TCONS_00070563 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00070563
Unique NameTCONS_00070563
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3460

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00070563 ID=TCONS_00070563|Name=TCONS_00070563|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3460bp
AAATACTATGAACAAATGAAAACgtaaaaaagttgaagaaatttgAATCT
CTGTGTCctatttttattgatttcttcAGTATCATCGACACttatttgtt
tttgttattttgattgaCAAGTTGTTTGGTCACCCCTGGCAACCATGATG
CGTTGTCTAGTGCTGGTTTTGGTAATCAGCCTCGTCAAAGGTGACAATGC
CAACACTACCGCTGAAAAACGGAATCGCTTAGGCTCCATGTCCAGAAGCT
CCCCACTTACCTCAGCCTCATCATCGAACTCCTACCAACGTCCTGCTTCA
CAACAATCAGGACAACAGCAGCAACCTCCAAAAGGTGTTGATCCTTTCAT
TTACAACATGTTGGCACAAAGCTGGGATCCAGTTATGGGTCAACCACCAT
GTCCCTTCCAATGCCCCTCTCCATGTCCATATCCATGTCAACAAAGTCAG
ATGATGGCTCCCATGCCAATGCCTATGCAACCTCCTTTCTGTCCATCAAT
GTGTCCACCTTCTGGTTGTCCCATGGGTTGCCCACAAACAACTGGTATCA
CTGTGATCCCACCAACACCAATCTGCTCTAACCCATGTCTACCACCATCA
TGCCCATCCTCTTGCTTGGGAGCTGCCCGACCACAACAAATGTGCCCACA
GCCCTGCCAACCTCCAGCCTGCCCAAGTGGTTGCCCCTTCACCATGTCTG
CTTTACCAGCCATGTGTCCAAGACCCTGTCCATCCAGCAACTGTCCAACC
GGATGCCCCATCACTTTAGACATTCCAGTATACGGACCATCAGCTAATCC
TCCACCCTCAGCTGCATCTGCCCCTCCTCTTGGTGGCTGCCCCAACCCTT
GCCCTCACCCATGTCCACCAGGATGCATCGCCACACAACAGACAGTGAAC
ATTATGGCTTGCCCAACACCATGTCCTCCAAGCTCATGCCCAGCTCAATG
TCAAAAACAATGTCCTCAACCATGCCAGGGAGCCTCTTGCCCTATGGGAT
GTCCACAGACAATGGCTTCAGCTCCTTCAATGTGCCCACAACCATGTCAA
CCACCTGCTTGTCCTTCTGGGTGCATGCAAACTCAAATGATGGCTCCACC
ACCAATGTGTCCACAACCCTGTCAACCACCAGCTTGTCCAATGGGATGTC
CAGCAACTTCAATGGCTGCTCCATCTATGTGTCCACAACCCTGCCAACCA
CCTTCTTGTCCTATCGGGTGTCAACAAACACCAAGACTTTACTTTTCACC
TCAAAAAATGATGCAGACGTGTCCACAACCTTGTCAAGCTCCAGGTTGCC
CGATGGGTTGCCCCATGACCATGGCTTCCATGCCTTCAATGTGCCCACAG
CCCTGTATGCCTCCATCTTGTCCAAATGGCTGTTTGCAAGCTGCACCGAT
GATGGGTGCTCCTCAAATGTGTCCTCAACCTTGTCAAGCACCCTCCTGTC
CAATGGGATGCCCACAAACCATGGCTTCCGCACCATCAATGTGTCCAAGA
CCATGCATGCCACCATCGTGCCCCTCAGGATGTGCACAAGGTGCCGCTAT
GATGATGCCTCCTCCCATGATGGCTGCTCCACAGATGTGCCCACAACCTT
GTCAAGCACCTTCTTGTCCAATGGGATGCCCACAAACCATGGCTTCGGCA
CCATCAATGTGTCCAAGACCATGCATGCCTCCCTCATGCCCCACGGGATG
TGCACAGGGCGCGGCTATGATGATGCCTCCTCCCATGATGCCTGCACCTC
AAATGTGCCCACAACCTTGTCAAGCACCCTCCTGTCCAATGGGATGCCCA
CAGACCATGGCTTCAGCTCCATCGATGTGTCCAAGACCATGCACGCCACC
ATCGTGCCCCTCAGGATGTGCACAAGGTGCCGCTATGATGATGCAACCTC
CCATGATGGCTGCTCCACAGATGTGCCCGCAACCCTGCCAAGCTCCAGGG
TGCCCTATGGGTTGCCCGCAAACCATGGCTTCCGCTCCAACAATGTGTCC
ACAACCTTGTCAAGCACCCTCCTGTCCAATGGGATGCCCACAGACCATGG
CTTCAGCTCCATCGATGTGTCCAAGACCATGCATGCCACCATCGTGCCCC
TCAGGATGTGCACAAGGTGCCGCTATGATGATGCAACCTCCCATGATGGC
TGCTCCACAGATGTGCCCACAACCCTGCCAAGCTCCAGGGTGCCCTATGG
GTTGCCCGCAAACCATGGCTTCCGCTCCAACAATGTGTCCACAACCTTGT
CAACCACCAGGCTGTCCATCTGGCTGTCAAGAATCTCCAAGGTTTTATTT
TTCTCCAAGTAAACTTCAACAGCAGATGCCAGCACCTCAAGCACCGGCCT
GTCCGTCTCCTTGTATCCCGCCATTTTGCCCTGCAAACTGTCTTATCCCA
TCATGTCCACAGCCATGTCAACCACCAAGTTGTCCAGCATACTGTCCTAC
CACAACTGCAATGACGCCATCCAGCTGTCCAACGCCTTGCCCGCCTCACA
TCTGTCCACAGGGGTGCACCGTAGTACAATCGACCGTTAACATGTGTCCA
CAGCCTTGCATGCCGCCATCTTGTCCAGGTGGCTGCCCTCAAACAACGAA
CATTTATCCTCCAATGTGTCCACAGCCTTGCCAGGGTAATATTTGCCCAA
GTGGATGTGCTGCACGTCAGAAGAAAGATATAATTGAACGACAGAGAGGT
TAAATTCGAAATTCGAtggaaaatgagaaataaaaactttacagaCAATC
ATTCGATTATGTTTTTGGTAACACAAAAGTGCTTTGTGAGTGGGATTTTT
AGAGAGAACgaattttattttgtaataTAGGGAAATTTACCAGCCTGGTC
ATTTGCTGATTTTTGAACACCTTTGATGATCTTTTCATAAGATGTTTGAC
CCCCTACTAAAGTGTTTTTGTATCTCGTAATGAATTGAAGAATGTGGCCT
ACCTTATTCCTTGCAACCACTCTGTTTTATACCTCTACTACCAATAAAGT
AAAAACTCAAGTTGCTAGTGACCTTTTCTCAAGTAAGAAAAAGCGAGATT
CTAATGCCACACCGTGTAACTTATAacggaaataatttttaagccatttt
cTACATATTTACCTCATGCACTTTTGCTATTTGTGAGGGTTTTTTTTACA
GCCATCTCGCTTTCTCGATTCACaaacttgaaagtttttgacgaCTACCC
TTTAGTAAGTTTAAGTGCGTAGATTAAGAATTTTACATAAATGGTTTGGT
TGTTTAGCATGTATTAGGGATCGATTAGTTTACGATCTATTATATTTTAG
GCTCAATTTTAAATTAATGTTTAGATAACTATTTATTTTTAGATGTCtct
aaatgttttttgaatatgTTATAGTATTATTTtattcgtggaatttttta
taaaaagtattacagttgaatttttgataaaagaaattctttataaaagt
tgaaattttc
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_56:858684..863835-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00070563 ID=TCONS_00070563|Name=TCONS_00070563|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5152bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_56:858684..863835- (Clytia hemisphaerica)
AAATACTATGAACAAATGAAAACGTAAAAAAGTTGAAGAAATTTGAATCT
CTGTGTCCTATTTTTATTGATTTCTTCAGTATCATCGACACTTATTTGTT
TTTGTTATTTTGATTGACAAGTTGTTTGGTCACCCCTGGCAACCATGATG
CGTTGTCTAGTGCTGGTTTTGGTAATCAGCCTCGTCAAAGGTAATTATTG
ATTTTTCATTATTTTAATCCAAAAAGTTGTCAAATGGGAGGATTATCATA
ATTTTGATTTATAACAAGACATACAGTCTCCATAAGGCAATATATTTTTA
CTTTACTACAATTTTCTGGTTTCCAGTCGGTCTACTTGGAAATCCGTCAT
CATATTTTCTCTCACTTGTTTTTTTCCTCCATCTTGAACAAATGAAAATG
ATAAAATATGATGTGTAATGTCTCGTCAAACTAACAACGTTCGTATTACG
TTGGTATTAGCACCCCAGTTAGAAATGCATTTGTTGCTCATATCAAAGTC
AACCTGTCTATTGACTTTGCTTACATCTTGGCAACTTCAAAGGAAATTTT
CCCCTCATGTAAAAGCACAGCTTTATGACTTATTTGATTTTTGTATCTAT
TTTTTACTTCCTAGGTGACAATGCCAACACTACCGCTGAAAAACGGAATC
GCTTAGGCTCCATGTCCAGAAGCTCCCCACTTACCTCAGCCTCATCATCG
AACTCCTACCAACGTCCTGCTTCACAACAATCAGGACAACAGCAGCAACC
TCCAAAAGGTGTTGATCCTTTCATTTACAACATGTTGGCACAAAGCTGGG
ATCCAGTTATGGGTCAACCACCATGTCCCTTCCAATGCCCCTCTCCATGT
CCATATCCATGTCAACAAAGTCAGATGATGGCTCCCATGCCAATGCCTAT
GCAACCTCCTTTCTGTCCATCAATGTGTCCACCTTCTGGTTGTCCCATGG
GTTGCCCACAAACAACTGGTATCACTGTGATCCCACCAACACCAATCTGC
TCTAACCCATGTCTACCACCATCATGCCCATCCTCTTGCTTGGGAGCTGC
CCGACCACAACAAATGTGCCCACAGCCCTGCCAACCTCCAGCCTGCCCAA
GTGGTTGCCCCTTCACCATGTCTGCTTTACCAGCCATGTGTCCAAGACCC
TGTCCATCCAGCAACTGTCCAACCGGATGCCCCATCACTTTAGACATTCC
AGTATACGGACCATCAGCTAATCCTCCACCCTCAGCTGCATCTGCCCCTC
CTCTTGGTGGCTGCCCCAACCCTTGCCCTCACCCATGTCCACCAGGATGC
ATCGCCACACAACAGACAGTGAACATTATGGCTTGCCCAACACCATGTCC
TCCAAGCTCATGCCCAGCTCAATGTCAAAAACAATGTCCTCAACCATGCC
AGGGAGCCTCTTGCCCTATGGGATGTCCACAGACAATGGCTTCAGCTCCT
TCAATGTGCCCACAACCATGTCAACCACCTGCTTGTCCTTCTGGGTGCAT
GCAAACTCAAATGATGGCTCCACCACCAATGTGTCCACAACCCTGTCAAC
CACCAGCTTGTCCAATGGGATGTCCAGCAACTTCAATGGCTGCTCCATCT
ATGTGTCCACAACCCTGCCAACCACCTTCTTGTCCTATCGGGTGTCAACA
AACACCAAGACTTTACTTTTCACCTCAAAAAATGATGCAGACGTGTCCAC
AACCTTGTCAAGCTCCAGGTTGCCCGATGGGTTGCCCCATGACCATGGCT
TCCATGCCTTCAATGTGCCCACAGCCCTGTATGCCTCCATCTTGTCCAAA
TGGCTGTTTGCAAGCTGCACCGATGATGGGTGCTCCTCAAATGTGTCCTC
AACCTTGTCAAGCACCCTCCTGTCCAATGGGATGCCCACAAACCATGGCT
TCCGCACCATCAATGTGTCCAAGACCATGCATGCCACCATCGTGCCCCTC
AGGATGTGCACAAGGTGCCGCTATGATGATGCCTCCTCCCATGATGGCTG
CTCCACAGATGTGCCCACAACCTTGTCAAGCACCCTCCTGTCCAATGGGT
TGCCCACAAACCATGGCTTCCGCACCATCAATGTGTCCAAGACCATGCAT
GCCACCATCGTGCCCCTCAGGATGTGCCCAGGGTGCCGCTATGATGATGC
CACCTCCCATGATGGCTGCTCCACAGATGTGCCCACAACCCTGCCAAGCT
CCAGGGTGCCCTATGGGATGCCCGCAGACCATGGCTTCAGCTCCAACAAT
GTGTCCAAGACCATGCATGCCACCATCGTGCCCCTCAGGATGTGCCCAGG
GTGCCGCTATGATGATGCCACCTCCCATGATGGCTGCTCCACAGAACGNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NCAAGACCATGCATGCCACCATCGTGCCCCTCAGGATGTGCCCAGGGTGC
CGCTATGATGATGCCACCTCCCATGATGGCTGCTCCACAGATGTGCCCAC
AACCTTGCCAAGCTCCAGGGTGCCCTATGGGATGCCCGCAAACCATGGCT
TCAGCTCCAACAATGTGTCCACAGCCCTGTCAACAACCAGGCTGTCCTTC
TGGATGTCAAGAGTCGCCACGATTTTATTTCTCGCCAGAGAAGCTCCTTC
AGCAAATGTCACCACCTCAACCGATGATGTGTCCACAACCTTGTCAAGCT
CCAGGTTGCCCAATGGGTTGCCCCATGACCATGGCTTCTATGCCTTCGAT
GTGTCCACAGCCCTGTATGCCTCCATCTTGTCCAACTGGCTGTATGCAAG
CCGCTCCAATGATGGCTGCTCCACAGATGTGCCCTCAACCTTGTCAGGCA
CCTTCTTGTCCAATGGGATGCCCACAAACCATGGCTTCGGCACCATCAAT
GTGTCCAAGACCATGCATGCCTCCCTCATGCCCCACGGGATGTGCACAGG
GCGCGGCTATGATGATGCCTCCTCCCATGATGCCTGCACCTCAAATGTGC
CCACAACCTTGTCAAGCACCCTCCTGTCCAATGGGATGCCCACAGACCAT
GGCTTCAGCTCCATCGATGTGTCCAAGACCATGCACGCCACCATCGTGCC
CCTCAGGATGTGCACAAGGTGCCGCTATGATGATGCAACCTCCCATGATG
GCTGCTCCACAGATGTGCCCGCAACCCTGCCAAGCTCCAGGGTGCCCTAT
GGGTTGCCCGCAAACCATGGCTTCCGCTCCAACAATGTGTCCACAACCTT
GTCAAGCACCCTCCTGTCCAATGGGATGCCCACAGACCATGGCTTCAGCT
CCATCGATGTGTCCAAGACCATGCATGCCACCATCGTGCCCCTCAGGATG
TGCACAAGGTGCCGCTATGATGATGCAACCTCCCATGATGGCTGCTCCAC
AGATGTGCCCACAACCCTGCCAAGCTCCAGGGTGCCCTATGGGTTGCCCG
CAAACCATGGCTTCCGCTCCAACAATGTGTCCACAACCTTGTCAACCACC
AGGCTGTCCATCTGGCTGTCAAGAATCTCCAAGGTTTTATTTTTCTCCAA
GTAAACTTCAACAGCAGATGCCAGCACCTCAAGCACCGGCCTGTCCGTCT
CCTTGTATCCCGCCATTTTGCCCTGCAAACTGTCTTATCCCATCATGTCC
ACAGCCATGTCAACCACCAAGTTGTCCAGCATACTGTCCTACCACAACTG
CAATGACGCCATCCAGCTGTCCAACGCCTTGCCCGCCTCACATCTGTCCA
CAGGGGTGCACCGTAGTACAATCGACCGTTAACATGTGTCCACAGCCTTG
CATGCCGCCATCTTGTCCAGGTGGCTGCCCTCAAACAACGAACATTTATC
CTCCAATGTGTCCACAGCCTTGCCAGGGTAATATTTGCCCAAGTGGATGT
GCTGCACGTCAGAAGAAAGATATAATTGAACGACAGAGAGGTTAAATTCG
AAATTCGATGGAAAATGAGAAATAAAAACTTTACAGACAATCATTCGATT
ATGTTTTTGGTAACACAAAAGTGCTTTGTGAGTGGGATTTTTAGAGAGAA
CGAATTTTATTTTGTAATATAGGGAAATTTACCAGCCTGGTCATTTGCTG
ATTTTTGAACACCTTTGATGATCTTTTCATAAGATGTTTGACCCCCTACT
AAAGTGTTTTTGTATCTCGTAATGAATTGAAGAATGTGGCCTACCTTATT
CCTTGCAACCACTCTGTTTTATACCTCTACTACCAATAAAGTAAAAACTC
AAGTTGCTAGTGACCTTTTCTCAAGTAAGAAAAAGCGAGATTCTAATGCC
ACACCGTGTAACTTATAACGGAAATAATTTTTAAGCCATTTTCTACATAT
TTACCTCATGCACTTTTGCTATTTGTGAGGGTTTTTTTTACAGCCATCTC
GCTTTCTCGATTCACAAACTTGAAAGTTTTTGACGACTACCCTTTAGTAA
GTTTAAGTGCGTAGATTAAGAATTTTACATAAATGGTTTGGTTGTTTAGC
ATGTATTAGGGATCGATTAGTTTACGATCTATTATATTTTAGGCTCAATT
TTAAATTAATGTTTAGATAACTATTTATTTTTAGATGTCTCTAAATGTTT
TTTGAATATGTTATAGTATTATTTTATTCGTGGAATTTTTTATAAAAAGT
ATTACAGTTGAATTTTTGATAAAAGAAATTCTTTATAAAAGTTGAAATTT
TC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_043912XLOC_043912Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1575043694:863646..863835TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1575043694:863646..863835Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1575043694:861807..863221TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1575043694:861807..863221Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1575043694:858684..860538TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1575043694:858684..860538Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1510915933:863646..863835TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1510915933:863646..863835Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1510915933:861807..863221TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1510915933:861807..863221Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1510915933:858684..860538TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1510915933:858684..860538Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1491911889:863646..863835TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1491911889:863646..863835Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1491911889:861807..863221TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1491911889:861807..863221Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1491911889:858684..860538TCONS_00070563-exon-scaffold_56-1491911889:858684..860538Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_56supercontigscaffold_56:858684..863835 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0	0	0.118453	0.943565	0	0.174973	0.819051	0.460761	0.627303	0.312088	0.302492	1.66799	1.80965	1.05696	0	0	1.20638	0.709005	0.552223	1.06345	0.0736976	0.384612	0.14206	0	0.00103104	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00070563 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top