TCONS_00000002 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00000002
Unique Name	TCONS_00000002
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4576

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0000001:38516..84744+
coding sequence from alignment at sc0000001:38516..84744+

transcript sequence

>TCONS_00000002 ID=TCONS_00000002|Name=TCONS_00000002|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4576bp
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TGGATCAAGCAACAAATATCATCAACAGATGTGAAGATTCTTAATTCGAA
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aattttaattatcatcGGACGTATTTTGTTATATTTCTTCCATGGCGCTA
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GAAGAGGAATTCTTCTTGGAAGATTTAGAACAAGGATGGTATTTAGATTT
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GAACCTTTAACGTACGTTGATATTGTGACTGTACCAGCCGTCTTTGTGGC
TGTCTATCTTGGCCGAAACTGGCTAGgtcTCCGCTTTCTACGTGTCATCT
ATTTGATCAACTTGGCAGATATCCTACAATTTCTCAACGTACTCCACACA
GGTTCAAGTCTTGAGATGGCACAGATGATTGGTAATTTCTTGGCTTTGAC
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GCCTGgGTCTATTTACATCATACCTACCAGCTATCCAAGAATTCTTAGCT
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TGTCATTGTTGCCGGATACATCACCGAAGAAAGTGTGACtgggtttttca
aagatttcttgCATCCTGATCGAGAAGATAGTCAAACCACTGTCGTTATA
TTGTCACCGAAATATCCGAGTTTGAAGATGCAAGCCGACTTGCAAAGACA
TTGTACAAAAGCTTCATATTTTATTGGCACCATCTACAAGTTCATGGACT
GCCATCGGACTAGGATGCGAGAAGCAGATGCAGTCATTATTCTTTGTAAC
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TGATGAACAAAAACAAGTCACATTTATTGAATTGTCCACAATGGAATCGG
GAACTTGGTGATGACATCATTTGCATTGATGAGttGAAACTTGGATTCGT
GGCACAAAGTTGTAATGCACCTGGATTCTCAACGTTGCTGGCAAATCTAT
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TGGAAAGTAGCGTACATGATTGGTGCAGCAAATGAGATGTACACAGCTCA
ACTATCGAATGCTTTCATTGGAATGTCCTTCCCACAAGCAGTAGAattat
gttttgaaaaattgaatttaatgtTGATTGCCATcgaaatgaaaatctca
aaaaaagagCGATACTTTGCTATCAATCCCAATGACAAGAAGTTGAGACT
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GTGTTGGTTTTATCACAACGTCTTTCACCACCGCTTGGTTTAAGACAACT
TGTACTTCCATTGCGTGCAAGCAATCGTCTGCCGCACGATGTCAAAAAAG
TTGTCATTCTTGGAGATGGAGATTTCTTAGCTCGCGAGtgGCCGACGCTG
GCGAATTTCCCTGATGTTGACATCGTACCTGGTTCGCCTTACAACCGTTC
CGATTTACGGGCAGTCAATGTGAATACAGCGGACATGTGTATTTTGTTAT
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GAAGTCATCCTGGTTACTTTGAATTTGAaagCCATGACTTTTGACGAATC
AGAACTAGCAGTCACGGAGGAGATCAAGAAAGTCGATTCGTCACGAGGAA
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GGCGCCAATTCAAGGGCGGCCACCCGTATGACTGGACGCCCTGAAACTTC
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taactttgttttttgaTAGCATTGACTTGTAGGTTTTtatatcttttgtt
ttttttaatctttttaaaacccTAATCACGTACTTCTATTACTTTTCAAT
TGTCTTGTTAAGATTTACAAATTATACCTAAAATTCTATGATCCAGGGGT
CTTATATAGACCCAGCGAACGGCGAC

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00000002-protein

>TCONS_00000002-protein ID=TCONS_00000002-protein|Name=TCONS_00000002-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1117bp
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KRRSNSVIDMNEVDELEEEEFFLEDLEQGWYLDLKEGAGNLVSAQTLQGR
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FLIRFIAANDKLSFWAMEPLTYVDIVTVPAVFVAVYLGRNWLGLRFLRVI
YLINLADILQFLNVLHTGSSLEMAQMIGNFLALTLASAGIVHLLENTGDP
WEPINYTNKQKLNYFECLYFLFVTMSTVGYGDIYCHTYLGRLFNIGFISV
GLGLFTSYLPAIQEFLASHTKYDRAFKPTPGKRHVIVAGYITEESVTGFF
KDFLHPDREDSQTTVVILSPKYPSLKMQADLQRHCTKASYFIGTIYKFMD
CHRTRMREADAVIILCNKKCISPDEEDAANITRVISVKNYHENIRCIVQL
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CFEKLNLMLIAIEMKISKKERYFAINPNDKKLRLLPGTRGFFFAQDASDV
AKASKYCAKCHKDLQDPERMVKCKCRRRMKQEQEKKNPAQKGKYETKVDV
DPVHLLEAEPDEAKKDKQSLTGDYFASGEKPKFDQSGTFYWCETRSYISA
RMSLGDAAERKFKNHVVVLVLSQRLSPPLGLRQLVLPLRASNRLPHDVKK
VVILGDGDFLAREWPTLANFPDVDIVPGSPYNRSDLRAVNVNTADMCILL
SPGHGSEEDEHQALSDKEVILVTLNLKAMTFDESELAVTEEIKKVDSSRG
TSINGESSADVRVGFSSGANSRAATRMTGRPETSMSHMTAGGNSMIQEVK
KTFKGALNGANIPMITELVCDSNAMYIDQDDMNIYDDDGIFLTQPYACGS
AFTVSVLDSLVSATYFNSDVLTLVRNLVTGSVSPELDELLAEGKQPSGSY
ETQEIAAVRNRCRVAQISLFEGPLSEYGECGLFGDLFLYALRTYNMICLG
LYRFRDSQRMKDKIPSTKRYVITFPPFNFVLDPTDLVFVLMQFEKPKRKR
KSVSRVGSVASRFSGAF

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000001:38516..84744+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00000002 ID=TCONS_00000002|Name=TCONS_00000002|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=46229bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:38516..84744+ (Clytia hemisphaerica)
CTTAAAGAATTTAATATTAACTTAATTAAACCATCGATTGTTTTCTTCGC
TTTTAGATATTCTTGAAAATCACAAACTAATAGAATCGATGAAATGGTAA
TACTGAATAATAAAAGAAGTTTATTTAACAGAATTTGTTTCTGGTGCATA
TTTGGCAGTATGGATCTCAAGAATAGAACAGTGGAAAAAAGACTTAATAT
AATCTGAAGAACCTAaagatatgaaaatgaaaagagtTACAAAAAGTGAA
GATGCTTTGATGTTTGGAGATGCATTTATGGAACGACCATCCAGCTCCTT
TCCACCCTGATTTATAATGCTATATTTGCTCTACACGCTATCGAGCCAGC
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TTGGTACTTATCGTGGAAGAATAAACATTGAACGGATGATTGTTAGTTCT
AATCAACGCAAAAGCCTGGATAATATCCTTGATGGGTAAAATATGGGTAA
ATGGGTAAAATATTGGAATAATATGGAAATTTAAAATATATCAATATACA
GCGAACGGAGCTTTTGCTTTTAATATAAATACCTTGATGCTTACAATTAT
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GTTTGTTGTATAAATTCATCAACACGAAAGAAAATTAATACACAAAAGTT
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000001:38516..84744+

>TCONS_00000002 ID=TCONS_00000002|Name=TCONS_00000002|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=103974bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:38516..84744+ (Clytia hemisphaerica)
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GCGAGtgGCCGACGCTGGCGAATTTCCCTGATGTTGACATCGTACCTGGT
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GTTAATCTTTAGTTCCGgtttaattttaattatcatcGGACGTATTTTGT
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AACATCCCTATGATCACTGAACTTGTATGTGATTCGAATGCGATGTACAT
TGATCAAGATGATATGAACATCTATGATGATGATGGAATCTTTTTAACGC
AACCGTACGCTTGCGGCTCCGCTTTCACCGTATCGGTTCTCGATTCACTC
GTCAGTGCGACATATTTCAACAGTGACGTATTAACACTTGTCCGTAATCT
GGTCACCGGTTCTGTGAGTCCGGAACTGGACGAATTGTTAGCAGAAGGCA
AGCAGCCGTCCGGTTCGTACGAAACACAAGAGATTGCCGCTGTCAGGAAC
AGATGTCGGGTGGCACAAATTTCTTTGTTTGAAGGGCCTTTATCTGAATA
TGGGGAATGTGGTTTATTCGGTGATCTATTTTTGTACGCTCTCCGTACGT
ACAACATGATCTGTTTGGGTCTCTACCGATTCCGAGATTCGCAACGTATG
AAGGACAAAATACCAAGCACGAAACGTTACGTCATCACGTTCCCGCCctt
taattttgttttggatCCAACTGATCTGGTCTTTGTTTTAATGCAGTTCG
AAAAACCGAAACGTAAAAGGAAATCTGTGTCTCGTGTTGGCTCTGTGGCG
TCGCGATTTTCAGGCGctttttaa

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_000002	XLOC_000002	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00000002-protein	TCONS_00000002-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000001	supercontig	sc0000001:38516..84744 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.681058	5.39257e-09	0.176051	0.381305	0.419057	1.54651	1.08103	0.776243	1.37878	1.06544	1.47902	2.13815	6.88655	4.7104	2.29533	1.59755	1.55828	1.87903	7.32278	5.70644	4.97922	4.48573	3.2113	3.67915	3.52666	7.32013	1.68776	0.746078	2.54008	0.0469854

Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR028325	VG_K_chnl
IPR013099	K_chnl_dom
IPR003929	K_chnl_BK_asu

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0006813	potassium ion transport

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0005249	voltage-gated potassium channel activity

Vocabulary: **Cellular Component**
Term	Definition
GO:0008076	voltage-gated potassium channel complex
GO:0016020	membrane

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006813	potassium ion transport
cellular_component	GO:0016020	membrane
cellular_component	GO:0008076	voltage-gated potassium channel complex
molecular_function	GO:0005249	voltage-gated potassium channel activity

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00000002 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCMA1 (Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 OS=Homo sapiens GN=KCNMA1 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 813.913 bits (2101), Expect = 0.000e+0
Identity = 450/1073 (41.94%), Postives = 633/1073 (58.99%), Query Frame = 3

Query: 1284 GWYLDLKEGAGNLVSAQTLQGRILVVLSFVFNLAECALYITETGYPIEHCLDLSDQTLWRVEICLNAFFIFHFLIRFIAANDKLSFWAMEPLTYVDIVTVPAVFVAVYLGRNWLGLRFLRVIYLINLADILQFLNVLHTGSSLEMAQMIGNFLALTLASAGIVHLLENTGDPWEPINYTNKQKLNYFECLYFLFVTMSTVGYGDIYCHTYLGRLFNIGFISVGLGLFTSYLPAIQEFLASHTKYDRAFKPTPGKRHVIVAGYITEESVTGFFKDFLHPDREDSQTTVVILSPKYPSLKMQADLQRHCTKASYFIGTIYKFMDCHRTRMREADAVIILCNKKCISPDEEDAANITRVISVKNYHENIRCIVQLMMNKNKSHLLNCPQWNRELGDDIICIDELKLGFVAQSCNAPGFSTLLANLFAMRSDTISEEIQESEKWKVAYMIGAANEMYTAQLSNAFIGMSFPQAVELCFEKLNLMLIAIEMKISKKERYFAINPNDKKLRLLPGT-------------RGFFFAQ----DASDVAKASKY-----------------CAKCHKDLQD-------------------PEXXXXXXXXXXXXQEQEKKNPAQKGKYETKVDVDPVHLLEAEPDEAKKDKQSLTG----DYFASGEKPKFDQSGTFYWCETRSYISARMSLGDAAERKFKNHVVVLVLSQRLSPPLGLRQLVLPLRASNRLPHDVKKVVILGDGDFLAREWPTLANFPDVDIVPGSPYNRSDLRAVNVNTADMCILLSPGHGSEEDEHQALSDKEVILVTLNLKAMTFDESELAVTEEIKKVDSSRGTSINGESSADVRVGFSSGANSRAATRMTGRPETSMSHMTAGGNSMIQEVKKTFKGALNGANIPMITELVCDSNAXXXXXXXXXXXXXXGIFLTQPYACGSAFTVSVLDSLVSATYFNSDVLTLVRNLVTGSVSPELDELLAEGKQPSGSYETQEIAAVRNRCRVAQISLFEGPLSEYGECGLFGDLFLYALRTYNMICLGLYRFRDSQRMKDKIPSTKRYVITFPPFNFVLDPTDLVFVLMQFE 4331
            GW   +K+ AG ++SAQTL GR+LVVL F  ++    +Y  ++  PIE C +       ++++  N FF+ +F +RFIAANDKL FW +E  + VD  TVP VFV+VYL R+WLGLRFLR + LI  ++ILQFLN+L T +S+++  ++  F++  L +AG +HL+EN+GDPWE  N+ N Q L Y+EC+Y L VTMSTVGYGD+Y  T LGRLF + FI  GL +F SY+P I E + +  KY  ++    G++H++V G+IT ESV+ F KDFLH DR+D    +V L    P+L+++A  +RH T+  ++ G++    D  R ++  ADA +IL NK C  PD EDA+NI RVIS+KNYH  IR I Q++   NK+HLLN P WN + GDD IC+ ELKLGF+AQSC A G ST+LANLF+MRS    EE    + W+  Y+ G +NEMYT  LS+AF+G+SFP   ELCF KL L++IAIE K + +E    INP +  L++  GT             R FF+ +    D +D  +  K                  C  C +  +D                   P   V         +  E + P+     + + +    +     P   + D   + G    D   S  K K+D +G F+WC  +      ++  +AA      HVVV +     S  +GLR LV+PLRASN   H++K +V +G  ++L REW TL NFP V I+PG+P +R+DLRAVN+N  DMC++LS    + +D   +L DKE IL +LN+K+M FD+S + V +   +                   GF+     R++      P+ S  H       M+++   T      G NIP+ITELV D+N  ++DQDD +  D + ++LTQP+ACG+AF VSVLDSL+SATYFN ++LTL+R LVTG  +PEL+ L+AE     G Y T +  A R+RCRVAQ++L +GP ++ G+ G +GDLF  AL+TYNM+C G+YR RD+  +      TKRYVIT PP+ F L PTDL+F LMQF+
Sbjct:  157 GWMTSVKDWAGVMISAQTLTGRVLVVLVFALSIGALVIYFIDSSNPIESCQNFYKDFTLQIDMAFNVFFLLYFGLRFIAANDKLWFW-LEVNSVVDFFTVPPVFVSVYLNRSWLGLRFLRALRLIQFSEILQFLNILKTSNSIKLVNLLSIFISTWLTAAGFIHLVENSGDPWE--NFQNNQALTYWECVYLLMVTMSTVGYGDVYAKTTLGRLFMVFFILGGLAMFASYVPEIIELIGNRKKYGGSYSAVSGRKHIVVCGHITLESVSNFLKDFLHKDRDDVNVEIVFLHNISPNLELEALFKRHFTQVEFYQGSVLNPHDLARVKIESADACLILANKYCADPDAEDASNIMRVISIKNYHPKIRIITQMLQYHNKAHLLNIPSWNWKEGDDAICLAELKLGFIAQSCLAQGLSTMLANLFSMRSFIKIEE----DTWQKYYLEGVSNEMYTEYLSSAFVGLSFPTVCELCFVKLKLLMIAIEYKSANRESRILINPGNH-LKIQEGTLGFFIASDAKEVKRAFFYCKACHDDITDPKRIKKCGCKRPKMSIYKRMRRACCFDCGRSERDCSCMSGRVRGNVDTLERAFPLSSVSVNDCSTSFRAFEDEQPSTLSPKKKQRNGGMRNSPNTSPKLMRHDPLLIPGNDQIDNMDSNVK-KYDSTGMFHWCAPKEIEKVILTRSEAAMTVLSGHVVVCIFGDVSSALIGLRNLVMPLRASNFHYHELKHIVFVGSIEYLKREWETLHNFPKVSILPGTPLSRADLRAVNINLCDMCVILSANQNNIDD--TSLQDKECILASLNIKSMQFDDS-IGVLQANSQ-------------------GFTPPGMDRSS------PDNSPVH------GMLRQPSIT-----TGVNIPIITELVNDTNVQFLDQDDDDDPDTE-LYLTQPFACGTAFAVSVLDSLMSATYFNDNILTLIRTLVTGGATPELEALIAEENALRGGYSTPQTLANRDRCRVAQLALLDGPFADLGDGGCYGDLFCKALKTYNMLCFGIYRLRDAH-LSTPSQCTKRYVITNPPYEFELVPTDLIFCLMQFD 1179

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00000002 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00000002 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
KCMA1	0.000e+0	41.94	Calcium-activated potassium channel subunit alpha-...	[more]

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TCONS_00000002 (transcript) - C. hemisphaerica