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transcript sequence >TCONS_00004567 ID=TCONS_00004567|Name=TCONS_00004567|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1972bp atttgatttgagttttttgagttttcgtttcaaaagtcttttgattattt tgacttttacaTCCATCATATTTTGTCATTTGGAAGTTGATGTGTTAGGT GCACGAGCTTTGTGATAATTTCTGCAAACGATACATTGATTGTTTGAAAG GGAAGATGCCATTGGACGTCGTTCTGGAAGATACTGATAAGAAAGACATT AAAGCTGAGAACAACAACAACacgacaacaaacaacaacaataataacaa caatACAGTCATTCATAACAATAACAATGCCATTGAGAATTCCGATTCTG CACAAAGCTCGCCCAAGaCGCAGAACCCATCGTGGTCGTTCGACATTTCA CCTCACGCTTCGAAACCGCCTCACCTTTCACACTCGTCCGCGCTTCCAAT GACACACGCAGACCCTttgaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaca acaacaacaacaacatcaatAATAACCATCACCATCATCAACTCGATTCA GTGCCAGGTGAAACAGATTTGAACAGTGCTGTATCATCAGAAACGATGCC AGATTCCGAAGATTCCATTTTCAAAGATGACGAAGATGAGaaagacaaaa gaaaacaaaagaaacgagggatttttcccaaaatggcCACCAATATCATG AAAGCTTGGTTATTTCAACATTTAAATcaTCCATACCCCTCAGAAGAACA AAAACGTCAACTGGCAAATGAAACTGGTCTTACCATACTTCAAGTTAATA ATTGGTTTATCAATGCAAGGCGGCGTATCGTCCAACCCATGATCGATGCA TCAAACCGGGCAGGTAAATCACCGGTTGTCACAGTATATAAATCACGTAA ACGTAAAAATTCGGGATCGGACAGTATTTCACCAGGACCTTTTCCCTATC CACCAATGGGTGGCCATTATTCGGCGCCATATTTAAACGAACATTACTCT GGGATGTATTCACAATACCATAATGACATCACAGGAGCTTCAACGACTAC ACCGCATGCGCACTACAGTCCAAGGTCGTACGGGTGTGGCGCATCTGATC AACATTCGATGGGTGTCTCTCTACCTCCACAAACCAGCTGTGCTCCTATG AGACAGCATTCTTCATCTTCTTATGGAACTTATAGGACCTCCCCGGTCCC TCCTACTCCACAGTCTCCCTTCTTAGGGCACACACATCCTTCAATGATGC CACCGTCTACGAATACGCCCAACCTTCATGGTTACCACCAGACACACCCA GCATCTTATCCGCCCCCTCCGCCTCACCAATACACGCCCCACGAAGAACT CACGCCCCATACCGTTCATAGTGTTATGAATATGCATAATATATAACACT TGCCTCCCTTCTTTCTCCCTTATTACGATATAAATAGTTTTcaccattaa ttttttctgtgtGTTGTTTTTTATactattttttaagaaattttatgTTG CTGTTATATTAAATAAATCATAGTTCATTCTCCTTAGGGCCATGTAATGG TCTggagaattttttaaaagaaattttaaccattttgttagataaaaaaa agttaaaagcggTCGTTAATATATGTTTTctataatatttttaacctaac TTCGGAGAATCGGTGATGAATATCCTTAAATAACATATTTTCACATTTTA GGAAGCTATTTCTAATGGATTCCTTTTGAAAATGCAATCGTTTGatgtat tttgagttttttaaattctaatttttcttaaaattccaGTTGCTTTTCTG TCTTAActttaaattaattaaaaagtgcttaatatttattttatattatt tcgcttgattttttaaagaaaatacttttttctgcttttagaaatttttg acCGTTTAATAATGGGCTGTAAATAATGATGTAGCTTTGtcctttttgta attttaccaTATTTTAATTAAAAGCAAGAACTTTAGTTCTTACCTTATTA Tatgagaaaatttgaaatagaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000045:648923..671170- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00004567 ID=TCONS_00004567|Name=TCONS_00004567|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22248bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000045:648923..671170- (Clytia hemisphaerica) ATTTGATTTGAGTTTTTTGAGTTTTCGTTTCAAAAGTCTTTTGATTATTT
TGACTTTTACATCCATCATATTTTGTCATTTGGAAGTTGATGTGTTAGGT
TGGTATTATTTTTTGACACCTTTTTTCCATTTACTGGTGTCAACTGTCTT
TCATTTTTCGTGTATTTCTTACCACAATGTCATCCATTGACAACCTTGTG
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TTGGTACTTGAGTGAGCACAGAAGTACTTCAAGACTGTACTTTGTCACTC
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GCAAAAGGGGTCTGGAGACTTCATTTGGTTTACACTTCTGAATCGTTCCG
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CTATGATTTACATCGGAAATATTTGTCGATATAATCTTTATGAGACTAGC
CTTTAAAGCTAGCCATTCGTTGAATTTTGACTTAGTTTGAAAAGTATAAA
TCAGTTCTTAACTTCAAAAATTTGACTTGTGGCAATATCACTTTTCATCT
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CTGAATCATTAATTCACGAAGGTTAGAATTATTGAAAGATTTTCCATTTT
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CTAAAATAAACAGAATTTGATCCTTTTTAGCGGTAATTTATCCGTTGAAG
TGTTTTGTCTGTAAAATATAAAAGCTCAAAAATTTAGGTCCGAAATTTTA
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TTTTTGACGTTCTTATAAAAAAAAAAACGTGTAGCACCTTTTTTTACCCT
CAAAACAAAGTAATGAAAGTGTAGAAAAAAATGAGACATTCTAAGTAATT
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GTAGAGATTGACTTTTTGTCAGTTTTCTTTTTTTTCTGCCACTTTGTCAA
GTTGTCAACTTTCTTTTTTTTATTGTATTTGAAGGTCATCTTGTCTTGAT
TGATGTCTTCCAAATGTCCCTTTCTTTGAATACGTTTTTCACTATGTACA
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CTTTCTGTGTTCACATTGTTTTCATACCTAAACCTAAAGTCATTTTGTGA
GTCATGAACTGTATCGCAAATTAATTGTTTTTGGAGTTTTTTTTGGAAGA
ATAGTGTTTTATTTTCTAATTCGAAACATGGTCGCAATGCTTGGATATAA
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ATCAGAACATCACCTAACATTTTATAATTCTGATATATTTCTTCCCTGCT
AATCTAATGAAAATCCTCAGCGCTGCTACATCTTAGGTTCTGCAGTTTTC
AAAATCTTTTTTATCAAATTTCGTCATCGGTTGATTTAGTTGCAACATTT
TGCCTTGTTTTTTAATGGGGTGAAGAAATTACGAATGGTGGTTCTTAGGA
CTTTGGCATTGTTGATAAAAAAATGTGTTTTGTTTATTTGTTTCTTTTCT
CGAGTAGAACCGTAGGAAATTGTTAAGAAGAGGTTGAGTTTATTTTTCTA
ACGCATCGAGTTCATCTCTACTTCACGAACTGCAGCAGTGTGGAATCATT
TAATTTGCCTTTCGTTACTTCGAGAGTGTGTAGCTGCAGTTAATAATTGA
CAATTTTACGATAGTAGTTTGTTGTAATCAAAAAAAACATTTTTGGAGTC
TGAGGCTTAATTTGTAAGTTGTTCTCTGTTATACTAAACTATGATATTTA
AATGTGTACTTCTTCTGATTGGATTCAATTGACGTCATAACTCGGGTTTT
TCATAACTCGGGTTTTCATAACTTGGGTTTTTTAACTCGGGTTTTCCAAG
CCTCTTTCAGTTCGGATTCAATTGATGTTGTGGTGCAATAATACAGATCT
TGACAAATCCCAGCTACATTAAAGTAAAAGACCAGCACTGGCATTCCAGT
CTACAATGTGCCGGATACCGATTCCATTGGAACCCTCAATACTTTCATAT
CTTAATCTCAACCTTCTCAATCATCTTTCAATCTGTTCATCAATGGGTTT
GTTACTCTGCTTGGCTGGTTGGATTTGGCTTTAGGTTTGTTGAAGTTGCT
TGTCGAATAAATGATTCTGAGGGACCGAAAGATATCTGCAACATCTTCAC
ATGAAAATTTGTTTGCCTGTTTACTTACTAAAAAAAAGCTTGAATAGAAA
GAGCCCTTAAGAATTCCTTAATTCATCATCAACTTCTAATGTTTTNTGTT
TTCCTGTTTACTTACTAAAAAAAAGCTTGAATAGAAAGAGCCCTTAAGAA
TTCCTTAATTCATCATCAACTTCTAATGTTTTTTCCAAAACACTAATGAC
GTCATGCTAAAGGGGCCTTTTCTCTATTATGAAAAACGTTAACCAAGTAT
GGTCAATAATTTTTCCTTGACTGGATAGGTAGTAAAATTGACTAAATCTA
AACTGCAACAGTTTAAAAATTTCAATTTGACTCTTCGCTGATTCAATCGA
AGTGGAACGGGGATCTAATGTTTTTGAATTAAAAAAAGATTCGAATATTA
GAATAAAGCATTTTAAGAGGGTTCCCTTTGGCGCGGAATGAGGATTAGTT
TGAATTATAGAAATATTCAAATACTAGAAGTTCAAATTAGCAAGATTGTA
CTGCATTCGTTGGTATGCTGCGTCTAGTTAATTCTAGGCCAATAAATGAC
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GAACCTTGGCTTTTTTAAGGGTAAGAATGAGGGATAAGCTGACGAAAATA
AGAATACAGTTAGAGTGCGAAAAGAAGGCCGTTATCCTTCTTTGTTGACA
AAACAGGAAACCATCTCTTTGTTCTTAACACCTTTCGTGTTACCTATATT
TTTTTCTCCTTTTTTTTGCGTTTATTTTGTTTGATACTTTGATCAGGTGC
TTTTTCGTGCCTTGACACGAGCTTTTCTGAGAATGATGATAGAACTTTCA
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AGTAAATATTAGGAAATTTTAGGTATAGAGTACCTCACTTTTGTTTTAAA
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AATCTTCTGATTCCGCTCTGATAAAAAATTGGTTTATAACAAAAATTACC
CAAATTATTTAAAGTGGTAAAGTTTTCGCCTCATTTAAGTCACTTAAAGC
TAAGGCTAAACAACACCTAAATTCTTCATTTTTTTATGAATCAAATTAAT
TGATTTTTTATTGATTGGAAAAGACCTCGCGTGGAAAATAGCCCGTTTTC
TTCCACAAATATGAAAGAAGCTTAGTCAGCGGTATTGGTCTTGGTGTCCC
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ATTTGCGGCTCAAGCACTTTGTCTTATATTATATCACAGTGGTGTGCGAA
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GTTATTTTTCACCTATTTTCCTCAACTTTGAATGTCTTTCAGGCCTCCTC
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AATTCAATTTGCTTGACCCTTGACCTAAGCTACTAAGCAACTATGGGATA
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TATAGATACAATAAGTAGGAGAGAAATTTGTTCAATTTTAGAGGAAGGAT
CTGAAAAATTCGAATGAACCTTCAAGTCATTAAGTGATTTTATTGTTATT
TTTGTCTAAATATAGTTATTACCTGTTTCTAATCCGGATTCGAAATGAAC
CTCATCAAAATGCAAATATCCCCAGTTACTCGAGGAAGTTTGCAACTTTT
TATTGTTATTGATTTTGACTTTAAAAAACCGCAAAATTTGTTTAGGAAAC
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TGCCGTAAAATAAGGGACTTTTTTCTTCCCTTTTCTGTTTCTCCCTTCAG
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TAAGGCATTGTTTCCACTTCAAAATAAAAGCAATTTTTTTGTTTTCTTAT
TAAACATACTTGTATTATAGTTATAAAACTTTTAGGGTATCGCAGTCTTT
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ATATTGGTTAAATGGTTTCATTGGGTTTTTAGGGAAGTAATTTGATTAAT
ATAGCGTTTGGTGATCTTGAATATTTATAAGGAGGAGCAAAAGAGATTTT
TGTTTCATTCAATTGAAAGGGTTTGTTCGTGTTTTCCCACTCACAATAAA
AGGTAAAAAATTTCTTGACAGGTCCCATCAAACATAAGATCCCTTGGTAT
TATTTCAAATGACAGAATTATGACAAAGTGGTTTTTGAACTTGATGGTTT
AGACTGAAAGTGCCTAGAAGCTGTTTTAACCATTGATTGGACTTATTTTT
CTTAGAATTTAATGTTTCAGATTTAATTTCATAATCTTTTGGAATTTTTC
CTGGTTCCATTTTTTCTTGGCAAGGTTGAATTTTTTGAGAACTCTTCCTG
AAGTATATAACAATATAATTAGGTACAATAGGCACAGAAGAAGGTTGAAA
TGAACTTGTCTCAATGTAATTTAGGTATAAACCATCCCTGTATTTCGCTT
AGTTCGCCAGCTCTCATTAAGAAGACCGGTTGAAGTACAGTACCACTAGT
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TTTATTTTATTCAGACGCAGAACCCATCGTGGTCGTTCGACATTTCACCT
CACGCTTCGAAACCGCCTCACCTTTCACACTCGTCCGCGCTTCCAATGAC
ACACGCAGACCCTTTGAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA
ACAACAACAACATCAATAATAACCATCACCATCATCAACTCGATTCAGTG
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ATTTATGACGAAGGGTGTTTCTTTTATCCATACTCCTTATAAGGAAATAA
CACTCTCCCTCATAAAATCTGAAGCCTCCTTCGATCAGCAACTGTGATCT
ATAATGTTTCCCGCCCGTCCACCTACGCCACAAAACGCCATAAGAACCGT
TTCTAACCGTTTCTGTATATCGTCAATGGAATGTTTTTTGAACATTGAAG
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GCGCTAAAAATTATCAGCATGATCAGAGCTTCGAAATCAGAATGTATATT
CATCAATTCAATTTGTTCTTTGTTAACAATCTAATAATCTATACTTATGA
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GTATTTGAAGAACGGACCTATCCCAATCTAAGACCACACCCATGTTCAAA
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TATTTTCTAATCCATGAACAGGAGGATTTGGAATCCTATCAAATTAATAT
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AATGGAAGGTTGGTTTTCTGTGGAAGTTTTTTAGAGGAAGAATTTTCTTT
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ATCAGTTTTTCAATCAAAATTTCTGTTTGGTTCAAATATGGTTCAATCAA
CATATTTTTGGTTCAAGCAGTAATTTTTAGAAACTATTTTTGTAACAAGG
TTTATGTTATAGTTAGTGTAATAATTCGTAAACAAATGTTCTTCGCTATA
CAGCTGGTGCGAAAATTTTCGAACATCCTGTCGTAAACTTGTCATATCGA
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GAAAATAAACTTGTCTAGGGATTATCTGTCATTTGCTAATTATTTTTTTG
GTAAATTTTTTTAACATCTGTTTACGGTAAGTGGCATTTCTTGTCGTGAA
AAACTGACAAATAAATTTTTTAGATGATACCAAAATAAAATTATTTTGTG
AATTTCATTGATGGTTAGCTATATGGGCTCTTGGTTTTCTTGTAAATTTT
GTAGAAGAGTTTTTGGGTAGAAATCGCAAGTTTAACCATCATGGGAGAGA
AAGATGTTTATTGTATTGATAAAACTATGGCTGTACTGTATAACATTATA
ATGTCATTGATAGATTGCAGGTTTGTTAGCTTTGAAAATCGGAATGTGTC
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ACACTTTTTATGAAAAAAATTCTATATGGAGATTGAGAAAAGTCACGATA
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CATTAGTTTGGACTCCCACAGTAATAATGTAATAACTAAATTGATGCCTA
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TTTTTTTTCTAGCATCCATACCCCTCAGAAGAACAAAAACGTCAACTGGC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000045 | supercontig | sc0000045:648923..671170 - |
Blast
BLAST of TCONS_00004567 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ME3L1 (Putative homeobox protein Meis3-like 1 OS=Homo sapiens GN=MEIS3P1 PE=5 SV=2) HSP 1 Score: 135.961 bits (341), Expect = 2.264e-35 Identity = 59/73 (80.82%), Postives = 66/73 (90.41%), Query Frame = 3
Query: 615 RGIFPKMATNIMKAWLFQHLNHPYPSEEQKRQLANETGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDASNRAGKSPVVT 833
RGIFPK+ATNIM+AWLFQHL+HPYPSEEQK+QLA +TGLTILQVNNWFINARRRIVQPMID SNR G+ +
Sbjct: 165 RGIFPKVATNIMRAWLFQHLSHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPMIDQSNRTGQGAAFS 237
The following BLAST results are available for this feature:
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