TCONS_00061885 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00061885
Unique Name	TCONS_00061885
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3605

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_361:482292..514335+

transcript sequence

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transcript from alignment at scaffold_361:482292..514335+

Legend: exon

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>TCONS_00061885 ID=TCONS_00061885|Name=TCONS_00061885|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32044bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_361:482292..514335+ (Clytia hemisphaerica)
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CTTTGTGAGGTGTTGTGGTCACCTTCAAACCCTAATCGATTCATCAAGTT
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CTGAATACACGgaattcaaattttcacttacCCTTTTATCCAGCAAGTGT
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GGAGCTTAATATTCTGTTCTTGGCCTGTTTTAATAGTTGATAACGAGGTG
GAGACACACTTAACCAGTTCACTATGTTCGTTAGAATATTTCTCTTCCAT
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TTGCCAATTTCTCAAGTAGGGCTTCTGGTAGGACAGGTCCGGACTTTGCT
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TTTCAATTACCTCGCGAGAGGATGGTGTAGACAAAAGGCTTTCTGCCGAC
GGGACTGGGATGGAATTACCGTTTGGCCTTTCGATTAGTTGTTTACTAGC
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CTCCAGAAAGGCTAGAAGCTGCTTGAAGAAGCGACTTATTCAACTGATCA
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AAAAAGAGTTATACCATAGAAAAGTTTAAAATCATTAACATTGAAAGTAG
GCTGAAagaatttaagcaaaaaaacaacataaatcATTGCACACTACACT
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ACATGCCGCTCATCTCGCTGATTGGTTCGTGTAAGTGCAATCACTTGAAT
TCAAAGCGGAGATTTATTACCGTAAACCCTTTCTCTACATATCATGGTCT
ACATCATTAAATATTCGTTTAGATATTATATGAGCAATATATGTAGTAAG
TGTATAGTAGCAAGTTTTCATCTTTTATTAAAGACTTGTAACTAAAATGC
ACCGTTACAAAGCAATAAATAGCACATTTAACATGTGTACTGTATCTAAA
TGATAATTCAAACCTACGATTAATTCGTACACTAAATTCGTAGTTTTACA
AATTCTGGCTGTTAGTAAGTGACGTAGAATCAATgttactttcaaccaat
cagctgttgggtccgtaaatgacattgcaatggtgcatttCATGAATAGA
GAGTTTGATCAAAAGTAccatctttctttctttaaatttttcagtGATCA
CGTGGAATGTCCGGTAACAAGTTGTAATTGCGTGTGTAACGCCTTGGATC
GTGTGTCCATGGTCACTCCACAAGAATTACcagtaaagaaaatttctatg
TGATGATGTAAGGACTCGTGTGATGGTgggcaagaaaaagtgaggcCACT
TCCATGAATTGACGTAAGGACCTACTTGTCGTTGTTCAAAATGATTATTC
ATCCTTTGGATTTTTTTTGGTGCGAATCCACTGAATCCTGGGATCGAATG
CAATGACCTTCTTTCATTCGAAGGGAATCTTTAAAATGAATAGAATTCTT
AAATCTCTACTAAACACTTGCGCAGTGCAAGTGGCTCCAGTGGCTCCATT
TCGGTCAGTTTCTTTCAGCTTTATATAGACCCTGGAGGCAGTTTCTCAAA
CCCGgacaagcaaaatattttgattggagtttttttttaaagtggtacCC
GCATCGAAAGCGCTAGATCTAAGTGATATTGCGCCGTTTGTCGCCATGCA
AAGATTTAACACTACAATGGTCCCGAGTTTATGAAGGTCAGTTTTAGCAT
ATTCTATGCTTTTGtaggaaaaataataatattcgCTGCTAGAATAAGAT
GAACATATTCACACCGATCTGGATTCATATCGAGGTGAATTTGTAAacag
tcaatttttttcaagagtATGGATTATTCATACTTTTGCTTAAa

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_038812	XLOC_038812	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_361	supercontig	scaffold_361:482292..514335 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.640484	0.532324	0.53286	0.605432	0.14965	0.195099	0.014994	0.369707	1.92417	0.324729	0.065736	0.000189537	0.0535561	0.321679	0	0.379975	1.00834	0	1.62807e-10	0.237808	0.467544	1.72383e-06	0.689606	0.120188	0.000143281	0	0.33983	2.02974e-08	0	0.250147

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00061885 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MIO (GATOR complex protein MIOS OS=Homo sapiens GN=MIOS PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 456.833 bits (1174), Expect = 1.728e-142
Identity = 282/745 (37.85%), Postives = 424/745 (56.91%), Query Frame = 3

Query:  813 QPVFLHGSGESTFSVQWMPDSPNTLVAGVTKWIRLFDIRTQNQNPKLIAHTKAIYGICIDPNNPSRLASFAKGQKGVVVWDVRKPEKPIVTIN-QTNPVLKVQWCPKRSHMISVLQKDSNAVKYYDLQFSTSLQYNSNVDVDNDSILFERNIMLPKSTSSTVSSYDWNPDHEMTLLAVTKTGSLHYLKVFERIAMSWSPSSEVMWACGSQMF--LSDKPDPSMQDDISFVMKKRAEQGYGEAFVMKDDRKLNDVL---NEPALFNLWTWLKRAKKL-KDHDQRKVRK-----FFGVKAIIKGDLSMEMRRHKAPQTPTSREMAPSFPQQNQNSKEGRNLQTLKEEKIGGNLIATQYSNDDRKLALFLCEW--DVTDETLRERLDQLVAKNEIERAAAVALFHNKLDWTIDILGSTQANQKKE--LPIVAMALSGYNDSIKKGSMWIANCQRLGQQLTNPYLRAMFAFLTAEGEDFTSVLKENGMDLKDRIAFACRYLSDAKLTNYVENVTSKMXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXNYITKYGDVQTAVLIVLVMKYSDVMKDERVNDWIEYYRCLLDRWRMWHKRAQFDSLVQSMSLQRKIPNQISVTCTYCSKPVSLNMMAAGGLRSTRFLYGGAGGANRQNKAMSCPGCRQPLPRCSVCLINMGSLSTHQPRTGNQKPKL----ENNVNSFQNWFTWCQMCRHGGHAAHLADWFVDHVECPVTSCNCVCNALDRVSMVTPQE 2987
            +P++  G  ++  S+ W+P     L+AG+ + + +FD+R  +Q  K+  +TKA+ G+ +DP    R+ASF +GQ  V +WD+RK EKP++T+  Q  P+ KV WCP R+ +++ L +DSN ++ YD+Q + +      +  + +  + ER++   +   + ++S+ W+P  +  ++ VT   ++    VFERI+++WSP + +MWACG  ++    ++ D S++ DI+  M+ RA   YG   +  +    N +L    +P L +LW  L   K+  +D DQ+         + G+K+I+K  L M           +SR       +Q+       ++Q L EE+I               LAL LC W    TD  +   L+ LV + E ERAAAVALF+  +   I IL    +++K +  L +VAMALSGY D  +K S+W   C  L  QL NPYL  MFAFLT+E   +  VL EN + ++DR+AFAC++LSD +L  Y+E +T++M  +G LEG+LLTGLT DG+DL+E+Y+ + GDVQTA   +L     DV+KDERV  WIE YR LLD WR WHKRA+FD     +    K   Q+ V+C +C K +S +  A    +   F   G  G+  ++K  SCPGCR+PLPRC++CLINMG+  +  P       K+    +  +  F NWFTWC  CRHGGHA H+  WF DH ECPV++C C C  LD    + P E
Sbjct:  176 KPLYELGQNDACLSLCWLPRDQKLLLAGMHRNLAIFDLRNTSQ--KMFVNTKAVQGVTVDPYFHDRVASFYEGQ--VAIWDLRKFEKPVLTLTEQPKPLTKVAWCPTRTGLLATLTRDSNIIRLYDMQHTPT-----PIGDETEPTIIERSV---QPCDNYIASFAWHPTSQNRMIVVTPNRTMSDFTVFERISLAWSPITSLMWACGRHLYECTEEENDNSLEKDIATKMRLRALSRYG---LDTEQVWRNHILAGNEDPQLKSLWYTLHFMKQYTEDMDQKSPGNKGSLVYAGIKSIVKSSLGM---------VESSRHNWSGLDKQS-------DIQNLNEERI---------------LALQLCGWIKKGTDVDVGPFLNSLVQEGEWERAAAVALFNLDIRRAIQILNEGASSEKGDLNLNVVAMALSGYTD--EKNSLWREMCSTLRLQLNNPYLCVMFAFLTSETGSYDGVLYENKVAVRDRVAFACKFLSDTQLNRYIEKLTNEMKEAGNLEGILLTGLTKDGVDLMESYVDRTGDVQTASYCMLQGSPLDVLKDERVQYWIENYRNLLDAWRFWHKRAEFDIHRSKLDPSSKPLAQVFVSCNFCGKSISYSCSAVPH-QGRGFSQYGVSGSPTKSKVTSCPGCRKPLPRCALCLINMGTPVSSCPGGTKSDEKVDLSKDKKLAQFNNWFTWCHNCRHGGHAGHMLSWFRDHAECPVSACTCKCMQLDTTGNLVPAE 871

HSP 2 Score: 87.4261 bits (215), Expect = 3.217e-17
Identity = 56/172 (32.56%), Postives = 93/172 (54.07%), Query Frame = 3

Query:   39 TKPDLCEVLWSPSNPNRFIKFDTGDGSNNISLYQVYRDRNLLSNKNQVVQLADNVYVQNIATNSDYNSIKCIAWCPKAELADHCVLATGLSNGRVSIHNLGSEPPSNSGLQLNQVLLPKMERVCHDVAWNSVEPNLIAVALDKVRVDCSLAVWDIAAQG-----PQQGVRLT 539
            TKPD   +LW+P + +RF+  D+      +SLY V    N    K   ++L+++     ++ NSD   +KC+AW    +    C+LA G +NGRV + +LG +  S     + +  +PK  R C+ +AWN ++ N +A  LDK R D S+ +WDI ++      P + V+L+
Sbjct:    4 TKPD---ILWAPHHVDRFVVCDS-----ELSLYHVESTVNS-ELKAGSLRLSEDSAATLLSINSDTPYMKCVAWYLNYD--PECLLAVGQANGRVVLTSLGQDHNSKFKDLIGKEFVPKHARQCNTLAWNPLDSNWLAAGLDKHRADFSVLIWDICSKYTPDIVPMEKVKLS 164

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00061885 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00061885 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
MIO	1.728e-142	37.85	GATOR complex protein MIOS OS=Homo sapiens GN=MIOS...	[more]

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TCONS_00061885 (transcript) - C. hemisphaerica