TCONS_00062879 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00062879
Unique NameTCONS_00062879
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length6118

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00062879 ID=TCONS_00062879|Name=TCONS_00062879|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6118bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00062879-protein

>TCONS_00062879-protein ID=TCONS_00062879-protein|Name=TCONS_00062879-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1907bp
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TYNYRET
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_373:105017..123289+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00062879 ID=TCONS_00062879|Name=TCONS_00062879|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18273bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_373:105017..123289+ (Clytia hemisphaerica)
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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_373:105017..123289+

>TCONS_00062879 ID=TCONS_00062879|Name=TCONS_00062879|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=114420bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_373:105017..123289+ (Clytia hemisphaerica)
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GAAGAAAATCAGTAGATTTATCGCTCCCCGACTTTTCCGGAGGACTATTT
CCACCACTTCTGATTGGCAACAATTTCGATCGTCTGATGAAAATGCTTGG
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CGACATCCAGTTACCAGCAGGAGCTGTCGTCAGTTTGGCTCGCATCCTAG
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TTGTAACGCAAAATATTGCACAATTGGTTCAGTACGCTTCCGATAAACGA
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TAGAGAAACAATGGCCATGATTTTACTCaactttcaatttttggttACAT
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AGAATCACAGGATGTTTACGATGCGTAGGACGGAACGAGCTACTGGACAT
TGATGCTGGAACCCTTACAACCACTAATGATCATGAAGATAATGGCTATT
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CAGAACATCGAACCCGCATTCTTGGGCAGTGAACGAGCCTGTGGCCACAA
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ACCATGCTTGGATGCAGGTTTACTGATTATGCTCCGGCTCTCCTTTCTAC
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ACCCACAGGACCTCACTAGTTGCATTATTGACAACGTTGGCGAAGGATAT
CTTCCCATTCGAAATGGTGATGGTGTCAACACTGCAATTGATTCAACATT
TTATTACATCCAAGTAGACTTCCCTGTTACCTATAAGGTGGTGCGTATTG
ACCGCCAAGTGAAGAAGGGCGGTACAACTGGCGGGGCATTCATACAGTTT
GGTCAAGATGAAAACACACTTGATTTCTTTAAAGGACCAACTAACACTGT
AGAGCAATTAGTTCCATCGGAAGATGATTGGATGGATTATTTGACGGTAA
CCGACACTTTCGTGCAACCATTGATCGGCAAGATGTTTCGTTATGTGCCA
CGCTGCACTCCTGGTCAATGCTACGCCagcaaaattcaattttatggAGT
TCCTCTCACTACACCGGACCATCATTGGCCATTGATGGGTCATGGTCGGG
ACGAATATCGTATCCACGATTTGGTTAACAGTCCTTCCTCTTCATTTGAT
GGTTTTGTCTACGATGTACCAGAAGATGTCCCTTCGAGAAGTGTGGAATT
CGTAGATCCTGACGATTGTCTATTTGATCCCAAGAATTGTAAAGATGGAC
TGGCTATTGAATTCTCTATTCAAGATGTGCAACCTAATCCACGAAAGATG
TCGGTGGTTATCCCTTCAAGCAAGGTGTTCAATATCGCCGCTAGCGGTAC
ATGTACGACCAATGATGGTGCACAAGTGGACTTGAATTTCAAATTCGGTG
TGTTTGTGGAATTGGGGGAGAATATGTTATTACGAGGGATGGACATTGAC
GTGATGTTGGTCAATGAAAATCAAGTAGATGGTACTGACGGTGCTCAATA
TCAAATAAATGCAAAGATTTTCCTTGGAAAGGATGAAGCTTACGCGACCG
CCTGTCAATTTGATGTGGCCGATGCGTACGCGTCAAGGGACATCACAGTC
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GGCGATCAAAGATCTAGCCTTCTGGTACCATCGCACCATCTTTATATACT
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TTCTTTAAAGGACCAACTAACACTGTAGAGCAATTAGTTCCATCGGAAGA
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TCGGCAAGATGTTTCGTTATGTGCCACGCTGCACTCCTGGTCAATGCTAC
GCCagcaaaattcaattttatggAGTTCCTCTCACTACACCGGACCATCA
TTGGCCATTGATGGGTCATGGTCGGGACGAATATCGTATCCACGATTTGG
TTAACAGTCCTTCCTCTTCATTTGATGGTTTTGTCTACGATGTACCAGAA
GATGTCCCTTCGAGAAGTGTGGAATTCGTAGATCCTGACGATTGTCTATT
TGATCCCAAGAATTGTAAAGATGGACTGGCTATTGAATTCTCTATTCAAG
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GTGTTCAATATCGCCGCTAGCGGTACATGTACGACCAATGATGGTGCACA
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GTAGATGGTACTGACGGTGCTCAATATCAAATAAATGCAAAGATTTTCCT
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CGTACGCGTCAAGGGACATCACAGTCAAAATAGAGGGTGCTAAAATTTCC
TTCCTGCTCGACGCAACTATTGAGGAGGCGATCAAAGATCTAGCCTTCTG
GTACCATCGCACCATCTTTATATACTTCACACCGATAGATGGTCAGAATA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00062879-proteinTCONS_00062879-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_373supercontigscaffold_373:105017..123289 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR008979Galactose-bd-like
IPR016186C-type_lectin-like/link
IPR016187CTDL_fold
IPR013320ConA-like_dom
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00062879 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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