TCONS_00061790 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00061790
Unique NameTCONS_00061790
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2670

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_360:165060..183602+

Legend: exon
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>TCONS_00061790 ID=TCONS_00061790|Name=TCONS_00061790|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18543bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_360:165060..183602+ (Clytia hemisphaerica)
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tTTGAGCAGTGTGCGACCTCTCTTGTTGTACTTAGTGAACGAGAGACTTT TCAAGTTATAAATGtaagtttttcatcaaaatattttacttaCGTTTTTG CGTAGGGGCGTAGATGaattaaaaataacttttcaaGAGCAAGGATGAAG CTCGGAGGAATACTGTAGGCATATTTAGAAGTTTCGATCGTCATTACATT CTATTTTTTGCGCTGATTTGAGTGGGCATGATGTCCCCTATAATAGATTG CGAgtaaaatttacgtttttcttcttttctcttttctctaTAACGTCGCA ATGACTCTAGACAGCAGGGGTTTAgctttgtttttggtaggctGGTGAAT CAAAAATTTACTCTAGTGGTTTTTAGATTCTAGGCCGGCGAATTCTTAGC AAACCCAAAGCAAAACgtgtattgattagcgtaaaCATGAAGCGGCGAAC CGAACTTTTCAAACggcgaattgtaatttttttcgtgccttggacCGGCG AAATTCGCCGTTTGCTGGGCCTAAATAAGACCACTATAGATTTGAAGAAG TTTCCATGTTTACTTTTGCTGCAAGGTATACGTAAGAAGCTAATTCTAGA TTTTGATGCTTTTGGCTACATTAGTATTACACGAAACATATTATTAGTAA TCGTAATTTTCACAAATTACGGCTTTTTGGTATTATAATGTAATTTTAAT GAGTAATCTAAGTTTTTAAACTTTAATCTGTAAATTCTGTCAATTGAGGT TTTGTGTCATTTTTATATAGCACAGATTCTAACGTCATCTAAAATCTTAT AATCTTGCGCGTGATTTCTGTGGGTTTATAAAGATTATAGACTTTTGTTT GTGTGCGTGAcgtattgatgacgtcagcaaatttCTACAAACTTGAACAA TGCCTTTTTTGTCTGATCTTGGGTTTTAAGTTAAATCATCTCACCTAGAA TTTATTAGTTGTCTTTTAAGTCGCTGATAGTTAAACACGTGTAGTTGTGT AGTTCAGCCATCTTCTCAAGCTCCCAAATAACATTGATATCAGTTCTTGT TGACTTAATGTAGTATCTAGATTTTCCTTTtaacaattcaaatttatcTT CGAAATGAAATCTTACTTTATTTCTTTTCCAGATTCAGACATCAAAACAA ATGGTTGTTCAACCAATGGCATTTAGTTCAATCGAAGCCGCCCATCAGAA GGGTGAGGGCGGGAACATGATAAATGACATCCTTCAAAAGATACAACAAA GCAGCAAAGAAACTTGTCTATGGGGAAAACCCTGCCTCGAAGAGAAGCGA ACGGATTGTAGCGAAACAGTTGATAAACAAACAGTGCTGAAAAATATCGA AGCCAAAGACAGTTTTCATTTTGATGACTTTTGGGAAGAATTAGCCTTAC TTGATAACGAGGCTAGTGTAGATGATGACGTCAACAATAATAATTTCATC GATCAAGGTTTATATTCGATGTGTCTAGAGCCTAACGATGAGTTACCAAT AAAAACCGAAAAACGTCGAGGAACGAGACTTGTTCGCCGACAATCTTCGG TAGATAGTGGAATCGTCGTTCGCACACCGAGTGAAAGTTATCAAGATCGA TTAGCGCTTGTCAAGTCCCGAGTTAAACGATGCAAAACAACAGATAATAC CCTGTCTACATTACAAAGATCAAATTCGCTTCCTAACCTGAAGGATATAG ACTTGAATAAATTTCAAACGATCAAATTTAAAGACTTTGAAGCAtacaaa aaagaacaacaagATAGTAAAATAGCTGCTGAGTCAGCGAAAAGACATTC AGAAGCGAGAAAGAAACATAAAGACTTATTCAGTATTCGAAATTACACTC GTGGAAAATACCGTAAAACAAAACTCTCAGAATTGATCACCAGGAATAAT ACGTTCTCGATGGGTGAAGGGCGTATGCCGCCACATAAATTGAATGGGCG ACCTCTATTTGAAGACTCGCTTGAAGAGAACTATGTGTTATCGTTTGATA TTGACTCTACAGATACGAAAGGCGATACTTGTTTACATCACGCTTCCAGT ATCGGCGACGTCGACACAGTTCGATATCTCTTGAAAGAGGGCGGAAATGT GTGGcgtaaaaacaataacaaactaCTCCCTATGGAGCTATCTCATGATT TTAAAACAGCAAAACTTTTATCCCATGCAACTATCTTTTACACGGAACCA GAAAAACAGAGACATGGTTGTAATAATATTTCGTCGACCGTCAAATTAGC ATTTGATTTGTAAATATGGTTAAGATTTAAAAGTCTTTAATACTTCGTAG AttcttttttattaatttaagtTTGTTAGCCAGAGCTGTGGAAGGATTTA TTCGAGATTTAAGGTATAATTATAAGCGGTAGGAAATGTATAATTCAATC AAACTTTGATTAGTTGTAattggtacacaacgttgtttgaatgtctATCG AACGTCCAAATACCATTAGATGATTTTTGAAATAGTCTAGTATTATAACG GTCTAATCCTCCTACTGGTCTATATAGACTAAAGGCTATGAGNACCTCTA TTTGAAGACTCGCTTGAAGAGAACTATGTGTTATCGTTTGATATTGACTC TACAGATACGAAAGGCGATACTTGTTTACATCACGCTTCCAGTATCGGCG ACGTCGACACAGTTCGATATCTCTTGAAAGAGGGCGGAAATGTGTGGcgt aaaaacaataacaaactaCTCCCTATGGAGCTATCTCATGATTTTAAAAC AGCAAAACTTTTATCCCATGCAACTATCTTTTACACGGAACCAGAAAAAC AGAGACATGGTTGTAATAATATTTCGTCGACCGTCAAATTAGCATTTGAT TTGTAAATATGGTTAAGATTTAAAAGTCTTTAATACTTCGTAGAttcttt tttattaatttaagtTTGTTAGCCAGAGCTGTGGAAGGATTTATTCGAGA TTTAAGGTATAATTATAAGCGGTAGGAAATGTATAATTCAATCAAACTTT GATTAGTTGTAattggtacacaacgttgtttgaatgtctATCGAACGTCC AAATACCATTAGATGATTTTTGAAATAGTCTAGTATTATAACGGTCTAAT CCTCCTACTGGTCTATATAGACTAAAGGCTATGAGATCATTTTCCGGTTA AACTACCGGGTTAGACAAGAACTTTTTCTcccttgaaaaattcaaaatag tttGACCgcctcaattttaaaataactttattttttactttaataacttt aaattttattaaattttgtatATATTGTAAAAATTTTCAGTATAATGTCg taaaattattttctattCTTGGGAATTACAATAAAGATTACAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_038770XLOC_038770Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00061790-exon-scaffold_360-1491911889:165060..165452TCONS_00061790-exon-scaffold_360-1491911889:165060..165452Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00061790-exon-scaffold_360-1575043694:165060..165452TCONS_00061790-exon-scaffold_360-1575043694:165060..165452Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00061790-exon-scaffold_360-1575043694:181392..183602TCONS_00061790-exon-scaffold_360-1575043694:181392..183602Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_360supercontigscaffold_360:165060..183602 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00061790 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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