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transcript sequence >TCONS_00067187 ID=TCONS_00067187|Name=TCONS_00067187|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1984bp
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TACCTTATTTTCAAACCCTTGGCTAACTTTCAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_466:229307..246613+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00067187 ID=TCONS_00067187|Name=TCONS_00067187|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17307bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_466:229307..246613+ (Clytia hemisphaerica)
aaaaggtaaacaaattataatcaatgttttaaatttgttttcattttatg
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GGCTCCGTTACAATTGCATAAAGATTCATGATATGTGATTGATATGTGTG
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AATTATAATGAAGTGATTCACTTATGAGTGTGATTGCTTTACCATATAGC
AGTCATACATGTATCGTTTGTAAAAATCTAATTTGTTCCATATTCGAATG
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AATCCTATAAGATTTTATGAGATTATTTTTTCAGGAGTTGTTTTATCGAT
TATCTATCAAGCAGTAGCAAATTTTAGCCTTAAATCCAAGTTCAACCTCA
ATAGTTCAAATTGATAGATCTATTAGTCCCTTTACGTATTTTTTACTCGT
GTTAATAATACTTAGAGCCTTGAgtaatttaaactaaaaaaatgcatttg
gtcataattattataatttgCTGAAGCACAGTTTTcatgtttaatttttt
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TTCTTTGACACTGTTTGTAGACTTTACCTGCACATGAAAATCTCGGTTTA
CTATTTTCGAATAGAACAAAAGCAGTGCAGTCACTTTGATCCTTGTCAAA
TCTCAGTCGCTCAGCGTAAAAAGCCTCTACTCAAAAGAAAGACATTTTTG
TCCCTGTCACTTCTGGCTCTTGAGAGATATTTTGGTCTCATATTAATTTC
CAAGCACACAGTAAGAAATTTAATCTTTTAAGCTAATAGAAAAGGTTTTT
AATATTGCCTTTCAGAGTAATTTGAAATTGTTCTAGattaataaaaaaga
agaaatacacAAAAGATGTTTCAGATTTAGACCCTAAACTTTTAGGACCT
TTTTACAGTCTCATAGAACTTCTTACATAAAATAATATGCTAATAATATA
ATGAGAACCACTCTCTATTGTGATTTTGAACTGACAAAACATAACTGAGA
TGTCGTGCAGCTATTAGGTGTGCTAAATATAAAAGAGTTTCAATGCCATT
TTTTTATTGTCTTAATCCATTAGCGATTACTTGTCATCATTATTGACAAT
TATAAGTCAATTACAATAGTTTAAAGATAATTACTGTTGTTGATGAGAAT
ATTGTATTTTGAAGGAACTGTTTTGCTCATTTACTCAATGAATAACTCCT
TTTTTTTGTCAATCTGCTTATTTTTCACATGGTTGATGCATCGTCGAAAT
GGGCGTTGTTTGTATTTTTTGGGAACTTTCTTTCTTTACAGAATTCGTAT
GCCATTCCAAAGCTGTTTGACTTACTAAAGTATTATATTTAGACTTATAT
GTACTGTACTTTTTGTCTGAAACCTAGATCCACTGAtttctataatttga
agatAGAAGTATCGGTTTTAGAGTGTTTTTTTCAACAAGCAGTTGCTTGA
ATTAAAGTTAGTGACGTCTAAATAAATCTTCAAATTCTGTGATTTAACCT
TGGAATGATTTCTTTGCTTTATTTTTAGGCCAGTGAAACACAAATATATA
CGTCATAATAAATACGACACCCAAATTACAATAACACTAAATGGTGGGTC
AAGCATTTACCGATGATGTCATCAATCCTGGCCGCTCGTGTCCGGATTTG
ACCACAACCGTGGAAATGTCCGAGGTTAGTGACGTCATCCAAACACTAAC
GGATTCAGATAAAATTGTCACTTCTGGCTCTATAACGCCGCACTCAAATG
GGACAGTGGCAAAAAAGAGGCCGGACTTGGCGTTAGATTTGAGTGATATT
AGTTTTACGGAACCAACTCCCGGGCAGAAATGTTTCGGTGAAAAATCAGA
TGTGGAACGAGTGTTAGACAGTCGTTGTCCTTGTTTACAATCGAAATGTC
TTCATTTATCTGGAACTTTCTTATTAATAGCAATTGTTGGTATTGttgtt
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CGCCGATGGATGGGTCAGCGGTCTATTGTTTATACTAATGTTTACACTTG
TATCGTTCCCAATGACGTGGGGTTATATCTTCTTAAACGTGGCTGCGGGT
TATTTGTATGGCTTTCTAATGGGTTTAGTCACCGTAAACGTATCAGTTTT
GGTCGGAGTTGCAGTCTCCCTTGTCGTCTGCCGTAAAATTATCCGTGGAT
TTGTGACGTCAAAATTACAATCAGAACATTTGAAAGCTATCATAAAAGTG
GTGGAAAGTCGACGTGGTTTCAAAGTTCTTGTGCTAACCCGTTTGACACC
TATCCCGTTTGGATTGCAAAACGGTTTATTTGCTGTAAGTATTTCTTTCC
GTTTTTCAAACAACCAAAGTCTTCCTCTGTTATAGAGAGATAATATATAA
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ATTTGTTATGAATGGGTGTGTGTTTGTTTTATCTCTGTAAAAttactaca
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gtttgtgtgtgttatcgctaaaatataagaacgtcttccatcacacaggc
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TAATCCCTAAATGAAATCATTGAATGAGAAAAATTAGATAGAATTAAttt
taatatgaaaatatttagattCTTACCTTATTTTCAAACCCTTGGCTAAC
TTTCAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1491911889:229307..229311 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1491911889:229307..229311 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1510915933:229307..229311 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1510915933:229307..229311 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1575043694:229307..229311 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1575043694:229307..229311 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1491911889:243235..244040 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1491911889:243235..244040 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1510915933:243235..244040 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1510915933:243235..244040 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1575043694:243235..244040 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1575043694:243235..244040 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1491911889:245441..246613 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1491911889:245441..246613 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1510915933:245441..246613 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1510915933:245441..246613 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1575043694:245441..246613 | TCONS_00067187-exon-scaffold_466-1575043694:245441..246613 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_466 | supercontig | scaffold_466:229307..246613 + |
Blast
BLAST of TCONS_00067187 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TMM64 (Transmembrane protein 64 OS=Homo sapiens GN=TMEM64 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 200.675 bits (509), Expect = 3.133e-57 Identity = 113/241 (46.89%), Postives = 161/241 (66.80%), Query Frame = 2
Query: 344 DSRCPCLQSKCLHLSGTFL-LIAXXXXXXXXXXRRYLKDCMQWLENADGWVSGLLFILMFTLVSFPMTWGYIFLNVAAGYLYGFLMXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCRKIIRGFVTSKLQS-EHLKAIIKVVESRRGFKVLVLTRLTPIPFGLQNGLFAITNMPLSKCLLGSFIGLLPTQALNAYLGSTLRSMEDVVHSNSAGGYLILGVQVGISGFLMWYVIRRARYELNKACLPNENEFD 1060
+ RC CL S C S + ++A + + RRYL + W+E+ D + LLF++ F +VSFP WGYI LNVAAGYLYGF++G+ + V VL+G ++ VVC++++ +V +++QS E L A+I+VVE G KV+ L RLTPIPFGLQN +F+IT++ L L+ S +GLLPTQ LN+YLG+TLR+MEDV+ S GY + +Q+ IS LM+YV+ RA+ ELN A + E E
Sbjct: 108 NWRCCCLGSTCWCRSLVLVCVLAALCFASLALVRRYLHHLLLWVESLDSLLGVLLFVVGFIVVSFPCGWGYIVLNVAAGYLYGFVLGMGLMMVGVLIGTFIAHVVCKRLLTAWVAARIQSSEKLSAVIRVVEGGSGLKVVALARLTPIPFGLQNAVFSITDLSLPNYLMASSVGLLPTQLLNSYLGTTLRTMEDVIAEQSVSGYFVFCLQIIISIGLMFYVVHRAQVELNAAIVACEMELK 348
The following BLAST results are available for this feature:
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