TTATTTTTGGTCAAAACTGTCTTACCCCGGTGAACAACTACATAAATTag
gtaaaaaaagacattttaacGAACTCACAATGACTCGCTAATGATTGAAA
GTGAATCTTTCCCATCTCCGGTTAAAATTGTATTCGAAATAGTCTCCCCC
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TTTATAGTTGCAGTTCAGACTCCGCCTTCAAATATCCATGCTTCCCAATC
AAGTTTGACGATGGAACATCGAAATGTACGCCTTTCGTTCGAGCATTCGC
TGCATGtcaattatatcctgcccataGAAGAACTGATAGACAGCAAGTCA
ACGCCTTAACAGCCTTTGTAGATGGATCACAAATCTATGGACATAATGAA
GCGCTGGCAAGATCATTACGACGTCTTGATGGTAAGTGCTTATAAATGCA
TTTCAGGTCACAGGGAAACTATGGTACCCTGTATATATACCTGTATTAAT
CTAACTTTTATAAGGACACTAACTTTAGAAAAATCTCCGACTAAAATCAT
CTTTGTTCTGCTAAAATGATGGGGATCATTTGAAAACTTTCACCCAAGTC
GGCATACCCTTGACAATCATAAAATGCTAAAGAATTAATTTCTCTTACAT
AGGTACTGGTAAATTGAAGACTCGAAGTGGAGATTTACTACCTCTTAAAC
AGTTCACTACCCCATGCGATCTTCTAGAAGGATGTTCTCTTGCTGGTGAT
ATTAGAGCTGATGAAAACATTGCTCTACACTCTATGCACACAACTTGGGT
TCGAGAGCATAACAGAGTGGCCACCAAATTAAGACAATTCAATTACCACT
GGAATGAGGAGAAGCTATACCAAGAATCTCGAAAGATTGTTATCGCTCAA
TGGCAACATGTTGTTTTCAATGAATGGATACCGCGAATTGTTGATCTTGG
ATCTTATGGAGGATATAATTCTGGACTAGATCCAAGAATCATTAATGCTT
TTGCCGCTGCAGCTTTCAGATTTGGTCACAGTTTAGCACCAAACGCATGG
AGTCAACTTGACAACAATTTTgataagaaatttgaaaagatcAGTCTTCG
AGAATCTTTCTTTAATATTCAAAGCATCAATCAGAGAGGAATTGAACCAA
CCATGTTAGGTCTCGTTGGAAACCAATCAAATACAGTCGATGATATTTTT
GCTTTTGGATTGCTCCGAAAGTTATTCGTCCCGCCTGGTGAAGAAGGCCA
TATGGATTTGACAGCTCTCAACATCCAAAGAGGTCGTGATCATGGATTGC
CAACATACGGAAAATGGAGACAGTTCTGCAATCTGCCAGCCATCCCATCT
TTCAGCGAGCTTGCCAAACACATGCCCAGTGGAGTTGTTCAGAAATTCTC
TACCCTATATAACCAGCCAGCAGATATTGATCTTTTCGCGGCTGGGATTT
CGGAAAATCACGTACCAGGATTCCAAACAGGTCCCACTTTCCATTGTCTA
TTTAAACACCAATTCAGACGTCTGAGGGACGGTGATCGTTATTTCTATCT
CAACCGTGGTGTTTTTACACCAGAACAACGTAACGAATTGAAAAAGACCT
CTATGGCGAAAATCCTGTGTAACAACTTGAAAGGAATTGTCTCGATAAAC
AAAGATGCTTTCATCCAGACTACCAAGAAACGCACAGCTTGTGACGATAT
CCCTCAACCAGATCTAAGTGTTTTCTAAAACTGACattaaattgataatt
tttttttcgaacttaatattttaaatcttatttttaaatactattatTTT
GGAGGAAATCTTTGtattgtagggtcatttttgtATCAAATTCTTACTAA
CTAATATACATGTAAAATAAAACAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1491911889:347419..347435 | TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1491911889:347419..347435 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1510915933:347419..347435 | TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1510915933:347419..347435 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1575043694:347419..347435 | TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1575043694:347419..347435 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1491911889:355090..355593 | TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1491911889:355090..355593 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1510915933:355090..355593 | TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1510915933:355090..355593 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1575043694:355090..355593 | TCONS_00053219-exon-scaffold_227-1575043694:355090..355593 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_227 | supercontig | scaffold_227:347419..355593 + |
Blast
BLAST of TCONS_00053219 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PXDNL (Peroxidasin-like protein OS=Homo sapiens GN=PXDNL PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 112.464 bits (280), Expect = 2.937e-28 Identity = 52/118 (44.07%), Postives = 75/118 (63.56%), Query Frame = 3
Query: 24 SGVVQKFSTLYNQPADIDLFAAGISENHVPGFQTGPTFHCLFKHQFRRLRDGDRYFYLNRGVFTPEQRNELKKTSMAKILCNNLKGIVSINKDAFIQTT--KKRTACDDIPQPDLSVF 371
S + QK LY P DIDL+ A + E+ +PG + GPT CLF QF+RLRDGDR++Y N GVFTP Q +LK+ S++++LC+N I + D F++ + C +IP+ DL V+
Sbjct: 1178 SEIRQKLRKLYGSPGDIDLWPALMVEDLIPGTRVGPTLMCLFVTQFQRLRDGDRFWYENPGVFTPAQLTQLKQASLSRVLCDNGDSIQQVQADVFVKAEYPQDYLNCSEIPKVDLRVW 1295
The following BLAST results are available for this feature:
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