TCONS_00073050 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00073050
Unique NameTCONS_00073050
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2625

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00073050 ID=TCONS_00073050|Name=TCONS_00073050|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2625bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of Sox10

>TCONS_00073050-protein ID=TCONS_00073050-protein|Name=Sox10|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=383bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_86:992051..1008079-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00073050 ID=TCONS_00073050|Name=TCONS_00073050|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16029bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_86:992051..1008079- (Clytia hemisphaerica)
AATTGTCGAATTCAATAACACAGATAAGAGGTAATCCATTATTTCTTCTA TCTTTTTTTATATACTTTCTTTGTTGCTAAGTTTTCTCTTAATGAAACAA AGCGTAAAGTATTTGATGAAAATGAAAATAAAATAACGATGAAAATGATG TTAACAATTGCGGGGGGGCTGTTACTTTGCAGTTTACTCCTTGCCCACTT AGAGATCAATAAACATGTATATGATTTTTAATAAGAACCATAATTCTTTT TCTGAGATTCGGCTGTTTTCATTTTTTTACACTTTCAGGGTCCGTATTCG GAGCACGCTCTTATTTTCAGTGAACGATTTCAGACTTTTACCACAGATCT GTAAAGCCCGAAGGGCTAGATTTGCGGCCTTTATCGAAAAGTGAAGCAAG TTTTGGTAGGATTTCCTACCAAAGAAATCACGTGACAACAAGCAATTTCA CTGGTTTGAGAGATGCGAAATAGCGTTTGCCGCCTAATTTTTTTGATCTC GCGCTCTAAAAACAATTAAAATGCTAGATCCTATCCATCGGCACGAAATT TAAAAAGTCAAATTTTTGCTTCACTTTTTTTGCTGGAGAAAGCTTAAAGT TGCCTATCTAGCCCTTCGGGCTTTACAGATATCTGTGACTTTTACCCTTT TTTTTAATACTTTTCATCTTCCAATTAGCTAAGACTCAGTCATTCCAGGT CAGATATGGTAATCGCAGATAAATTTTACCGGGTGAAATTGAATTCCAAA AGTCCAAGTAAATTACTTGGCATGGTTACTAAAGGTATATTCAACGGCAC TTCACGGAGCAGAGTTATCGCTAAAACCATAAATAATTACTTTCAATATT AAAACTAAACAATAGTTATGCTAAGAAACAAAAATAGTACAAAAGGCTTT AACGACAAAACAATTTCTTGATGACGACGAAAAAAAAGAAATCAAGTCAA 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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
7.50701 1.02703 1.71061 1.24988 629.746 412.499 155.863 113.253 71.2615 131.428 40.1357 48.0014 15.8674 20.1169 2.51172 3.20618 38.1176 34.0418 17.8814 29.153 19.935 17.0841 11.6657 15.8051 9.09804 3.97197 12.2385 4.31783 4.91892 3.55281
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR009071HMG_box_dom
Blast
BLAST of TCONS_00073050 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SOX21 (Transcription factor SOX-21 OS=Homo sapiens GN=SOX21 PE=2 SV=1)

HSP 1 Score: 125.946 bits (315), Expect = 2.497e-31
Identity = 54/68 (79.41%), Postives = 65/68 (95.59%), Query Frame = 1
Query:  274 NHVKRPMNAFMVWSRGKRRQMAQEHPRMHNSEISKRLGAQWKVLTPEEKQPFIDEAKRLRAVHIQEHP 477
            +HVKRPMNAFMVWSR +RR+MAQE+P+MHNSEISKRLGA+WK+LT  EK+PFIDEAKRLRA+H++EHP
Sbjct:    6 DHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHP 73          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00073050 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SOX212.497e-3179.41Transcription factor SOX-21 OS=Homo sapiens GN=SOX... [more]
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