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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00067363 ID=TCONS_00067363|Name=TCONS_00067363|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2694bp
TAGAATTGAGCAACAAAGTTGACCAGCTATCAATGGAATCAAAATCTGTA
AAGGACCTAACAAAGACACATTGGAACTTGCCAGAGCCTGTTTCCATCTT
CTTTGGACGAGAAAGTTTGATTAAATCCATTCACTTGAAACTTCAACAAA
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GAACATATACAAAGACAAACATTTTCTCGAATATGGCACTTTAACTTGAC
AAAAAGGAATTGCTTTTTACTTTACAAGAAAGGAAATTACAACGAAGCGC
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TTCCGAAATTTCGAACGATTATTTGCCAAATTCCATTTTTTCGG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_469:540596..552172+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00067363 ID=TCONS_00067363|Name=TCONS_00067363|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11577bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_469:540596..552172+ (Clytia hemisphaerica)
TAGAATTGAGCAACAAAGTTGACCAGCTATCAATGGAATCAAAATCTGTA
AAGGGTAAAGCTTTAGctatgatttttattttctctatccacgcttatta
ttatttttattatgtaAAAGGAATGTTGCTGAATAAAAAGGCCTTTTCTG
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CAGTGGAATCAAAATCTGTAAAGGGTAAAGCTTTAGCTATGATTCTCATT
TTTACTATCCATTCTTTAACTTAAAACTCGCACCGATGAACAATACCGGT
AAACCTTTACAAATTCAATCAATCCATTCAAAAAGAAATGACCTTCTTTG
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TACAGCCAGCCATCAAGAAATCTCCATTTTAGCGAATCGTTTACAATCAT
TACCTTTAGCCCTTCACCAAGCCATTTGTTACATCAGAAAACATAAAGTT
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TGTTGACAGTTTGGGATTTGGCTTTTGCGAAGATTCGGGTCGAATCAAAG
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ATGAAATAATCTCACTGCTTGGTCAATATTCATTGGTCAACGAGTGGAAA
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TGAAAAAAAACAGTTTGTTGAAGATGAAAGTCCGTTGACACTGCTTGAAG
GTGTGCTTTTGAAAATTGAGGGCTCCGTTGAAGATTTGGTTATAAATGCT
GACCAGGAGGATTTATGGTACATTCATGTTTTTCATTTGATCATGAGTGG
TGCACTCAAAACTATCAACTTTGATGTTACCCAGGTGTTTACTATCGCCG
TAGGCAAAATAGAGATGGAAAAGTTGTACCAAATTTCTGAATTTCTATCA
AAAGATTTGTTAAAACAATATAGGTGGTCTCGAGATGTGGAAACTTTTCA
CATGTTATTGCGTGTTCATTATCGTTTCATAGACGCGTCAATTAGATTAG
GTTTACTTAATGTGAATGAAATTATTGCTTTTGAAGAAGAGTTTTCCTCA
GAGCTTGAAGAGCATTCTGAAGAAGTTTACTGGTGGAAGTTACAGCAAGC
TGAGGCATATAATATACATGGACGAGTGCAATGCAATGATATCGTTCAAA
AATTATTCAATGAACTGGTCAAGAAGAAAGGATTTGATGATATTAAATTA
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CGTTGACACAAATAATCTCTGTGACTTGGACTTTTTGGTTCATTATAATG
CAAAATGTGATTTATACATCAAGAACGGTTGCTTTGATTTGGCTGAACAA
GTCATGAAGAATTGGAAAGAACATTTACACAGAAAACAATTTTCTCGAAT
GTTGCActttaatttcacaaaaaagaatTGCTATTTACTTTACAAGAAAG
GACATTACAACGAAGCATTGCTAGCTTGCGATGAacttaaatgtgatttt
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CNAAATTTGTTATGAGCATTTCTCTGACAATGACAAACCATGTATTCCTT
AGGGAATGGCTTTGGACAATGAAGTAATGGTGAAAAatagacgcgactat
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ACAACTACATCAAATATTCGTGCAATGCAAACAAAACAAGAAACACGAGT
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GAGATCAGTGGTTGGATTGCAACCTGCTGGAGGATGGAAAATCAAATCTC
TTCAACCCAACGATCAATCNTGTGTTGGTTATTTCTCGAATGGTCACCAA
TTTGGATCAAGAAGTGGATTTGTTGCGAAATGAAGCGAGCGATAATTCGA
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GTCGCTGTGTGGTATCTACCTATTCttaacttcagttgagctagaatctg
agaatgtctgtctgtgtgtctgtctgtccgtctgccccaaaactttgggg
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GTTCGACTATATAACAATTAACTATAAAAACACTCAACAATCgattcatt
ttttcaatgaCACATCAATGGACAGGATATCCATTGCTTCAAATAATTTA
TTGGTAATTGATAATTTGATTATGAGATTTAGGAAGCCTAGATAGGATAC
CATTTTAGCTCCAATTCTAATCAGTGGTGAAAACATTAGGTAATGACTCC
ACACGATAGCCTGATAGTAGTTCAATTTCCATGTGTTTAATTTTTATCTT
ACAGTGTTTCTTGAAACTAAGTGTCCGCGCGATAAGCCTGAAAGTACACA
TGCAAACAATAGGTtacaaagtctaaaaatatcaaatagcCTAGAGATTG
TGTATATACTTTCTGGCACTGGTATAGAAAAATCAATATATAAAAATCAA
AGTTGATCTAACAGTTTACTAAAAGGCTATTGTGAGGagtcattacgtaa
tgttttNTGATCTAACAGTTTACTAAAAGGCTATTGTGTGGagtcattac
gtaatgtttttgTCGCCAATCATAACTAGGTTTAAATGGTATCCTAACTA
GCAAAACGTCTATTACATTCAATTGATCGATTATTCAACGATTGGCTCTA
AGATGATCTACAGATCGATTGTTAAACGGTTGCAAGTTCAATTCATATTT
CGATCAATATTAATATTCAAGATTTTAGAATAGGCTCAATCACCGTTAAA
TTATCGATTGGAAAATGTATCGATTGTGCGAGTCTGGTTTATAAGAAATG
GAAGTCAATAAATATTGATCAACCTGCTCGAAATTCTCAAAATGTGTAAC
TCCACGTTTCAATGATATTTCTACCGGGTGTCCCGGAAAAAAGTccccct
ctttgaagtgaattttctcgagttgtATGAACTTTGAAAGCATCAATTNc
ccagaaaaaagtccccctctttgaagtgaattttctcgagttctatgagC
TTTGAAAGCATCAatccttttgcattggaaaaaggaacgataaacttaaa
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ctaaatgctaaaaaattacttttcaaaaaaatcgaaacaaTGCGAAAAAT
TAGGGTTTTAAGAGTCACTTTTTCGCCTTGTCTCTCTAATGGTAACTTTA
TTCTCTGTTAGGGCCGGTTTTCGCACCTCCGGTTTTACATACTTTTGACA
TTCTTCAACCCTAGTACTTCTTGGTTgtttaatttgattatttcatcGAT
GAATAATCAAACACTATACCAAATCGTCTTGTCTATTATTGAAATAAGTA
TCTTGTTCTTTTTAATAGAATTGAGCAACAAAGTTGACCAGCTATCAATG
GAATCAAAATCTGTAAAGGGTAAAGCTTTAGctatgatttttattttctc
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ttATGATTCTCATTTTTAATATCCATTCTTAAACTTAAAACTCGCACCGA
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TGACCTTCTTTTCTTTGTTGGACATAACTTTagggaggtcctataaatta
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CTCAttagatttttgtgatttttcgcACAATGATTTGAAATGGTAATTCC
CAAAATGTGGTGGAGCCCGactttcgaaaaagaaaattctCCCAGTTGCC
AGATCCTGAAGTGTcacggaaaaaagtttttcagaattttctggagaatt
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ATCAATGTGTCTTACTTACTTGATAATTTCTTTATCGTCGAGATGCCCAA
AGCTTAGCATCGTTTGGTTTCCTAAGAAATCATCTTTAATCCCGGaagga
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CTTCACTATTTCGAGAATATCAGGTATATAAAGTGTCACTTGTTGCACTT
TTGAACCTTaagaaatatttatttgtaTTCCTTCCAGACCTAACAAAGAC
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TGATTAAATCCATTCACTTGAAACTTCAACAAAATCAAGCAGTTGCTTTG
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AATTTGAATTAAGTGAAATCATCAATCTGCTTTGTCAATATTCATTGGTC
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CCGATATCGTATTGAACAAAAACAATTTGTTAAGGACGAATGTCCGTTGA
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GGATTAAATGCTGACTGTGAAGATTTATGGTACATCCATGTTTTTCGTTT
GATCATGAGTGGTGCACTCAAAACTATCAACTTTGATGTTTCCCTTGTGT
TAAATATCGCCATAGGCAGAATGGAGATGGAAAACTTTTACCAAATTTCT
GAACttcttttaaaagttttgtttaaaCAATATAGGTTGTTTCGAGATGT
GGAAACTTTTCACACGTTGTTGCTTGTTCATCATCGTTTCATAAACGCGT
CAATTAATTTAGGTTTGCTTAATTTGAATGagatttttgcttttgaagAA
GAGTTTTCCTCAGAGCTTGAAGAACattttgaagaagtttaccAGTGGAA
GCTACAGCAAGCTGAGGTATATAATGTACATGGACGAGTGTCGTTATTCA
ATGATATCGTTCGAAATTTATTTAATGAACTTGTCAAGAAGAAAGGATTT
GataatattaaattaaaattggcGAGACATCTCACTGCAAGGGATGTTGA
AGTTTTGTTGATTTCCGTTGACACAAATAATCTCAGTGACGAGGAATTTT
TGATGTATTATGATGCAAAATGTTCTTTATACATCCAGAATGGTTGCTTT
GATTTAGCTGAACAAACCATGAACGATTGGAAAGAACATATACAAAGACA
AACATTTTCTCGAATATGGCACTTTAACTTGACAAAAAGGAATTGCTTTT
TACTTTACAAGAAAGGAAATTACAACGAAGCGCTTCTTGCATGCGATGTT
CTTAAACCAGACATTGTTTTTACTGGTGCAAATGTTTTCATTTGGGAAGC
AttgattttgatcaaattaGGAAAGTTCAACGATGCAGAAGTGTTACTTG
ATGACCTTGACCAACACAATAAGATTACCATTGAAATCAGTTCATACCTG
AAATTTCGAAAGCATGACTTTGAAGCAGTAGAAAATTTCCTAATCGATGG
GGAAGATGAGCGTCagtcaaatcttttgttttcggTAAAGGAATATGCGA
AACTGCATCGACAACTCAAAAATAATAAATCGAAAGAATTGGTTGAACAA
TGTCTGCAAATGAAGAAAAGTATAACTAAGTTCTTTGAAGAAGATTTAAA
TTCGATTCGTTTTTGAAATGCAATTTTATCAAATTGTGATTAGAATCGCA
TGTTTGGGAATTACTCCAActtttggctaaaatttttaACTGACTGCAAT
GTAATTGTTGTATTGACTTGGCCTGGAAAAGCAGAAATGgaagtgttttt
attttaattatgaAAATATTCTAAGGGGtgttttcagggggtacccgatt
ccgccaTTCGGTCTAAATTTTGTCCAATTTCTGTCACACCGTCAAGTTCA
AGTCTGAAATTCCACCACCGAAAATTTCCAATGAAATTGAttcttttctc
caaaattccagaattttgactttttggtgTAAATTCCGAAATTTCGAACG
ATTATTTGCCAAATTCCATTTTTTCGG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1491911889:540596..540649 | TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1491911889:540596..540649 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1510915933:540596..540649 | TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1510915933:540596..540649 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1575043694:540596..540649 | TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1575043694:540596..540649 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1491911889:549533..552172 | TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1491911889:549533..552172 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1510915933:549533..552172 | TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1510915933:549533..552172 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1575043694:549533..552172 | TCONS_00067363-exon-scaffold_469-1575043694:549533..552172 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_469 | supercontig | scaffold_469:540596..552172 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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