|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00065022 ID=TCONS_00065022|Name=TCONS_00065022|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2325bp
GTTGTGGACTCCTTTCTTCGTCAATTCAATATACGCTTTTCTCCAAGTTG
AAAAATGCTCTAGACATTGACCAAAAGGGCATTTCTTAAGTTGGTTCGAC
CCAAATAATGTTAAAGCATTTTTAGTCTTGAAATAAAGGTGTGGATGCTC
GATACCAAATTTATCAATAGTGATTGATATCGTTTCTGGTTTTGTGATCA
AAATTTCTTGGTGAAAAGACACTTTTAGAGTTGTTCCTGTGACTTTAGAT
TCTAAAAACCCTGAAGATTTGCCAGTATTAGAATCTAAATTTTGGATGTA
TTCGAATGTTCTGACGTTTGTTTTTACGCTTGTTTTCAGGTATATGAAAT
ATCTGCCAGGGATGATGGAAGCAATGTTGTTGGAATCAAGTTCTATCTGT
CCAAGAACGATACCAGAGTTTACAAAGACTTTGAAGATCATTGTCGGCCA
TGATTCGATAGCACTACTATCCACAAAACGTCTTTTATCCCATGTTGGAC
AATGACTTTGCACATTCGAATATAAAAGATCCATTGGAAAGCAACTTGGT
GTTACAGCTACATCAAAGGATAACTACACGGGTTATTGAACTCTTGGAAA
TTCACCTTTAAGTCACACCGTGCTCTTCCTTCACACCGATGTAATATACT
TCCTTTGACATCAGCTACACATCTCACAAAAACACGTGCTCTGCTACCAC
AAGCTTGACTCTGTTGTTGACTATCTCGTCCAAGCAATGCACTTTCGACA
TGTATTCTTTGATTTGGTGGGCATTGAATGTGGTATGTCTTTGGTATGCA
TATTGGAATCAGATGTGATGACCCATATGTTGGGGAAACTATgaataatt
tttaaacatgtttaCATAAGTCAGATAAATGAAATCTAGTTCAGTTGAAT
TCATTCTTCAAATGGATTGCCAACATATGTGGCAGGTATATGTTAAAGAT
TAAAGGTCAAATTCACCGTGTTATGCAGGGGAAGAGTAAGACCTTATCCA
AAGATATATAGCTATTTCTAGCTCCTAATGTTTATCACCTTCATGGTTTT
GCTGTATTGTCTTTGGGCTAGCTTACCGAAATGAGTCAAAAACACCCTTt
ctcttaggaaaatggtcaaaaatactcacaaaatggtcaaaataagaaca
tgtttaggcttaaaactcaaaaagttaataacatccgaaggctttaaaaa
ttttgggtgtgtttataaaaaaagcgtgtagtatgAAGCTTACcttttaa
aatgataaaaagcaCAATCCAGTAAACGATATATCTCGATTTTATTAAGA
TTAATGACAAATCCATAACCAAATTCAATTGAGCTGGTAAAACTTTTCTT
ATATTACCGAATCAAATAAGACAAGGATTTCAGTCCCCTCAATCAAGAAA
AATTCCAACAAAATTTTATGTCTTGGTTAACATATGCGGTTCATCTTTAG
TCCTTAGACTCTTTTTTATAGTGAATTCCAAGttcctttttcaaaacttt
tcttgAGACTATCTTTCAATTCTATTTGTACTTCTTCTTAAATTATTTTG
TGAAGGTGTTTTATTAGCAGTTTTTCTATTCGTTATTTGCTAGTCGTCTT
TCGCTGGTCGACGCAATAAAAgcttttatttgttttgtttctttgagATC
TCTTTGGCGAAAGTTTATTTAACAACATATTCTTATTAACTACCAAAATC
AATATAGAAGCTTGATTAGCGGCAAGAGAAAGATGATTAGAACAAATATT
ACAGACTCATATATCCCTTCCTTACACAATCGCTAACATTAACGTTAAGA
CCTTTTCTAAATTCCAATAAGATTTTCTCTCCATTTTTAACCTTCTACTT
TCCGCTATTCCTCGGAGGCCCCCCCCCCTACAAGGGTTAGAAAATGTCGG
GTATTTACGGACCGGGCCTCTCGAAAATGTAAATTCTTGcagaatctttt
ttataagaacatccaaattcttgaagccttcggatactcttaactttttg
tttcAAGTCAGAAATTGTTCTTAATACACTAATTCTCGCCatttttttga
gttattttgTCCATtgttctaagaaattgggtgtttaaagccttaaaatg
ttcttaacttgttcttggccatcgaagccttatgttcttatatagtttgt
tcttatattaaaaacgTGTAGAGAGAGACAAAATCAGCGAAACTGACCTT
TAGTAAGACTTTTCGACTTTTTGTAGCTTTTAAAGAGATTTGGGAGACCT
tttaaaaaagtgaccctttacgactgcacatacccagcacatgcaccctt
ttttataagaatactgtactttggc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_428:439711..446703+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00065022 ID=TCONS_00065022|Name=TCONS_00065022|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6993bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_428:439711..446703+ (Clytia hemisphaerica)
GTTGTGGACTCCTTTCTTCGTCAATTCAATATACGCTTTTCTCCAAGTTG
AAAAATGCTCTAGACATTGACCAAAAGGGCATTTCTTAAGTTGGTTCGAC
CCAAATAATGTTAAAGCATTTTTAGTCTTGAAATAAAGGTGTGGATGCTC
GATACCAAATTTATCAATAGTGATTGATATCGTTTCTGGTTTTGTGATCA
AAATTTCTTGGTGAAAAGACACTTTTAGAGTTGTTCCTGTGACTTTAGAT
TCTAAAAACCCTGAAGATTTGCCAGTATTAGAATCTAAATTTTGGATGTA
TTCGAATGTTCTGACGTTTGTTTTTACGCTTGTTTTCAGGTATATGAAAT
ATCTGCCAGGGATGATGGAAGCAATGTTGTTGGAATCAAGTTCTATCTGT
CCAAGAACGATACCAGAGTTTACAAAGACTTTGAAGATCATTGTCGGCCA
TGATTCGATAGCACTACTATCCACAAAACGTCTTTTATCCCATGTTGGAC
AATGACTTTGCACATTCGAATATAAAAGATCCATTGGAAAGCAACTTGGT
GTTACAGCTACATCAAAGGTAATGTTTTTAGTTGTACAGTTATTTCTTGC
TTCAACTGttaatgaatatttttcaatcgtgTCTGCTTTGATCGGAATAA
TATTGCTTAAAATGACTCCTTTGGATTTGTCGATGCAGAAATGGGTAGAA
ATTTCTTTCGGCTCACATGGTATACCTTTTGGTCCATTTCTCGATAATAA
CatctttttcaaagcttcttGGACCAGGTTTTGGCTTGTGTTATTATATT
TCCAATTTCCGATTCTGTCAACCTTGCGAGATatgaaatttgaataaaat
tatcGTATTTATAGCCAGTTTAAACTGGCTCGGTTTCGACTAAAACGCGG
TCCCGTAGATTCAGAAGGTAACCCTGTGTCAGGAGTTTCAACCGGATGGT
ATTTCTCGATGCTCCGGTTGTATTTAAAAACACCTGGTTGGATTTGAGAT
AAAAGATTTCACAGGAGCTGATTTAGACTTGACAATCTCGAATTAATTTC
ACTGGGGAGCATGAAATTCTTTTTATTCTGCATGGCATGAACTGCCAAAA
ATCTTAGTTCGATTATCtgaatttgttatattttattttcCTGATCAAAA
CTACCATAAAggaatttatatttttcagtgGGGAGGATTAGCATGGCCTA
GGTGCCTAGGACGAAATGATTAATGTACAACGAAAGAATTTGACGGGAGA
TTCAACTGATACGGGGTTGTTAAACTCAGCAGCGTAGACATGGGTGAAGA
ACGATCTGCGTAGGAGAGCAGGTTTTTACGACAAAGCACTTACAAATTCG
TGGTACAAAAACATAATTACTGTGTCGtttaaatctgctctcctaagcAA
ATGTTCCTTCAGTTAGGGCTTACCTTCAATAAATCATATTTGTAGTTTGA
CGaatcaatttcttcattttccacTGTTAACTTTCCAATATATCCATTTT
TCTGTCCATCAATTTGAATGAAACTTGCATTTTGATCATAAGGTTTTTTC
CCGATGATCAACTTGATGGTCTCTTCTTTACATTTTTGTTTGGTAGTGTG
AAATTGTGTTGTTTTCAGGGTAGTTGGAGGTTtggctgttgttgttgttg
ttgttgttgttgttgattgaACATCTGAAAAAAGTGCTAAATTACTTAAC
CCCTTCACTCTGTAGACCTTTTGTACCAAACTTGTATGCCGTAATATAGC
TCCTAAAATCTCTTGGATTTAGAGATAAAGACAAGCAGAGTTTTAATCTG
AGATCAGGTGTGTTGTCTTTCAGAGTAGTTGGAGgtttggttgttgttgt
tgttgttgttaattGAACATCTAAAAAAAGTGCCAAATTGCTTAACCCCC
TTCACTCTTTTGGGAGGGCTAAAATCCcggattttctttttataaaatag
ccCTTTTAGTCTCAAATTTTaaacagtgattcactgcaatGTTCCTAATG
CTAAAAATAGATCATTGGTAAATAGACATTTTGAAAACTGTATGTTAAAA
TCAAATCACCTTAAAACGTTCACCATGTACACCTTAAAGCCTACAAACAT
TGACCCCTTGCtcacaacttactgaaactgtGGAATTGCAATTCAGATGC
TGAACTGTGTTTCAATTCatcaaatacttgctagaaatccattcccaaaa
caatatttgtatttttcaggattttattCTCATAATGCAATTGCGcctct
ttttttgtcaaaaaacggctttgaagggtcaaaacttttattcacttttt
tatttttgacgtatgttactaatgttttttctaaatctccatcaaatttg
tgatattttggtatgcaatatgaCCGTGTTTTGAGAAAGACGGTTTTCAG
ACTTTTTGGGCCACTACCATAAACGagctttaaaatagaactttgaAGGC
CTTACGATTTCTTTGGGGTGTAACCATGGAGAAGCAGATGATTTTTTCGT
ACCTACCAAGAGTATAGgtacctaaaaagtataggttttatgaccttgtt
aaattcatttgtgtaatctctaggtccgaaaaacttgattttttgaaggg
atttcttgataaatttttcagtaACTTTGAATTTTACGACACTTTACGAT
gattaaaaattcttgaaatcaGTTATTTTATGAAAGTACCTATATTAgag
attgtaaaaaagtgaattatacaatatGAAATGATGTTTGTTGGTTAAGA
GAGCCCAAAACTcaactttgtaggttttaaggggtatccactggtatctA
TATTTTAAACCTCCGTCTTATCTTTTCAGTAGAGAACTTTAGCAACAGGA
CGGGAGATGGCGGGGAGGCGGTGTGGCGTCATAAATTTGTCCGGTTGGAT
AATCTGCGCATGCTCAGCTAGAAGAGGAAAACTCGTCTCCTCCGTCCTGT
ATTTGGTACAGGCTAGGTTTCTTCGAATgtttaattcttttttcagaatt
ataaattttcccAAGGGTGGCaatgggtttaccaactgacggtatgtgcg
gcaaAAAAGAATCGCACCCTTTAAAGTGCAGcaaaagttggtcaaattta
tacccttgcagtgcacttttctcaaatttcaaccctTTTAGAGCGAAATA
ATCagaatttttgggcaaaaactAGCAATGATTTTTCCTGGATTTGCTAC
CCTTGCAGTGCATTTCAAATTTCTCGGAatggatttattttttaacacat
tacacgttttttcataagaacatccaaattttttgtaGCTTTGATTCTTA
AGCccaaaaaacattcttaaaatgttcttaaataatATTCTGCCTTCGAA
GCCTTTATACTCttatatacacgcttttttttataagaatacacttttat
aagaatgagagagagagagagagagtgagAGAGAGagtataagaatgtcc
atgattaaaatggccaaaaaattaagaataatgctaagaatatcaccatc
atggaattttgctactctttttaattataaattgtccattacccccaagt
aaggctcgtCCCTTTCACAAAAAAATGCTATTATATGCTttagacgtatg
tactaaatatCCTAAatatcctaacctaagaatgctgtaagaatatttta
ggatggtTTTCCTAAAAGAGTTAAGAATacccatgatgaaatgaaaaaac
accattctatcttataaaaaaaaagcatgtagTTAGAAAAAAAACGTGGA
ATGATTTACCCTCAACAAGATTGACATATGCAAGAAGTCCAAAGTGCTGA
ATCATTGTAAAGGCACGTGATGACTGTTAGTAAATGCCAAAGAAAATGAT
TAGAACAAATAATCACTTGGAATAACAAAAGAATATTTAGAGACAAAACC
AGGGGAAATTGAAATGAACACGAACCAAGAGAACGAAAAGATTTCTGATG
CGAGAGAGACACATAAACACAGATTGATAGTTATTAGAGGATCAGAGcat
ttgttattgaaaaataaaatcatacaTATAGAAGAGTTTTGGGTGAATTA
ATGCAGTAATGGCTTTAGATATATCTAAAGTATCTAAATACAAAATTTGT
AACCTAAAGCATGAAGGCATTGTACAAAACGACTCAAAATGGTTGATTTT
GTCAGGGGCTTTAAGTCCCCCGAATAACATCATAGTTTCCAGACGGCGCT
CGAAAGCCAGAAATGGTAACTTTTTACCTGGAGTTGCTAAAGACATTGCA
AATATGGAAGATGCGCTTCGATTGAACAACTTTTATAAATTCAACACTGT
TAAAGATGACCGACTGACGAAGAATGAAGCAATAAGGAAAATCAAGGATC
TCCTTCAAGCATGTGGTAAAAAATTTCAACCTGTTATTTACTATACTGGC
CACGGAGAGAAAGGTACTGGAAACTGGTGCTTCAGTGATGGAACTTTGGG
AAAAGATGAATTAGTGGCACTGTTTCCCCGAGTGTTTCCGAATGAAAAGC
TAATGCCATTTCTCATTTGCGATTGCTGCTACAGTGGAAATTGGTACTCG
ATAATTCTTAACGTGgtattttctttcttatttttaattGATGAATCAAC
TTACATCACTCTTCTTAAACCTACCACATGTCTCCCTGCGTGTGGACCAG
ATTCAATAGCACTAGATTTTGCCGATCGTGGAGGAGAAATGACATTGTAT
CTGACTGGGAAAGACGATTCTTGGATCAGATCAGGTTCATTGCGTCAACT
TCAAGGCTGAGAATCTTCTTTTGAGTCTCGATATTCGTTTGTTAAGATGT
ATACTAAGTAAGCTACGAGTTTTTATcgaagggaagaaattttcgcagaa
caaataaaaagttctctcaaccgcgaaatttaattccgtgaaacttccga
attttgagctgtgaaccgcgaaatttatttccgcgaaaatttcttctctt
aaggtagtCTCTTCGAGAAAATATTTGTACATCGGAGAAATGTTATAAGC
TATATTATTAAGGGTATTTTATAATCAGGGGGGTAATCCACACTTTCGAG
GGGCAAGAATCTATTGTTCTGGGAGGGTCAAACTGGTTGCTTGGGCAACC
AGACTGGGGAGCCAGACTTCTTATGTCCATGGATAGTACATGAAGAATGT
TATGTCCTCTACCCCCTAATTTTTATCCTAAATAATGTCTTTACCTTCCA
AACAACTGTACTTTAACATCAAATGCTCTCCATCAGGATAACTACACGGG
TTATTGAACTCTTGGAAATTCACCTTTAAGTCACACCGTGCTCTTCCTTC
ACACCGATGTAATATACTTCCTTTGACATCAGCTACACATCTCACAAAAA
CACGTGCTCTGCTACCACAAGCTTGACTCTGTTGTTGACTATCTCGTCCA
AGCAATGCACTTTCGACATGTATTCTTTGATTTGGTGGGCATTGAATGTG
GTATGTCTTTGGTATGCATATTGGAATCAGATGTGATGACCCATATGTTG
GGGAAACTATgaataatttttaaacatgtttaCATAAGTCAGATAAATGA
AATCTAGTTCAGTTGAATTCATTCTTCAAATGGATTGCCAACATATGTGG
CAGGTATATGTTAAAGATTAAAGGTCAAATTCACCGTGTTATGCAGGGGA
AGAGTAAGACCTTATCCAAAGATATATAGCTATTTCTAGCTCCTAATGTT
TATCACCTTCATGGTTTTGCTGTATTGTCTTTGGGCTAGCTTACCGAAAT
GAGTCAAAAACACCCTTtctcttaggaaaatggtcaaaaatactcacaaa
atggtcaaaataagaacatgtttaggcttaaaactcaaaaagttaataac
atccgaaggctttaaaaattttgggtgtgtttataaaaaaagcgtgtagt
atgAAGCTTACcttttaaaatgataaaaagcaCAATCCAGTAAACGATAT
ATCTCGATTTTATTAAGATTAATGACAAATCCATAACCAAATTCAATTGA
GCTGGTAAAACTTTTCTTATATTACCGAATCAAATAAGACAAGGATTTCA
GTCCCCTCAATCAAGAAAAATTCCAACAAAATTTTATGTCTTGGTTAACA
TATGCGGTTCATCTTTAGTCCTTAGACTCTTTTTTATAGTGAATTCCAAG
ttcctttttcaaaacttttcttgAGACTATCTTTCAATTCTATTTGTACT
TCTTCTTAAATTATTTTGTGAAGGTGTTTTATTAGCAGTTTTTCTATTCG
TTATTTGCTAGTCGTCTTTCGCTGGTCGACGCAATAAAAgcttttatttg
ttttgtttctttgagATCTCTTTGGCGAAAGTTTATTTAACAACATATTC
TTATTAACTACCAAAATCAATATAGAAGCTTGATTAGCGGCAAGAGAAAG
ATGATTAGAACAAATATTACAGACTCATATATCCCTTCCTTACACAATCG
CTAACATTAACGTTAAGACCTTTTCTAAATTCCAATAAGATTTTCTCTCC
ATTTTTAACCTTCTACTTTCCGCTATTCCTCGGAGGCCCCCCCCCCTACA
AGGGTTAGAAAATGTCGGGTATTTACGGACCGGGCCTCTCGAAAATGTAA
ATTCTTGcagaatcttttttataagaacatccaaattcttgaagccttcg
gatactcttaactttttgtttcAAGTCAGAAATTGTTCTTAATACACTAA
TTCTCGCCatttttttgagttattttgTCCATtgttctaagaaattgggt
gtttaaagccttaaaatgttcttaacttgttcttggccatcgaagcctta
tgttcttatatagtttgttcttatattaaaaacgTGTAGAGAGAGACAAA
ATCAGCGAAACTGACCTTTAGTAAGACTTTTCGACTTTTTGTAGCTTTTA
AAGAGATTTGGGAGACCTtttaaaaaagtgaccctttacgactgcacata
cccagcacatgcacccttttttataagaatactgtactttggc
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1491911889:439711..440278 | TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1491911889:439711..440278 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1510915933:439711..440278 | TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1510915933:439711..440278 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1575043694:439711..440278 | TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1575043694:439711..440278 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1491911889:444947..446703 | TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1491911889:444947..446703 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1510915933:444947..446703 | TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1510915933:444947..446703 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1575043694:444947..446703 | TCONS_00065022-exon-scaffold_428-1575043694:444947..446703 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_428 | supercontig | scaffold_428:439711..446703 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
