TCONS_00069780 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00069780
Unique Name	TCONS_00069780
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1117

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_508:112310..124281+

transcript sequence

>TCONS_00069780 ID=TCONS_00069780|Name=TCONS_00069780|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1117bp
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gtctttctttgaagGTGGTTTCGAACCCCGCACAGTGCGATGATGTGGAT
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ATATCAAACAACATGCAGTCAATGCTATGGAGACCAGCCCTAAAGAGAAG
AAGAGTGAAACGGAAAA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_508:112310..124281+

Legend: exon

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>TCONS_00069780 ID=TCONS_00069780|Name=TCONS_00069780|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11972bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_508:112310..124281+ (Clytia hemisphaerica)
GATGGCTCAACGGACAAGCAATAAGGCGCTGTTGGTTTCCGAatccgaag
gtctttctttgaagGTGGTTTCGAACCCCGCACAGTGCGATGATGTGGAT
GGTAAAAATATGATACAGGTATGAAAACTTAGTCAGAattgagaaactaa
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TTTGACATGTACTTTTAATATTATAGTGATTAAATGATTCATGATGTCCA
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ttaatttgttgagagctttccaaaaatatacaacagtctcctcttttctc
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gTTTATGATTTCCTTACCCCttacctttccaaaaatgtataacaagtgct
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TTAAATCCGAGCTAAAATACTGTTTGTACAAGTCAAAAATCCTGTACATA
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AGAACATTTTGAAAGAGTCTTGACGATTTTCTAAGAATTGAGATAATCAA
CTTCAAGGGTTTAATTTCCtgataatttttgaacaaaaaacgTAGGAATT
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TCTACAAAATTATATACAATTCTAATTGACAGAAAAAACTGATGTGGACC
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CTGATTACATGCAAAACTTGAGAAGTTAGGATAAGGTTTAGTTTTATTTT
AGTTGGGGGTCGATACTAAAATTATGATATTTAGTGGTACGTGATGGTAT
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taaaaaaaaaagtgtagtctAACAGGATCACTCacttctacaatcagtgc
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GGGTTAACAGCCAAATAATTCAAACGATATGCTTTTTCTAATATATGGTC
CATGCACCGCAAACTACCTAGGAAATTATATTCCAAAACATTTCGggcaa
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GAAAATTGTTCGTGtggaaatattgatttttgatatCGCCACAATAcata
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TGCAAATATGATATTTAAAAATAACAACTTTACAATAAAAAGGTAGTATT
CTGATAACTATTAAATCTCTTTTTATAGACCTGTTTAAAATGTGGAACAC
CTTTTATGACATATTTTGGGACTGGCTTCATTAAAGGAAGGTTAGCGAGG
AGACATTTAACTTCATTATCTTTTCTTACTATAATTgtaaaaaaacatta
ttaattatTTAAGGCTGTAAAATGAATGTCCTTTGTCATATTGCAGATCT
CATTGCAGAGTTTGCGCTTCACCAGTTTGTGTCACCTGTATCGTGGTTAT
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ATGCTTTACATACTTTCTCTCCAGTTTAATAGCNAGTTGTTTAAGTGCAG
TTTTACATACTTTACATACTTTCTCTCCAGTTTAATAGCACCAGAGATTA
CTTTAGGATGGTCTGAAAAATAAACTCTTGAAAAGAGGAATGATGAAGAA
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TGGTTCTTAACGTTATTATTATATCAAACCAACATTTATATCATAATCCA
AAACAATATATGTAAAGCTTCATTAAATTCATTCGTTTTACAGAattctt
tacttttttatttcaggttTAGACCATGTGATGTTGACGTTGTTTAACAG
TGGGTGCAGTGTGGACAGTGTTGGTATGCTTGTCTTCTAACCGTACTCAA
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TTATGCTGCAGAGGGAGGCTATTTACAGTGCATCGTTCTCTTGTTGGTGA
GTGTTTTCCTTGACATACAAATTTTCTCTATCTAAACTATATCATCACTA
TCTACATACTTACATAAGTTAAGTAACAGCTTTTATCTCTCCTTATAGCG
GCTGAGTAGAAGAAGCGTCAGACCTTTTTATCTGTTATAACCTCTTGTGA
ATTTTAATCTTTCAGGAAAAAGGTGCCAATATCAATGCAAAAAATAATGT
AAGATTTTTAgacagatttttttatttgtgcttctaaaaataaatttaat
gaaaGGAAGAATTCAAACAGTTTTTACCGGAATCCTGAAATTGTATTCAT
TTCTTTCTGATAGTCGTCCATTTTTAATTTATGAAGACTGCTTTTAAAGG
ATATATGTGGTATTATACGCTTTTGCACTTGACAATAGGTTGGCTGGACT
CCATTACATGCAGTTTCTTGGtaattatttctaattttttaataCCGTTA
TATTCACCTTAGTGATAGTAAATAATTAATCTTAATCTTGAAAGAATCTC
ATCAGTTGTTGTTTATTTATATTAGATTTTCTTTTCTATCTTCGAATTTC
AGGAAAGGCAAATTAGAAAATTACACTGAATGTGCCAAATACTTGATCGA
GGTCggttattgttattttcttatatttatTTGAGCTTGTTTTTTAACTG
TTACTATTAATTGCAGTTAGACCGAAAGTAATAATAACCCTCAAATAAAG
ATGATATCTTTCCATCTTGTATTACGTTAAAAACCCGAAAAGCTTGAATT
CACCGATCGTTTGGCTCTTGCTCGTTGTAGACCTTAATGTGTAAGAATAG
GAGCCGGCTTAATAATTTATTTCTCCTTTTTACGTTAAGATGGGAGCCGA
CGTGCTTTGTGAAAGTAATACCAAAGAGACAGCAGGCGATGTTGCACAAC
GATGCCATTCCAACGCTGATCTCGTGCAAATTCTCAAAGCTGCAGAAGGT
TCCTTTGATTCTTTTCACAGTAATAGTATTACAAactcaaaatttacttt
ttcaaacGTGTAGAAACGCTTTACAAATATGTATAAGGCTTTTTCCTGGG
TAACCAAGCGTAACCAACTAATTTCCAATaccgcaaaaaaaaacaaaaaa
acagtgGAGATAATAAACAGTAATCATTTATCCATTTCAGTGGAAGTTGC
CATGAGAGAAGTTGGACGGAAAGTAACAAATTTATTAGGTAAATATGATT
GGCCAACACTAATGCATTATCATCAGATGTATCAATTGCAGGGGTATCTG
ATTTAACATTTTCTGCGAGAGATTTATCAAATCGGCATTCACCAACTAGG
TTATTTTCTTATGGAAACTAACGCAGGGAAAGTGGttctattttgataaa
aatggatgttttagaaaatcatgaacaaaaaaaataattttgtaagCAAC
TTATTCTGGTAAGAATAAGAATCACACAAGTACCTTTTCATTTCTCTTTC
AAATACCAGCATCAGCACCTACTTTGAAAGAACAACAATTTTGTCGATTG
CTGTCCACGTTGCTTCGTTATATCAAACAACATGCAGTCAATGCTATGGA
GACCAGCCCTAAAGGTATGCAATAAAATTCTTTCTTCGTCTCGGACAGCA
ACAGTGTCTTTCTGGATGTTCATTATATCACACTTTTGCTTATTTTTCAG
AGAAGAAGAGTGAAACGGAAAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_043453	XLOC_043453	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_508	supercontig	scaffold_508:112310..124281 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.500306	1.05948	0.88689	1.17533	0.430969	0.314752	0.782847	0.670281	0.212852	0.588917	3.87383	1.20888	1.72355	1.20816	1.00114	0.648445	1.21141	1.28835	1.18262	2.90933	1.73894	1.76586	1.06516	1.49965	0	0	1.46039	2.00954	2.28056	2.58822

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00069780 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00069780 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00069780 (transcript) - C. hemisphaerica