TCONS_00071746 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00071746
Unique NameTCONS_00071746
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2314

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00071746 ID=TCONS_00071746|Name=TCONS_00071746|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2314bp
GGCCATCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGGT
TGTCCATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTGT
AGTGGTCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGTG
TAGTCGTGGTTGTTGTTGGTTGATTTATCAAACTGTCGTAACTTTGTTCA
GGTTTTCCATCAGCTCCTGGGGCAGGTTTTCCATCAGCATCTGGAGCAGG
CTGTCCGTCTGCTCCTGGGGCAGGTTGTCCATCAGCTCCTGGAGCAGGTT
GTCCATCATCTCCTGGGGCAGGAGGTTTCCCATCAGCACCTGGGGGACCA
TTACCATCTGGGTTGTCTCCTGGAGGCTTTTGTCCATCAGCATCAGATGG
TTTGTCTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGTC
CGGCTTCAGGAGGTGGCTGACCATCTTCCCCTGGAGGTCCTCCCTCGGAA
GGTTTAGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTTT
ATCATCATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTGGTGGCTGATCTA
AGTTCTCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCATCTTCGGGATTCTTT
CCATCCTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCATC
CTCAGCAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGGTATCATCCCCTAGTG
GATTGGTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCtggttttttattt
tcatctggTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCCGGTTTATC
TCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCGGCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTT
TATCTCCATCACCGGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGTCACCT
GGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATC
AGATGGTTTATCGCCATCAGCTGGCTTATCGCCATCGGCTGGTTTATCAC
CATCAGCGGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTA
TCTCCATCAGATGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGG
TTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCGC
CTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGTCAGCTGGCTTATCTCCA
TCAGCTGGTTTATCACCATCAGCTGGCTTATCGCCATCAGCTGATTTATC
TCCATCAGTTGGTTTATCACCATCATCTTTCGTTTTGTCACCTTCTCCCC
CAGCTTTATCTCCATCATTATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGTTTATCTCCT
GCACCTTCAGGGTTATCTTCAGGTGGTTTATTTTGATCCTCTTCTGGAGC
ATTTTCTTCTTCAGGAGCTGGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAGTTGATGTAG
TAGTTGTAGTCGGTTCCTCagttgtcgttgttgttgtcgGCTCTTCTGTT
GTCGTGGTTGTTGTCGGCTCCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGTTGTCGTCGT
TGGCTCCTCAGTTGTTGTTGTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCTCTTCGGTTG
TCGTGGTGgtagtggttgttgttgtaCTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTT
GTTGTCGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGTTGGCGT
AGTGGTCGTAGTTGTTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCG
AAGTAGTTGTTGTGGGAACGATGTCACCAGGNTTCTTCGGTTGTCGTGGT
GgtagtggttgttgttgtaCTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCG
TCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGCGTAGTGGTC
GTAGTTGTTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGT
TGTTGTGGGAACGATGTCACCAGGGTTCACTTCTTGGTCTTCTGCACTAA
CTGGTGGTGCTTCTTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTCGATTTCAGGGACN
GGTTCACTTCTTGGTCTTCGGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGGTGGT
GCCTCTGGTGCTTCGATTTCAGGGACGGGAGCTTCTGGAGGAGGTTCATC
GGCTGGTGGTGGTGCTGGTTTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTTTAGCATCAG
GAACATCGTCTGGTTTTGGCTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTATCTTCTGCT
TTTTCTGGGATACC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_63:725609..728108-

Legend: exon
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>TCONS_00071746 ID=TCONS_00071746|Name=TCONS_00071746|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2500bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_63:725609..728108- (Clytia hemisphaerica)
GGCCATCACATTGTTGGGGTTGTACAGGTTGTTGTTGAGGTTGCTGTGGT
TGTCCATTACAATCAACAGTTGTTTCAACACTGCAAGGTGGTGGTGGTGT
AGTGGTCGTGGTGATTGGTTCATCTGATTCCACCACAAAAGATAATGGTG
TAGTCGTGGTTGTTGTTGGTTGATTTATCAAACTGTCGTAACTTTGTTCA
GGTTTTCCATCAGCTCCTGGGGCAGGTTTTCCATCAGCATCTGGAGCAGG
CTGTCCGTCTGCTCCTGGGGCAGGTTGTCCATCAGCTCCTGGAGCAGGTT
GTCCATCATCTCCTGGGGCAGGAGGTTTCCCATCAGCACCTGGGGGACCA
TTACCATCTGGGTTGTCTCCTGGAGGCTTTTGTCCATCAGCATCAGATGG
TTTGTCTCCATCACTGTCACCTGGTTTAGCGTTTTCAGGAGGAGCTTGTC
CGGCTTCAGGAGGTGGCTGACCATCTTCCCCTGGAGGTCCTCCCTCGGAA
GGTTTAGCATCCTGTTTATCTTCCTCTGTTGGTTTGTCTCCTAATGGTTT
ATCATCATTTCCGGGAACTTTCAAAACATCTCCTGGTGGTGGCTGATCTA
AGTTCTCAGGAAGTTTTTGATCTGGTTTTTTATCATCTTCGGGATTCTTT
CCATCCTCGGGTTTCTTTCCATCTTCTGGTTTCGGTTTTTCTGCCCCATC
CTCAGCAGGCTTCATTTCATCCCCCAGTGGATTGGTATCATCCCCTAGTG
GATTGGTATCATCTCCTGGCTGCTGCAAAACGTCTCCTGGTTTTTTATTT
TCATCTGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCAGGTTTATCTCCATCAGCTGG
TTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATCTCCATCAG
CTGGTTTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCA
TCGGCTGGTTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGCAGGTTTATC
TCCATCAGCTGGTTTATCACCGTCAACCGGTTTATCTCCATCAGCTGGCT
TATCTCCATCGGCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCACCG
GGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCGTCACCTGGTTTATCTCCGTC
ACCTGGTTTATCTCCATCACCTGGTTTATCTCCATCAGATGGTTTATCGC
CATCAGCTGGCTTATCGCCATCGGCTGGTTTATCACCATCAGCGGGTTTA
TCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAGATGG
TTTATCTCCATCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATCTCCATCAG
CGGGTTTATCTCCATCAGCGGGTTTATCTCCATCGCCTGGTTTATCTCCA
TCACCTGGTTTATCTCCGTCAGCTGGCTTATCTCCATCAGCTGGTTTATC
ACCATCAGCTGGCTTATCGCCATCAGCTGATTTATCTCCATCAGTTGGTT
TATCACCATCATCTTTCGTTTTGTCACCTTCTCCCCCAGCTTTATCTCCA
TCATTATCAGGGTTTTCCTCTGGGGGTTTATCTCCTGCACCTTCAGGGTT
ATCTTCAGGTGGTTTATTTTGATCCTCTTCTGGAGCATTTTCTTCTTCAG
GAGCTGGTGTTGTCGTGGTGGTAGTAGTTGATGTAGTAGTTGTAGTCGGT
TCCTCAGTTGTCGTTGTTGTTGTCGGCTCTTCTGTTGTCGTGGTTGTTGT
CGGCTCCTCGGTTGTCGTGGTTGTTGTTGTCGTCGTTGGCTCCTCAGTTG
TTGTTGTCGTAGTTGTCGTAGTCGGCTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGTG
GTTGTTGTTGTACTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTTGTCGTCGTCGT
TGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTTGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTG
TTGTGGTCGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTG
GGAACGATGTCACCAGGNTTCTTCGGTTGTCGTGGTGGTAGTGGTTGTTG
TTGTACTTGTCGTCGTTGTTGGAGTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGA
GTTGTTGTCGTCGTCGTCGTTGTTGGCGTAGTGGTCGTAGTTGTTGTGGT
CGGTGCTTCCGTGGTTGTTGTGGTTGTCGAAGTAGTTGTTGTGGGAACGA
TGTCACCAGGGTTCACTTCTTGGTCTTCTGCACTAACTGGTGGTGCTTCT
TTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTCGATTTCAGGGACNGGTTCACTTCTTGG
TCTTCGGCACTAACTGGTGGTGCTTCTTTAGGTGGTGCCTCTGGTGCTTC
GATTTCAGGGACGGGAGCTTCTGGAGGAGGTTCATCGGCTGGTGGTGGTG
CTGGTTTTTCTGGTTCTTTTGGTGGTTTAGCATCAGGAACATCGTCTGGT
TTTGGCTTCTCAGGCTCTGGTAGTTTATCTTCTGCTTTTTCTGGGATACC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_044555XLOC_044555Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1575043694:727268..728108TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1575043694:727268..728108Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727081TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1575043694:725609..727081Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1510915933:727268..728108TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1510915933:727268..728108Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727081TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1510915933:725609..727081Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1491911889:727268..728108TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1491911889:727268..728108Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727081TCONS_00071746-exon-scaffold_63-1491911889:725609..727081Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_63supercontigscaffold_63:725609..728108 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
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Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0	0.0598326	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.114789	0.348469
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00071746 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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