MSTRG.1025.4.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.1025.4.p1
Unique NameMSTRG.1025.4.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000005_pilon:1003353..1023398+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.1025.4.p1 ID=MSTRG.1025.4.p1|Name=MSTRG.1025.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=20046bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000005_pilon:1003353..1023398+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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GCAAGGATCTCTTCCTTTTTCTACCAGACTGCATCTACTTGTATTCACTT ATGTATTATTACTCGTATTTTCGATACCAGTCTCCTAAAAAGCTGGCCGT GCTGCTGAGGATTGATTATCATTTTCTTAAGTACTATCTGTCGTCTGCTC CCGAtcccattttattttttatgaacgtcgaatttcaatttttccttaTT TACAGGCATGGATTCACCCACCAGTTTCACCAAGCACCTCCGACAAATAT AATTACCAACATTCGGTCAACAATGAAGATGAAGTCTTTCTTATGGAGGA TACAACATCCGTTTAAAATACTTGTCCGAGAATTAATAAAGTGTCCGAAA ATGGTTTTATCAAAACACTGAGATTCACACAAATTCATTTTCTCAGTTTG TGGTAAACAAGAGAACAAAAGTTCTAAATTGGGATTTCTGATGTGGAGGC TGGATGAAAGTTGAACTTTCAAATTAACGAAGAAACAAATAATATACTTT GAAGTAATGATACACAGTCGAATAGTATAGGACACattacgtcaaaattt gaaattaatggAAACTTCTTTTGGACCACCAAATGTTCACATGGATTACA CAATTGCACTTTGCCCAGAAAGGTCACTAGATCCTCAATAAAGGGTCTTG GACATCTCCAAGAAGTGGAAAACAACGAAATAGACTGTTTATGTATTTAT GTAGGTAGAAGTTTTAGAAGTAGTTTATATGTTTTTTGCATGGTCAATGT ATGGCCTGGTGTATTTGTTGTCCTATTGAAATACTAGCAAAataagaaac attttgaaaacagATGAAATGCATATTTGTTAGACTTCCATTACGTGAAG TGGGAAAAAACTATTAAAACATATTATACCTGAGGGTAGGACGATTGAAG AAGATTAATTACCTATTTGTAAACAGGCAAcctatcaaaatattttttcg agaaaaatagTTTATTTGTTCAGAATTTGTTTGAGAGTCAACTAAACCTC AGGTGTTAAAATACGCAATTATCTCAAAAAGCCATCAAGAATGGTG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000005_pilon:1003353..1023398+

>MSTRG.1025.4.p1 ID=MSTRG.1025.4.p1|Name=MSTRG.1025.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3540bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000005_pilon:1003353..1023398+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCATCTGAACGCTCATTGGCCGATGGATATTGCGAACATTTTCGCTA
TGACTTTGATGATAGCATTGCACTATCTGTGattttcgggatatgtttca
tttttggtgttttcttcattttcgcagGTTATCGTTTCTTCCGTACTTCT
TtgtttttccaaacattttcacTGGTGTCCCTGCTCACTTATCTGCTTGT
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GTATATGTCTTGTACTTTTCATCCTGTTATCTGTACCCTTGCTGAAATGG
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GTTACCAGAATATTTTAGTGGTCAAACGAACAGTTCAACCATGCTGGTTT
TCATGGTGTGTCCTTGCATTGTGGCCCTTGATGTTGTTCGTAGGATGTAT
CGTACAGTTCTTGAAGACTGCCAGAGATTGCGACCACAGACATAAACCGC
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AAGTCTTTCTTATGGAGGATACAACATCCGTTTAAATGGCATCTGAACGC
TCATTGGCCGATGGATATTGCGAACATTTTCGCTATGACTTTGATGATAG
CATTGCACTATCTGTGattttcgggatatgtttcatttttggtgttttct
tcattttcgcagGTTATCGTTTCTTCCGTACTTCTTtgtttttccaaaca
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CCGCTCAACTGTCCTCAATGCCATCATTTCTGTGGCCTCGGGTTTACTAC
TTGGCATTTTATCAATGTTTGTGACAACCATGGGGTTACTAATGACCAGT
TTAATACAAGCCATCTTCCTAACGACCAGTATCTTATACGCTGTACACAT
CTTCGAGactgtttcaaatgtttttgtgGCACCTTGTATATGTCTTGTAC
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GTCATCTATATCTGCAGTTATGGTGCCATCTTAATGATGCTGGCTGttga
ttttttcattgatttgtCCATGTTACGGTTGATGGGTTACCAGAATATTT
TAGTGGTCAAACGAACAGTTCAACCATGCTGGTTTTCATGGTGTGTCCTT
GCATTGTGGCCCTTGATGTTGTTCGTAGGATGTATCGTACAGTTCTTGAA
GACTGCCAGAGATTGCGACCACAGACATAAACCGCAATGGTACAAAAGAA
GGAGTAATTCTGAACCAGGAGTTCGACTTCTGTCCAGCAAAAGTGACGTC
ATAGCACAAGCATGGATTCACCCACCAGTTTCACCAAGCACCTCCGACAA
ATATAATTACCAACATTCGGTCAACAATGAAGATGAAGTCTTTCTTATGG
AGGATACAACATCCGTTTAAATGGCATCTGAACGCTCATTGGCCGATGGA
TATTGCGAACATTTTCGCTATGACTTTGATGATAGCATTGCACTATCTGT
GattttcgggatatgtttcatttttggtgttttcttcattttcgcagGTT
ATCGTTTCTTCCGTACTTCTTtgtttttccaaacattttcacTGGTGTCC
CTGCTCACTTATCTGCTTGTGTCCAGTCTCCTGGACCGCTCAACTGTCCT
CAATGCCATCATTTCTGTGGCCTCGGGTTTACTACTTGGCATTTTATCAA
TGTTTGTGACAACCATGGGGTTACTAATGACCAGTTTAATACAAGCCATC
TTCCTAACGACCAGTATCTTATACGCTGTACACATCTTCGAGactgtttc
aaatgtttttgtgGCACCTTGTATATGTCTTGTACTTTTCATCCTGTTAT
CTGTACCCTTGCTGAAATGGCAACGTGGATGTGCTGTCATCTATATCTGC
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gtCCATGTTACGGTTGATGGGTTACCAGAATATTTTAGTGGTCAAACGAA
CAGTTCAACCATGCTGGTTTTCATGGTGTGTCCTTGCATTGTGGCCCTTG
ATGTTGTTCGTAGGATGTATCGTACAGTTCTTGAAGACTGCCAGAGATTG
CGACCACAGACATAAACCGCAATGGTACAAAAGAAGGAGTAATTCTGAAC
CAGGAGTTCGACTTCTGTCCAGCAAAAGTGACGTCATAGCACAAGCATGG
ATTCACCCACCAGTTTCACCAAGCACCTCCGACAAATATAATTACCAACA
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TTTAAATGGCATCTGAACGCTCATTGGCCGATGGATATTGCGAACATTTT
CGCTATGACTTTGATGATAGCATTGCACTATCTGTGattttcgggatatg
tttcatttttggtgttttcttcattttcgcagGTTATCGTTTCTTCCGTA
CTTCTTtgtttttccaaacattttcacTGGTGTCCCTGCTCACTTATCTG
CTTGTGTCCAGTCTCCTGGACCGCTCAACTGTCCTCAATGCCATCATTTC
TGTGGCCTCGGGTTTACTACTTGGCATTTTATCAATGTTTGTGACAACCA
TGGGGTTACTAATGACCAGTTTAATACAAGCCATCTTCCTAACGACCAGT
ATCTTATACGCTGTACACATCTTCGAGactgtttcaaatgtttttgtgGC
ACCTTGTATATGTCTTGTACTTTTCATCCTGTTATCTGTACCCTTGCTGA
AATGGCAACGTGGATGTGCTGTCATCTATATCTGCAGTTATGGTGCCATC
TTAATGATGCTGGCTGttgattttttcattgatttgtCCATGTTACGGTT
GATGGGTTACCAGAATATTTTAGTGGTCAAACGAACAGTTCAACCATGCT
GGTTTTCATGGTGTGTCCTTGCATTGTGGCCCTTGATGTTGTTCGTAGGA
TGTATCGTACAGTTCTTGAAGACTGCCAGAGATTGCGACCACAGACATAA
ACCGCAATGGTACAAAAGAAGGAGTAATTCTGAACCAGGAGTTCGACTTC
TGTCCAGCAAAAGTGACGTCATAGCACAAGCATGGATTCACCCACCAGTT
TCACCAAGCACCTCCGACAAATATAATTACCAACATTCGGTCAACAATGA
AGATGAAGTCTTTCTTATGGAGGATACAACATCCGTTTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1025MSTRG.1025Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1025.4.p1MSTRG.1025.4.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.1025.4.p1.exon1MSTRG.1025.4.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.4.p1.exon2MSTRG.1025.4.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.4.p1.exon3MSTRG.1025.4.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.4.p1.exon4MSTRG.1025.4.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.1025.4.p1.exon5MSTRG.1025.4.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000005_pilongenomesc0000005_pilon:1003353..1023398 +