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transcript sequence >TCONS_00072173 ID=TCONS_00072173|Name=TCONS_00072173|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2809bp GGTCATAAATTCTTACAATTTTGGCATCGATGTTggcattgttttgattt caagaGGATTGGTAGAGAGCTATAGAGAGAGGCAAATCTATGACGTCACA GAGACTCACTCTCTGACATATTGGTTCTTATAGTGGCAGATTTAACAAGC ctcttttttcaagtgattgaTTGGTTGGTTGGTTCAAATGGCTTCTTAAC ATTCTCAATGGTCCATcaagaattttgatattttctttgtgtGCATATGG GCTATGGCCGTGGCATGgcaAACTATAAGAGAGGGTCTTCGATTCTCAGA AATGAGTCAACATTCAATGATTACTGAACAAGCAATCAACCCTTACCTTT CATCGCGTGGAACTTCAAATCATATGATTCAGTCTATGGCCCTTGGTAAC CATCTGACTGACAATAATAATTCAAGCAATAATAATTACTTCAGTGAAAT ACAAATGGATGACGGGAAATGGACCCGACATCAAACACAGATCTTAATTG ACACCTGGAAAGAGCATAAAGATATCTTATTAAGTACTGGATCAAGCTCA GCTGAACATTTTCGTGTCTGGAAACTCATTGCGACTGAAGTTAACAAATT CGCACCACCCAAGAGTCTCCAGCAATGCAAGAAGAAGTTCCGTAATATAC GATACATTTGTAAAATGGCCATGAATAATAACAAACAAGAGGGCGGTAAG AAACATTATCCAATGTTTTATTCAGATTTCCTTGAAATCATTTCCGAGAG TGAGCGCATCAAAGAAGGTGTCAAAATAGAATCACCCAATGTCGAGGTTT TGAACGATTCAAGCAAAGATGGCGACCTGTACGGGACTGGATATCAGAAT CCGTCACCACAAGACAGCCAATACGACGAACGATCGTCATCCGAATTAAA CACACGTCGCGAAGACGAACTAGACGAGCGACGTACTCAGCAATCGGGTA ACGTTAATAACAGTGAAGGTTCTGGAAGCTTTAACGGAAGTCCTCAATCC AGAGAGTGTGAGAACGAGTATCAAACAACGACGTCACCAAATCATCAACC GACCGTATCCGAAACGAACGTCACAAACGAGCGAAGGGAAACCGCCACTG AAAGCCATCATCATTCCTTACAAAACGGGGATCTCGAGAACGGCCATAGT AGAATCAACGAACGCTTATCAAATTATTACTCACACCACGATTCTATGTA TCCGCCCATTTATTCGACCAGCTCTNCGCACCACCCAAGAGTCTCCAGCA ATGCAAGAAGAAGTTTCGTAATATACGATACATTTGTAAAATGGCCATGA ATAATAACAAACAAGAGGGCGGTAAGAAACATTATCCAATGTTTTATTCA GATTTCCTTGAAATCATTTCCGAGAGTGAGCGCATCAAAGAAGGTGTCAA AATAGAATCACCCAATGTCGAGGTTTTGAACGATTCAAGCAAAGATGGCG ACCTGTACGGGACTGGATATCAGAATCCGTCACCACAAGACAGCCAATAC GACGAACGATCGTCATCCGAATTAAACACACGTCGCGAAGACGAACTAGA CGAGCGACGTACTCAGCAATCGGGCAACGTTAATAACAGTGAAGGTTCTG GAAGCTTTAACGGAAGTCCTCAATCCAGAGAGTGTGAGAACGAGTATCAA ACAACGACGTCACCAAATCATCAACCGACCGTATCCGAAACGAACGTCAC AAACGAGCGAAGGGAAGCCGTCACTGAGAGCCATCATCATTCCTTACAAA ACGGGGATCTCGAGAACGGCCATAGTAGAATCAACGAACGCTTATCAAAT TATTACTCACACCACGATTCTATGTATCCGCCCATTTATTCGACCAGCTC TGAACATTACATGCGTaagcataaaaatattgacGTCAGTATAATGGGGC GTGGGTACCCCAGTGCAAAGCGTGTTAAACGCGCCATGGATATTTACTCA TCACCTGCCCCTGCGCCCTACAAATACGCAAGCCGACACCATCATAGAGG ATATCCGCCCACGATGGCCACAATCGCCAGTAATTCTTACCCATATCACA TTAACAACCACTATTCGACAACACCGCCGCTTATTCGACCCGTATCTACA CCAAAAGATACATCCCCGTCTCCCCGTAATACTGTTTCTAGTACCAATAA CGTAGCACCGAGTCTGTCCAATGATTCGTCTTATATGAAAGCAGAGCATA CGCATATTAATGACGCACCGCCTGCGCTGAAATCGTCTCCTGGGTACAAG AATAGAGAGATGCACGCACCTAAAGACTTAACATTAAGTGAAACTTTGAA CTTTTACAATCAACGATTCTTAGATATGCAAGAGAGACAAACTGAATTAT TTAGTGAAATGATTTGTCGGCATGAACAATTTCTTTCCAGACTTTTAGAA CAACAACGAACGGCTGCTGAAGATGCTCAAAAAAGAGACAAAGAATTCAT GTTAAAATTGATAGAAATGTTCGTTAAGCAATAGTTTCAAACGTTCTCAa ctttttagtttttacaattttttcttctgattttcaatttcttctgatag aatttttctttcgtttttttttttcttttaaaattttctgctCCAGGTTT TTGAGCAGATTTGTAAATATATTTATCTAAATGCGATCTTTAAATTGGGT AATTCTTAATTTTTACAGTTGACTTGCCTGGTTTTTGATACATTCTTAAA ACTGTCAGATCGTTGTGTACGACAGGGGTTTTATTCAAATCTCCCTTGTC AACAAAAATTCTTTAAGAATTCATCTTTGAACCCTTAAATGAGGCCGTTG GAAAATTAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_71:426415..478547- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00072173 ID=TCONS_00072173|Name=TCONS_00072173|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=52133bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_71:426415..478547- (Clytia hemisphaerica) GGTCATAAATTCTTACAATTTTGGCATCGATGTTGGCATTGTTTTGATTT
CAAGAGGATTGGTAGAGAGCTATAGAGAGAGGCAAATCTATGACGTCACA
GAGACTCACTCTCTGACATATTGGTTCTTATAGTGGCAGATTTAACAAGC
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TAAAAATATTTCAGAATTGAATTTTTCCCTTATCTATATATTAATAGTCT
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CATCATGTTTAAGCCACCTTCCCAACATCCAAAGGACTTGCGTTCAGCAA
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AAGAACAAACTATATAAAGTAAAAAGCTTTGATGGCAAAAATATTAAGAA
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CTAGGAAACGGCAATAATACTCCGAAAACTGTGAAAATAAGAACATCTTA
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TTCAGAAATCTTTGGATGATCTTTTTAAAAAAGTGTAACTCTCTTTAAAC
ACGTTTTTGAGAGATTTCAGGGTTCTTTTCAAATTGATATTTCACTTATC
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CTGATAAATTTTGTATGGAATTTATTCCAGATAATGTACAATACTTAAGG
TGTACAATGAATATTTCAATGATAGAAAAAATCATTATAGCTCTTGATAT
ATTCACTCCACTACGATTTTAAGTGCTCTTCTCAGCCTCCGGCCTACTCC
TTAACTTTAGTGGTAGGTATTTGGTATTTTAGTGCCAGAGAACTTGATTG
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TGTAAAAATTTTTGTTGCGCCTCCTTAGACTCTATATTTATTGCCCCTCC
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TGCCCTGCAACCTTTCAAAAAATCGAAATAAACCTCAACCCTAAGATTTA
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TGGACCCTGGGAATATTCATGAATTATCGGACNAAGATTTCATCAGGATT
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GGAATATTCATAAATTATCGGACAAAAAAACACTGTGGTCTTTTTGCTAT
TGCAAAAAAATGATAGAAAATCACATCGCTGGCAGGAAAACAAACATTTT
TTGCGGTTATTGAATCTCACATGATAATCTGCCCCCCCCCCCACGGAATA
AGCCAAAGCCTAAATCAACAAAAAGCCACCATTTTTAAAACCTTTTTTTC
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GGGGATCTCGAGAACGGCCATAGTAGAATCAACGAACGCTTATCAAATTA
TTACTCACACCACGATTCTATGTATCCGCCCATTTATTCGACCAGCTCTN
CGCACCACCCAAGAGTCTCCAGCAATGCAAGAAGAAGTTTCGTAATATAC
GATACATTTGTAAAATGGCCATGAATAATAACAAACAAGAGGGCGGTAAG
AAACATTATCCAATGTTTTATTCAGATTTCCTTGAAATCATTTCCGAGAG
TGAGCGCATCAAAGAAGGTGTCAAAATAGAATCACCCAATGTCGAGGTTT
TGAACGATTCAAGCAAAGATGGCGACCTGTACGGGACTGGATATCAGAAT
CCGTCACCACAAGACAGCCAATACGACGAACGATCGTCATCCGAATTAAA
CACACGTCGCGAAGACGAACTAGACGAGCGACGTACTCAGCAATCGGGCA
ACGTTAATAACAGTGAAGGTTCTGGAAGCTTTAACGGAAGTCCTCAATCC
AGAGAGTGTGAGAACGAGTATCAAACAACGACGTCACCAAATCATCAACC
GACCGTATCCGAAACGAACGTCACAAACGAGCGAAGGGAAGCCGTCACTG
AGAGCCATCATCATTCCTTACAAAACGGGGATCTCGAGAACGGCCATAGT
AGAATCAACGAACGCTTATCAAATTATTACTCACACCACGATTCTATGTA
TCCGCCCATTTATTCGACCAGCTCTGAACATTACATGCGTAAGCATAAAA
ATATTGACGTCAGTATAATGGGGCGTGGGTACCCCAGTGCAAAGCGTGTT
AAACGCGCCATGGATATTTACTCATCACCTGCCCCTGCGCCCTACAAATA
CGCAAGCCGACACCATCATAGAGGATATCCGCCCACGATGGCCACAATCG
CCAGTAATTCTTACCCATATCACATTAACAACCACTATTCGACAACACCG
CCGCTTATTCGACCCGTATCTACACCAAAAGATACATCCCCGTCTCCCCG
TAATACTGTTTCTAGTACCAATAACGTAGCACCGAGTCTGTCCAATGATT
CGTCTTATATGAAAGCAGAGCATACGCATATTAATGACGCACCGCCTGCG
CTGAAATCGTCTCCTGGGTACAAGAATAGAGAGATGCACGCACCTAAAGA
CTTAACATTAAGTGAAACTTTGAACTTTTACAATCAACGATTCTTAGATA
TGCAAGAGAGACAAACTGAATTATTTAGTGAAATGATTTGTCGGCATGAA
CAATTTCTTTCCAGACTTTTAGAACAACAACGAACGGCTGCTGAAGATGC
TCAAAAAAGAGACAAAGAATTCATGTTAAAATTGATAGAAATGTTCGTTA
AGCAATAGTTTCAAACGTTCTCAACTTTTTAGTTTTTACAATTTTTTCTT
CTGATTTTCAATTTCTTCTGATAGAATTTTTCTTTCGTTTTTTTTTTTCT
TTTAAAATTTTCTGCTCCAGGTTTTTGAGCAGATTTGTAAATATATTTAT
CTAAATGCGATCTTTAAATTGGGTAATTCTTAATTTTTACAGTTGACTTG
CCTGGTTTTTGATACATTCTTAAAACTGTCAGATCGTTGTGTACGACAGG
GGTTTTATTCAAATCTCCCTTGTCAACAAAAATTCTTTAAGAATTCATCT
TTGAACCCTTAAATGAGGCCGTTGGAAAATTAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1575043694:478281..478547 | TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1575043694:478281..478547 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1575043694:426415..428956 | TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1575043694:426415..428956 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1510915933:478281..478547 | TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1510915933:478281..478547 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1510915933:426415..428956 | TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1510915933:426415..428956 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1491911889:478281..478547 | TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1491911889:478281..478547 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1491911889:426415..428956 | TCONS_00072173-exon-scaffold_71-1491911889:426415..428956 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_71 | supercontig | scaffold_71:426415..478547 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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