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transcript sequence >TCONS_00065605 ID=TCONS_00065605|Name=TCONS_00065605|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2194bp ATGCGTGGAATGTTATTGAATAACGACTTGCTGAAGGCTGGATTTTGATC AGAACATAAGAAAACATCTATTAAAGTAAATACCCATAATAACCAAAAGA ATTGAATGCAAGATGGTTTCACTAAAATTACTATTCACAGTGGCTTTACT ACACATTGTTATTGAAATGTGTTATGGCATGTGTGACCAGAGACCTTTTG GTGGGAAATTAAAATGTTGCacaaagaaagattcgaattgttTTGTCAAA GTGAATAATTCAAGAAGACGTGGAAACCAAAACACGATTTGCTATTGTGA TGATTATTGTAAATTCACAAATGATTGTTGCTCAGATGTTTCGAAAGTCA AATCACTATGCAGAAGACAGGCTAAAAACTGCGAAGTATCATCCTGGCAA GCGTGGGGCAAATGCAGTGCAAAATGTGGCATCGGTTTCATGAAGAGAAC ACGAAGAATCTTACAAACACCGGAGAATGGGGGAGAGTCGTGTCCAGTCC TCCGGCAAACACGCGGATGTAATGTCAACAGATGTGATAACACCAAAAAT AAATATAAGGCAGCTATAGTTTTACCAATCAACTTTCGCCGTGAAAAATT CGGTGATTACGGATACGAAAATATTTTACCAGCTATCAATGAAAATGATA ATAACGTCCAATCAGATTACATCAATAGACCCACATATTCATATTGTGTA CACTACCGTCACTCATACAAAAGAGATGCCTGTCAAAACACGTGGGCAGC CTCGTTTCAAACCTCGGTTCCAGTCTGCGTTGAGTGTCAATCACGTGTCA TGAACGGAGGGCATTGTCGAGGTGAGGGTGCTATTGGCGTTCGCACCCGG TGGAAGGCTTTGGGTGTTGCCCGTTGTCATGGTGATTGGATCCGTCTCGG TGATATCATTCCAAATTGCACgtgtaaagaaaagaaattcgccaattttg tttttgtgtaagGAAAAGATTTTGAATAACATCAACAATAGTTTCTAGAT TTGgtttagtttttttagaatATGACTTTGACCAAATGAAATTGTTGCTT GGTGAATTTTTAACACAGGAACAGTAAATATTGTATGGATGATAATGGCT GGTTAAAGTGTTCCATGAAAAAGAATAATTAGACTGGAGATTAATGAGCC GAAACGGAGCTTCagatgacagattgaatctagctaCCGAGAGAGGCAGA CACACCAAGTATCAGGTTTTCTAATCCTGGCCGAAACAATGTCCATTTAA CGTCCATGACATCCAAAAAGCGTttaatgaacgttgaaacaacatcgaga gaagaaaatgattgaatagtATCACAAAGTGAATATTCAGATAGATGTTT TGAATGCTTGCTAAAGACATTTTGCTATATCTCAGCAAGAATTTTCTctg aaaaagttttatttttacaaaataacatTTACtatattgaaattaaaaaa gttaacaaaTTTATTCTTTAAACTAAATCTTTTCTCACTGACATACCTTA AATTTTTCAACCCTGGAGCGTTTTGCTCCAATTCAGCTTTAATATTTGTT ACACCAAAGTCTTCCAGTAGACTAAGATTAGTCTTGAATTAAAAAGATGC AGCCTTGAGATCAAATTATAACTTTCTAAatagcatttttttataaaaaa attcatatttttgtgtatagaccaaaaaaaaattattttgtaataTAGTT TCAAACTCCACTTGTATCTTAGAGAATGTTTTATAACCCATATTGTGTTT GAAAAATATACTTTTCATatgtttttagaaattttcagtcGACTTTGATA GTTCTTCTTAGCtttacacacccctgtctcacagccccggtgggacttgt ttcctcagtggggataaaaattcctattgaaattccaatggggatagcaA TTCTATTGTCCAAAGGTTAAATAATCAGCAGGGTttgttttggagtacaa tttctaacactgaatttcgaatggtgatgaaatcaaagttaattttccag tggggctgaaatttcaggctatgatttttcagtggggctggggtcccagt gcgggtctgtgacacagggggtTTTTTTACTTTAGAATGAATTTTAAGTA AGGTCTGAAGAACTTATATAATGAAAAAACCATGTTTTAAACACCTCGCT GCAcagaaaaaaatgcttttaaaaatacttttttcggggggggg Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00065605-protein >TCONS_00065605-protein ID=TCONS_00065605-protein|Name=TCONS_00065605-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=282bp
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TACTAGTACAAATTGCCTCATTTGCTTGAAACATTACAAGAAAATTCCTT
GTTAATTTTTGTTCTTCTTTTGACAAAAATTTCATATTTTCAACCATTTT
TTAGCCATCAATAAGCTCCACTTTTAAGAATTCTAAGCCTCGTTGTAATA
TTGTACCTGTTCTTATAAATCACAGAACATTAGACAGCAGGATACAAGAT
CTCAAATGAAACTCTAATATGAACACTTTAAGTCGATTTCAATTTATGAA
GAAATCTTAAGTTGATATTTCGTCCCACAAGTTCTCACAACCTTCTTAAA
AGCATGTTACTGTTTTTTATGGTAATTGTAAATACACTTAGATACTCCGG
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TCAACCCTTCCTTATATTTTCTTCCACTTAATAATTACAACTAAGAGCTA
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GTTTGAATGAGAATTTAAAAACAATTAATCACTGCCTTTTACACCTATAC
ATTCAAATAACTCTTAGGTCATAATACCTCTATTGATCAGTGATTAGTAC
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GGCACCGTGTATTATATTACAATGTGATCTATATAAAAGTTGTGCTATTT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Position
The following features are aligned
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
Term | Definition |
IPR000884 | TSP1_rpt |
Blast
BLAST of TCONS_00065605 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SBSPO (Somatomedin-B and thrombospondin type-1 domain-containing protein OS=Homo sapiens GN=SBSPON PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 86.6557 bits (213), Expect = 1.898e-18 Identity = 66/257 (25.68%), Postives = 105/257 (40.86%), Query Frame = 2
Query: 212 KCCTKKDSNCFVKVNNSRRRGNQNTICYCDDYCKFTNDCCSDVSKVKSLCRRQAKNCEVSSWQAWGKCSAKCGIGFMKRTRRILQTPENGGESCPVLRQTRGC---NVNRCDNTKNKYKAAIVLPINFRREKFGDYGYENILPAINENDNNVQSDYINRPTYSYCVHYRHSYKRDACQNTWAASFQTSVPVCVECQSRVMNGG--HCRGEG--AIGVRT-RWKALGVARCHGDWIRLGDIIPNCTCKEKKFANFVFV 958
+CC +D CF + R C+CD C+FT DCC D + A+ C V W W C+ +C R R + Q P+NGG CP L + GC + + + + Y A + F +E+ + + + D ++ +C R W + VCV+CQ MN C G+G + G +T W+A+G RC G W ++ + C+C +F+F+
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The following BLAST results are available for this feature:
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