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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00072975 ID=TCONS_00072975|Name=TCONS_00072975|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1099bp
TATACAACCACTATTCATCGGATTTGAGCCATTTGATAAAGATGAGATGG
GATTTTACCACACTGGTGAATACTTTTTAGCTAAGGAAGATCCAAAAAAA
ACCGATACCGTGCGTATTCATATTATCGAATTctataaaagttattctaa
attTCTTCAACGCGTTGTGACCGTTAAACTTCGTTCCTGCGTTGGATATT
ATAATTACGAGCAGCTTTGTTTTTATCCAGATGttggttttcttcttcat
aCAATCGAACGTTATTCTAGCGACAGGGAATATTTTACTATCGACCTTTA
TGGTTATCACATTATTAATTGGTTTGAAAAGAACCGGAACAACATTGAAT
TGTGTATGGATCTTAAACCCTCTCCTGATTTAAGTCTGACGTGTGCCAGT
GAATTTAGATTTCTAAGTTATCACAACCATAATATCATTGGAAACAATAT
AAAACTTATCATTTCAGCATTTTCTCAACGAACAGTTGATGAAGCTAACG
GCCCTTCACTCGTATCATATCGATGtttatgtttggattttttAAACATC
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ATCTTGAAATACGAGTTATCAAATTGGAAAGAGGTAAAGCTGAGGTTGTT
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TGATTTCTTTAAACGATGAGGAATATCTACTACCGGGAGGTGAGTATGCA
TTCGTAtttcaaatacacgttttttttttataagaacaaactatataaga
acataaggcttcgagcccaaaaatttaagaacattctaagaacatactaa
ggctttggagacttaaaaacatgcaatttcttaagaaattacatcaaaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_86:1391828..1405079+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00072975 ID=TCONS_00072975|Name=TCONS_00072975|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13252bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_86:1391828..1405079+ (Clytia hemisphaerica)
TATACAACCACTATTCATCGGATTTGAGCCATTTGATAAAGATGAGATGG
GATTTTACCACACTGGTGAATACTTTTTAGCTAAGGAAGATCCAAAAAAA
ACCGATACCGTGCGTATTCATATTATCGAATTctataaaagttattctaa
attTCTTCAACGCGTTGTGACCGTTAAACTTCGTTCCTGCGTTGGATATT
ATAATTACGAGCAGCTTTGTTTTTATCCAGATGttggttttcttcttcat
aCAATCGAACGTTATTCTAGCGACAGGGAATATTTTACTATCGACCTTTA
TGGTTATCACATTATTAATTGGTTTGAAAAGAACCGGAACAACATTGAAT
TGTGTATGGATCTTAAACCCTCTCCTGATTTAAGTCTGACGTGTGCCAGT
GAATTTAGATTTCTAAGTTATCACAACCATAATATCATTGGAAACAATAT
AAAACTTATCATTTCAGCATTTTCTCAACGAACAGTTGATGAAGCTAACG
GCCCTTCACTCGTATCATATCGATGtttatgtttggattttttAAACATC
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GTTATGAAATTGGAAAGAGGTAAAGCTGAGATTGTTAAAGaagttaaaaa
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GACGATGTCCACGGGGTATATATGACTCTGGATTTAACAAACATGAAAAT
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CTGTTTCCTTGAATTGGAACAACAAAGAAATTGCAATGATTTCTTTAAAC
GATGAGGAATTCGTATTTCAAATTGCACGCAATGATACTGTTGAAGGGAA
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tttattgaaaaatttgacaaattgaaagttttgacaTGGTTCAATTATCA
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GActatttgggaattgaaaaatgaaaattgtaagTTTACAAGAAggataa
tttattgaaaatttgacaaattgaaagttttgacaTCGTTCAATTATCAT
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tgaaaattgtaagTTTACAAGAAggataatttattgaaaattttaacaaa
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TTGActatttgggaattgaaaatgaaaattgtaagTTTACAAGAAggata
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attgaaaatgaaaattgtaagTTTACAAGAAggataatttattgaaaatt
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ttgtaagTTTACAAGAAggataatttattgaaaattttaacaaattgaaa
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CAATTATCATCAATTGATGGAAGCGGATTTACCATCGATATTGTTTGAct
atttgggaattgaaaatgaaaattgtaagTTTACAAGAAggataatttat
tgaaaattttaacaaattgaaagttttgacaTCGCTCAATTATCATCAAT
TGATGGAAGCGGATTTACCATCGATATTGTTTGActatttgggaattgaa
aatgaaaattgtaagTTTACAAGAAggataatttattgaaaattttaaca
aattgaaagttttgacaTCGCTCAATTATCATCAATTGATGGAAGCGGAT
TTACCATCGATATTGTTTGActatttgggaattgaaaatgaaaattgtaa
gTTTACAAGAAggataatttattgaaaattttaacaaattgaaagttttg
acaTCGCTCAATTATCATCAATTGATGGAAGCGGATTTGCCATCGATATT
GTTTGACtatttggaaattgaaaaatgaaaattgtaagTTTACAAGAAgg
ataatttattgaaaaatttaacaaattgaaagttttgacaTCGCTCAATT
ATCATCAATTGATGGAAGCGGATTTACCATCGATATTGTTTGActatttg
ggaattgaaaaatgaaaattgtaagTTTAGACGGTATGAACTTTTTCAGG
AAAACCTCATAGTCCCTGTTGAGGTGGCTTATTTTCGTTCCAGGGGGAGA
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TTCaaattaggaaatttttcatcttttaaattcattaaaaatacAGAATT
TTATTCAAGCTGTTTCCTTGAATTGGAACAACGAAGAAATTGCAATAATG
ATTTCTTTAAACGATGAGGAATATCTATTTGGCTTGGGAATGAAAAGTGA
AAATCGTAAGATTACATGAaggttaatttgaaaaatttaacaaaatgaaa
gtttttacATCATTAAATTATCATCAATTGATGGAAGCGAAtttgctaag
ggtccgagggacGAAAGTCAgacagctaggacacgcagataGAAAAACGT
GATAGCGAATCCTTATGTTGGTTTTTATAAAaccttcgtcataacttttc
gaattaaaaaatctttttgagtgTGAATACGTAAATTTTCACTTTTCCAC
CTTACGTACAAATTTTGCCtattttttttcgctttttcaCCGATGTATTA
TTTTGACTGTGACACTGAACATTGAATTCAATATCACTTTCCTCTATTTT
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GTTCATTCCACGTGAATACGAAAATAGAGATATTCCACCTTTGTTATTGG
GTAATTTTTCTGTATCAAGCACTTCAAGCTACTCCAACGAGCATGCGCAA
GGGTTCTTCCACACTGGTAAATATTATTTGATCCTacaagaagaaaagga
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cgagaaaatgttttcaattcaACCAGTGGTGTATTGGTTCATATCATACA
AACATACCCAACAAACGAACGTCATGAAACTGTAATGGATCTTTATAATT
ACAACATTGTTGATCTTTTTGACGAGCTTAATggcaaagatttaaaaatt
ccTGAATCAACTGAACCAGAATCACCACCAAGAACACCAACATTTTATAA
TCCTGAGGATTTTTCAGAACCCCAAAATTCACCAGATCTATCTTTTATGG
CTAGTATCTTTGAAGATTCGTACAATCAAGATTCGAACGATGAATCTAGT
AGACCTACATCGTTTTTTGAATTGCCCTCAGAATCACAAAGTCAAAATCT
AAACAGGGAACATGGTTCACCAGAGTCACTTAAAGCTGATTTAAATAGAG
ATTTGCAGCATCATGattcaaaaattgatgacgaAGCATCCACTCCAGAT
CTGTCTTTGACATATGATCAATTATTCAACTCGATAACTTGTAAATATGC
AGAATTTCTTGGCCACGAGAATCCCACTTTACTTATAAGCAGTTATTTTA
CTAAGTATTATGAGAGTAACCAGGACGAGAAATACAACTATCTGGATTTT
ATCAAGATACAAAAAGATCAACTTTGTCACGAGAGAAGATTGGTTATAGA
TTTCGAAACCGCTGGTGGATCAGTATTTGCGAGAAGGGAATATACTaagg
acaaaatatttttctttaaaaggtcttATATTGAAGATAGTGAAGATATG
ATAAACCTAAAGATCATTGAATGTGATTATTCCGGTAATTTCTTATATTC
GTATGATTTGGAATACATTGAATCGTGGATGTTGTTTAATGTTGTTGATC
TTAAACATTCAAATTACATATTTCTTTATAATGGCTATGGCGAATTAGAG
GACCTTGAATTAAGAGCTTTAAAACTGGAGAATGGGGTTCGTTTGTCaat
aaatgaaacaaaaaacttCATTCTCTCTGTGAAGGTACCAGTAGAATATA
GAGGAAGGGACTTCAGAGTGCGTGCCCCTATCAAGAAGTTCGATCGCCTT
GTTATGCCACTTTACTGTGCCACAAAGGATGTATTTCACCCTGAATTTTA
CATGGCAATTGATTTATCTACTATAGAAGTTGTTCACCAAATTATTTCTC
CTGAAAATTCACATCCTTGCTATTCTGTAAATTGGAACAATGAAGAAATT
GGGATGACTTTTCGTAAAGATAATCTTCAAAATGCTACGAGACTTGGACC
GTTATGTTTTAAAATGGCTTGCAATAATATTGAAAGGAAAGAAGAAAtga
aatctttgaaatattTGGCAAGATTTGCTGTTTTAACATCGTTTACTTAT
AATGAATTATTTAAAGCAAATCTTCCATCTTCCTTATTTAATTATTTGGG
GATTGAAAACTAGTTGCTTACTGAATACAAATACATTTTCCactaatatt
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tcacCTAATATGAAGCGAACATTATTAATATTGATAGTTTTGTATCCTTC
CCGTTAAAAAATTTATATCTaggcaaaaatataaaaatgtagtgtttcac
gaaaccggccgggtgaaaaaaaaaaaattctgacccggccgcagactatg
ggttcatctatatggttcatcGTAAAGAAAATCAATCTGACCGTTCAAAC
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cgttagtagtcGATGCATTGGTGTTCAAGACTTCATACtgtttataaata
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agcaaaacaaaatttttcccgTTCGGCCGCATGAGAGTTTTGTTCCTCCA
CCCGCATTCTGGAAACactgcatttttttattttcgctctACCAAACTAT
TTTATACCCGCTATATTAagacagatattttacaaaatttataattttta
tattaTCAAACCCAATGAATAAATTACCagattttcttacaaaaatcagT
AATCGTAAGTTTCGGTTGTTCCCCAGGGGacggggtactacccttgtcga
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catccccgtaacccattttgccctagtatcCCCCCCCCCAGGGTTGTTCT
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GCCCCAGGGGCTTTTTGTGACATGTTGTATCTCGACGTGATATAATAATT
GTCTAACTTTATTGCTTTCAACTTAGCagttattgtaaaaaaaaaggacA
TTGTTTGActatttgggaattgaaaagtgaaaattgTAGCATTATACAGG
GAAAAtgaaatctttgaaataatTAGTAAGATTGAATATTTTACCATTAT
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TTACCAAagagattgaagattttttcaatATCTATTACATAGATCAATAT
AAATtctaataatttttcatttccaaaaaagttttatattttatcTATtg
taccaaaaatattttgtttcttttgaagTTTTGTTAGATCTTTGAGCAAT
GTTTACTATCAAACACCTATCAAACATCGGACGGGTATCAGGAACACAAG
CGTAGGAGTACCCTTGTTAGATATCTCTGCATTGAAAGTATAAAGTAAGG
CCAATTAAGTTGAGGAAATCGGTTAAAATATCTGGTTAAAATCACTACAA
GTTTCTATAATTCCACCATTTTTCTTTAGCTCGTGATAAAATTGCATGTA
CTTTCTTGTGAATTATAACATTTTGTCATTCTTTTACAgttacaaaaaaa
cattaaaatcaaaaacattaaaaaaattgcGATGATTGACGACAAGAAAT
CATGGTTCATTCCACCTGACTTCAAAGCCAAGGATATACAACCACTATTC
ATCGGATTTGAGCCATTTGATAAAGATGAGATGGGATTTTACCACACTGG
TGAATACTTTTTAGCTAAGGAAGATCCAAAAAAAACCGATACCGTGCGTA
TTCATATTATCGAATTctataaaagttattctaaattTCTTCAACGCGTT
GTGACCNtaaattgaaagttttgacaTCGTTCAATTATCATCAATTAATG
GAAGCGGATTTGCCATCGATATTGTTTGActatttgggaattgaaaaatg
aaaattgtaagTTTACAAGAAggataatttattgaaaaaNTATCCGATAC
TGTGCGTATTCATATTATCGAATTCTGTaaaagtttttctaaatttcttc
aACGCATTGTGACCGTTAAACTTCGTTCCTGCGTTGGATATTATAATTAC
GAGCAGCTTTGTTTTTATCCAGATGttggttttcttcttcataCAATCGA
ACGTTATTCTAGCGACAGGGAATATTTTACTATCGACCTTTATGGTTNCA
TCAATTGATGGAAGCGAAtttgctaagggtccgagggacGAAAGTCAgac
agctaggacacgcagataGAAAAACGTAATAGCGAATCCTTATGTTGGTT
TTTATAAAaccttcgtcataacttttcgaattcaaaaatctttttgagtG
TGAATACGTAAATTTTCACTTTTCCACCTTACGTACAAATTTTGCCtatt
ttttttcgctttttcaCCGATGTATTATTTTGACTGTGACACTGAANGAT
ATCATTGGAAACAATATAAAACTTATCATTTCAGCATTTTCTCAACGAAC
AGTTGATGAAGCTAACGACCCTTCACTCGTATCATATCGAAGtttatgtt
tggattttttAAACATCGAGCTACATCaaataaagcaagaaaaaagaCTG
GTAATAGAATTAGACAGACCGttggaaaattcttttgtttttcgatATTT
TACCAAGCATAAGATCTATTTTGAAAGGATCGATAACAAACACAATACCA
TTAAGTCAACAATCTTAGAATATGATTACTCGGGTAAATTTTTATATTCA
TATTCCATTGATTNCTCTTCCACACTGGTAAATATTATTTGTTCCtacaa
gaagaaaatgaagaaaatatcgTTCACGTGATCAAATTCGATATAGAAGA
ATTCCAATGGTTGCACAGTCGAATTATTATCAGATTACCAGAAACTGAAC
TCGAATGTCACcgagaaaatgttttcaattcaACCAGTGGTGTATTGGTT
CATATCATACAAACATACCCAACAAACGAACGTCATGAAACTGTAATGGA
TCTTTATACTTACAACATTGTTGATCTTTTTGACGANAGAAACTGTAATG
GATCTTTATAATTACAACATTGTTGATCTTTTTGACGAGCTTAATGGTAA
AGATGTAAAAATTCCTGAATCAACTGAACCAGAATCACCACCAAGAAAAC
CGACATTTTATAATCCTGAGGATTTTTCAGAACCCCAAAATTCACCAGAT
CTATCTTTTATGACTAGTATCTTTGAAGATTCGTACGATCAAGATTCAAA
CGATGAATCTAGTAGACCTACATCGTTTTTTGAATTGCCCTCAGAAtcac
aaaatcaaaatctaaacATGGAACATGGTTCATCAGAGTCACTTAAAGCT
GATTTAAATAGAGATTTGCATCATCAAGATTCAAAGATTGACGACGAAGC
ATCCACTCCAGATCTGTCTTTGGCATATGATCAGTTATTTAACTCTATAA
CTTGTAAATATGCAAAATTTCTTGGCCACGAGAATGCCACTTTACTTATA
AGCAGTTATTTTACTCCGTATTATGAGAGTAACCAGGATGAGAGATACAA
CTATCTGGATTTTATCAAGATACAAAAAGATCAACTTTGTCACGAGAAAA
GATTGGTCTTAGATTTCGATACGGTTGGTGGATCAGTAATTGCGAGAAGG
GAATATACtaaagacaaaatatttttctttaaaaggtcttATATTGAAGA
CAGTGAAGATATAATGAACCTAAAGATCCTCGAATGTGATTATTCTGGTA
ATTTTTTATATTCGTATAATCTGGAATACATTGAATNTAGTGAAGAAATA
ATGAACTTAAAGATCCTTGAATGTGATTATTCTGGTAATTTTTTATATTC
GTATGATTTAGAATACATTGAATCGTGGATGTTTAATGTTGTTGATCTTA
AACATTCAAATTACATATTTCTTTATAATGGTTATGGCGAATTGGAGGAC
CTTGAATTAAGAGTTTTAAAACTGGAGAATGGGGTTCTTTTGTCaataaa
tgaaacaaaaaacttCATTCCCTGCGTGAAAGTACCAGTAGAATATAGAG
ATAGGGACTTGAGAGTGCGTGCCCCTATCAAGAAGTTCGATCGCCTTGTT
ATGCCATTTTACTGTACCACAAGGGATGTATTTCACCCTGAATTTTACAT
GGCAATTGATTTATCTACTACAGAAGTTGTTCACCAAATTATTTCTCCTG
AAAATTCACATCCTTGCTATTCTGTAAATTGGAACAATGAAGAAATTGGG
ATGACTTTTCGTAAAGATAATCTTCAAAATGCTACGAGACTTGGACCGTT
ATGTTTTAAAATGGCTTGCAatgatattgaaaagaaaaaaaaaataaatc
tttgaaATATTTGTCAAGATTTGCTGTTTTGACATCGTTTACTTATAATG
AATTATTTAAAGCAAATCTTCCGTCTTCATTATTTAATTATTTGGGTATT
GAAAACTAGTTGCTTACTGAATACATTTTCCAccaatatttgaaaaacat
tgGAAAAATGGAGGAAAAGCAAAAAggaaattcatcaaaatcacCTAATA
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ATTTTATAAGATTCTATCAAACTATTTTATACCATATTACATATTTATAA
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TCAATGAATGAATTGCCAGATTATCTTACAAAAATCAGTGAGCGTAAGTT
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GAATgttatcaaatttttcactttttccccaaattttccaaaaaaggcac
ccttacgAGGGGCAGATTTTTGTattaacccattttgccctagtaccccc
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TTATTGCTTTCGACTAGCagttattcaaaaaatggaGGCTTAAATGATAA
ACTTCTTTCTACAGATGAATCTAACTGGATATGCCACCATTGCGCAATCA
GTATTTTGGCTTTGAATCTGAAGGACACTACAATTTTCTACAATTCCATC
ATTTTTCTTTATGCTCGTGATAAAATTACATGTACTTTCATGGGAATTAT
AACATTTAATGTCCTTCTTTTACaggtacaaaaaaatattaaaaccaaaa
atattgaaaaagaatgatTGACGGCAAGAAATCATGGTTCATTCCACCTG
ACTTCAAAGACAATGATATACAACCACTATTCGTCGGCAATGTATCATTT
GATAAAGAAGAGGTGGGATTTTACCACACCGGTCAGTACTTTTTAGCTAA
GGAAGAAACATGGATAAAAAAAACCGATACCGTGCGTATTCATATTATCG
AATTCGATAAAAGTTCTTCTAAATTTCTTCGAAGCGTTGTGACCGTTAAA
CTTCGTTCCTGCGTTGGATATTATAAATGCGATCAGTTTTGTTTTTATCC
AGATGTTGGTTTTCTTCTACATACAATCGAACGTTATTCCAGCGACAGGT
AATATTTTACTAACGACCTTTATGGTTATCACATTATTAACTGGTTTGAA
AAGAACCGGAACAACAGTGAATTGTGTATGGATCTTAAACCCTCTCCTGA
TTTAAATCTGAGGTATGCCAGTGAATTTAGATTTCTAAGTTATCACTACT
ATAATATCATTGGAAACATTAAGAGACTTATCATTTCAGCCTTTTCTCAA
CGAACAGTTGATGAAGCTAACGGCCCTTCACCCGTATTATATCAAAGttt
atgtttggattttttAAACATCGAGCTACATCAAATAAAGCGAGAAAAAA
GACTGGTAATTGAATTAGACAGACCGttggaaaattcttttgtttttatg
atattttactAAGCATAAGATCTATTTTGAAAGGATTGGTAACAAACACA
ATACCATTAACTCAGCAATTTTAGAATATGATTACTCGGGTAAATTTTTA
TATTCATATTCGATTGATTATCCCGATTCATTTGTAAAGCATTTCGAATG
TATTAGAAATTCGAACTTAATATTTTTATACCCCAGAAAAACTAAACCTG
AGGATCTTGAAATACGAGTTATCAAATTGGAAAGAGGTAAAGCTGAGGTT
GTTAAAGAAGTTAGAAATATTATATTTCCGAAAGAGGACGGAGTGATGTA
CAAATCAGTCGCATTAAATGATCCAATCAAAAGATTCAATCATACTGTAT
TACCAGCTTTATTAAGGGACGATGTCCACGGGGTATATATGACTCTGGAT
TTAACAAACATGAAAATTACACGTAAGTCCCAAAGACAAATTATGACTGA
AGATGACGATATTCAAGATTTTTCCTTGAATTGGAACAACGAAGAAATTG
CAATGATTTCTTTAAACGATGAGGAATATCTACTACCGGGAGGTGAGTAT
GCATTCGTAtttcaaatacacgttttttttttataagaacaaactatata
agaacataaggcttcgagcccaaaaatttaagaacattctaagaacatac
taaggctttggagacttaaaaacatgcaatttcttaagaaattacatcaa
aa
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1491911889:1391828..1392410 | TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1491911889:1391828..1392410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1510915933:1391828..1392410 | TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1510915933:1391828..1392410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1575043694:1391828..1392410 | TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1575043694:1391828..1392410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1491911889:1404564..1405079 | TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1491911889:1404564..1405079 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1510915933:1404564..1405079 | TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1510915933:1404564..1405079 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1575043694:1404564..1405079 | TCONS_00072975-exon-scaffold_86-1575043694:1404564..1405079 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_86 | supercontig | scaffold_86:1391828..1405079 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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