TCONS_00069154 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00069154
Unique Name	TCONS_00069154
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1275

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_495:149360..157809+

transcript sequence

>TCONS_00069154 ID=TCONS_00069154|Name=TCONS_00069154|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1275bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_495:149360..157809+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00069154 ID=TCONS_00069154|Name=TCONS_00069154|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8450bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_495:149360..157809+ (Clytia hemisphaerica)
CGACCCACCTTTGAGAATAGACGCTCGAAGGATTTTTCTCGCTTTTTTGC
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TTTCAGCCTGCTGAATTATGGGACTATCCTAACGGTCACCATTTTCCTTG
CATGGAATTCTGGGAATGAATtaagcaaaaataatttattagtttttttc
aattttgtaaatagtatacaatgatggtgttacatcaaaccaaaatcaaa

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_043106	XLOC_043106	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_495	supercontig	scaffold_495:149360..157809 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0	0	0	0	0.0589673	0.451548	0	0	0	0.06896	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00069154 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TSSK6 (Testis-specific serine/threonine-protein kinase 6 OS=Homo sapiens GN=TSSK6 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 109.383 bits (272), Expect = 5.708e-27
Identity = 76/247 (30.77%), Postives = 120/247 (48.58%), Query Frame = 1

Query:  175 HNDQVAIKVMPTSRGMAPIIMEL--NAMNLLKGCQN--VVQMLDFFQGEN-HCYLVMELCKEDLMTTLNERMHTKPNI--REIFTQTLNGVHQCHLKSIAHCDLKLENVLIDHD-GAVKITDFGLGMIPSSPGNGCQKFCGTPEYMAPEVLRGYVGFDNTPYDPFKADMWSLGAILYAMLTGKF---------LP------INWSKDLFVSDELHDLLTKLLNHDPASRPSTSEIINHPWLTPSPSA 846
            +   VAIKV+   R     + +     +++L+G ++  +V + +F +  N   Y+VME    DL+  + +R    P +  R++F Q    V   H   + H DLK ENVL+  D   VK+TDFG G       +    +CG+  Y +PEVL G       PYDP K D+WS+G +LY M+TG           LP      + + + L +S+    L+ +LL   P++RPS  ++  + WL    S 
Sbjct:   34 YKGTVAIKVVDRRRAPPDFVNKFLPRELSILRGVRHPHIVHVFEFIEVCNGKLYIVMEAAATDLLQAV-QRNGRIPGVQARDLFAQIAGAVRYLHDHHLVHRDLKCENVLLSPDERRVKLTDFGFGRQAHGYPDLSTTYCGSAAYASPEVLLG------IPYDPKKYDVWSMGVVLYVMVTGCMPFDDSDIAGLPRRQKRGVLYPEGLELSERCKALIAELLQFSPSARPSAGQVARNCWLRAGDSG 273

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00069154 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00069154 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
TSSK6	5.708e-27	30.77	Testis-specific serine/threonine-protein kinase 6 ...	[more]

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TCONS_00069154 (transcript) - C. hemisphaerica